seq1 = pF1KB6228.tfa, 2220 bp
seq2 = pF1KB6228/gi568815592r_33218746.tfa (gi568815592r:33218746_33421925), 203180 bp

>pF1KB6228 2220
>gi568815592r:33218746_33421925 (Chr6)

(complement)

1-207  (100001-100207)   100% ->
208-1039  (100359-101190)   100% ->
1040-1251  (101335-101546)   100% ->
1252-1465  (101702-101915)   100% ->
1466-1940  (102072-102546)   100% ->
1941-2163  (102707-102929)   100% ->
2164-2220  (103124-103180)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCGCTAACAGCATCATCGTGCTGGATGATGATGACGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCGCTAACAGCATCATCGTGCTGGATGATGATGACGAAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAGCTGCTCAGCCAGGGCCCTCCCACCCACTCCCCAATGCGGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAGCTGCTCAGCCAGGGCCCTCCCACCCACTCCCCAATGCGGCCTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGGGCAGAAGCCCCTAGCTCCTCTGAGCCTCATGGGGCCAGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGGGCAGAAGCCCCTAGCTCCTCTGAGCCTCATGGGGCCAGAGGAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTAGTTCGGGCGGCAAGAAATGCTACAAGCTGGAGAATGAGAAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTAGTTCGGGCGGCAAGAAATGCTACAAGCTGGAGAATGAGAAGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAAGAG         TTCCTTGAACTTTGTAAGATGCAGACAGCAGACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAAGAGGTG...TAGTTCCTTGAACTTTGTAAGATGCAGACAGCAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCTGAGGTGGTCCCATTCCTCTATAACCGGCAGCAACGTGCCCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100393 ACCCTGAGGTGGTCCCATTCCTCTATAACCGGCAGCAACGTGCCCACTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTTTTTGGCCTCGGCGGAGTTCTGCAACATCCTCTCTAGGGTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100443 CTGTTTTTGGCCTCGGCGGAGTTCTGCAACATCCTCTCTAGGGTCCTGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCGGGCCCGGAGCCGGCCAGCCAAGCTCTATGTCTACATCAATGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100493 TCGGGCCCGGAGCCGGCCAGCCAAGCTCTATGTCTACATCAATGAGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCACTGTTCTCAAGGCCCACTCAGCCAAAAAGAAGCTGAACTTGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100543 GCACTGTTCTCAAGGCCCACTCAGCCAAAAAGAAGCTGAACTTGGCCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCGCCACCACCTCCAATGAGCCCTCTGGGAATAACCCTCCCACACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100593 GCCGCCACCACCTCCAATGAGCCCTCTGGGAATAACCCTCCCACACACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCCTTGGACCCCACAAATGCTGAAAACACTGCCTCTCAGTCTCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100643 CTCCTTGGACCCCACAAATGCTGAAAACACTGCCTCTCAGTCTCCAAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCGTGGTTCCCGGCGGCAGATCCAGCGTTTGGAGCAGCTGCTGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100693 CCCGTGGTTCCCGGCGGCAGATCCAGCGTTTGGAGCAGCTGCTGGCGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TATGTGGCAGAGATCCGGCGGCTGCAGGAAAAGGAGTTGGATCTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 TATGTGGCAGAGATCCGGCGGCTGCAGGAAAAGGAGTTGGATCTCTCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ATTGGATGACCCAGACTCCGCATACCTGCAGGAGGCACGGTTGAAGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100793 ATTGGATGACCCAGACTCCGCATACCTGCAGGAGGCACGGTTGAAGCGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCTGATCCGCCTCTTTGGGCGACTATGTGAGCTGAAAGACTGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100843 AGCTGATCCGCCTCTTTGGGCGACTATGTGAGCTGAAAGACTGCTCTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGACCGGCCGTGTCATAGAGCAGCGCATCCCCTACCGTGGCACCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 CTGACCGGCCGTGTCATAGAGCAGCGCATCCCCTACCGTGGCACCCGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCCAGAGGTTAACAGGCGCATTGAGCGGCTCATCAACAAGCCAGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 CCCAGAGGTTAACAGGCGCATTGAGCGGCTCATCAACAAGCCAGGGCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATACCTTCCCTGACTATGGGGATGTGCTTCGGGCTGTAGAGAAGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 ATACCTTCCCTGACTATGGGGATGTGCTTCGGGCTGTAGAGAAGGCAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCCCGACACAGCCTTGGCCTCCCCCGACAGCAGCTCCAGCTCATGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101043 GCCCGACACAGCCTTGGCCTCCCCCGACAGCAGCTCCAGCTCATGGCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGATGCCTTCCGAGATGTGGGCATCAGGTTACAGGAGCGACGTCACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101093 GGATGCCTTCCGAGATGTGGGCATCAGGTTACAGGAGCGACGTCACCTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATCTCATCTACAACTTTGGCTGCCACCTCACAGATGACTATAGGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101143 ATCTCATCTACAACTTTGGCTGCCACCTCACAGATGACTATAGGCCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040        GCGTTGACCCTGCACTATCAGATCCTGTGTTGGCCCGGCGCCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 A...TAGGCGTTGACCCTGCACTATCAGATCCTGTGTTGGCCCGGCGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCGGGAAAACCGGAGTTTGGCCATGAGTCGGCTGGATGAGGTCATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 TCGGGAAAACCGGAGTTTGGCCATGAGTCGGCTGGATGAGGTCATCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AATATGCAATGTTGCAAGACAAAAGTGAGGAGGGCGAGAGAAAAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101428 AATATGCAATGTTGCAAGACAAAAGTGAGGAGGGCGAGAGAAAAAAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGAGCTCGGCTCCAAGGCACCTCTTCCCACTCTGCAGACACCCCCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101478 AGAGCTCGGCTCCAAGGCACCTCTTCCCACTCTGCAGACACCCCCGAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTCCTTGGATTCTGGTGAG         GGCCCTAGTGGAATGGCATCCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101528 CTCCTTGGATTCTGGTGAGGTG...CAGGGCCCTAGTGGAATGGCATCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGGGGTGCCCTTCTGCCTCCAGAGCTGAGACAGATGACGAAGACGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101724 AGGGGTGCCCTTCTGCCTCCAGAGCTGAGACAGATGACGAAGACGATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAGAGTGATGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAGGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 GAGAGTGATGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAGGAGGAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CACAGATTCTGAAGAGGAGGAGGATCTGGAACAGATGCAGGAGGGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101824 CACAGATTCTGAAGAGGAGGAGGATCTGGAACAGATGCAGGAGGGTCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGGATGATGAAGAGGAGGACGAAGAGGAAGAAGCAGCAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101874 AGGATGATGAAGAGGAGGACGAAGAGGAAGAAGCAGCAGCAGGTA...CA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466  GTAAAGATGGAGACAAGAGCCCCATGTCCTCACTACAGATCTCCAATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102071 GGTAAAGATGGAGACAAGAGCCCCATGTCCTCACTACAGATCTCCAATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AAAGAACCTGGAACCTGGCAAACAGATCAGCAGATCTTCAGGGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102121 AAAGAACCTGGAACCTGGCAAACAGATCAGCAGATCTTCAGGGGAGCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AAAACAAAGGACGCATAGTGTCACCATCGTTACTGTCAGAAGAACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102171 AAAACAAAGGACGCATAGTGTCACCATCGTTACTGTCAGAAGAACCCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GCCCCCTCCAGCATAGATGCTGAAAGCAATGGAGAACAGCCTGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102221 GCCCCCTCCAGCATAGATGCTGAAAGCAATGGAGAACAGCCTGAGGAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GACCCTGGAGGAAGAAAGCCCTGTGTCTCAGCTCTTTGAGCTAGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102271 GACCCTGGAGGAAGAAAGCCCTGTGTCTCAGCTCTTTGAGCTAGAGATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 AAGCTTTGCCCCTGGATACCCCTTCCTCTGTGGAGACGGACATTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102321 AAGCTTTGCCCCTGGATACCCCTTCCTCTGTGGAGACGGACATTTCCTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 TCCAGGAAGCAATCAGAGGAGCCCTTCACCACTGTCTTAGAGAATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102371 TCCAGGAAGCAATCAGAGGAGCCCTTCACCACTGTCTTAGAGAATGGAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 AGGCATGGTCTCTTCTACTTCCTTCAATGGAGGCGTCTCTCCTCACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102421 AGGCATGGTCTCTTCTACTTCCTTCAATGGAGGCGTCTCTCCTCACAACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 GGGGAGATTCTGGTCCCCCCTGCAAAAAATCTCGGAAGGAGAAGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102471 GGGGAGATTCTGGTCCCCCCTGCAAAAAATCTCGGAAGGAGAAGAAGCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 ACAGGATCAGGGCCATTAGGAAACAG         CTATGTGGAAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102521 ACAGGATCAGGGCCATTAGGAAACAGGTA...TAGCTATGTGGAAAGGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 AAGGTCAGTGCATGAGAAGAATGGGAAAAAGATATGTACCCTGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102722 AAGGTCAGTGCATGAGAAGAATGGGAAAAAGATATGTACCCTGCCCAGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 CACCTTCCCCCTTGGCTTCCTTGGCCCCAGTTGCTGATTCCTCCACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102772 CACCTTCCCCCTTGGCTTCCTTGGCCCCAGTTGCTGATTCCTCCACGAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 GTGGACTCTCCCAGCCATGGCCTGGTGACCAGCTCCCTCTGCATCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102822 GTGGACTCTCCCAGCCATGGCCTGGTGACCAGCTCCCTCTGCATCCCTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 TCCAGCCCGGCTGTCCCAAACCCCCCATTCACAGCCTCCTCGGCCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102872 TCCAGCCCGGCTGTCCCAAACCCCCCATTCACAGCCTCCTCGGCCTGGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 CTTGCAAG         ACAAGTGTGGCCACACAATGCGATCCAGAAGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 CTTGCAAGGTA...CAGACAAGTGTGGCCACACAATGCGATCCAGAAGAG

   2250     .    :    .    :
   2197 ATCATCGTGCTCTCAGACTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||
 103157 ATCATCGTGCTCTCAGACTCTGAT