seq1 = pF1KB6270.tfa, 2316 bp
seq2 = pF1KB6270/gi568815578f_43414545.tfa (gi568815578f:43414545_43641125), 226581 bp

>pF1KB6270 2316
>gi568815578f:43414545_43641125 (Chr20)

1-232  (100001-100232)   99% ->
233-383  (100465-100615)   100% ->
384-507  (100748-100871)   100% ->
508-592  (101549-101633)   100% ->
593-681  (114113-114201)   100% ->
682-786  (114720-114824)   100% ->
787-922  (115740-115875)   100% ->
923-1014  (116254-116345)   100% ->
1015-1166  (118229-118380)   100% ->
1167-1243  (118798-118874)   100% ->
1244-1329  (119464-119549)   100% ->
1330-1440  (119740-119850)   100% ->
1441-1555  (120284-120398)   100% ->
1556-1655  (121293-121392)   100% ->
1656-1853  (121553-121750)   100% ->
1854-1903  (121865-121914)   100% ->
1904-2061  (125607-125764)   100% ->
2062-2124  (126209-126271)   100% ->
2125-2316  (126390-126581)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGAAGAGAGGGCCATGGCACCGACTCCGAGATGGGTCAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCGAAGAGAGGGCCATGGCACCGACTCCGAGATGGGTCAAGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTACGGGAGTCGCAATCCTCAGACCCTCCCGCGCTCCAGTTCCGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTACGGGAGTCGCAATCCTCAGACCCTCCCGCGCTCCAGTTCCGGATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGTATAAGCCGCTGAACATGGCGGGAGTGGAGCAGCCCCCGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100101 GCGAGTATAAGCCGCTGAACATGGCGGGAGTGGAGCAGCCCCCGAGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGCGGCAGGAAGGCGTGACCGAATACGAAGATGGCGGGGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCTGCGGCAGGAAGGCGTGACCGAATACGAAGATGGCGGGGCCCCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAGATGGCGAGGCGGGCCCCCAACAGGCGG         AGGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100201 GGGAGATGGCGAGGCGGGCCCCCAACAGGCGGGTA...CAGAGGACCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGAATCCTCCAGAAGATCCCAATCAGGACCCCCCAGAGGATGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100474 CCCAGAATCCTCCAGAAGATCCCAATCAGGACCCCCCAGAGGATGATAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCTGTCAGTGCCAGGCGTGCGGGCCTCACCAAGCCGCGGGTCCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100524 ACCTGTCAGTGCCAGGCGTGCGGGCCTCACCAAGCCGCGGGTCCAGATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGTTCCTCTAATGATGGCTGCCCTCAGCTGTTCCAGGAGCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100574 TGGTTCCTCTAATGATGGCTGCCCTCAGCTGTTCCAGGAGCGGTA...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384  GTCAGTCATAGTGGAGAACTCCTCAGGCTCTACCAGCGCTTCTGAGCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 GGTCAGTCATAGTGGAGAACTCCTCAGGCTCTACCAGCGCTTCTGAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCAAACCCATGAAGAAGAGGAAGCGCAGGGAATACCAGAGCCCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100797 CTCAAACCCATGAAGAAGAGGAAGCGCAGGGAATACCAGAGCCCATCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGGAGTCGGAGCCAGAGGCCATG         GAGAAGCAAGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100847 GGAGGAGTCGGAGCCAGAGGCCATGGTA...CAGGAGAAGCAAGAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAAAGGACCCAGAGGGACAACCCACTGCTAGCACCCCAGAGAGTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101565 GAAAGGACCCAGAGGGACAACCCACTGCTAGCACCCCAGAGAGTGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGAGCAGCAGCCAGCCTG         CAACAGGTGAGAAGAAGGAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101615 TGGAGCAGCAGCCAGCCTGGTA...CAGCAACAGGTGAGAAGAAGGAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGGTCGTGGGAGTCCTACCTAGAGGAGCAGAAGGCCATTACTGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114135 CTGGTCGTGGGAGTCCTACCTAGAGGAGCAGAAGGCCATTACTGCTCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAGCCTCTTCCAGGAC         TCCCAGGCAGTCACTCACAACAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114185 TCAGCCTCTTCCAGGACGTG...CAGTCCCAGGCAGTCACTCACAACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATGGCTTCAAACTGGGCATGAAGTTGGAAGGCATTGACCCTCAACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114744 AATGGCTTCAAACTGGGCATGAAGTTGGAAGGCATTGACCCTCAACACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTCCATGTACTTCATCCTCACCGTGGCTGAG         GTATGTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114794 GTCCATGTACTTCATCCTCACCGTGGCTGAGGTG...CAGGTATGTGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCGCCTACGCCTGCACTTTGATGGGTATTCTGAGTGCCATGACTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115750 ATCGCCTACGCCTGCACTTTGATGGGTATTCTGAGTGCCATGACTTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCAATGCCAACTCCCCTGACATTCACCCTGCTGGCTGGTTCGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115800 GTCAATGCCAACTCCCCTGACATTCACCCTGCTGGCTGGTTCGAGAAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGCCACAAGCTGCAGCCTCCCAAAG         GTTACAAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115850 GGGCCACAAGCTGCAGCCTCCCAAAGGTA...TAGGTTACAAGGAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGTTCAGCTGGAGCCAGTACCTGCGCAGCACAAGAGCTCAGGCTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116269 AGTTCAGCTGGAGCCAGTACCTGCGCAGCACAAGAGCTCAGGCTGCCCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGCACCTGTTTGTGAGCCAGAGCCAC         AGTCCCCCACCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116319 AAGCACCTGTTTGTGAGCCAGAGCCACGTG...TAGAGTCCCCCACCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGGCTTCCAGGTGGGCATGAAGCTGGAGGCTGTTGACCGCATGAACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118243 GGGCTTCCAGGTGGGCATGAAGCTGGAGGCTGTTGACCGCATGAACCCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCTTGTCTGCGTGGCCAGTGTGACCGATGTGGTGGACAGCCGCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118293 CCCTTGTCTGCGTGGCCAGTGTGACCGATGTGGTGGACAGCCGCTTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGCACTTTGACAACTGGGATGATACTTATGACTACTG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118343 GTGCACTTTGACAACTGGGATGATACTTATGACTACTGGTA...CAGGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGATCCCAGCAGCCCCTACATCCACCCAGTGGGCTGGTGCCAGAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118801 TGATCCCAGCAGCCCCTACATCCACCCAGTGGGCTGGTGCCAGAAGCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GAAAGCCCCTCACCCCTCCACAAG         ACTACCCAGACCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118851 GAAAGCCCCTCACCCCTCCACAAGGTG...CAGACTACCCAGACCCTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AACTTCTGTTGGGAGAAATATCTGGAAGAAACTGGGGCCTCTGCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119481 AACTTCTGTTGGGAGAAATATCTGGAAGAAACTGGGGCCTCTGCTGTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CACCTGGGCCTTCAAGGTG         CGACCCCCTCACAGCTTCCTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119531 CACCTGGGCCTTCAAGGTGGTG...CAGCGACCCCCTCACAGCTTCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCAATATGAAGCTGGAGGCTGTGGACCGCAGGAACCCAGCCCTGATTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119762 TCAATATGAAGCTGGAGGCTGTGGACCGCAGGAACCCAGCCCTGATTCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTGGCCAGCGTGGAGGATGTGGAGGACCATCGGATAAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119812 GTGGCCAGCGTGGAGGATGTGGAGGACCATCGGATAAAGGTG...CAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCACTTTGATGGCTGGAGTCATGGCTATGATTTCTGGATCGACGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120286 CCACTTTGATGGCTGGAGTCATGGCTATGATTTCTGGATCGACGCTGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACCCAGACATCCACCCTGCCGGCTGGTGCTCCAAGACAGGACATCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120336 ACCCAGACATCCACCCTGCCGGCTGGTGCTCCAAGACAGGACATCCCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGCCTCCTCTCG         GACCCAGAGAGCCCAGCTCTGCCTCCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120386 CAGCCTCCTCTCGGTG...TAGGACCCAGAGAGCCCAGCTCTGCCTCCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGGGGGCTGTCCCCCTCTCAGCTATAGGAGCCTGCCCCACACTAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121321 TGGGGGCTGTCCCCCTCTCAGCTATAGGAGCCTGCCCCACACTAGGACCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCAAATACAGCTTTCACCACCG         GAAGTGCCCCACTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121371 CCAAATACAGCTTTCACCACCGGTG...CAGGAAGTGCCCCACTCCTGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TGCGACGGCTCTGGCCATGTCACAGGCAAGTTCACAGCTCACCATTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121572 TGCGACGGCTCTGGCCATGTCACAGGCAAGTTCACAGCTCACCATTGCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CTCAGGCTGCCCACTGGCTGAGAGGAACCAGAGCCGGCTGAAAGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121622 CTCAGGCTGCCCACTGGCTGAGAGGAACCAGAGCCGGCTGAAAGCGGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGTCTGACTCGGAGGCCTCAGCCCGCAAGAAGAACCTCTCAGGCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121672 TGTCTGACTCGGAGGCCTCAGCCCGCAAGAAGAACCTCTCAGGCTTCTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CCAAGGAAGAAGCCTCGCCATCACGGCCG         AATTGGACGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121722 CCAAGGAAGAAGCCTCGCCATCACGGCCGGTA...CAGAATTGGACGCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TCCGAAGTATCGAAAGATTCCGCAGGAAGATTTCCAGA         CCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121877 TCCGAAGTATCGAAAGATTCCGCAGGAAGATTTCCAGAGTA...CAGCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TCACGCCCGATGTCGTGCACCAGTCCCTCTTCATGTCAGCCCTGTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125610 TCACGCCCGATGTCGTGCACCAGTCCCTCTTCATGTCAGCCCTGTCGGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CACCCTGACCGCTCACTCTCAGTGTGCTGGGAGCAGCACTGCAAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125660 CACCCTGACCGCTCACTCTCAGTGTGCTGGGAGCAGCACTGCAAGCTCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GCCAGGAGTAGCGGGCATCTCAGCCTCGACAGTCGCCAAGTGGACCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125710 GCCAGGAGTAGCGGGCATCTCAGCCTCGACAGTCGCCAAGTGGACCATCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ATGAG         GTCTTCGGCTTTGTTCAGACCCTGACAGGTTGTGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125760 ATGAGGTG...AAGGTCTTCGGCTTTGTTCAGACCCTGACAGGTTGTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GACCAAGCACGCCTCTTCAAAGACGAG         GCAAGAATAGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126245 GACCAAGCACGCCTCTTCAAAGACGAGGTA...CAGGCAAGAATAGTCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 AGTGACCCATGTATCTGGGAAGACTCTAGTCTGGACTGTGGCCCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126404 AGTGACCCATGTATCTGGGAAGACTCTAGTCTGGACTGTGGCCCAGCTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 GGGACCTTGTGTGCTCAGATCATCTTCAGGAAGGAAAAGGCATCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126454 GGGACCTTGTGTGCTCAGATCATCTTCAGGAAGGAAAAGGCATCCTGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 ACAGGAGTCCATTCACTCCTCTGCTCTCTACCCACTCATTTGCTTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126504 ACAGGAGTCCATTCACTCCTCTGCTCTCTACCCACTCATTTGCTTGCCAA

   2450     .    :    .    :    .
   2289 ACTTAGCTTTGCCAGTGATAGTCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 126554 ACTTAGCTTTGCCAGTGATAGTCAATAT