seq1 = pF1KB6227.tfa, 2016 bp
seq2 = pF1KB6227/gi568815581f_66202852.tfa (gi568815581f:66202852_66904034), 701183 bp

>pF1KB6227 2016
>gi568815581f:66202852_66904034 (Chr17)

1-173  (100001-100173)   100% ->
174-205  (103245-103276)   100% ->
206-288  (293350-293432)   100% ->
289-400  (438504-438615)   100% ->
401-529  (442532-442660)   100% ->
530-686  (484260-484416)   100% ->
687-821  (485451-485585)   100% ->
822-918  (486100-486196)   98% ->
919-1056  (529837-529974)   100% ->
1057-1230  (532638-532811)   100% ->
1231-1322  (535913-536004)   100% ->
1323-1385  (538808-538870)   100% ->
1386-1524  (539771-539909)   100% ->
1525-1605  (571136-571216)   100% ->
1606-1713  (584016-584123)   99% ->
1714-1854  (585988-586128)   100% ->
1855-2016  (601022-601183)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGACGTTTTCCCGGGCAACGACTCCACGGCGTCTCAGGACGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGACGTTTTCCCGGGCAACGACTCCACGGCGTCTCAGGACGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCGCTTCGCCCGCAAAGGGGCGCTGAGGCAGAAGAACGTGCACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCGCTTCGCCCGCAAAGGGGCGCTGAGGCAGAAGAACGTGCACGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGGACCACAAATTCATCGCGCGCTTCTTCAAGCAGCCCACCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGGACCACAAATTCATCGCGCGCTTCTTCAAGCAGCCCACCTTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCACTGCACCGACTTCATCTG         GGGGTTTGGGAAACAAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100151 AGCCACTGCACCGACTTCATCTGGTA...CAGGGGGTTTGGGAAACAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCCAGTGCCAAG         TTTGCTGTTTTGTGGTCCACAAGAGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103263 CTTCCAGTGCCAAGGTA...CAGTTTGCTGTTTTGTGGTCCACAAGAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCATGAATTTGTTACTTTTTCTTGTCCGGGTGCGGATAAGGGACCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293377 GCCATGAATTTGTTACTTTTTCTTGTCCGGGTGCGGATAAGGGACCCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTGAT         GACCCCAGGAGCAAGCACAAGTTCAAAATCCACAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293427 ACTGATGTA...CAGGACCCCAGGAGCAAGCACAAGTTCAAAATCCACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTACGGAAGCCCCACCTTCTGCGATCACTGTGGGTCACTGCTCTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 438539 TTACGGAAGCCCCACCTTCTGCGATCACTGTGGGTCACTGCTCTATGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTATCCATCAAGGGATGAAATGTGACA         CCTGCGATATGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 438589 TTATCCATCAAGGGATGAAATGTGACAGTA...CAGCCTGCGATATGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTTCACAAGCAATGCGTCATCAATGTCCCCAGCCTCTGCGGAATGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442546 GTTCACAAGCAATGCGTCATCAATGTCCCCAGCCTCTGCGGAATGGATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACTGAGAAGAGGGGGCGGATTTACCTAAAGGCTGAGGTTGCTGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442596 CACTGAGAAGAGGGGGCGGATTTACCTAAAGGCTGAGGTTGCTGATGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTCCATGTCACAG         TACGAGATGCAAAAAATCTAATCCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 442646 AGCTCCATGTCACAGGTA...CAGTACGAGATGCAAAAAATCTAATCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGATCCAAACGGGCTTTCAGATCCTTATGTGAAGCTGAAACTTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 484286 ATGGATCCAAACGGGCTTTCAGATCCTTATGTGAAGCTGAAACTTATTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATCCCAAGAATGAAAGCAAGCAAAAAACCAAAACCATCCGCTCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 484336 TGATCCCAAGAATGAAAGCAAGCAAAAAACCAAAACCATCCGCTCCACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAAATCCGCAGTGGAATGAGTCCTTTACATT         CAAATTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 484386 TAAATCCGCAGTGGAATGAGTCCTTTACATTGTA...TAGCAAATTGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTTCAGACAAAGACCGACGACTGTCTGTAGAAATCTGGGACTGGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 485461 CCTTCAGACAAAGACCGACGACTGTCTGTAGAAATCTGGGACTGGGATCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACAACAAGGAATGACTTCATGGGATCCCTTTCCTTTGGAGTTTCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 485511 AACAACAAGGAATGACTTCATGGGATCCCTTTCCTTTGGAGTTTCGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGATGAAGATGCCGGCCAGTGGATG         GTACAAGTTACTTAAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||| ||||||
 485561 TGATGAAGATGCCGGCCAGTGGATGGTA...AAGGTACAAGTTGCTTAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAGAAGAAGGTGAGTACTACAACGTACCCATTCCGGAAGGGGACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 486116 CAAGAAGAAGGTGAGTACTACAACGTACCCATTCCGGAAGGGGACGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGGAAACATGGAACTCAGGCAGAAATTCGAG         AAAGCCAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 486166 AGGAAACATGGAACTCAGGCAGAAATTCGAGGTG...TAGAAAGCCAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGGCCCTGCTGGCAACAAAGTCATCAGTCCCTCTGAAGACAGGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 529847 TTGGCCCTGCTGGCAACAAAGTCATCAGTCCCTCTGAAGACAGGAAACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTTCCAACAACCTTGACCGAGTGAAACTCACGGACTTCAATTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 529897 CCTTCCAACAACCTTGACCGAGTGAAACTCACGGACTTCAATTTCCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGTGTTGGGAAAGGGGAGTTTTGGAAAG         GTGATGCTTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 529947 GGTGTTGGGAAAGGGGAGTTTTGGAAAGGTA...CAGGTGATGCTTGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAGGAAGGGCACAGAAGAACTGTATGCAATCAAAATCCTGAAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532651 ACAGGAAGGGCACAGAAGAACTGTATGCAATCAAAATCCTGAAGAAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGGTGATTCAGGATGATGACGTGGAGTGCACCATGGTAGAAAAGCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532701 GTGGTGATTCAGGATGATGACGTGGAGTGCACCATGGTAGAAAAGCGAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTGGCCCTGCTTGACAAACCCCCGTTCTTGACGCAGCTGCACTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532751 CTTGGCCCTGCTTGACAAACCCCCGTTCTTGACGCAGCTGCACTCCTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCAGACAGTG         GATCGGCTGTACTTCGTCATGGAATATGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 532801 TCCAGACAGTGGTA...CAGGATCGGCTGTACTTCGTCATGGAATATGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AACGGTGGGGACCTCATGTACCACATTCAGCAAGTAGGAAAATTTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 535943 AACGGTGGGGACCTCATGTACCACATTCAGCAAGTAGGAAAATTTAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACCACAAGCAGT         ATTCTATGCGGCAGAGATTTCCATCGGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 535993 ACCACAAGCAGTGTG...CAGATTCTATGCGGCAGAGATTTCCATCGGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGTTCTTTCTTCATAAAAGAGGAATCATTTATAG         GGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 538837 TGTTCTTTCTTCATAAAAGAGGAATCATTTATAGGTG...CAGGGATCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAGTTAGATAACGTCATGTTGGATTCAGAAGGACATATCAAAATTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 539778 AAGTTAGATAACGTCATGTTGGATTCAGAAGGACATATCAAAATTGCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTTTGGGATGTGCAAGGAACACATGATGGATGGAGTCACGACCAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 539828 CTTTGGGATGTGCAAGGAACACATGATGGATGGAGTCACGACCAGGACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCTGTGGGACTCCAGATTATATCGCCCCAGAG         ATAATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 539878 TCTGTGGGACTCCAGATTATATCGCCCCAGAGGTA...CAGATAATCGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TATCAGCCGTATGGAAAATCTGTGGACTGGTGGGCCTATGGCGTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571145 TATCAGCCGTATGGAAAATCTGTGGACTGGTGGGCCTATGGCGTCCTGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GTATGAAATGCTTGCCGGGCAG         CCTCCATTTGATGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 571195 GTATGAAATGCTTGCCGGGCAGGTA...CAGCCTCCATTTGATGGTGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ATGAAGACGAGCTATTTCAGTCTATCATGGAGCACAACGTTTCCTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584035 ATGAAGACGAGCTATTTCAGTCTATCATGGAGCACAACGTTTCCTATCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AAATCCTTGTCCAAGGAGGCTGTTTCTATCTGCAAAGGA         CT
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||>>>...>>>||
 584085 AAATCCTTGTCCAAGGAGGCTGTTTCTGTCTGCAAAGGAGTA...TAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GATGACCAAACACCCAGCCAAGCGGCTGGGCTGTGGGCCTGAGGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 585990 GATGACCAAACACCCAGCCAAGCGGCTGGGCTGTGGGCCTGAGGGGGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GGGACGTGAGAGAGCATGCCTTCTTCCGGAGGATCGACTGGGAAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 586040 GGGACGTGAGAGAGCATGCCTTCTTCCGGAGGATCGACTGGGAAAAACTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GAGAACAGGGAGATCCAGCCACCATTCAAGCCCAAAGTG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 586090 GAGAACAGGGAGATCCAGCCACCATTCAAGCCCAAAGTGGTG...CAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TGGCAAAGGAGCAGAGAACTTTGACAAGTTCTTCACACGAGGACAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 601024 TGGCAAAGGAGCAGAGAACTTTGACAAGTTCTTCACACGAGGACAGCCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TCTTAACACCACCTGATCAGCTGGTTATTGCTAACATAGACCAGTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 601074 TCTTAACACCACCTGATCAGCTGGTTATTGCTAACATAGACCAGTCTGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 TTTGAAGGGTTCTCGTATGTCAACCCCCAGTTTGTGCACCCCATCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 601124 TTTGAAGGGTTCTCGTATGTCAACCCCCAGTTTGTGCACCCCATCTTACA

   2150     .    :
   2007 GAGTGCAGTA
        ||||||||||
 601174 GAGTGCAGTA