seq1 = pF1KB6237.tfa, 2253 bp
seq2 = pF1KB6237/gi568815592r_27351306.tfa (gi568815592r:27351306_27567922), 216617 bp

>pF1KB6237 2253
>gi568815592r:27351306_27567922 (Chr6)

(complement)

1-75  (99999-100070)   94% ->
76-202  (110514-110640)   99% ->
203-298  (111002-111097)   100% ->
299-2253  (114663-116617)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGATCTGTCCTCTCCAGACTCCACCCTTCTCCAAGGGGGACATAA
         |--|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 CT  A GATCTGTCCTCTCCAGACTCCACCCTTCTCCAAGGGGGACATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTACTCTCATCAGCCAGTTTTCAG         GAATCGGTGACTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| ||||||||||||
 100046 TCTACTCTCATCAGCCAGTTTTCAGGTA...CAGGAAGCGGTGACTTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGATGTGATAGTGGACTTTACCCAGGAAGAATGGAAACAGCTGGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110530 AGGATGTGATAGTGGACTTTACCCAGGAAGAATGGAAACAGCTGGACCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCAGAGAGATTTGTTCAGGGATGTGACATTGGAAAATTATACACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110580 GGCCAGAGAGATTTGTTCAGGGATGTGACATTGGAAAATTATACACACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCTCTATAG         GACTCCAAGTTTCTAAACCTGATGTGATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110630 GGTCTCTATAGGTA...CAGGACTCCAAGTTTCTAAACCTGATGTGATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCAGTTAGAGCAAGGGACAGAGCCATGGATCATGGAGCCAAGCATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111032 CCCAGTTAGAGCAAGGGACAGAGCCATGGATCATGGAGCCAAGCATTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAGGTACCTGTGCAG         ACTGGGAGACAAGACTTGAAAATAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111082 GTAGGTACCTGTGCAGGTA...TAGACTGGGAGACAAGACTTGAAAATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTGTCAGCCCCAGAGCCTGACATTTCTGAAGAAGAGCTATCTCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114688 TGTGTCAGCCCCAGAGCCTGACATTTCTGAAGAAGAGCTATCTCCAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAATAGTGGAAAAACACAAAAGAGATGATTCTTGGAGTTCCAACTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114738 TAATAGTGGAAAAACACAAAAGAGATGATTCTTGGAGTTCCAACTTGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAAGTTGGGAATATGAAGGCAGTTTAGAGAGACAGCAGGCAAACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114788 GAAAGTTGGGAATATGAAGGCAGTTTAGAGAGACAGCAGGCAAACCAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACACTGCCAAAGGAAATAAAGGTAACCGAAAAGACAATACCCAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114838 GACACTGCCAAAGGAAATAAAGGTAACCGAAAAGACAATACCCAGTTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAAAGGCCCTGTAAATAATGAATTTGGGAAAAGTGTCAATGTGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114888 AAAAAGGCCCTGTAAATAATGAATTTGGGAAAAGTGTCAATGTGAGTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACCTTGTAACACAAGAACCATCTCCAGAAGAGACCTCTACTAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114938 AACCTTGTAACACAAGAACCATCTCCAGAAGAGACCTCTACTAAAAGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATCAAACAGAATTCAAACCCAGTTAAAAAAGAGAAATCTTGTAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114988 CATCAAACAGAATTCAAACCCAGTTAAAAAAGAGAAATCTTGTAAGTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTTATTGTTCAGCTCTTATTCGCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115038 ATGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTTATTGTTCAGCTCTTATTCGCCATCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGAACACATACTGGAGAAAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115088 AGAACACATACTGGAGAAAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGAAAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTTCAGCCGGAGTGAAAACCTTATAAACCATCAAAGAATTCATACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115138 CTTCAGCCGGAGTGAAAACCTTATAAACCATCAAAGAATTCATACTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATAAACCATATAAATGTGATCAGTGTGGAAAAGGCTTCATTGAGGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115188 ATAAACCATATAAATGTGATCAGTGTGGAAAAGGCTTCATTGAGGGTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCTCTTACTCAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAAAAACCATATAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115238 TCTCTTACTCAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAAAAACCATATAAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGATGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTCAGAGGACCCATCTTGTTCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115288 TGATGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTCAGAGGACCCATCTTGTTCAGCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGAGAATTCATACTGGCGAGAAGCCATACACTTGTAATGAGTGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115338 AGAGAATTCATACTGGCGAGAAGCCATACACTTGTAATGAGTGTGGAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCCTTTAGCCAGAGAGGCCACTTTATGGAACATCAGAAAATTCATACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115388 GCCTTTAGCCAGAGAGGCCACTTTATGGAACATCAGAAAATTCATACGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AGAAAAACCTTTTAAATGTGATGAATGTGATAAAACCTTCACCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115438 AGAAAAACCTTTTAAATGTGATGAATGTGATAAAACCTTCACCAGGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CACACCTTACTCAACATCAAAAAATTCATACTGGAGAAAAAACCTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115488 CACACCTTACTCAACATCAAAAAATTCATACTGGAGAAAAAACCTATAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TGTAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAACGGGCCCTCAACTTTTATCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115538 TGTAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAACGGGCCCTCAACTTTTATCCGTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCATATGATTCATACTGGTGAAAAACCGTACGAATGCAATGAATGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115588 TCATATGATTCATACTGGTGAAAAACCGTACGAATGCAATGAATGTGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAGCCTTCAGCCAGCACTCAAACCTCACTCAGCATCAAAAAACTCATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115638 AAGCCTTCAGCCAGCACTCAAACCTCACTCAGCATCAAAAAACTCATACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GGGGAGAAACCCTATGATTGTGCAGAATGTGGAAAATCTTTTAGTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115688 GGGGAGAAACCCTATGATTGTGCAGAATGTGGAAAATCTTTTAGTTACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GTCATCCCTTGCTCAACACCTGAAAATTCATACTGGAGAAAAACCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115738 GTCATCCCTTGCTCAACACCTGAAAATTCATACTGGAGAAAAACCTTACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AATGCAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAGTTACTGCTCATCCCTTACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115788 AATGCAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAGTTACTGCTCATCCCTTACTCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CATCGGAGAATTCACACGAGAGAAAAGCCCTTTGAATGCAGTGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115838 CATCGGAGAATTCACACGAGAGAAAAGCCCTTTGAATGCAGTGAATGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 AAAGGCTTTCAGTTATCTCTCAAACCTTAATCAGCATCAGAAAACTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115888 AAAGGCTTTCAGTTATCTCTCAAACCTTAATCAGCATCAGAAAACTCATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CTCAAGAGAAAGCTTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAAGCTTTTATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115938 CTCAAGAGAAAGCTTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAAGCTTTTATTCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AGTTCATCTCTTGCTAAGCATGAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115988 AGTTCATCTCTTGCTAAGCATGAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 TCAGTGTCATGAATGTGGGAAAACCTTCAGTTATGGTTCATCCCTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116038 TCAGTGTCATGAATGTGGGAAAACCTTCAGTTATGGTTCATCCCTTATTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGCATAGGAAGATCCATACTGGAGAACGACCTTACAAGTGTAATGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116088 AGCATAGGAAGATCCATACTGGAGAACGACCTTACAAGTGTAATGAGTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GGGAGAGCATTCAACCAGAACATACACCTTACACAGCATAAGAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116138 GGGAGAGCATTCAACCAGAACATACACCTTACACAGCATAAGAGAATTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TACAGGAGCCAAGCCTTATGAGTGTGCTGAGTGTGGTAAAGCCTTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116188 TACAGGAGCCAAGCCTTATGAGTGTGCTGAGTGTGGTAAAGCCTTTCGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 ATTGTTCATCTCTTGCTCAACATCAAAAAACTCACACAGAAGAAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116238 ATTGTTCATCTCTTGCTCAACATCAAAAAACTCACACAGAAGAAAAACCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 TACCAGTGTAATAAATGTGAAAAGACCTTTAGCCAGAGCTCCCATCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116288 TACCAGTGTAATAAATGTGAAAAGACCTTTAGCCAGAGCTCCCATCTAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 TCAGCATCAACGAATTCACACTGGGGAGAAGCCCTATAAGTGCAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116338 TCAGCATCAACGAATTCACACTGGGGAGAAGCCCTATAAGTGCAATGAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 GTGACAAAGCCTTTAGCCGGAGCACTCATCTGACTGAACATCAGAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116388 GTGACAAAGCCTTTAGCCGGAGCACTCATCTGACTGAACATCAGAATACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 CATACTGGAGAGAAACCTTATAACTGTAATGAATGCAGAAAGACTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116438 CATACTGGAGAGAAACCTTATAACTGTAATGAATGCAGAAAGACTTTTAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 CCAGAGCACATATCTCATTCAGCACCAGAGAATTCATTCAGGAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116488 CCAGAGCACATATCTCATTCAGCACCAGAGAATTCATTCAGGAGAGAAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 CTTTTGGATGTAATGATTGTGGAAAATCCTTCAGATATCGCTCTGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116538 CTTTTGGATGTAATGATTGTGGAAAATCCTTCAGATATCGCTCTGCTCTC

   2250     .    :    .    :    .    :
   2224 AACAAACATCAGAGACTGCATCCTGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 116588 AACAAACATCAGAGACTGCATCCTGGCATA