seq1 = pF1KB6235.tfa, 2247 bp
seq2 = pF1KB6235/gi568815589r_3125045.tfa (gi568815589r:3125045_3495588), 370544 bp

>pF1KB6235 2247
>gi568815589r:3125045_3495588 (Chr9)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-215  (148825-148922)   100% ->
216-474  (165072-165330)   100% ->
475-549  (193969-194043)   100% ->
550-731  (202331-202512)   100% ->
732-851  (207339-207458)   100% ->
852-973  (218128-218249)   100% ->
974-1086  (219977-220089)   100% ->
1087-1202  (224471-224586)   100% ->
1203-1357  (225064-225218)   100% ->
1358-1455  (229284-229381)   100% ->
1456-1605  (232505-232654)   100% ->
1606-1814  (238390-238598)   100% ->
1815-1968  (247404-247557)   100% ->
1969-2011  (266700-266742)   100% ->
2012-2247  (270309-270544)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGACATCAGAGACTGGGTCGGACACAGGCTCGACAGTGACCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGACATCAGAGACTGGGTCGGACACAGGCTCGACAGTGACCTTACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACATCTGTGGCTAGTCAAGCAGCAGTGCCTACGCAGGTGGTACAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACATCTGTGGCTAGTCAAGCAGCAGTGCCTACGCAGGTGGTACAGCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACCAGTACAACAACAG         GTACAGCAGGTACAGACTGTGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 TACCAGTACAACAACAGGTA...CAGGTACAGCAGGTACAGACTGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGTACAACATGTCTATCCCGCTCAGGTGCAGTATGTGGAAGGAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148849 CAGGTACAACATGTCTATCCCGCTCAGGTGCAGTATGTGGAAGGAAGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACTGTCTATACCAATGGAGCAAT         CCGAACAACAACGTATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 148899 TACTGTCTATACCAATGGAGCAATGTA...AAGCCGAACAACAACGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTACACAGAGACACAGATGTACAGCCAAAATACTGGAGGGAATTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165089 CTTACACAGAGACACAGATGTACAGCCAAAATACTGGAGGGAATTACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATACTCAAGGGAGTTCCGCCCAGGTGACTACCGTGGTCTCATCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165139 GATACTCAAGGGAGTTCCGCCCAGGTGACTACCGTGGTCTCATCCCACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATGGTGGGCACTGGTGGGATTCAGATGGGCGTCACAGGAGGACAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165189 TATGGTGGGCACTGGTGGGATTCAGATGGGCGTCACAGGAGGACAACTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAGCAGCTCTGGAGGAACCTATCTGATCGGCAACTCAATGGAGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165239 TCAGCAGCTCTGGAGGAACCTATCTGATCGGCAACTCAATGGAGAATTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGTCACTCAGTGACACACACAACTCGGGCCTCCCCAGCGACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 165289 GGTCACTCAGTGACACACACAACTCGGGCCTCCCCAGCGACAGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475  ATTGAAATGGCGATTGAGACGCTGCAAAAGTCTGACGGTCTGTCCACTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193968 GATTGAAATGGCGATTGAGACGCTGCAAAAGTCTGACGGTCTGTCCACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAGAAGCTCTCTTCTCAACAGCCAT         CTCCAGTGGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 194018 ACAGAAGCTCTCTTCTCAACAGCCATGTA...TAGCTCCAGTGGCTGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACAATTATGAGACAGCAGAAGGAGTGAGCCTTCCCAGAAGCACTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202346 GACAATTATGAGACAGCAGAAGGAGTGAGCCTTCCCAGAAGCACTCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACCACTACCTTCGACACTGTCAGGAACACAAACTGGACCCAGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202396 CAACCACTACCTTCGACACTGTCAGGAACACAAACTGGACCCAGTCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGCCTCTTTTGGAAAATTAATAAGATCAATTTTTATGGGGCTACGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202446 CTGCCTCTTTTGGAAAATTAATAAGATCAATTTTTATGGGGCTACGAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGAGATTGGGCACTAG         AGGAAACTCCAAATACCACTACTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 202496 AGGAGATTGGGCACTAGGTT...AAGAGGAAACTCCAAATACCACTACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGGATTCGTGTCAAGCCAGATTCCCCTCTTAATCGTCTGCAAGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207363 TGGGATTCGTGTCAAGCCAGATTCCCCTCTTAATCGTCTGCAAGAAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCAGTATATGGCTATGAGACAACAACCCATGCAACAGAAACAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 207413 TGCAGTATATGGCTATGAGACAACAACCCATGCAACAGAAACAAAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852      GTACAAGCCTATGCAGAAAGTGGATGGGGTTGCAGATGGTTTCAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207463 ..TAGGTACAAGCCTATGCAGAAAGTGGATGGGGTTGCAGATGGTTTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGGAAGTGGTCAACAGACAGGCACATCTGTTGAGCAAACTGTAATTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218173 AGGAAGTGGTCAACAGACAGGCACATCTGTTGAGCAAACTGTAATTGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAAGCCAACATCATCAACAGTTTTTAG         ATGCATCTCGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 218223 AAAGCCAACATCATCAACAGTTTTTAGGTA...CAGATGCATCTCGAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTCCAGAGTTTGGAGAAGTTGAAATCTCTTCTCTGCCAGATGGTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219991 CTTCCAGAGTTTGGAGAAGTTGAAATCTCTTCTCTGCCAGATGGTACTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTTGAGGATATCAAGTCACTGCAGAGTCTTTATAGAGAGCACTGTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 220041 CTTTGAGGATATCAAGTCACTGCAGAGTCTTTATAGAGAGCACTGTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087         GCAATATTGGACGTTGTTGTGAATCTTCAATTTAGCCTGATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220091 TA...TAGGCAATATTGGACGTTGTTGTGAATCTTCAATTTAGCCTGATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAAAATTGTGGCAAACATTCTGGCGCTATTCTCCCTCTACTCCAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224513 GAAAAATTGTGGCAAACATTCTGGCGCTATTCTCCCTCTACTCCAACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGCACTACCATTACCGAATCGAG         CAATCTGAGTGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 224563 TGGCACTACCATTACCGAATCGAGGTC...CAGCAATCTGAGTGAAATAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAAGTCGACTTCCGAAAGCAAAGCTGATAACTCTGTGCAAACATGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225081 AAAGTCGACTTCCGAAAGCAAAGCTGATAACTCTGTGCAAACATGAGTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATCCTGAAATGGATGTGTAACTGTGACCATGGGATGTACCAGGCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225131 ATCCTGAAATGGATGTGTAACTGTGACCATGGGATGTACCAGGCTTTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGAGATTCTCATCCCCGACGTCCTTAGACCTATTCCTA         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 225181 GGAGATTCTCATCCCCGACGTCCTTAGACCTATTCCTAGTA...TAGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCTTGACCCAAGCCATTCGAAATTTTGCAAAAAGCCTTGAAGGTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229287 CCTTGACCCAAGCCATTCGAAATTTTGCAAAAAGCCTTGAAGGTTGGCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCCAATGCCATGAACAATATTCCACAGAGAATGATACAAACCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 229337 TCCAATGCCATGAACAATATTCCACAGAGAATGATACAAACCAAGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456     GTTGCCGCTGTAAGTGCCTTTGCCCAGACTCTGCGAAGATACACGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229387 .CAGGTTGCCGCTGTAAGTGCCTTTGCCCAGACTCTGCGAAGATACACGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CGCTTAATCACCTGGCCCAGGCAGCTCGTGCAGTGCTTCAGAACACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232551 CGCTTAATCACCTGGCCCAGGCAGCTCGTGCAGTGCTTCAGAACACTTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CAAATCAACCAGATGCTTAGTGACCTCAACCGTGTCGACTTTGCCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232601 CAAATCAACCAGATGCTTAGTGACCTCAACCGTGTCGACTTTGCCAATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCAG         GAGCAGGCTTCCTGGGTGTGCCAGTGTGATGACAACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232651 CCAGGTA...CAGGAGCAGGCTTCCTGGGTGTGCCAGTGTGATGACAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGTTCAGAGACTAGAAACAGACTTCAAGATGACTCTTCAGCAGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238427 TGGTTCAGAGACTAGAAACAGACTTCAAGATGACTCTTCAGCAGCAGAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ACCCTGGAGCAGTGGGCTGCGTGGCTTGACAATGTGATGATGCAAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238477 ACCCTGGAGCAGTGGGCTGCGTGGCTTGACAATGTGATGATGCAAGCACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GAAACCCTATGAAGGAAGACCCAGTTTTCCTAAAGCCGCCAGGCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238527 GAAACCCTATGAAGGAAGACCCAGTTTTCCTAAAGCCGCCAGGCAGTTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGCTAAAATGGTCTTTCTACAG         CTCAATGGTTATTCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 238577 TGCTAAAATGGTCTTTCTACAGGTA...CAGCTCAATGGTTATTCGGGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TTAACCTTACGCAGTGCTGCTAGCTTTGGCTCCTTCCACCTGATCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247423 TTAACCTTACGCAGTGCTGCTAGCTTTGGCTCCTTCCACCTGATCCGTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 ACTCTACGACGAATATATGTTTTACTTAGTAGAACATCGTGTTGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247473 ACTCTACGACGAATATATGTTTTACTTAGTAGAACATCGTGTTGCTCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CAACAGGAGAGACTCCTATAGCAGTCATGGGCGAG         TTTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 247523 CAACAGGAGAGACTCCTATAGCAGTCATGGGCGAGGTA...CAGTTTGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GATTTAAATGCCGTGTCTCCTGGAAATCTGGATAAAG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 266706 GATTTAAATGCCGTGTCTCCTGGAAATCTGGATAAAGGTA...CAGATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGGCAGTGAAGTAGAAAGTGAAATGGATGAAGAACTGGATGACTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270313 AGGCAGTGAAGTAGAAAGTGAAATGGATGAAGAACTGGATGACTCTTCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AGCCTCAAGCCAAAAGAGAGAAAACAGAGCTGAGCCAGGCATTTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270363 AGCCTCAAGCCAAAAGAGAGAAAACAGAGCTGAGCCAGGCATTTCCAGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GGCTGCATGCAGCCTGTTCTCGAGACTGGCGTGCAACCAAGCCTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270413 GGCTGCATGCAGCCTGTTCTCGAGACTGGCGTGCAACCAAGCCTCCTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TCCAATTCACAGCGAGCACATTGTCACAAGTACTCAGACTATCAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270463 TCCAATTCACAGCGAGCACATTGTCACAAGTACTCAGACTATCAGACAGT

   2350     .    :    .    :    .    :
   2216 GCAGCGCTACAGGAAATACCTACACTGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 270513 GCAGCGCTACAGGAAATACCTACACTGCAGTC