seq1 = pF1KB6249.tfa, 2268 bp
seq2 = pF1KB6249/gi568815590f_42172101.tfa (gi568815590f:42172101_42430976), 258876 bp

>pF1KB6249 2268
>gi568815590f:42172101_42430976 (Chr8)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-200  (116534-116628)   100% ->
201-318  (118056-118173)   100% ->
319-388  (121343-121412)   100% ->
389-477  (133087-133175)   100% ->
478-567  (134243-134332)   100% ->
568-692  (136801-136925)   100% ->
693-800  (142222-142329)   100% ->
801-930  (144110-144239)   100% ->
931-1125  (144610-144804)   100% ->
1126-1240  (145557-145671)   100% ->
1241-1364  (146452-146575)   100% ->
1365-1516  (147170-147321)   100% ->
1517-1578  (147485-147546)   100% ->
1579-1688  (148635-148744)   100% ->
1689-1738  (149796-149845)   100% ->
1739-1838  (149954-150053)   100% ->
1839-1986  (150247-150394)   100% ->
1987-2114  (153870-153997)   100% ->
2115-2205  (157024-157114)   100% ->
2206-2268  (158814-158876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTGGTCACCTTCCCTGACAACGCAGACATGTGGGGCCTGGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTGGTCACCTTCCCTGACAACGCAGACATGTGGGGCCTGGGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGAGCGCCTTGGGACAGGGGGATTTGGAAATGTCATCCGATGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAGAGCGCCTTGGGACAGGGGGATTTGGAAATGTCATCCGATGGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCAG         GAAACAGGTGAGCAGATTGCCATCAAGCAGTGCCGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCAGGTA...TAGGAAACAGGTGAGCAGATTGCCATCAAGCAGTGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAGCTCAGCCCCCGGAACCGAGAGCGGTGGTGCCTGGAGATCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116570 CAGGAGCTCAGCCCCCGGAACCGAGAGCGGTGGTGCCTGGAGATCCAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGAGAAG         GCTGACCCACCCCAATGTGGTGGCTGCCCGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116620 CATGAGAAGGTG...TAGGCTGACCCACCCCAATGTGGTGGCTGCCCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTCCCTGAGGGGATGCAGAACTTGGCGCCCAATGACCTGCCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118088 ATGTCCCTGAGGGGATGCAGAACTTGGCGCCCAATGACCTGCCCCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCATGGAGTACTGCCAAGGAGGAGATCTCCGGAAG         TACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118138 GCCATGGAGTACTGCCAAGGAGGAGATCTCCGGAAGGTG...CAGTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAACCAGTTTGAGAACTGCTGTGGTCTGCGGGAAGGTGCCATCCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121348 GAACCAGTTTGAGAACTGCTGTGGTCTGCGGGAAGGTGCCATCCTCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCTGAGTGACATTG         CCTCTGCGCTTAGATACCTTCATGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121398 TGCTGAGTGACATTGGTA...CAGCCTCTGCGCTTAGATACCTTCATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACAGAATCATCCATCGGGATCTAAAGCCAGAAAACATCGTCCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133113 AACAGAATCATCCATCGGGATCTAAAGCCAGAAAACATCGTCCTGCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGGAGAACAGAGG         TTAATACACAAAATTATTGACCTAGGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 133163 AGGAGAACAGAGGGTA...TAGTTAATACACAAAATTATTGACCTAGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGCCAAGGAGCTGGATCAGGGCAGTCTTTGCACATCATTCGTGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134271 ATGCCAAGGAGCTGGATCAGGGCAGTCTTTGCACATCATTCGTGGGGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGCAGTACCTG         GCCCCAGAGCTACTGGAGCAGCAGAAGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134321 CTGCAGTACCTGGTA...CAGGCCCCAGAGCTACTGGAGCAGCAGAAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CACAGTGACCGTCGACTACTGGAGCTTCGGCACCCTGGCCTTTGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136830 CACAGTGACCGTCGACTACTGGAGCTTCGGCACCCTGGCCTTTGAGTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCACGGGCTTCCGGCCCTTCCTCCCCAACTGGCAGCCCGTGCAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 136880 TCACGGGCTTCCGGCCCTTCCTCCCCAACTGGCAGCCCGTGCAGTGGTG.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    693      GCATTCAAAAGTGCGGCAGAAGAGTGAGGTGGACATTGTTGTTAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136930 ..CAGGCATTCAAAAGTGCGGCAGAAGAGTGAGGTGGACATTGTTGTTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGAAGACTTGAATGGAACGGTGAAGTTTTCAAGCTCTTTACCCTACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142267 CGAAGACTTGAATGGAACGGTGAAGTTTTCAAGCTCTTTACCCTACCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATAATCTTAACAG         TGTCCTGGCTGAGCGACTGGAGAAGTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 142317 ATAATCTTAACAGGTA...CAGTGTCCTGGCTGAGCGACTGGAGAAGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGCAACTGATGCTGATGTGGCACCCCCGACAGAGGGGCACGGATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144138 CTGCAACTGATGCTGATGTGGCACCCCCGACAGAGGGGCACGGATCCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTATGGGCCCAATGGCTGCTTCAAGGCCCTGGATGACATCTTAAACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144188 GTATGGGCCCAATGGCTGCTTCAAGGCCCTGGATGACATCTTAAACTTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AG         CTGGTTCATATCTTGAACATGGTCACGGGCACCATCCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144238 AGGTG...CAGCTGGTTCATATCTTGAACATGGTCACGGGCACCATCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACCTACCCTGTGACAGAGGATGAGAGTCTGCAGAGCTTGAAGGCCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144649 ACCTACCCTGTGACAGAGGATGAGAGTCTGCAGAGCTTGAAGGCCAGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCAACAGGACACGGGCATCCCAGAGGAGGACCAGGAGCTGCTGCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144699 CCAACAGGACACGGGCATCCCAGAGGAGGACCAGGAGCTGCTGCAGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGGGCCTGGCGTTGATCCCCGATAAGCCTGCCACTCAGTGTATTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144749 CGGGCCTGGCGTTGATCCCCGATAAGCCTGCCACTCAGTGTATTTCAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGCAAG         TTAAATGAGGGCCACACATTGGACATGGATCTTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144799 GGCAAGGTG...CAGTTAAATGAGGGCCACACATTGGACATGGATCTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTTTCTCTTTGACAACAGTAAAATCACCTATGAGACTCAGATCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145592 TTTTCTCTTTGACAACAGTAAAATCACCTATGAGACTCAGATCTCCCCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGCCCCAACCTGAAAGTGTCAGCTGTATCC         TTCAAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 145642 GGCCCCAACCTGAAAGTGTCAGCTGTATCCGTA...CAGTTCAAGAGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGAGGAATCTCGCCTTCTTCCAGCTGAGGAAGGTGTGGGGCCAGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146463 AAGAGGAATCTCGCCTTCTTCCAGCTGAGGAAGGTGTGGGGCCAGGTCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCACAGCATCCAGACCCTGAAGGAAGATTGCAACCGGCTGCAGCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146513 GCACAGCATCCAGACCCTGAAGGAAGATTGCAACCGGCTGCAGCAGGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGCGAGCCGCCAT         GATGAATCTCCTCCGAAACAACAGCTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 146563 AGCGAGCCGCCATGTA...CAGGATGAATCTCCTCCGAAACAACAGCTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTCTCCAAAATGAAGAATTCCATGGCTTCCATGTCTCAGCAGCTCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147198 CTCTCCAAAATGAAGAATTCCATGGCTTCCATGTCTCAGCAGCTCAAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CAAGTTGGATTTCTTCAAAACCAGCATCCAGATTGACCTGGAGAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147248 CAAGTTGGATTTCTTCAAAACCAGCATCCAGATTGACCTGGAGAAGTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCGAGCAAACCGAGTTTGGGATCA         CATCAGATAAACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 147298 GCGAGCAAACCGAGTTTGGGATCAGTG...CAGCATCAGATAAACTGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CTGGCCTGGAGGGAAATGGAGCAGGCTGTGGAGCTCTGTGGGCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 147502 CTGGCCTGGAGGGAAATGGAGCAGGCTGTGGAGCTCTGTGGGCGGGTA..

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579     GAGAACGAAGTGAAACTCCTGGTAGAACGGATGATGGCTCTGCAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147552 .TAGGAGAACGAAGTGAAACTCCTGGTAGAACGGATGATGGCTCTGCAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCGACATTGTGGACTTACAGAGGAGCCCCATGGGCCGGAAGCAGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148681 CCGACATTGTGGACTTACAGAGGAGCCCCATGGGCCGGAAGCAGGGGGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACGCTGGACGACCT         AGAGGAGCAAGCAAGGGAGCTGTACAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 148731 ACGCTGGACGACCTGTG...TAGAGAGGAGCAAGCAAGGGAGCTGTACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GAGACTAAGGGAAAAACCTCGAG         ACCAGCGAACTGAGGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 149823 GAGACTAAGGGAAAAACCTCGAGGTA...CAGACCAGCGAACTGAGGGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ACAGTCAGGAAATGGTACGGCTGCTGCTTCAGGCAATTCAGAGCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149972 ACAGTCAGGAAATGGTACGGCTGCTGCTTCAGGCAATTCAGAGCTTCGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 AAGAAAGTGCGAGTGATCTATACGCAGCTCAG         TAAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 150022 AAGAAAGTGCGAGTGATCTATACGCAGCTCAGGTA...CAGTAAAACTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 GGTTTGCAAGCAGAAGGCGCTGGAACTGTTGCCCAAGGTGGAAGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150256 GGTTTGCAAGCAGAAGGCGCTGGAACTGTTGCCCAAGGTGGAAGAGGTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TGAGCTTAATGAATGAGGATGAGAAGACTGTTGTCCGGCTGCAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150306 TGAGCTTAATGAATGAGGATGAGAAGACTGTTGTCCGGCTGCAGGAGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CGGCAGAAGGAGCTCTGGAATCTCCTGAAGATTGCTTGT         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 150356 CGGCAGAAGGAGCTCTGGAATCTCCTGAAGATTGCTTGTGTG...TAGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CAAGGTCCGTGGTCCTGTCAGTGGAAGCCCGGATAGCATGAATGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153872 CAAGGTCCGTGGTCCTGTCAGTGGAAGCCCGGATAGCATGAATGCCTCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 GACTTAGCCAGCCTGGGCAGCTGATGTCTCAGCCCTCCACGGCCTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153922 GACTTAGCCAGCCTGGGCAGCTGATGTCTCAGCCCTCCACGGCCTCCAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AGCTTACCTGAGCCAGCCAAGAAGAG         TGAAGAACTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 153972 AGCTTACCTGAGCCAGCCAAGAAGAGGTA...TAGTGAAGAACTGGTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 TGAAGCACATAACCTCTGCACCCTGCTAGAAAATGCCATACAGGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157039 TGAAGCACATAACCTCTGCACCCTGCTAGAAAATGCCATACAGGACACTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 TGAGGGAACAAGACCAGAGTTTCACG         GCCCTAGACTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 157089 TGAGGGAACAAGACCAGAGTTTCACGGTA...CAGGCCCTAGACTGGAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2221 TGGTTACAGACGGAAGAAGAAGAGCACAGCTGCCTGGAGCAGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158829 TGGTTACAGACGGAAGAAGAAGAGCACAGCTGCCTGGAGCAGGCCTCA