seq1 = pF1KB6236.tfa, 2028 bp
seq2 = pF1KB6236/gi568815595f_53078423.tfa (gi568815595f:53078423_53292263), 213841 bp

>pF1KB6236 2028
>gi568815595f:53078423_53292263 (Chr3)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-315  (101155-101354)   99% ->
316-376  (102785-102845)   100% ->
377-539  (103022-103184)   100% ->
540-571  (103279-103310)   100% ->
572-657  (104699-104784)   100% ->
658-787  (105030-105159)   100% ->
788-888  (106452-106552)   100% ->
889-985  (107182-107278)   100% ->
986-1086  (107505-107605)   100% ->
1087-1260  (107745-107918)   100% ->
1261-1352  (108182-108273)   100% ->
1353-1415  (108918-108980)   100% ->
1416-1554  (110298-110436)   99% ->
1555-1743  (110636-110824)   100% ->
1744-1872  (111451-111579)   98% ->
1873-2028  (113686-113841)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGTTCCTGCGCATCGCCTTCAACTCCTATGAGCTGGGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCGTTCCTGCGCATCGCCTTCAACTCCTATGAGCTGGGCTCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGCCGAGGACGAGGCGAACCAGCCCTTCTGTGCCGTGAAGATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGCCGAGGACGAGGCGAACCAGCCCTTCTGTGCCGTGAAGATGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCGCTCAGCACAG         AGCGTGGGAAAACACTGGTGCAGAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCGCTCAGCACAGGTA...CAGAGCGTGGGAAAACACTGGTGCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCCGACCATGTATCCTGAGTGGAAGTCGACGTTCGACGCCCACATCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 101181 AAGCCGACCATGTATCCTGAGTGGAAGTCGACGTTCGATGCCCACATCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGGGGCGCGTCATCCAGATTGTGCTAATGCGGGCAGCAGAGGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101231 TGAGGGGCGCGTCATCCAGATTGTGCTAATGCGGGCAGCAGAGGAGCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTCTGAGGTGACCGTGGGTGTGTCGGTGCTGGCCGAGCGCTGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101281 TGTCTGAGGTGACCGTGGGTGTGTCGGTGCTGGCCGAGCGCTGCAAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACAATGGCAAGGCTGAGTTCTGG         CTGGACCTGCAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101331 AACAATGGCAAGGCTGAGTTCTGGGTA...CAGCTGGACCTGCAGCCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCAAGGTGTTGATGTCTGTTCAGTATTTCCTGGAGGACGTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102802 GGCCAAGGTGTTGATGTCTGTTCAGTATTTCCTGGAGGACGTGGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377    ATTGCAAACAGTCTATGCGCAGTGAGGACGAGGCCAAGTTCCCAACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103019 CAGATTGCAAACAGTCTATGCGCAGTGAGGACGAGGCCAAGTTCCCAACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGAACCGCCGCGGAGCCATCAAACAGGCCAAAATCCACTACATCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103069 ATGAACCGCCGCGGAGCCATCAAACAGGCCAAAATCCACTACATCAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATGAGTTTATCGCCACCTTCTTTGGGCAACCCACCTTCTGTTCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103119 CCATGAGTTTATCGCCACCTTCTTTGGGCAACCCACCTTCTGTTCTGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAAAGACTTTGTCTG         GGGCCTCAACAAGCAAGGCTACAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103169 GCAAAGACTTTGTCTGGTG...CAGGGGCCTCAACAAGCAAGGCTACAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCAGGC         AATGTAACGCTGCCATCCACAAGAAATGCATCGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103304 TGCAGGCGTA...AAGAATGTAACGCTGCCATCCACAAGAAATGCATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAGATCATCGGCAGATGCACTGGCACCGCGGCCAACAGCCGGGACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104733 CAAGATCATCGGCAGATGCACTGGCACCGCGGCCAACAGCCGGGACACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TA         TTCCAGAAAGAACGCTTCAACATCGACATGCCGCACCGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104783 TAGTG...CAGTTCCAGAAAGAACGCTTCAACATCGACATGCCGCACCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCAAGGTTCACAACTACATGAGCCCCACCTTCTGTGACCACTGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105069 TTCAAGGTTCACAACTACATGAGCCCCACCTTCTGTGACCACTGCGGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGCTCTGGGGACTGGTGAAGCAGGGATTAAAGTGTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105119 CCTGCTCTGGGGACTGGTGAAGCAGGGATTAAAGTGTGAAGGTG...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTGCGGCATGAATGTGCACCATAAATGCCGGGAGAAGGTGGCCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106452 ACTGCGGCATGAATGTGCACCATAAATGCCGGGAGAAGGTGGCCAACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGCGGCATCAACCAGAAGCTTTTGGCTGAGGCCTTGAACCAAGTCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106502 TGCGGCATCAACCAGAAGCTTTTGGCTGAGGCCTTGAACCAAGTCACCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 G         AGAGCCTCCCGGAGATCAGACTCAGCCTCCTCAGAGCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106552 GGTG...CAGAGAGCCTCCCGGAGATCAGACTCAGCCTCCTCAGAGCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGGGATATATCAGGGTTTCGAGAAGAAGACCGGAGTTGCTGGGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107222 TTGGGATATATCAGGGTTTCGAGAAGAAGACCGGAGTTGCTGGGGAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGCAAG         ACAACAGTGGGACCTACGGCAAGATCTGGGAGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107272 ATGCAAGGTG...CAGACAACAGTGGGACCTACGGCAAGATCTGGGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGCAGCAAGTGCAACATCAACAACTTCATCTTCCACAAGGTCCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107539 CAGCAGCAAGTGCAACATCAACAACTTCATCTTCCACAAGGTCCTGGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGGCAGCTTCGGGAAG         GTGCTGCTTGGAGAGCTGAAGGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107589 AAGGCAGCTTCGGGAAGGTG...CAGGTGCTGCTTGGAGAGCTGAAGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGAGGAGAGTACTTTGCCATCAAGGCCCTCAAGAAGGATGTGGTCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107769 AGAGGAGAGTACTTTGCCATCAAGGCCCTCAAGAAGGATGTGGTCCTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGACGACGACGTGGAGTGCACCATGGTTGAGAAGCGGGTGCTGACACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107819 CGACGACGACGTGGAGTGCACCATGGTTGAGAAGCGGGTGCTGACACTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCGCAGAGAATCCCTTTCTCACCCACCTCATCTGCACCTTCCAGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107869 CCGCAGAGAATCCCTTTCTCACCCACCTCATCTGCACCTTCCAGACCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261          GACCACCTGTTCTTTGTGATGGAGTTCCTCAACGGGGGGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107919 GTG...CAGGACCACCTGTTCTTTGTGATGGAGTTCCTCAACGGGGGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCTGATGTACCACATCCAGGACAAAGGCCGCTTTGAACTCTACCGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108223 CCTGATGTACCACATCCAGGACAAAGGCCGCTTTGAACTCTACCGTGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 C         GTTTTATGCCGCTGAGATAATGTGTGGACTGCAGTTTCTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108273 CGTA...CAGGTTTTATGCCGCTGAGATAATGTGTGGACTGCAGTTTCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CACAGCAAGGGCATCATTTACAG         GGACCTCAAACTGGACAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108958 CACAGCAAGGGCATCATTTACAGGTG...TAGGGACCTCAAACTGGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGTGCTGTTGGACCGGGATGGCCACATCAAGATTGCCGACTTTGGGATGT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110316 TGTGCTGCTGGACCGGGATGGCCACATCAAGATTGCCGACTTTGGGATGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCAAAGAGAACATATTCGGGGAGAGCCGGGCCAGCACCTTCTGCGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110366 GCAAAGAGAACATATTCGGGGAGAGCCGGGCCAGCACCTTCTGCGGCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CCTGACTATATCGCCCCTGAG         ATCCTACAGGGCCTGAAGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110416 CCTGACTATATCGCCCCTGAGGTG...CAGATCCTACAGGGCCTGAAGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CACATTCTCTGTGGACTGGTGGTCTTTCGGGGTCCTTCTGTACGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110656 CACATTCTCTGTGGACTGGTGGTCTTTCGGGGTCCTTCTGTACGAGATGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCATTGGCCAGTCCCCCTTCCATGGTGATGATGAGGATGAACTCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110706 TCATTGGCCAGTCCCCCTTCCATGGTGATGATGAGGATGAACTCTTCGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TCCATCCGTGTGGACACGCCACATTATCCCCGCTGGATCACCAAGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110756 TCCATCCGTGTGGACACGCCACATTATCCCCGCTGGATCACCAAGGAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CAAGGACATCCTGGAGAAG         CTCTTTGAAAGGGAACCAACCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110806 CAAGGACATCCTGGAGAAGGTG...CAGCTCTTTGAAAGGGAACCAACCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AGAGGCTGGGAGTGACGGGAAACATCAAAATCCACCCCTTCTTCAAGACC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 111473 AGAGGCTGGGAGTGACCGGAAACATCAAAATCCACCCCTTCTTCAAGACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATAAACTGGACTCTGCTGGAAAAGCGGAGGTTGGAGCCACCCTTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 111523 ATAAACTGGACTCTGCTGGAAAAGCGGAGGTTGGAGCCACCTTTCAGGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAAAGTG         AAGTCACCCAGAGACTACAGTAACTTTGACCAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111573 CAAAGTGGTA...TAGAAGTCACCCAGAGACTACAGTAACTTTGACCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AGTTCCTGAACGAGAAGGCGCGCCTCTCCTACAGCGACAAGAACCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113720 AGTTCCTGAACGAGAAGGCGCGCCTCTCCTACAGCGACAAGAACCTCATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GACTCCATGGACCAGTCTGCATTCGCTGGCTTCTCCTTTGTGAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113770 GACTCCATGGACCAGTCTGCATTCGCTGGCTTCTCCTTTGTGAACCCCAA

   2150     .    :    .    :
   2007 ATTCGAGCACCTCCTGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||
 113820 ATTCGAGCACCTCCTGGAAGAT