seq1 = pF1KB6248.tfa, 2043 bp
seq2 = pF1KB6248/gi568815578r_52052149.tfa (gi568815578r:52052149_52291636), 239488 bp

>pF1KB6248 2043
>gi568815578r:52052149_52291636 (Chr20)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-286  (104566-104805)   100% ->
287-448  (125612-125773)   100% ->
449-511  (126880-126942)   100% ->
512-763  (131263-131514)   100% ->
764-2043  (138209-139488)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGCGAGCAGCGAGGGCGAGAGCTTCGCGGGCTCGGTGCAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGAACGCGAGCAGCGAGGGCGAGAGCTTCGCGGGCTCGGTGCAAAGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      TTCCAGGTGGCACAACGGTGCTGGTGGAGCTGACTCCCGACATCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..GAGTTCCAGGTGGCACAACGGTGCTGGTGGAGCTGACTCCCGACATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATATCTGCGGCATCTGCAAGCAGCAGTTTAACAACCTGGATGCCTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104611 ATATCTGCGGCATCTGCAAGCAGCAGTTTAACAACCTGGATGCCTTTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCACAAGCAAAGTGGCTGCCAGCTGACAGGCACATCCGCAGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104661 GCTCACAAGCAAAGTGGCTGCCAGCTGACAGGCACATCCGCAGCAGCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCACGGTCCAGTTTGTATCGGAGGAAACAGTGCCTGCCACCCAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104711 CAGCACGGTCCAGTTTGTATCGGAGGAAACAGTGCCTGCCACCCAGACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACCACCACCAGAACCATCACCTCGGAGACCCAGACAATCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104761 AGACCACCACCAGAACCATCACCTCGGAGACCCAGACAATCACAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     TTTCAGCTCCAGAATTTGTTTTTGAACATGGCTATCAAACTTACCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104811 .TAGTTTCAGCTCCAGAATTTGTTTTTGAACATGGCTATCAAACTTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCCACGGAAAGTAATGAAAACCAGACAGCCACTGTCATCTCTCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125658 GCCCACGGAAAGTAATGAAAACCAGACAGCCACTGTCATCTCTCTCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAGTCACGCACCAAAAAGCCCACAACACCACCTGCTCAGAAAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125708 CCAAGTCACGCACCAAAAAGCCCACAACACCACCTGCTCAGAAAAGGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACTGTTGCTATCCAG         GTTGCCAATTCAAGACTGCTTATGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 125758 AACTGTTGCTATCCAGGTA...TAGGTTGCCAATTCAAGACTGCTTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGAAGGACATGGAGCGGCATTTAAAAATTCACACGG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126905 CATGAAGGACATGGAGCGGCATTTAAAAATTCACACGGGTA...AAGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAAACCCCATAAGTGTGAAGTCTGTGGCAAGTGCTTTAGCCGGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131266 ACAAACCCCATAAGTGTGAAGTCTGTGGCAAGTGCTTTAGCCGGAAAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGCTGAAAACTCACATGCGGTGCCACACGGGCGTGAAGCCCTACAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131316 AAGCTGAAAACTCACATGCGGTGCCACACGGGCGTGAAGCCCTACAAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAGACGTGTGACTACGCCGCTGCCGACAGCAGCAGCCTCAACAAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131366 TAAGACGTGTGACTACGCCGCTGCCGACAGCAGCAGCCTCAACAAGCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAGGATCCACTCGGACGAGCGGCCCTTCAAATGCCAGATCTGCCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131416 TGAGGATCCACTCGGACGAGCGGCCCTTCAAATGCCAGATCTGCCCCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCAGCCGCAACTCCAGCCAGCTCACTGTCCACCTGCGATCCCACACGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131466 GCCAGCCGCAACTCCAGCCAGCTCACTGTCCACCTGCGATCCCACACGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764         GGGACGCCCCCTTCCAGTGCTGGCTCTGTAGCGCCAAGTTCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131516 TG...CAGGGGACGCCCCCTTCCAGTGCTGGCTCTGTAGCGCCAAGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAATCAGCTCGGACTTGAAAAGGCACATGCGGGTGCACTCGGGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138251 AAATCAGCTCGGACTTGAAAAGGCACATGCGGGTGCACTCGGGGGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCTTTCAAGTGCGAGTTCTGCAATGTCCGCTGCACCATGAAGGGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138301 CCTTTCAAGTGCGAGTTCTGCAATGTCCGCTGCACCATGAAGGGGAACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAAGTCGCACATCCGTATCAAGCACAGCGGGAATAACTTCAAGTGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138351 CAAGTCGCACATCCGTATCAAGCACAGCGGGAATAACTTCAAGTGTCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATTGCGACTTCCTGGGTGACAGCAAAGCCACCCTCCGGAAGCACAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138401 ATTGCGACTTCCTGGGTGACAGCAAAGCCACCCTCCGGAAGCACAGCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTGCACCAGTCGGAGCATCCTGAGAAGTGCTCGGAATGCAGCTACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138451 GTGCACCAGTCGGAGCATCCTGAGAAGTGCTCGGAATGCAGCTACTCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTCCAGCAAGGCCGCCCTGCGCATCCACGAGCGTATCCACTGCACCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138501 CTCCAGCAAGGCCGCCCTGCGCATCCACGAGCGTATCCACTGCACCGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCCCTTTCAAGTGCAACTACTGCAGCTTCGACACCAAACAGCCCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138551 GCCCTTTCAAGTGCAACTACTGCAGCTTCGACACCAAACAGCCCAGCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGAGCAAGCACATGAAGAAGTTCCATGGGGACATGGTTAAGACTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138601 CTGAGCAAGCACATGAAGAAGTTCCATGGGGACATGGTTAAGACTGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TCTAGAGAGGAAGGACACCGGCAGGCAGAGCAGCCGGCAGGTGGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138651 TCTAGAGAGGAAGGACACCGGCAGGCAGAGCAGCCGGCAGGTGGCCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGGATGCCAAGAAGAGTTTCCACTGCGATATATGCGATGCCTCCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138701 TGGATGCCAAGAAGAGTTTCCACTGCGATATATGCGATGCCTCCTTCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CGGGAGGACTCGCTCCGCAGCCACAAGAGACAGCACAGTGAGTACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138751 CGGGAGGACTCGCTCCGCAGCCACAAGAGACAGCACAGTGAGTACAGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GAGTAAGAACTCGGACGTGACCGTTCTCCAGTTTCAGATCGACCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138801 GAGTAAGAACTCGGACGTGACCGTTCTCCAGTTTCAGATCGACCCCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGCAGCCCGCCACGCCCCTCACTGTGGGACACCTCCAGGTGCCCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138851 AGCAGCCCGCCACGCCCCTCACTGTGGGACACCTCCAGGTGCCCCTCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CCCAGCCAAGTGCCCCAGTTCAGCGAGGGAAGAGTCAAAATCATCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138901 CCCAGCCAAGTGCCCCAGTTCAGCGAGGGAAGAGTCAAAATCATCGTTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GCATCAGGTGCCCCAGGCGAACACCATCGTCCAGGCTGCCGCCGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138951 GCATCAGGTGCCCCAGGCGAACACCATCGTCCAGGCTGCCGCCGCTGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TGAACATCGTCCCGCCTGCCTTGGTGGCCCAGAACCCAGAGGAACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139001 TGAACATCGTCCCGCCTGCCTTGGTGGCCCAGAACCCAGAGGAACTCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GGGAACAGCCGGCTGCAGATCCTGCGCCAGGTCAGTCTGATCGCCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139051 GGGAACAGCCGGCTGCAGATCCTGCGCCAGGTCAGTCTGATCGCCCCCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TCAGTCCTCGCGGTGTCCGAGCGAGGCGGGCGCAATGACCCAGCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139101 TCAGTCCTCGCGGTGTCCGAGCGAGGCGGGCGCAATGACCCAGCCGGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TCCTGCTGACCACCCACGAGCAGACGGACGGAGCCACTCTGCACCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139151 TCCTGCTGACCACCCACGAGCAGACGGACGGAGCCACTCTGCACCAGACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CTCATCCCCACGGCCTCAGGTGGCCCCCAGGAAGGCTCTGGCAATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139201 CTCATCCCCACGGCCTCAGGTGGCCCCCAGGAAGGCTCTGGCAATCAAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TTTCATTACCAGTTCGGGTATTACTTGCACTGACTTTGAAGGCCTAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139251 TTTCATTACCAGTTCGGGTATTACTTGCACTGACTTTGAAGGCCTAAACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 CCTTGATTCAGGAGGGGACAGCAGAAGTGACAGTGGTGAGCGATGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139301 CCTTGATTCAGGAGGGGACAGCAGAAGTGACAGTGGTGAGCGATGGAGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CAGAACATCGCAGTGGCCACCACAGCGCCACCGGTCTTCTCCTCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139351 CAGAACATCGCAGTGGCCACCACAGCGCCACCGGTCTTCTCCTCCTCTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CCAGCAAGAACTACCCAAGCAGACCTACTCCATCATTCAAGGGGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139401 CCAGCAAGAACTACCCAAGCAGACCTACTCCATCATTCAAGGGGCAGCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .
   2006 ATCCAGCTTTGCTCTGTCCCGCCGACTCCATTCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139451 ATCCAGCTTTGCTCTGTCCCGCCGACTCCATTCCAGAT