seq1 = pF1KB6242.tfa, 2061 bp
seq2 = pF1KB6242/gi568815593r_58874667.tfa (gi568815593r:58874667_59456846), 582180 bp

>pF1KB6242 2061
>gi568815593r:58874667_59456846 (Chr5)

(complement)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-281  (240879-241070)   100% ->
282-318  (263311-263347)   100% ->
319-392  (271585-271658)   100% ->
393-442  (276203-276252)   100% ->
443-555  (417876-417988)   100% ->
556-649  (463382-463475)   100% ->
650-822  (464843-465015)   100% ->
823-921  (465945-466043)   100% ->
922-1086  (466928-467092)   100% ->
1087-1186  (468255-468354)   100% ->
1187-1341  (479502-479656)   100% ->
1342-1464  (480375-480497)   100% ->
1465-1647  (481008-481190)   100% ->
1648-2061  (481767-482180)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTTGTTTGGGATCCTCTGGGAGCCACGGTGCCAGGACCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTTGTTTGGGATCCTCTGGGAGCCACGGTGCCAGGACCATCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGAGCCAAATCAAGATTGCGTTTCTCAAAGTCCTACAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 AAGAGCCAAATCAAGATTGCGTTTCTCAAAGTCCTACAGGTA...CAGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGATGTGGACAATGGCACATCTGCGGGACGGAGTCCCTTGGATCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240881 TTGATGTGGACAATGGCACATCTGCGGGACGGAGTCCCTTGGATCCCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAGCCCAGGATCCGGGCTAATTCTCCAAGCAAATTTTGTCCACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240931 ACCAGCCCAGGATCCGGGCTAATTCTCCAAGCAAATTTTGTCCACAGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACGACGGGAGTCCTTCCTGTATCGATCCGACAGCGATTATGACCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240981 ACGACGGGAGTCCTTCCTGTATCGATCCGACAGCGATTATGACCTCTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAAGTCTATGTCCCGGAACTCCTCCATTGCCAGTGATAT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 241031 CAAAGTCTATGTCCCGGAACTCCTCCATTGCCAGTGATATGTA...CAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACGGAGATGACTTGATTGTGACTCCATTTGCTCAG         GTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 263312 CACGGAGATGACTTGATTGTGACTCCATTTGCTCAGGTA...TAGGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCAGTCTGCGAACTGTACGAAACAACTTTGCTGCATTAACTAATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271590 GGCCAGTCTGCGAACTGTACGAAACAACTTTGCTGCATTAACTAATTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATCGAGCACCTAGCAA         AAGATCACCCATGTGCAACCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 271640 AAGATCGAGCACCTAGCAAGTA...CAGAAGATCACCCATGTGCAACCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCATCCATCAACAAAGCCACCATAACAG         AGGAGGCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 276225 CCATCCATCAACAAAGCCACCATAACAGGTA...CAGAGGAGGCCTACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GAAACTGGCCAGCGAGACCCTGGAGGAGCTGGACTGGTGTCTGGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417889 GAAACTGGCCAGCGAGACCCTGGAGGAGCTGGACTGGTGTCTGGACCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGAGACCCTACAGACCAGGCACTCCGTCAGTGAGATGGCCTCCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417939 TAGAGACCCTACAGACCAGGCACTCCGTCAGTGAGATGGCCTCCAACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556          TTTAAAAGGATGCTTAATCGGGAGCTCACCCATCTCTCTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417989 GTA...CAGTTTAAAAGGATGCTTAATCGGGAGCTCACCCATCTCTCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AATGAGTCGGTCTGGAAATCAAGTGTCAGAGTTTATATCAAACACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463423 AATGAGTCGGTCTGGAAATCAAGTGTCAGAGTTTATATCAAACACATTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAG         ATAAGCAACATGAAGTGGAAATTCCTTCTCCAACTCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463473 TAGGTG...AAGATAAGCAACATGAAGTGGAAATTCCTTCTCCAACTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGGAAAAGGAGAAAAAGAAAAGACCAATGTCTCAGATCAGTGGAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 464881 AAGGAAAAGGAGAAAAAGAAAAGACCAATGTCTCAGATCAGTGGAGTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAATTGATGCACAGCTCTAGTCTGACTAATTCAAGTATCCCAAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 464931 GAAATTGATGCACAGCTCTAGTCTGACTAATTCAAGTATCCCAAGGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGTTAAAACTGAACAAGAAGATGTCCTTGCCAAG         GAACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 464981 GAGTTAAAACTGAACAAGAAGATGTCCTTGCCAAGGTA...CAGGAACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAGATGTGAACAAATGGGGTCTTCATGTTTTCAGAATAGCAGAGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 465951 GAAGATGTGAACAAATGGGGTCTTCATGTTTTCAGAATAGCAGAGTTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGGTAACCGGCCCTTGACTGTTATCATGCACACCATTTTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 466001 TGGTAACCGGCCCTTGACTGTTATCATGCACACCATTTTTCAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   GAACGGGATTTATTAAAAACATTTAAAATTCCAGTAGATACTTTAATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 466926 AGGAACGGGATTTATTAAAAACATTTAAAATTCCAGTAGATACTTTAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACATATCTTATGACTCTCGAAGACCATTACCATGCTGATGTGGCCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 466976 ACATATCTTATGACTCTCGAAGACCATTACCATGCTGATGTGGCCTATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAACAATATCCATGCTGCAGATGTTGTCCAGTCTACTCATGTGCTATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 467026 CAACAATATCCATGCTGCAGATGTTGTCCAGTCTACTCATGTGCTATTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTACACCTGCTTTGGAG         GCTGTGTTTACAGATTTGGAGATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 467076 CTACACCTGCTTTGGAGGTA...CAGGCTGTGTTTACAGATTTGGAGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTTGCAGCAATTTTTGCCAGTGCAATACATGATGTAGATCATCCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468279 CTTGCAGCAATTTTTGCCAGTGCAATACATGATGTAGATCATCCTGGTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTCCAATCAATTTCTGATCAATACAA         ACTCTGAACTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 468329 GTCCAATCAATTTCTGATCAATACAAGTA...CAGACTCTGAACTTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGATGTACAATGATTCCTCAGTCTTAGAGAACCATCATTTGGCTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479517 TGATGTACAATGATTCCTCAGTCTTAGAGAACCATCATTTGGCTGTGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTAAATTGCTTCAGGAAGAAAACTGTGACATTTTCCAGAATTTGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479567 TTTAAATTGCTTCAGGAAGAAAACTGTGACATTTTCCAGAATTTGACCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AAAACAAAGACAATCTTTAAGGAAAATGGTCATTGACATC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 479617 AAAACAAAGACAATCTTTAAGGAAAATGGTCATTGACATCGTA...AAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TACTTGCAACAGATATGTCAAAACACATGAATCTACTGGCTGATTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 480376 TACTTGCAACAGATATGTCAAAACACATGAATCTACTGGCTGATTTGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACTATGGTTGAAACTAAGAAAGTGACAAGCTCTGGAGTTCTTCTTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 480426 ACTATGGTTGAAACTAAGAAAGTGACAAGCTCTGGAGTTCTTCTTCTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TAATTATTCCGATAGGATTCAG         GTTCTTCAGAATATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 480476 TAATTATTCCGATAGGATTCAGGTA...TAGGTTCTTCAGAATATGGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ACTGTGCAGATCTGAGCAACCCAACAAAGCCTCTCCAGCTGTACCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481027 ACTGTGCAGATCTGAGCAACCCAACAAAGCCTCTCCAGCTGTACCGCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TGGACGGACCGGATAATGGAGGAGTTCTTCCGCCAAGGAGACCGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481077 TGGACGGACCGGATAATGGAGGAGTTCTTCCGCCAAGGAGACCGAGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGAACGTGGCATGGAGATAAGCCCCATGTGTGACAAGCACAATGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481127 GGAACGTGGCATGGAGATAAGCCCCATGTGTGACAAGCACAATGCTTCCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGAAAAATCACAG         GTGGGCTTCATAGACTATATTGTTCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 481177 TGGAAAAATCACAGGTA...TAGGTGGGCTTCATAGACTATATTGTTCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CCCCTCTGGGAGACATGGGCAGACCTCGTCCACCCTGACGCCCAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481794 CCCCTCTGGGAGACATGGGCAGACCTCGTCCACCCTGACGCCCAGGATAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TTTGGACACTTTGGAGGACAATCGTGAATGGTACCAGAGCACAATCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481844 TTTGGACACTTTGGAGGACAATCGTGAATGGTACCAGAGCACAATCCCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGAGCCCCTCTCCTGCACCTGATGACCCAGAGGAGGGCCGGCAGGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481894 AGAGCCCCTCTCCTGCACCTGATGACCCAGAGGAGGGCCGGCAGGGTCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ACTGAGAAATTCCAGTTTGAACTAACTTTAGAGGAAGATGGTGAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481944 ACTGAGAAATTCCAGTTTGAACTAACTTTAGAGGAAGATGGTGAGTCAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CACGGAAAAGGACAGTGGCAGTCAAGTGGAAGAAGACACTAGCTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481994 CACGGAAAAGGACAGTGGCAGTCAAGTGGAAGAAGACACTAGCTGCAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACTCCAAGACTCTTTGTACTCAAGACTCAGAGTCTACTGAAATTCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482044 ACTCCAAGACTCTTTGTACTCAAGACTCAGAGTCTACTGAAATTCCCCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GATGAACAGGTTGAAGAGGAGGCAGTAGGGGAAGAAGAGGAAAGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482094 GATGAACAGGTTGAAGAGGAGGCAGTAGGGGAAGAAGAGGAAAGCCAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .
   2025 TGAAGCCTGTGTCATAGATGATCGTTCTCCTGACACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482144 TGAAGCCTGTGTCATAGATGATCGTTCTCCTGACACG