seq1 = pF1KB6263.tfa, 2064 bp
seq2 = pF1KB6263/gi568815597f_6480610.tfa (gi568815597f:6480610_6689209), 208600 bp

>pF1KB6263 2064
>gi568815597f:6480610_6689209 (Chr1)

1-690  (100001-100690)   100% ->
691-932  (101449-101690)   100% ->
933-1044  (105310-105421)   100% ->
1045-1137  (106086-106178)   100% ->
1138-1224  (106596-106682)   100% ->
1225-1379  (106869-107023)   100% ->
1380-1516  (107451-107587)   100% ->
1517-1681  (107669-107833)   100% ->
1682-1770  (108147-108235)   100% ->
1771-2064  (108307-108600)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGCTCCTTCGTCCAGCACAGTGTGAGGGTTCTGCAGGAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGGCTCCTTCGTCCAGCACAGTGTGAGGGTTCTGCAGGAGCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCAGCGGGAGAAGGGCCAGTACTGCGACGCCACTCTGGACGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCAGCGGGAGAAGGGCCAGTACTGCGACGCCACTCTGGACGTGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGGTGTTTAAGGCACACTGGAGTGTCCTTGCCTGCTGCAGTCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTGGTGTTTAAGGCACACTGGAGTGTCCTTGCCTGCTGCAGTCACTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCAGAGCCTCTACGGGGATGGCTCAGGGGGCAGTGTCGTCCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCAGAGCCTCTACGGGGATGGCTCAGGGGGCAGTGTCGTCCTCCCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCTTCGCTGAGATCTTTGGCCTCTTGTTGGACTTTTTCTACACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGCTTCGCTGAGATCTTTGGCCTCTTGTTGGACTTTTTCTACACTGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTCGCTCTCACCTCAGGGAACCGGGATCAGGTGCTCCTGGCAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTCGCTCTCACCTCAGGGAACCGGGATCAGGTGCTCCTGGCAGCCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGTTGCGAGTGCCAGAGGCCGTAGAGCTGTGCCAGAGCTTCAAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGTTGCGAGTGCCAGAGGCCGTAGAGCTGTGCCAGAGCTTCAAGCCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AACTTCAGTGGGACAGGCAGCAGGTGGCCAGAGTGGGCTGGGGCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AACTTCAGTGGGACAGGCAGCAGGTGGCCAGAGTGGGCTGGGGCCCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTCCCAGAATGTGAACAGCCACGTCAAGGAGCCGGCAGGCTTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTCCCAGAATGTGAACAGCCACGTCAAGGAGCCGGCAGGCTTGGAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGAAGTTTCGAGGACTCTGGGTCTAGTCCCCAGGGATCAGGAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGAAGTTTCGAGGACTCTGGGTCTAGTCCCCAGGGATCAGGAGCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGCAGTCATAGTCCTCAGAGGCCCCAGCTCCATTCCCCAGCTCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGCAGTCATAGTCCTCAGAGGCCCCAGCTCCATTCCCCAGCTCAGAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGGCCCCTCCTCCCTCTGTGGGAAACTGAAGCAGGCCTTGAAGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGGCCCCTCCTCCCTCTGTGGGAAACTGAAGCAGGCCTTGAAGCCTTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCCTTGAGGACAAGAAACCCGAGGACTGCAAAGTGCCCCCAAGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCCTTGAGGACAAGAAACCCGAGGACTGCAAAGTGCCCCCAAGGCCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAGGCTGAAGGTGCCCAGCTGCAGGGCGGCAGTAATGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100651 AGAGGCTGAAGGTGCCCAGCTGCAGGGCGGCAGTAATGAGGTA...TAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGGAAGTGGTGGTTCAAGTGGAGGATGATGGGGATGGCGATTACATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101450 GGGAAGTGGTGGTTCAAGTGGAGGATGATGGGGATGGCGATTACATGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGCCTGAGGCTGTGCTGACCAGGAGGAAGTCAAATGTAATCCGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101500 GAGCCTGAGGCTGTGCTGACCAGGAGGAAGTCAAATGTAATCCGAAAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGTGCAGCTGAGCCAGCCCTGAGCGCGGGCTCCCTAGCAGCTGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101550 CTGTGCAGCTGAGCCAGCCCTGAGCGCGGGCTCCCTAGCAGCTGAGCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTGAGAACAGAAAAGGTACAGCGGTGCCGGTCGAATGCCCCACATGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101600 CTGAGAACAGAAAAGGTACAGCGGTGCCGGTCGAATGCCCCACATGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAAAAGTTCCTCAGCAAATATTATCTAAAAGTCCACAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101650 AAAAAGTTCCTCAGCAAATATTATCTAAAAGTCCACAACAGGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAAACATACTGGGGAGAAACCCTTTGAGTGTCCCAAATGTGGGAAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105310 GAAACATACTGGGGAGAAACCCTTTGAGTGTCCCAAATGTGGGAAGTGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACTTTCGGAAGGAGAACCTCCTGGAGCATGAAGCCCGGAATTGCATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105360 ACTTTCGGAAGGAGAACCTCCTGGAGCATGAAGCCCGGAATTGCATGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGCTCGGAACAG         GTCTTCACGTGCTCTGTGTGCCAGGAGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105410 CGCTCGGAACAGGTA...CAGGTCTTCACGTGCTCTGTGTGCCAGGAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATTCCGCCGAAGGATGGAGCTGCGGGTGCACATGGTGTCTCACACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106115 ATTCCGCCGAAGGATGGAGCTGCGGGTGCACATGGTGTCTCACACAGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGATGCCCTACAAG         TGTTCCTCCTGCTCCCAGCAGTTCATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106165 AGATGCCCTACAAGGTC...CAGTGTTCCTCCTGCTCCCAGCAGTTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGAAGAAGGACTTGCAGAGCCACATGATCAAACTTCATGGAGCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106623 CAGAAGAAGGACTTGCAGAGCCACATGATCAAACTTCATGGAGCCCCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCCCCATGCA         TGCCCCACCTGTGCCAAGTGCTTCCTGTCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106673 GCCCCATGCAGTA...CAGTGCCCCACCTGTGCCAAGTGCTTCCTGTCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GGACAGAGCTGCAGCTGCATGAAGCTTTCAAGCACCGTGGTGAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106900 GGACAGAGCTGCAGCTGCATGAAGCTTTCAAGCACCGTGGTGAGAAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTTGTGTGTGAGGAGTGTGGGCACCGGGCCTCGAGCCGGAATGGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106950 TTTGTGTGTGAGGAGTGTGGGCACCGGGCCTCGAGCCGGAATGGCCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GATGCACATCAAGGCCAAGCACAG         GAATGAGAGGCCACACG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107000 GATGCACATCAAGGCCAAGCACAGGTG...CAGGAATGAGAGGCCACACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TATGTGAGTTCTGCAGCCACGCCTTCACCCAAAAGGCCAATCTCAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107468 TATGTGAGTTCTGCAGCCACGCCTTCACCCAAAAGGCCAATCTCAACATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CACCTGCGCACACACACGGGTGAGAAGCCCTTCCAGTGCCACCTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107518 CACCTGCGCACACACACGGGTGAGAAGCCCTTCCAGTGCCACCTCTGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CAAGACCTTCCGAACCCAAG         CCAGCCTGGACAAGCACAACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107568 CAAGACCTTCCGAACCCAAGGTG...CAGCCAGCCTGGACAAGCACAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GCACCCACACCGGGGAAAGGCCCTTCAGTTGCGAGTTCTGTGAACAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107690 GCACCCACACCGGGGAAAGGCCCTTCAGTTGCGAGTTCTGTGAACAGCGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TTCACTGAGAAGGGGCCCCTCCTGAGGCACGTGGCCAGCCGCCATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107740 TTCACTGAGAAGGGGCCCCTCCTGAGGCACGTGGCCAGCCGCCATCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GGGCCGGCCCCACTTCTGCCAGATATGCGGCAAGACCTTCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107790 GGGCCGGCCCCACTTCTGCCAGATATGCGGCAAGACCTTCAAAGGTA...

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682    CCGTGGAGCAACTGCGTGTGCACGTCAGACGGCACAAGGGGGTGAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108144 CAGCCGTGGAGCAACTGCGTGTGCACGTCAGACGGCACAAGGGGGTGAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AAGTTTGAGTGCACCGAGTGTGGCTACAAGTTTACCCGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108194 AAGTTTGAGTGCACCGAGTGTGGCTACAAGTTTACCCGACAGGTA...CA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1771  GCCCACCTGCGGAGGCACATGGAGATCCACGACCGGGTAGAGAACTACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108306 GGCCCACCTGCGGAGGCACATGGAGATCCACGACCGGGTAGAGAACTACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 ACCCGCGGCAGCGCAAGCTCCGCAACCTGATCATCGAGGACGAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108356 ACCCGCGGCAGCGCAAGCTCCGCAACCTGATCATCGAGGACGAGAAGATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GTGGTGGTGGCGCTGCAGCCGCCTGCAGAGCTGGAGGTGGGCTCGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108406 GTGGTGGTGGCGCTGCAGCCGCCTGCAGAGCTGGAGGTGGGCTCGGCGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GGTCATTGTGGAGTCCCTGGCCCAGGGCGGCCTGGCCTCCCAGCTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108456 GGTCATTGTGGAGTCCCTGGCCCAGGGCGGCCTGGCCTCCCAGCTCCCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GCCAGAGACTGTGTGCAGAGGAGAGCTTCACCGGCCCAGGTGTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108506 GCCAGAGACTGTGTGCAGAGGAGAGCTTCACCGGCCCAGGTGTCCTGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2020 CCCTCCCTCATCATCACAGCTGCTGTCCCCGAGGACTGTGACACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108556 CCCTCCCTCATCATCACAGCTGCTGTCCCCGAGGACTGTGACACA