seq1 = pF1KB6241.tfa, 2253 bp
seq2 = pF1KB6241/gi568815578r_25575035.tfa (gi568815578r:25575035_25786126), 211092 bp

>pF1KB6241 2253
>gi568815578r:25575035_25786126 (Chr20)

(complement)

1-27  (99710-99736)   100% ->
28-154  (100005-100131)   99% ->
155-250  (100465-100560)   100% ->
251-2253  (109090-111092)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCTCAGGGAGCCAGGAGACAG         GCTTTCTTGGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99710 ATGGGACCTCAGGGAGCCAGGAGACAGGTG...CAGGCTTTCTTGGCATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGGGATGTCACTGTGGATTTCACCCAGAAGGAATGGAGGCTGCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 TGGGGATGTCACTGTGGATTTCACCCAGAAGGAATGGAGGCTGCTGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCTCAGAGGGCCCTGTACAGGGAGGTGACACTGGAGAACTACAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 CTGCTCAGAGGGCCCTGTACAGGGAGGTGACACTGGAGAACTACAGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAGTCTCACTAG         GAATTCTCCATTCTAAACCAGAACTCAT
        || ||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100119 CTGGTCTCACTAGGTA...CAGGAATTCTCCATTCTAAACCAGAACTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGCGGCTAGAGCAAGGGGAAGTGCCCTGGGGAGAAGAGAGAAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100493 CAGGCGGCTAGAGCAAGGGGAAGTGCCCTGGGGAGAAGAGAGAAGACGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCCAGGCCCCTGTGCAG         GAATATATGCAGAACATGTCCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100543 GGCCAGGCCCCTGTGCAGGTG...CAGGAATATATGCAGAACATGTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGCCCAAGAATCTTGGACTTGCACATCAGAGGCAACAGCAACTACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109113 CGGCCCAAGAATCTTGGACTTGCACATCAGAGGCAACAGCAACTACAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCTGATCAAAGCTTCCAGAGTGACACAGCTGAAGGTCAAGAGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109163 TTCTGATCAAAGCTTCCAGAGTGACACAGCTGAAGGTCAAGAGAAAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAGCACTAAGCCCATGGCATTTTCCAGCCCACCCCTAAGACATGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109213 AAAGCACTAAGCCCATGGCATTTTCCAGCCCACCCCTAAGACATGCAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCTCAAGGAGGAGGAACAGTGTAGTGGAAATAGAGTCTAGTCAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109263 AGCTCAAGGAGGAGGAACAGTGTAGTGGAAATAGAGTCTAGTCAAGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGGGAAAATCCTACAGAAATAGACAAAGTATTGAAAGGAATAGAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109313 GAGGGAAAATCCTACAGAAATAGACAAAGTATTGAAAGGAATAGAAAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAGATGGGGAGCATTCAAGTGTGCAGAGCGTGGGCAAGACTTCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109363 CAAGATGGGGAGCATTCAAGTGTGCAGAGCGTGGGCAAGACTTCAGCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGATGATGGTAATCATACACAAAAAAGCACATTCCAGGCAGAAACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109413 AAGATGATGGTAATCATACACAAAAAAGCACATTCCAGGCAGAAACTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TACATGCAGGGAGTGTCACCAGGGCTTTAGAGATGAGTCAGCATTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109463 TACATGCAGGGAGTGTCACCAGGGCTTTAGAGATGAGTCAGCATTGCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCACCAGAACACACACACAGGAGAGAAGTCCTATGTGTGCAGTGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109513 TGCACCAGAACACACACACAGGAGAGAAGTCCTATGTGTGCAGTGTGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGCGAGGCTTCAGCCTCAAGGCCAACCTCCTCAGACACCAGAGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109563 GGGCGAGGCTTCAGCCTCAAGGCCAACCTCCTCAGACACCAGAGGACACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTCAGGAGAGAAGCCTTTTCTGTGCAAGGTGTGTGGACGAGGCTATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109613 CTCAGGAGAGAAGCCTTTTCTGTGCAAGGTGTGTGGACGAGGCTATACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTAAGTCATACCTCACTGTGCATGAGAGAACACACACAGGAGAGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109663 GTAAGTCATACCTCACTGTGCATGAGAGAACACACACAGGAGAGAAGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TATGAATGCCAGGAGTGTGGGCGAAGGTTTAACGATAAGTCCTCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109713 TATGAATGCCAGGAGTGTGGGCGAAGGTTTAACGATAAGTCCTCATACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAAGCACTTGAAGGCGCATTCAGGGGAGAAGCCTTTTGTGTGCAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109763 CAAGCACTTGAAGGCGCATTCAGGGGAGAAGCCTTTTGTGTGCAAGGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTGGGCGAGGCTATACTAATAAGTCATACTTCGTTGTGCACAAGAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109813 GTGGGCGAGGCTATACTAATAAGTCATACTTCGTTGTGCACAAGAGAATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CACTCAGGAGAGAAGCCTTACAGATGCCAGGAGTGTGGCCGAGGCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109863 CACTCAGGAGAGAAGCCTTACAGATGCCAGGAGTGTGGCCGAGGCTTTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CAATAAGTCACACCTTATCACACACCAGAGGACACACTCAGGGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109913 CAATAAGTCACACCTTATCACACACCAGAGGACACACTCAGGGGAGAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCTTTGCGTGCAGGCAGTGTAAGCAAAGTTTTAGCGTGAAAGGAAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109963 CCTTTGCGTGCAGGCAGTGTAAGCAAAGTTTTAGCGTGAAAGGAAGTCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTCAGACACCAGAGAACACACTCAGGGGAGAAGCCTTTTGTGTGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110013 CTCAGACACCAGAGAACACACTCAGGGGAGAAGCCTTTTGTGTGCAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TTGTGAGCGAAGCTTTAGCCAAAAGTCAACTCTTGTCTACCACCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110063 TTGTGAGCGAAGCTTTAGCCAAAAGTCAACTCTTGTCTACCACCAGAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CACACTCAGGGGAGAAACCTTTTGTTTGTAGAGAATGTGGGCAAGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110113 CACACTCAGGGGAGAAACCTTTTGTTTGTAGAGAATGTGGGCAAGGATTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 ATTCAGAAGTCAACCCTTGTGAAACATCAGATCACACACTCAGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110163 ATTCAGAAGTCAACCCTTGTGAAACATCAGATCACACACTCAGAGGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GCCTTTTGTGTGCAAGGACTGTGGACGAGGCTTTATCCAAAAGTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110213 GCCTTTTGTGTGCAAGGACTGTGGACGAGGCTTTATCCAAAAGTCAACCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCACTTTACACCAGAGGACACACTCAGAGGAGAAGCCTTATGGATGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110263 TCACTTTACACCAGAGGACACACTCAGAGGAGAAGCCTTATGGATGTCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGTGTGGGCGAAGGTTTCGGGATAAGTCCTCCTATAACAAGCACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110313 GAGTGTGGGCGAAGGTTTCGGGATAAGTCCTCCTATAACAAGCACCTGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GGCACACTTGGGTGAGAAACGTTTTTTCTGCAGGGATTGTGGGCGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110363 GGCACACTTGGGTGAGAAACGTTTTTTCTGCAGGGATTGTGGGCGAGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TTACCTTGAAGCCAAATCTCACCATACATCAGAGGACACACTCAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110413 TTACCTTGAAGCCAAATCTCACCATACATCAGAGGACACACTCAGGAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AAGCCCTTCATGTGCAAGCAGTGTGAGAAAAGTTTTAGTTTGAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110463 AAGCCCTTCATGTGCAAGCAGTGTGAGAAAAGTTTTAGTTTGAAGGCAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 TCTTCTTAGACATCAGTGGACACACTCGGGGGAAAGGCCATTTAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110513 TCTTCTTAGACATCAGTGGACACACTCGGGGGAAAGGCCATTTAATTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGGATTGCGGGCGAGGCTTCATCCTAAAATCAACTCTCCTCTTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110563 AGGATTGCGGGCGAGGCTTCATCCTAAAATCAACTCTCCTCTTCCACCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 AAGACACACTCAGGGGAGAAGCCTTTCATCTGTAGTGAATGTGGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110613 AAGACACACTCAGGGGAGAAGCCTTTCATCTGTAGTGAATGTGGGCAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 ATTTATCTGGAAGTCAAATCTTGTGAAACACCAGCTTGCACATTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110663 ATTTATCTGGAAGTCAAATCTTGTGAAACACCAGCTTGCACATTCTGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 AGCAGCCTTTTGTATGCAAGGAGTGTGGGCGAGGCTTCAACTGGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110713 AGCAGCCTTTTGTATGCAAGGAGTGTGGGCGAGGCTTCAACTGGAAGGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 AATCTCCTCACACACCAGAGGACACACTCAGGGGAGAAGCCCTTCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110763 AATCTCCTCACACACCAGAGGACACACTCAGGGGAGAAGCCCTTCGTGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 TAATGTGTGTGGGCAAGGCTTCAGCTGGAAGAGAAGTCTCACCAGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110813 TAATGTGTGTGGGCAAGGCTTCAGCTGGAAGAGAAGTCTCACCAGACACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 ACTGGCGGATACACTCAAAGGAGAAGCCTTTTGTTTGCCAGGAGTGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110863 ACTGGCGGATACACTCAAAGGAGAAGCCTTTTGTTTGCCAGGAGTGTAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 CGAGGCTATACCAGTAAGTCAGACCTCACTGTGCATGAAAGAATACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110913 CGAGGCTATACCAGTAAGTCAGACCTCACTGTGCATGAAAGAATACACAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 AGGAGAGAGGCCTTATGAATGCCAAGAGTGTGGACGAAAGTTTAGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110963 AGGAGAGAGGCCTTATGAATGCCAAGAGTGTGGACGAAAGTTTAGCAATA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 AGTCATACTACAGTAAGCACTTAAAGAGACACTTACGTGAGAAGCGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111013 AGTCATACTACAGTAAGCACTTAAAGAGACACTTACGTGAGAAGCGTTTT

   2250     .    :    .    :    .    :
   2224 TGTACAGGGAGTGTGGGTGAGGCTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 111063 TGTACAGGGAGTGTGGGTGAGGCTTCATCT