seq1 = pF1KB6274.tfa, 2091 bp
seq2 = pF1KB6274/gi568815579f_53782495.tfa (gi568815579f:53782495_54006892), 224398 bp

>pF1KB6274 2091
>gi568815579f:53782495_54006892 (Chr19)

1-170  (100001-100170)   99% ->
171-202  (100669-100700)   100% ->
203-285  (101667-101749)   100% ->
286-397  (107144-107255)   100% ->
398-529  (107392-107523)   100% ->
530-686  (109180-109336)   99% ->
687-821  (110015-110149)   100% ->
822-909  (110494-110581)   100% ->
910-939  (110868-110897)   100% ->
940-1092  (115465-115617)   100% ->
1093-1281  (115946-116134)   100% ->
1282-1373  (117739-117830)   100% ->
1374-1436  (117925-117987)   100% ->
1437-1575  (118117-118255)   100% ->
1576-1656  (120579-120659)   100% ->
1657-1764  (122141-122248)   100% ->
1765-1905  (123823-123963)   100% ->
1906-2091  (124213-124398)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGTCTGGGCCCCGGCGTAGGCGATTCAGAGGGGGGACCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGTCTGGGCCCCGGCGTAGGCGATTCAGAGGGGGGACCCCGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTTTTGCAGAAAGGGGGCTCTGAGGCAGAAGGTGGTCCACGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGTTTTGCAGAAAGGGGGCCCTGAGGCAGAAGGTGGTCCACGAAGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGCCACAAGTTCACCGCTCGCTTCTTCAAGCAGCCCACCTTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGCCACAAGTTCACCGCTCGCTTCTTCAAGCAGCCCACCTTCTGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACTGCACCGACTTCATCTG         GGGTATCGGAAAGCAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 CACTGCACCGACTTCATCTGGTG...CAGGGGTATCGGAAAGCAGGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAATGTCAAG         TCTGCAGCTTTGTGGTTCATCGACGATGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100690 GCAATGTCAAGGTA...TAGTCTGCAGCTTTGTGGTTCATCGACGATGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGAATTTGTGACCTTCGAGTGTCCAGGCGCTGGGAAGGGCCCCCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101697 ACGAATTTGTGACCTTCGAGTGTCCAGGCGCTGGGAAGGGCCCCCAGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAC         GACCCCCGGAACAAACACAAGTTCCGCCTGCATAGCTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101747 GACGTG...CAGGACCCCCGGAACAAACACAAGTTCCGCCTGCATAGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCAGCCCCACCTTCTGCGACCACTGTGGCTCCCTCCTCTACGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107182 CAGCAGCCCCACCTTCTGCGACCACTGTGGCTCCCTCCTCTACGGGCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCACCAGGGCATGAAATGCTCCT         GCTGCGAGATGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107232 TGCACCAGGGCATGAAATGCTCCTGTG...CAGGCTGCGAGATGAACGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACCGGCGCTGTGTGCGTAGCGTGCCCTCCCTGTGCGGTGTGGACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107409 CACCGGCGCTGTGTGCGTAGCGTGCCCTCCCTGTGCGGTGTGGACCACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAGCGCCGCGGGCGCCTGCAGCTGGAGATCCGGGCTCCCACAGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107459 CGAGCGCCGCGGGCGCCTGCAGCTGGAGATCCGGGCTCCCACAGCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGATCCACGTAACTG         TTGGCGAGGCCCGTAACCTAATTCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107509 AGATCCACGTAACTGGTG...TAGTTGGCGAGGCCCGTAACCTAATTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGACCCCAACGGTCTCTCTGATCCCTATGTGAAACTGAAGCTCATCCC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109206 ATGGACCCCAATGGTCTCTCTGATCCCTATGTGAAACTGAAGCTCATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGACCCTCGGAACCTGACGAAACAGAAGACCCGAACGGTGAAAGCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109256 AGACCCTCGGAACCTGACGAAACAGAAGACCCGAACGGTGAAAGCCACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAAACCCTGTGTGGAATGAGACCTTTGTGTT         CAACCTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109306 TAAACCCTGTGTGGAATGAGACCTTTGTGTTGTG...CAGCAACCTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAGGGGATGTGGAGCGCCGGCTCAGCGTGGAGGTGTGGGACTGGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110025 CCAGGGGATGTGGAGCGCCGGCTCAGCGTGGAGGTGTGGGACTGGGACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACCTCCCGCAACGACTTCATGGGGGCCATGTCCTTTGGCGTCTCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110075 GACCTCCCGCAACGACTTCATGGGGGCCATGTCCTTTGGCGTCTCGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTCAAGGCGCCCGTGGATGGCTG         GTACAAGTTACTGAAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110125 TGCTCAAGGCGCCCGTGGATGGCTGGTG...CAGGTACAAGTTACTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGGAGGAGGGCGAGTATTACAATGTGCCGGTGGCCGATGCTGACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110510 CAGGAGGAGGGCGAGTATTACAATGTGCCGGTGGCCGATGCTGACAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGCCTCCTCCAGAAGTTTGAG         GCTTGTAACTACCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110560 CAGCCTCCTCCAGAAGTTTGAGGTA...CAGGCTTGTAACTACCCCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AATTGTATGAG         CGGGTGCGGATGGGCCCCTCTTCCTCTCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110887 AATTGTATGAGGTG...CAGCGGGTGCGGATGGGCCCCTCTTCCTCTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATCCCCTCCCCTTCCCCTAGTCCCACCGACCCCAAGCGCTGCTTCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115495 ATCCCCTCCCCTTCCCCTAGTCCCACCGACCCCAAGCGCTGCTTCTTCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGCGAGTCCAGGACGCCTGCACATCTCCGACTTCAGCTTCCTCATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115545 GGCGAGTCCAGGACGCCTGCACATCTCCGACTTCAGCTTCCTCATGGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAGGAAAAGGCAGTTTTGGGAAG         GTGATGCTGGCCGAGCGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115595 TAGGAAAAGGCAGTTTTGGGAAGGTT...TAGGTGATGCTGGCCGAGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGGGGCTCTGATGAGCTCTACGCCATCAAGATCTTGAAAAAGGACGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115964 AGGGGCTCTGATGAGCTCTACGCCATCAAGATCTTGAAAAAGGACGTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGTCCAGGACGACGATGTGGACTGCACGCTGGTGGAGAAACGTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116014 CGTCCAGGACGACGATGTGGACTGCACGCTGGTGGAGAAACGTGTGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CGCTGGGGGGCCGGGGTCCTGGCGGCCGGCCCCACTTCCTCACCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116064 CGCTGGGGGGCCGGGGTCCTGGCGGCCGGCCCCACTTCCTCACCCAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CACTCCACCTTCCAGACCCCG         GACCGCCTGTATTTCGTGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116114 CACTCCACCTTCCAGACCCCGGTA...CAGGACCGCCTGTATTTCGTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGAGTACGTCACCGGGGGAGACTTGATGTACCACATTCAACAGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117759 GGAGTACGTCACCGGGGGAGACTTGATGTACCACATTCAACAGCTGGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGTTTAAGGAGCCCCATGCAGC         GTTCTACGCGGCAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117809 AGTTTAAGGAGCCCCATGCAGCGTG...CAGGTTCTACGCGGCAGAAATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCTATCGGCCTCTTCTTCCTTCACAATCAGGGCATCATCTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117944 GCTATCGGCCTCTTCTTCCTTCACAATCAGGGCATCATCTACAGGTG...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1437    GGACCTGAAGCTGGACAATGTGATGCTGGATGCTGAGGGACACATCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118114 CAGGGACCTGAAGCTGGACAATGTGATGCTGGATGCTGAGGGACACATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGATCACTGACTTTGGCATGTGTAAGGAGAACGTCTTCCCCGGGACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118164 AGATCACTGACTTTGGCATGTGTAAGGAGAACGTCTTCCCCGGGACGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACCCGCACCTTCTGCGGGACCCCGGACTACATAGCCCCGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118214 ACCCGCACCTTCTGCGGGACCCCGGACTACATAGCCCCGGAGGTA...TA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1576  ATCATTGCCTACCAGCCCTATGGGAAGTCTGTCGATTGGTGGTCCTTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120578 GATCATTGCCTACCAGCCCTATGGGAAGTCTGTCGATTGGTGGTCCTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GAGTTCTGCTGTATGAGATGTTGGCAGGACAG         CCTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120628 GAGTTCTGCTGTATGAGATGTTGGCAGGACAGGTA...TAGCCTCCCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GATGGGGAGGACGAGGAGGAGCTGTTTCAGGCCATCATGGAACAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122150 GATGGGGAGGACGAGGAGGAGCTGTTTCAGGCCATCATGGAACAAACTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CACCTACCCCAAGTCGCTTTCCCGGGAAGCCGTGGCCATCTGCAAGGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122200 CACCTACCCCAAGTCGCTTTCCCGGGAAGCCGTGGCCATCTGCAAGGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765         TTCCTGACCAAGCACCCAGGGAAGCGCCTGGGCTCAGGGCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122250 TG...CAGTTCCTGACCAAGCACCCAGGGAAGCGCCTGGGCTCAGGGCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GATGGGGAACCTACCATCCGTGCACATGGCTTTTTCCGCTGGATTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123865 GATGGGGAACCTACCATCCGTGCACATGGCTTTTTCCGCTGGATTGACTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GGAGCGGCTGGAACGATTGGAGATCCCGCCTCCTTTCAGACCCCGCCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123915 GGAGCGGCTGGAACGATTGGAGATCCCGCCTCCTTTCAGACCCCGCCCGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906         TGTGGCCGCAGCGGCGAGAACTTTGACAAGTTCTTCACGCGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123965 TC...CAGTGTGGCCGCAGCGGCGAGAACTTTGACAAGTTCTTCACGCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GCGGCGCCAGCGCTGACCCCTCCAGACCGCCTAGTCCTGGCCAGCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124255 GCGGCGCCAGCGCTGACCCCTCCAGACCGCCTAGTCCTGGCCAGCATCGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CCAGGCCGATTTCCAGGGCTTCACCTACGTGAACCCCGACTTCGTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124305 CCAGGCCGATTTCCAGGGCTTCACCTACGTGAACCCCGACTTCGTGCACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CGGATGCCCGCAGCCCCACCAGCCCAGTGCCTGTGCCCGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124355 CGGATGCCCGCAGCCCCACCAGCCCAGTGCCTGTGCCCGTCATG