seq1 = pF1KB6247.tfa, 2262 bp
seq2 = pF1KB6247/gi568815595f_44457048.tfa (gi568815595f:44457048_44671372), 214325 bp

>pF1KB6247 2262
>gi568815595f:44457048_44671372 (Chr3)

1-423  (100001-100423)   100% ->
424-592  (108440-108608)   100% ->
593-684  (110865-110956)   100% ->
685-811  (111260-111386)   100% ->
812-2262  (112875-114325)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACTGCAGGCAGGGGAAATTTAGGCCTCATCCCCAGGAGCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACTGCAGGCAGGGGAAATTTAGGCCTCATCCCCAGGAGCACTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCAGAAGCAAGAGGGGCGCCTGACTGTGAAGCAGGAGCCAGCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCAGAAGCAAGAGGGGCGCCTGACTGTGAAGCAGGAGCCAGCAAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACCTGGGGGCAGGGCAGCAGTCTCCAGAAGAACTATCCTCCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGACCTGGGGGCAGGGCAGCAGTCTCCAGAAGAACTATCCTCCTGTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAATCTTCCGGCTACACTTCAGGCAATTGTGTTACCACGAGATGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAATCTTCCGGCTACACTTCAGGCAATTGTGTTACCACGAGATGTCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGCAGGAAGCATTGAGCCGGCTTCGGGAGCTCTGCCGCTGGTGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCGCAGGAAGCATTGAGCCGGCTTCGGGAGCTCTGCCGCTGGTGGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCAGAGGTGCACACCAAGGAGCAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCAGAGGTGCACACCAAGGAGCAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTTCCTGAGCATCCTCCCTGGGGAGCTCCGGACCTGGGTGCAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTTCCTGAGCATCCTCCCTGGGGAGCTCCGGACCTGGGTGCAGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCACCCTGAGAGTGGTGAGGAGGCTGTGGCTGTGGTGGAGGATTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCACCCTGAGAGTGGTGAGGAGGCTGTGGCTGTGGTGGAGGATTTCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GACACCTCAGTGGATCAGAGGAG         GTTTCAGCCCCAGCACAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100401 GACACCTCAGTGGATCAGAGGAGGTG...TAGGTTTCAGCCCCAGCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAACAGGAAATGCATTTTGAGGAGACAACAGCTCTGGGTACAACAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108458 AAACAGGAAATGCATTTTGAGGAGACAACAGCTCTGGGTACAACAAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATCTCCTCCTACCTCACCCCTCAGTGGGGGCTCAGCCCCTGGAGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108508 ATCTCCTCCTACCTCACCCCTCAGTGGGGGCTCAGCCCCTGGAGCCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGAGCCTCCTTATGACCCAGGGACACACCACCTCCCCAGTGGGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108558 TGGAGCCTCCTTATGACCCAGGGACACACCACCTCCCCAGTGGGGACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 G         CTCAATGTACTTCTCCAGTTCCTACCCTTCCTCAAGTGGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108608 GGTA...CAGCTCAATGTACTTCTCCAGTTCCTACCCTTCCTCAAGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAACTCAGGAGACCAAGCAGGGGCAACTGTACTTCGGATGGTCAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110905 GAACTCAGGAGACCAAGCAGGGGCAACTGTACTTCGGATGGTCAGGCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AG         GATACTGTGGCATATGAGGACCTATCTGTAGACTACACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110955 AGGTG...CAGGATACTGTGGCATATGAGGACCTATCTGTAGACTACACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGAAGAAATGGAAAAGTCTCACACTCAGTCAGAGAGCCCTGCAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111299 CAGAAGAAATGGAAAAGTCTCACACTCAGTCAGAGAGCCCTGCAGTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATGATGCCAGAAAATCACCATAGCATGGCCTCCTTGG         CAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111349 CATGATGCCAGAAAATCACCATAGCATGGCCTCCTTGGGTA...CAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGAGAACATGATGAAGGGTTCAGAGTTGACTCCAAAGCAGGAATTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112878 GTGAGAACATGATGAAGGGTTCAGAGTTGACTCCAAAGCAGGAATTTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAAGGATCAGAGTCATCTAACAGGACATCAGGGGGACTCTTTGGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112928 AAAGGATCAGAGTCATCTAACAGGACATCAGGGGGACTCTTTGGGGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCCTGGGGCAGCAGAGACTGGAGATGTTTGTGAAGATACTTTCAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112978 TCCTGGGGCAGCAGAGACTGGAGATGTTTGTGAAGATACTTTCAAGGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TAGAAGGACAAACCTCAGATGAAGAAGGGAGCAGACTAGAAAATGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113028 TAGAAGGACAAACCTCAGATGAAGAAGGGAGCAGACTAGAAAATGATTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTGGAAATAACAGATGAAGATAAGAAAAAATCCACAAAAGACAGATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113078 TTGGAAATAACAGATGAAGATAAGAAAAAATCCACAAAAGACAGATATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAAATATAAGGAAGTTGGGGAACATCCACCTCTGTCTTCCAGTCCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113128 CAAATATAAGGAAGTTGGGGAACATCCACCTCTGTCTTCCAGTCCTGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AACATGAAGGAGTTTTAAAGGGACAGAAATCCTATCGATGTGATGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113178 AACATGAAGGAGTTTTAAAGGGACAGAAATCCTATCGATGTGATGAATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GGCAAAGCTTTCAATCGGAGTTCTCACCTTATTGGCCATCAGAGAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113228 GGCAAAGCTTTCAATCGGAGTTCTCACCTTATTGGCCATCAGAGAATCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAATGAGTGTGGGAAGACCTTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113278 CACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAATGAGTGTGGGAAGACCTTCAGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAACCTCCCAGCTCATTGTTCATCTCAGAACCCACACAGGGGAAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113328 AAACCTCCCAGCTCATTGTTCATCTCAGAACCCACACAGGGGAAAAACCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TATGAATGCAGTGAGTGTGGAAAGGCCTATAGGCACAGCTCCCATCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113378 TATGAATGCAGTGAGTGTGGAAAGGCCTATAGGCACAGCTCCCATCTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TCAACACCAGAGACTCCATAATGGGGAGAAACCCTATAAATGTAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113428 TCAACACCAGAGACTCCATAATGGGGAGAAACCCTATAAATGTAATGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GTGCAAAAGCCTTTACTCAGAGTTCCCGACTCACTGACCACCAGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113478 GTGCAAAAGCCTTTACTCAGAGTTCCCGACTCACTGACCACCAGAGAACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CATACTGGGGAGAAACCTTATGAATGCAATGAGTGTGGAGAGGCATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113528 CATACTGGGGAGAAACCTTATGAATGCAATGAGTGTGGAGAGGCATTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TCGAAGCAAAAGTCTTGCTCGACATCAGGTCCTGCACACTGGTAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113578 TCGAAGCAAAAGTCTTGCTCGACATCAGGTCCTGCACACTGGTAAGAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CTTACAAATGCAATGAGTGTGGGAGAGCATTCTGTTCCAATAGAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113628 CTTACAAATGCAATGAGTGTGGGAGAGCATTCTGTTCCAATAGAAATCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ATTGACCATCAGAGAATCCACACTGGGGAGAAGCCTTATGAGTGTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113678 ATTGACCATCAGAGAATCCACACTGGGGAGAAGCCTTATGAGTGTAGTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 ATGTGGCAAAGCCTTCAGTCGGAGTAAATGTCTTATTCGACATCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113728 ATGTGGCAAAGCCTTCAGTCGGAGTAAATGTCTTATTCGACATCAGAGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TCCATACTGGGGAAAAGCCATACAAATGTAGTGAATGTGGGAAAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113778 TCCATACTGGGGAAAAGCCATACAAATGTAGTGAATGTGGGAAAGCCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 AATCAGAACTCTCAACTCATTGAGCATGAGCGAATTCATACTGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113828 AATCAGAACTCTCAACTCATTGAGCATGAGCGAATTCATACTGGAGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 ACCTTTTGAATGTAGCGAGTGTGGTAAGGCATTTGGTCTGAGTAAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113878 ACCTTTTGAATGTAGCGAGTGTGGTAAGGCATTTGGTCTGAGTAAATGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TTATTCGGCACCAGAGACTTCACACGGGTGAAAAGCCCTATAAATGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113928 TTATTCGGCACCAGAGACTTCACACGGGTGAAAAGCCCTATAAATGCAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GAGTGTGGAAAATCCTTCAATCAAAACTCACACCTTATTATACACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113978 GAGTGTGGAAAATCCTTCAATCAAAACTCACACCTTATTATACACCAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 AATTCACACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAATGAGTGTGGGAAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114028 AATTCACACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAATGAGTGTGGGAAGGTAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 TCAGTTATAGCTCCAGCCTTATGGTACATCAGAGAACCCATACTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114078 TCAGTTATAGCTCCAGCCTTATGGTACATCAGAGAACCCATACTGGGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 AAACCCTATAAATGCAATGATTGTGGGAAAGCTTTTAGTGACAGCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114128 AAACCCTATAAATGCAATGATTGTGGGAAAGCTTTTAGTGACAGCTCACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 GCTTATTGTACACCAGAGAGTCCACACCGGAGAGAAACCTTATGAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114178 GCTTATTGTACACCAGAGAGTCCACACCGGAGAGAAACCTTATGAATGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 GTGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTCAGCGTTCCACTTTTAATCACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114228 GTGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTCAGCGTTCCACTTTTAATCACCACCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2215 CGAACTCACACTGGAGAGAAGTCCTCAGGTCTGGCTTGGTCAGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114278 CGAACTCACACTGGAGAGAAGTCCTCAGGTCTGGCTTGGTCAGTTTCT