seq1 = pF1KB6279.tfa, 2382 bp
seq2 = pF1KB6279/gi568815595r_125132344.tfa (gi568815595r:125132344_125413640), 281297 bp

>pF1KB6279 2382
>gi568815595r:125132344_125413640 (Chr3)

(complement)

1-333  (100001-100333)   100% ->
334-459  (125413-125538)   100% ->
460-583  (134394-134517)   100% ->
584-667  (135832-135915)   100% ->
668-786  (179312-179430)   100% ->
787-2382  (179702-181297)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACATTGACGACAAACTGGAAGGATTGTTTCTTAAATGTGGCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACATTGACGACAAACTGGAAGGATTGTTTCTTAAATGTGGCGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACGAAATGCAGTCTTCCAGGACAATGGTTGTAATGGGTGGAGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACGAAATGCAGTCTTCCAGGACAATGGTTGTAATGGGTGGAGTGTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGTCTACTGTGTCTGGAGAGCTACAGGATTCAGTACTTCAAGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCAGTCTACTGTGTCTGGAGAGCTACAGGATTCAGTACTTCAAGATCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTATGCCTCACCAGGAGATCCTTGCTGCAGATGAAGTGTTACAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTATGCCTCACCAGGAGATCCTTGCTGCAGATGAAGTGTTACAAGAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAATGAGACAACAGGATATGATATCACATGATGAACTCATGGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAAATGAGACAACAGGATATGATATCACATGATGAACTCATGGTCCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGAGACAGTGAAAAATGATGAAGAGCAGATGGAAACACATGAAAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGAGACAGTGAAAAATGATGAAGAGCAGATGGAAACACATGAAAGACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTCAAGGACTACAGTATGCACTTAATGTCCCT         ATAAGCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100301 CCTCAAGGACTACAGTATGCACTTAATGTCCCTGTA...CAGATAAGCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAGCAGGAAATTACTTTTACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125421 AAAGCAGGAAATTACTTTTACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125471 AAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAGCGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAACGTTCTCCCGCAAAA         ATCCTTACAATAAATGAGGATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 125521 CAACGTTCTCCCGCAAAAGTA...TAGATCCTTACAATAAATGAGGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATCACTTGGTTTGAAAACCCCTAAATCTCACGTTTGTGAGCACTGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134417 ATCACTTGGTTTGAAAACCCCTAAATCTCACGTTTGTGAGCACTGCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGCCTTTAGAACGAACTATCACTTACAGAGACATGTCTTCATTCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134467 CTGCCTTTAGAACGAACTATCACTTACAGAGACATGTCTTCATTCATACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 G         GTGAAAAACCATTTCAATGTAGTCAATGTGACATGCGTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134517 GGTA...AAGGTGAAAAACCATTTCAATGTAGTCAATGTGACATGCGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATACAGAAGTACCTGCTTCAGAGACATGAGAAGATTCATACTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 135872 CATACAGAAGTACCTGCTTCAGAGACATGAGAAGATTCATACTGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668    GTGAAAAACCATTTCGCTGTGATGAATGTGGTATGAGATTCATACAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179309 TAGGTGAAAAACCATTTCGCTGTGATGAATGTGGTATGAGATTCATACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAATATCATATGGAAAGGCATAAGAGAACTCATAGTGGAGAAAAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179359 AAATATCATATGGAAAGGCATAAGAGAACTCATAGTGGAGAAAAACCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCAGTGTGAATACTGTTTACAG         TATTTTTCCAGAACAGATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 179409 CCAGTGTGAATACTGTTTACAGGTA...CAGTATTTTTCCAGAACAGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGTATTGAAACATAAACGTATGTGCCATGAAAATCATGACAAAAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179721 GTGTATTGAAACATAAACGTATGTGCCATGAAAATCATGACAAAAAACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATAGATGTGCCATCAAAGGTGGCCTTCTGACATCTGAGGAAGATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179771 AATAGATGTGCCATCAAAGGTGGCCTTCTGACATCTGAGGAAGATTCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTTTCTACATCACCAAAAGACAACTCACTGCCAAAAAAGAAAAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179821 CTTTTCTACATCACCAAAAGACAACTCACTGCCAAAAAAGAAAAGGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAACGGAGAAAAAATCATCTGGAATGGACAAAGAGAGTGCTTTGGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179871 AAACGGAGAAAAAATCATCTGGAATGGACAAAGAGAGTGCTTTGGACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCTGACCTGAAAAAAGACAAAAATGATTACTTGCCTCTTTATTCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179921 TCTGACCTGAAAAAAGACAAAAATGATTACTTGCCTCTTTATTCTTCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TACTAAAGTAAAAGATGAGTATATGGTTGCAGAATATGCTGTTGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179971 TACTAAAGTAAAAGATGAGTATATGGTTGCAGAATATGCTGTTGAAATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CACATTCGTCAGTTGGGGGCTCGCATTTAGAAGATGCGTCAGGAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180021 CACATTCGTCAGTTGGGGGCTCGCATTTAGAAGATGCGTCAGGAGAAATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CACCCACCTAAGTTAGTTCTCAAAAAAATTAATAGTAAGAGAAGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180071 CACCCACCTAAGTTAGTTCTCAAAAAAATTAATAGTAAGAGAAGTCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ACAGCCACTGGAGCAAAATCAAACAATTTCACCTTTATCCACATATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180121 ACAGCCACTGGAGCAAAATCAAACAATTTCACCTTTATCCACATATGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AGAGCAAAGTTTCAAAGTATGCTTTTGAACTTGTGGATAAACAGGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180171 AGAGCAAAGTTTCAAAGTATGCTTTTGAACTTGTGGATAAACAGGCTTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTGGACTCAGAAGGCAATGCTGACATTGATCAGGTTGATAATTTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180221 CTGGACTCAGAAGGCAATGCTGACATTGATCAGGTTGATAATTTGCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GGGGCCCAGTAAACCTGTGCATAGTAGTACTAATTATGATGATGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180271 GGGGCCCAGTAAACCTGTGCATAGTAGTACTAATTATGATGATGCCATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGTTTTTGAAGAAGAAGCGGTATCTTCAAGCAGCAAGTAACAACAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180321 AGTTTTTGAAGAAGAAGCGGTATCTTCAAGCAGCAAGTAACAACAGCAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GAATATGCGCTGAATGTGGGTACCATAGCTTCTCAGCCTTCTGTAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180371 GAATATGCGCTGAATGTGGGTACCATAGCTTCTCAGCCTTCTGTAACACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGCAGCTGTGGCAAGTGTCATTGATGAAAGTACCACGGCATCCATATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180421 AGCAGCTGTGGCAAGTGTCATTGATGAAAGTACCACGGCATCCATATTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGTCACAGGCACTGAATGTGGAGATTAAGAGTAATCATGACAAAAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180471 AGTCACAGGCACTGAATGTGGAGATTAAGAGTAATCATGACAAAAATGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ATTCCAGATGAGGTACTGCAGACTCTGTTGGATCATTATTCCCACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180521 ATTCCAGATGAGGTACTGCAGACTCTGTTGGATCATTATTCCCACAAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TAATGGACAGCATGAGATATCCTTCAGTGTTGCAGATACTGAAGTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180571 TAATGGACAGCATGAGATATCCTTCAGTGTTGCAGATACTGAAGTGACTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CTAGCATATCAATAAATTCTTCAGAAGTACCAGAGGTCACCCCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 180621 CTAGCATATCAATAAATTCTTCAGAAGTACCAGAGGTCACCCCGTCAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 AATGTTGGATCAAGCTCCCAAGCATCCTCATCAGATAAAGCCAACATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180671 AATGTTGGATCAAGCTCCCAAGCATCCTCATCAGATAAAGCCAACATGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GCAGGAATACTCCAAGTTTCTGCAGCAGGCTTTGGACAGAACTAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180721 GCAGGAATACTCCAAGTTTCTGCAGCAGGCTTTGGACAGAACTAGCCAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 ATGATGCCTATTTGAATAGCCCGAGCCTTAACTTTGTGACTGATAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180771 ATGATGCCTATTTGAATAGCCCGAGCCTTAACTTTGTGACTGATAACCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 ACCCTCCCAAATCAGCCAGCATTCTCTTCCATAGACAAGCAGGTCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180821 ACCCTCCCAAATCAGCCAGCATTCTCTTCCATAGACAAGCAGGTCTATGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CACCATGCCCATCAATAGCTTTCGATCAGGAATGAATTCTCCACTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180871 CACCATGCCCATCAATAGCTTTCGATCAGGAATGAATTCTCCACTAAGAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 CAACTCCAGATAAGTCCCACTTTGGACTAATAGTTGGTGATTCACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180921 CAACTCCAGATAAGTCCCACTTTGGACTAATAGTTGGTGATTCACAGCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 TCATTTCCCTTTTCAGGTGATGAGACAAACCATGCTTCTGCCACATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180971 TCATTTCCCTTTTCAGGTGATGAGACAAACCATGCTTCTGCCACATCAAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 ACAGGACTTTCTGGATCAAGTGACTTCTCAGAAGAAAGCTGAGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181021 ACAGGACTTTCTGGATCAAGTGACTTCTCAGAAGAAAGCTGAGGCCCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 CTGTCCACCAAGCTTACCAAATGAGCTCCTTTGAACAGCCCTTCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181071 CTGTCCACCAAGCTTACCAAATGAGCTCCTTTGAACAGCCCTTCCGTGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 CCCTATCATGGATCAAGAGCTGGAATAGCTACTCAATTTAGCACTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181121 CCCTATCATGGATCAAGAGCTGGAATAGCTACTCAATTTAGCACTGCCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 TGGACAGGTGAACCTTCGGGGACCAGGGACAAGTGCTGAATTTTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181171 TGGACAGGTGAACCTTCGGGGACCAGGGACAAGTGCTGAATTTTCAGAAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 TTCCCTTGGTGAATGTAAATGATAATAGAGCTGGGATGACATCTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181221 TTCCCTTGGTGAATGTAAATGATAATAGAGCTGGGATGACATCTTCACCT

   2400     .    :    .    :    .
   2356 GATGCCACAACTGGCCAGACTTTTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||
 181271 GATGCCACAACTGGCCAGACTTTTGGC