seq1 = pF1KB6277.tfa, 2343 bp
seq2 = pF1KB6277/gi568815595f_41124524.tfa (gi568815595f:41124524_41339339), 214816 bp

>pF1KB6277 2343
>gi568815595f:41124524_41339339 (Chr3)

6-241  (99994-100230)   98% ->
242-495  (100431-100684)   100% ->
496-734  (100811-101049)   100% ->
735-936  (101137-101338)   100% ->
937-1081  (102685-102829)   100% ->
1082-1185  (108818-108921)   100% ->
1186-1524  (109006-109344)   100% ->
1525-1683  (109616-109774)   100% ->
1684-1803  (111201-111320)   100% ->
1804-1954  (111826-111976)   100% ->
1955-2076  (112065-112186)   100% ->
2077-2137  (113493-113553)   100% ->
2138-2343  (114611-114816)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 TACTCA AGCTGATTTGATGGAGTTGGACATGGCCATGGAACCAGACAGA
        || | |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 TATTTATAGCTGATTTGATGGAGTTGGACATGGCCATGGAACCAGACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     55 AAAGCGGCTGTTAGTCACTGGCAGCAACAGTCTTACCTGGACTCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 AAAGCGGCTGTTAGTCACTGGCAGCAACAGTCTTACCTGGACTCTGGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 CCATTCTGGTGCCACTACCACAGCTCCTTCTCTGAGTGGTAAAGGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 CCATTCTGGTGCCACTACCACAGCTCCTTCTCTGAGTGGTAAAGGCAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 CTGAGGAAGAGGATGTGGATACCTCCCAAGTCCTGTATGAGTGGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100144 CTGAGGAAGAGGATGTGGATACCTCCCAAGTCCTGTATGAGTGGGAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 GGATTTTCTCAGTCCTTCACTCAAGAACAAGTAGCTG         ATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100194 GGATTTTCTCAGTCCTTCACTCAAGAACAAGTAGCTGGTA...CAGATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 TGATGGACAGTATGCAATGACTCGAGCTCAGAGGGTACGAGCTGCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100435 TGATGGACAGTATGCAATGACTCGAGCTCAGAGGGTACGAGCTGCTATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 TCCCTGAGACATTAGATGAGGGCATGCAGATCCCATCTACACAGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100485 TCCCTGAGACATTAGATGAGGGCATGCAGATCCCATCTACACAGTTTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 GCTGCTCATCCCACTAATGTCCAGCGTTTGGCTGAACCATCACAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100535 GCTGCTCATCCCACTAATGTCCAGCGTTTGGCTGAACCATCACAGATGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 GAAACATGCAGTTGTAAACTTGATTAACTATCAAGATGATGCAGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100585 GAAACATGCAGTTGTAAACTTGATTAACTATCAAGATGATGCAGAACTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 CCACACGTGCAATCCCTGAACTGACAAAACTGCTAAATGACGAGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100635 CCACACGTGCAATCCCTGAACTGACAAAACTGCTAAATGACGAGGACCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496          GTGGTGGTTAATAAGGCTGCAGTTATGGTCCATCAGCTTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100685 GTA...CAGGTGGTGGTTAATAAGGCTGCAGTTATGGTCCATCAGCTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537 TAAAAAGGAAGCTTCCAGACACGCTATCATGCGTTCTCCTCAGATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 TAAAAAGGAAGCTTCCAGACACGCTATCATGCGTTCTCCTCAGATGGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 CTGCTATTGTACGTACCATGCAGAATACAAATGATGTAGAAACAGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100902 CTGCTATTGTACGTACCATGCAGAATACAAATGATGTAGAAACAGCTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637 TGTACCGCTGGGACCTTGCATAACCTTTCCCATCATCGTGAGGGCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100952 TGTACCGCTGGGACCTTGCATAACCTTTCCCATCATCGTGAGGGCTTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 GGCCATCTTTAAGTCTGGAGGCATTCCTGCCCTGGTGAAAATGCTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101002 GGCCATCTTTAAGTCTGGAGGCATTCCTGCCCTGGTGAAAATGCTTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    735        TTCACCAGTGGATTCTGTGTTGTTTTATGCCATTACAACTCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 A...CAGTTCACCAGTGGATTCTGTGTTGTTTTATGCCATTACAACTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 CACAACCTTTTATTACATCAAGAAGGAGCTAAAATGGCAGTGCGTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101180 CACAACCTTTTATTACATCAAGAAGGAGCTAAAATGGCAGTGCGTTTAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 TGGTGGGCTGCAGAAAATGGTTGCCTTGCTCAACAAAACAAATGTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101230 TGGTGGGCTGCAGAAAATGGTTGCCTTGCTCAACAAAACAAATGTTAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 TCTTGGCTATTACGACAGACTGCCTTCAAATTTTAGCTTATGGCAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101280 TCTTGGCTATTACGACAGACTGCCTTCAAATTTTAGCTTATGGCAACCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 GAAAGCAAG         CTCATCATACTGGCTAGTGGTGGACCCCAAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 GAAAGCAAGGTA...TAGCTCATCATACTGGCTAGTGGTGGACCCCAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 TTTAGTAAATATAATGAGGACCTATACTTACGAAAAACTACTGTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102717 TTTAGTAAATATAATGAGGACCTATACTTACGAAAAACTACTGTGGACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 CAAGCAGAGTGCTGAAGGTGCTATCTGTCTGCTCTAGTAATAAGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 CAAGCAGAGTGCTGAAGGTGCTATCTGTCTGCTCTAGTAATAAGCCGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069 ATTGTAGAAGCTG         GTGGAATGCAAGCTTTAGGACTTCACCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102817 ATTGTAGAAGCTGGTA...TAGGTGGAATGCAAGCTTTAGGACTTCACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1110 GACAGATCCAAGTCAACGTCTTGTTCAGAACTGTCTTTGGACTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108846 GACAGATCCAAGTCAACGTCTTGTTCAGAACTGTCTTTGGACTCTCAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160 ATCTTTCAGATGCTGCAACTAAACAG         GAAGGGATGGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108896 ATCTTTCAGATGCTGCAACTAAACAGGTA...TAGGAAGGGATGGAAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTCCTTGGGACTCTTGTTCAGCTTCTGGGTTCAGATGATATAAATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109021 CTCCTTGGGACTCTTGTTCAGCTTCTGGGTTCAGATGATATAAATGTGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CACCTGTGCAGCTGGAATTCTTTCTAACCTCACTTGCAATAATTATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109071 CACCTGTGCAGCTGGAATTCTTTCTAACCTCACTTGCAATAATTATAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACAAGATGATGGTCTGCCAAGTGGGTGGTATAGAGGCTCTTGTGCGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109121 ACAAGATGATGGTCTGCCAAGTGGGTGGTATAGAGGCTCTTGTGCGTACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GTCCTTCGGGCTGGTGACAGGGAAGACATCACTGAGCCTGCCATCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 GTCCTTCGGGCTGGTGACAGGGAAGACATCACTGAGCCTGCCATCTGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TCTTCGTCATCTGACCAGCCGACACCAAGAAGCAGAGATGGCCCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109221 TCTTCGTCATCTGACCAGCCGACACCAAGAAGCAGAGATGGCCCAGAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CAGTTCGCCTTCACTATGGACTACCAGTTGTGGTTAAGCTCTTACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 CAGTTCGCCTTCACTATGGACTACCAGTTGTGGTTAAGCTCTTACACCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 CCATCCCACTGGCCTCTGATAAAG         GCTACTGTTGGATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109321 CCATCCCACTGGCCTCTGATAAAGGTA...CAGGCTACTGTTGGATTGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TCGAAATCTTGCCCTTTGTCCCGCAAATCATGCACCTTTGCGTGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109633 TCGAAATCTTGCCCTTTGTCCCGCAAATCATGCACCTTTGCGTGAGCAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GTGCCATTCCACGACTAGTTCAGTTGCTTGTTCGTGCACATCAGGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109683 GTGCCATTCCACGACTAGTTCAGTTGCTTGTTCGTGCACATCAGGATACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CAGCGCCGTACGTCCATGGGTGGGACACAGCAGCAATTTGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109733 CAGCGCCGTACGTCCATGGGTGGGACACAGCAGCAATTTGTGGTA...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684  GAGGGGGTCCGCATGGAAGAAATAGTTGAAGGTTGTACCGGAGCCCTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111200 GGAGGGGGTCCGCATGGAAGAAATAGTTGAAGGTTGTACCGGAGCCCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 ACATCCTAGCTCGGGATGTTCACAACCGAATTGTTATCAGAGGACTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111250 ACATCCTAGCTCGGGATGTTCACAACCGAATTGTTATCAGAGGACTAAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 ACCATTCCATTGTTTGTGCAG         CTGCTTTATTCTCCCATTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111300 ACCATTCCATTGTTTGTGCAGGTA...TAGCTGCTTTATTCTCCCATTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 AAACATCCAAAGAGTAGCTGCAGGGGTCCTCTGTGAACTTGCTCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111846 AAACATCCAAAGAGTAGCTGCAGGGGTCCTCTGTGAACTTGCTCAGGACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 AGGAAGCTGCAGAAGCTATTGAAGCTGAGGGAGCCACAGCTCCTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111896 AGGAAGCTGCAGAAGCTATTGAAGCTGAGGGAGCCACAGCTCCTCTGACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 GAGTTACTTCACTCTAGGAATGAAGGTGTGG         CGACATATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111946 GAGTTACTTCACTCTAGGAATGAAGGTGTGGGTA...TAGCGACATATGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 AGCTGCTGTTTTGTTCCGAATGTCTGAGGACAAGCCACAAGATTACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112075 AGCTGCTGTTTTGTTCCGAATGTCTGAGGACAAGCCACAAGATTACAAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 AACGGCTTTCAGTTGAGCTGACCAGCTCTCTCTTCAGAACAGAGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112125 AACGGCTTTCAGTTGAGCTGACCAGCTCTCTCTTCAGAACAGAGCCAATG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 GCTTGGAATGAG         ACTGCTGATCTTGGACTTGATATTGGTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112175 GCTTGGAATGAGGTA...TAGACTGCTGATCTTGGACTTGATATTGGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 CCAGGGAGAACCCCTTGGATATCGCCAGGATG         ATCCTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113522 CCAGGGAGAACCCCTTGGATATCGCCAGGATGGTA...TAGATCCTAGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 ATCGTTCTTTTCACTCTGGTGGATATGGCCAGGATGCCTTGGGTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114620 ATCGTTCTTTTCACTCTGGTGGATATGGCCAGGATGCCTTGGGTATGGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 CCCATGATGGAACATGAGATGGGTGGCCACCACCCTGGTGCTGACTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114670 CCCATGATGGAACATGAGATGGGTGGCCACCACCCTGGTGCTGACTATCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 AGTTGATGGGCTGCCAGATCTGGGGCATGCCCAGGACCTCATGGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114720 AGTTGATGGGCTGCCAGATCTGGGGCATGCCCAGGACCTCATGGATGGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2297 TGCCTCCAGGTGACAGCAATCAGCTGGCCTGGTTTGATACTGACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114770 TGCCTCCAGGTGACAGCAATCAGCTGGCCTGGTTTGATACTGACCTG