seq1 = pF1KB6234.tfa, 2031 bp
seq2 = pF1KB6234/gi568815597f_27161055.tfa (gi568815597f:27161055_27406380), 245326 bp

>pF1KB6234 2031
>gi568815597f:27161055_27406380 (Chr1)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-132  (102098-102181)   100% ->
133-179  (121185-121231)   100% ->
180-291  (122284-122395)   100% ->
292-479  (126620-126807)   100% ->
480-662  (131161-131343)   100% ->
663-757  (132968-133062)   100% ->
758-873  (133460-133575)   100% ->
874-949  (135272-135347)   100% ->
950-1058  (135994-136102)   100% ->
1059-1232  (136884-137057)   100% ->
1233-1468  (140172-140407)   100% ->
1469-1643  (142567-142741)   100% ->
1644-1836  (143947-144139)   100% ->
1837-2031  (145132-145326)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAAGTCAACATAACTAGAGACCTCATCCGTAGGCAGATCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCGAAAGTCAACATAACTAGAGACCTCATCCGTAGGCAGATCAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GAGCGGGGTGCCCTGAGCTTTGAGCGGCGCTACCATGTCACTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...TAGGAGCGGGGTGCCCTGAGCTTTGAGCGGCGCTACCATGTCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCCTTTATCCGGCGGCTGGGCCTGGAAGCAGAGCTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102141 ACCCCTTTATCCGGCGGCTGGGCCTGGAAGCAGAGCTGCAGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGTCACTCAGGATGTGTCAACTGTCTGGAGTGGAATGAGAAAGGAGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121185 GGTCACTCAGGATGTGTCAACTGTCTGGAGTGGAATGAGAAAGGAGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    180       CTTGCTGGCCTCTGGTTCCGATGACCAGCACACGATTGTGTGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121235 ...CAGCTTGCTGGCCTCTGGTTCCGATGACCAGCACACGATTGTGTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACCCGCTGCACCACAAGAAGCTGCTCTCCATGCACACGGGACACACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122328 ACCCGCTGCACCACAAGAAGCTGCTCTCCATGCACACGGGACACACCGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATATCTTCTCTGTCAAG         TTCCTGCCTCACGCTGGGGACCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 122378 AATATCTTCTCTGTCAAGGTG...TAGTTCCTGCCTCACGCTGGGGACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCTTGATCACGGGGGCAGCCGACTCTAAGGTGCATGTGCACGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126643 CATCTTGATCACGGGGGCAGCCGACTCTAAGGTGCATGTGCACGACCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGTAAAGGAGACCATCCACATGTTTGGAGACCACACAAACCGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126693 CAGTAAAGGAGACCATCCACATGTTTGGAGACCACACAAACCGGGTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCATCGCCACAGCGCCCATGTGGCCCAACACATTCTGGAGTGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126743 CGCATCGCCACAGCGCCCATGTGGCCCAACACATTCTGGAGTGCTGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGATGGGCTTATCCG         CCAGTATGACCTTCGAGAGAACAGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126793 GGATGGGCTTATCCGGTA...CAGCCAGTATGACCTTCGAGAGAACAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AACACTCGGAGGTGCTGATTGACCTGACAGAGTACTGTGGCCAGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131187 AACACTCGGAGGTGCTGATTGACCTGACAGAGTACTGTGGCCAGCTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGCCAAGTGCCTCACTGTCAACCCCCAGGACAACAACTGCCTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131237 GAGGCCAAGTGCCTCACTGTCAACCCCCAGGACAACAACTGCCTGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGGGCCAGCGGGCCCTTCGTGAGGCTCTATGACATCCGCATGATCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131287 TGGGGCCAGCGGGCCCTTCGTGAGGCTCTATGACATCCGCATGATCCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCACAG         AAAGAGCATGAAGCAGAGCCCTTCAGCGGGTGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131337 ACCACAGGTA...CAGAAAGAGCATGAAGCAGAGCCCTTCAGCGGGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CACACCTTCTGTGACCGGCAGAAACCCCTTCCGGACGGTGCAGCCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133002 CACACCTTCTGTGACCGGCAGAAACCCCTTCCGGACGGTGCAGCCCAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTACGTAGCAG         GTCACCTGCCAGTGAAGCTTCCTGACTACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 133052 TTACGTAGCAGGTA...CAGGTCACCTGCCAGTGAAGCTTCCTGACTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAACCGTTTGAGAGTGCTGGTTGCCACCTATGTGACCTTCAGCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133490 ACAACCGTTTGAGAGTGCTGGTTGCCACCTATGTGACCTTCAGCCCCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCACAGAGCTACTAGTCAACATGGGGGGGGAACAG         GTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 133540 GGCACAGAGCTACTAGTCAACATGGGGGGGGAACAGGTA...TAGGTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTGTTTGACTTGACTTACAAGCAGCGGCCGTACACCTTCCTCTTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135277 TTTGTTTGACTTGACTTACAAGCAGCGGCCGTACACCTTCCTCTTGCCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAAAATGCCACTCCTCGGGGG         AAGTCCAGAATGGCAAGATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 135327 GAAAATGCCACTCCTCGGGGGGTA...CAGAAGTCCAGAATGGCAAGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCCACCAACGGTGTGTCCAACGGTGTGTCCAATGGCCTGCACCTTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136014 TCCACCAACGGTGTGTCCAACGGTGTGTCCAATGGCCTGCACCTTCATAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAATGGCTTCCGGCTGCCGGAGAGTAGGGGACATGTCAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 136064 CAATGGCTTCCGGCTGCCGGAGAGTAGGGGACATGTCAGGTG...CAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCCAAGTAGAGCTACCACCATACCTGGAGCGTGTGAAACAGCAAGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136886 CCCAAGTAGAGCTACCACCATACCTGGAGCGTGTGAAACAGCAAGCCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGGCTTTTGCCTGCCAGCAGTGGACCCAAGCCATTCAGCTTTACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136936 GAGGCTTTTGCCTGCCAGCAGTGGACCCAAGCCATTCAGCTTTACAGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCTGTGCAGAGGGCCCCTCACAATGCCATGCTTTATGGAAACCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136986 GGCTGTGCAGAGGGCCCCTCACAATGCCATGCTTTATGGAAACCGAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGCCTACATGAAGCGCAAGTG         GGATGGTGACCACTATGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137036 CAGCCTACATGAAGCGCAAGTGGTG...CAGGGATGGTGACCACTATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCCCTGAGGGACTGCCTCAAGGCCATCTCCCTAAACCCATGCCACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140191 GCCCTGAGGGACTGCCTCAAGGCCATCTCCCTAAACCCATGCCACCTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCACACTTTCGCCTGGCCCGCTGCCTCTTTGAGCTCAAGTATGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140241 GGCACACTTTCGCCTGGCCCGCTGCCTCTTTGAGCTCAAGTATGTGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGCCCTGGAGTGCCTGGACGACTTCAAAGGGAAATTTCCGGAGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140291 AAGCCCTGGAGTGCCTGGACGACTTCAAAGGGAAATTTCCGGAGCAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CACAGCAGCGCTTGTGATGCATTGGGCCGCGACATCACAGCTGCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140341 CACAGCAGCGCTTGTGATGCATTGGGCCGCGACATCACAGCTGCCCTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTCTAAAAATGATGGTG         AGGAGAAGAAGGGACCTGGTGGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 140391 CTCTAAAAATGATGGTGGTG...CAGAGGAGAAGAAGGGACCTGGTGGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCGCCCCAGTCCGCCTCCGCAGCACGAGCCGCAAGGACTCCATCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142591 GCGCCCCAGTCCGCCTCCGCAGCACGAGCCGCAAGGACTCCATCTCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GATGAAATGGTGCTGCGGGAGCGAAGCTACGACTATCAGTTCCGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142641 GATGAAATGGTGCTGCGGGAGCGAAGCTACGACTATCAGTTCCGCTACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGGCCACTGCAACACCACCACGGATATCAAAGAGGCCAATTTCTTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142691 CGGCCACTGCAACACCACCACGGATATCAAAGAGGCCAATTTCTTTGGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 G         CAACGCTCAGTATATCGTCAGTGGCTCTGACGATGGCTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142741 GGTC...CAGCAACGCTCAGTATATCGTCAGTGGCTCTGACGATGGCTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTCTTCATCTGGGAAAAGGAGACCACCAACCTGGTCCGTGTGCTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143987 TTCTTCATCTGGGAAAAGGAGACCACCAACCTGGTCCGTGTGCTCCAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGATGAGTCCATTGTCAACTGCCTGCAGCCACACCCCAGCTACTGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144037 GGATGAGTCCATTGTCAACTGCCTGCAGCCACACCCCAGCTACTGCTTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGCCACCAGTGGCATCGATCCTGTTGTGCGGCTCTGGAACCCCCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144087 TGGCCACCAGTGGCATCGATCCTGTTGTGCGGCTCTGGAACCCCCGACCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GAG         AGTGAAGACCTCACAGGCCGAGTCGTGGAAGATATGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144137 GAGGTG...CAGAGTGAAGACCTCACAGGCCGAGTCGTGGAAGATATGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGGTGCTTCACAGGCCAACCAGCGGCGCATGAATGCAGACCCGTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145170 GGGTGCTTCACAGGCCAACCAGCGGCGCATGAATGCAGACCCGTTGGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGATGCTGCTCAACATGGGCTACCGGATCACGGGCCTGAGCAGTGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145220 TGATGCTGCTCAACATGGGCTACCGGATCACGGGCCTGAGCAGTGGGGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GCCGGGGCCTCTGATGATGAGGACAGCTCTGAGGGCCAGGTGCAGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145270 GCCGGGGCCTCTGATGATGAGGACAGCTCTGAGGGCCAGGTGCAGTGCCG

   2150     .
   2025 GCCCAGC
        |||||||
 145320 GCCCAGC