seq1 = pF1KB6207.tfa, 1995 bp
seq2 = pF1KB6207/gi568815579f_14595009.tfa (gi568815579f:14595009_14819322), 224314 bp

>pF1KB6207 1995
>gi568815579f:14595009_14819322 (Chr19)

1-127  (100000-100125)   99% ->
128-223  (100558-100653)   100% ->
224-306  (104191-104273)   100% ->
307-423  (110046-110162)   100% ->
424-511  (111678-111765)   98% ->
512-600  (120374-120462)   100% ->
601-727  (121104-121230)   100% ->
728-823  (121986-122081)   100% ->
824-900  (122649-122725)   100% ->
901-1995  (123220-124314)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATCCGTCACCTTTGAGGATGTGGCCGTGGAGTTCATCCAGGAGTG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGAATCCGTCACCTTTGAGGATGTGGCCGTGGAGTTCATCCAGGAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCATTGCTGGACAGCGCACGGAGGAGCCTGTGCAAATACAGGATGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GGCATTGCTGGACAGCGCACGGAGGAGCCTGTGCAAATACAGGATGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGTGCAGGACCCTGGCCTCCAGGG         GAACTCCACCATGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100099 ACCAGTGCAGGACCCTGGCCTCCAGGGGTA...CAGGAACTCCACCATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAACCCAGTTGTGTCTCCCAGCTGGGGCAAAGAGCAGAGCCAAAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 AAACCCAGTTGTGTCTCCCAGCTGGGGCAAAGAGCAGAGCCAAAGGCAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAACGAGGGATTCTCCGTGCCACAGGTGTTG         CCTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100622 AGAACGAGGGATTCTCCGTGCCACAGGTGTTGGTG...CAGCCTGGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCAACTTAAACCCGAAGAGTTGCCTTCTATGCAGGATCTTTTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 CTCAACTTAAACCCGAAGAGTTGCCTTCTATGCAGGATCTTTTGGAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCATCCTCCAGGGACATGCAAATG         GGGCCGGGGCTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104250 GCATCCTCCAGGGACATGCAAATGGTA...CAGGGGCCGGGGCTGTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGGATGCAGCTGGTGCCCTCCATAGAAGAGAGGGAGACACCATTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110063 GAGGATGCAGCTGGTGCCCTCCATAGAAGAGAGGGAGACACCATTGACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAGGACCGGCCAGCTCTCCAGGAGCCGCCTTGGTCTCTGGGATGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110113 GAGAGGACCGGCCAGCTCTCCAGGAGCCGCCTTGGTCTCTGGGATGCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          GGACTGAAGGCCGCTATGCAGATTCAGAGGGTGGTGATACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110163 GTA...CAGGGACTGAAGGCCGCTATGCAGATTCAGAGGGTGGTGATACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTGCCTACACTGGGCCACCGCAACCCATGGGTGGCCAGGGATTCTG   
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111719 AGTGCCTACTCTGGGCCACCGCAACCCATGGGTGGCCAGGGATTCTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    512       CTGTGCCTGCACGTGACCCTGCCTGGCTTCAGGAGGACAAAGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111769 ...TAGCTGTGCCTGCACGTGACCCTGCCTGGCTTCAGGAGGACAAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGAAGAAGCTATGGCTCCTGGGCTGCCAACCGCCTGTTCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120418 GAGGAAGAAGCTATGGCTCCTGGGCTGCCAACCGCCTGTTCACAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601     GAACCAGTCACCTTTGCAGATGTGGCTGTGGTGTTCACCCCAGAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120468 .TAGGAACCAGTCACCTTTGCAGATGTGGCTGTGGTGTTCACCCCAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AATGGGTGTTTCTGGACTCTACTCAGAGGAGCCTGTATAGAGATGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121150 AATGGGTGTTTCTGGACTCTACTCAGAGGAGCCTGTATAGAGATGTGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGGAGAACTACAGGAACCTGGCCTCTGTGG         CTGATCAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 121200 CTGGAGAACTACAGGAACCTGGCCTCTGTGGGTA...CAGCTGATCAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTGCAAACCCAATGCGTTGTCTTATTTGGAAGAAAGAGGAGAGCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121996 GTGCAAACCCAATGCGTTGTCTTATTTGGAAGAAAGAGGAGAGCAGTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCACTGACAGGGGCGTCCTCTCAGACACCTGTGCAG         AACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122046 CCACTGACAGGGGCGTCCTCTCAGACACCTGTGCAGGTG...CAGAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGTGTCAACCCCAAGAGGCAATTCCTAGCCAAGATACTTTTACAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122654 CAGTGTCAACCCCAAGAGGCAATTCCTAGCCAAGATACTTTTACAGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGTCCATTGATGTGAAAGGG         GAGCAACCTCAGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122704 CCTGTCCATTGATGTGAAAGGGGTA...CAGGAGCAACCTCAGCCTGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAAAACTCTATAAATATAATGAACTTGAGAAACCTTTTAACAGCATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123239 AAAAACTCTATAAATATAATGAACTTGAGAAACCTTTTAACAGCATTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCACTTTTCCAGTACCAGAGAATTCATGCTGGAGAGGCATCCTGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123289 CCACTTTTCCAGTACCAGAGAATTCATGCTGGAGAGGCATCCTGTGAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCAAGAGATTAGAAATTCCTTCTTCCAGAGTGCCCACCTAATTGTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123339 TCAAGAGATTAGAAATTCCTTCTTCCAGAGTGCCCACCTAATTGTGCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGAAAATCCGTAGTGGGGATAAATCCTATGCATGTAACAAATGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123389 AGAAAATCCGTAGTGGGGATAAATCCTATGCATGTAACAAATGTGAAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCTTCAGATACAGCTCTGACCTTATCAGGCATGAGAAGACTCATACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123439 TCCTTCAGATACAGCTCTGACCTTATCAGGCATGAGAAGACTCATACTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGAGAAGTGCTTTGACTGTCAAGAATGTGGGCAAGCCTTCAAATATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123489 AGAGAAGTGCTTTGACTGTCAAGAATGTGGGCAAGCCTTCAAATATTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CGAATCTCCGGCGACACATGAGAACCCATACCGGAGAGAAGCCATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123539 CGAATCTCCGGCGACACATGAGAACCCATACCGGAGAGAAGCCATTTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGTAGTCAGTGTGGGAAAACCTTCACGAGGAACTTTAACCTGATTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123589 TGTAGTCAGTGTGGGAAAACCTTCACGAGGAACTTTAACCTGATTTTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCAGAGAAACCACACAGGAGAGAAGCCCTACGAGTGTAAAGATTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123639 CCAGAGAAACCACACAGGAGAGAAGCCCTACGAGTGTAAAGATTGTGGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAGCCTTCAATCAGCCATCATCCCTCAGGAGCCACGTGAGAACTCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123689 AAGCCTTCAATCAGCCATCATCCCTCAGGAGCCACGTGAGAACTCACACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGAGAGAAGCCCTTTGAATGCAGCCAGTGTGGGAAAGCCTTCAGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123739 GGAGAGAAGCCCTTTGAATGCAGCCAGTGTGGGAAAGCCTTCAGGGAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTCTTCACTGAAGACACATCTGCGAACCCATACCAGAGAGAAACCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123789 CTCTTCACTGAAGACACATCTGCGAACCCATACCAGAGAGAAACCATATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AATGCAACCAGTGTGGCAAGCCCTTCCGGACGAGCACTCATCTGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123839 AATGCAACCAGTGTGGCAAGCCCTTCCGGACGAGCACTCATCTGAACGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CACAAGAGGATACACACAGGGGAGAAACTGTATGAGTGCGCGACTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123889 CACAAGAGGATACACACAGGGGAGAAACTGTATGAGTGCGCGACTTGCGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TCAGGTCTTGAGTCGTCTTTCAACCCTGAAGAGTCACATGCGAACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123939 TCAGGTCTTGAGTCGTCTTTCAACCCTGAAGAGTCACATGCGAACTCACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CTGGAGAGAAGCCCTATGTGTGCCAGGAATGTGGGCGAGCCTTCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123989 CTGGAGAGAAGCCCTATGTGTGCCAGGAATGTGGGCGAGCCTTCAGTGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CCCTCATCCCTCAGGAAACATGCAAGGACTCACAGTGGCAAGAAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124039 CCCTCATCCCTCAGGAAACATGCAAGGACTCACAGTGGCAAGAAGCCCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGCATGCCAGGAATGCGGGCGAGCCTTTGGTCAGTCTTCACATCTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124089 TGCATGCCAGGAATGCGGGCGAGCCTTTGGTCAGTCTTCACATCTTATTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TACATGTGAGAACACACAGTGCCGGGAGACCCTATCAATGTAATCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124139 TACATGTGAGAACACACAGTGCCGGGAGACCCTATCAATGTAATCAGTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAGAAAGCCTTCAGGCACAGCTCCTCACTCACTGTACACAAAAGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124189 GAGAAAGCCTTCAGGCACAGCTCCTCACTCACTGTACACAAAAGAACCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TGTGGGAAGAGAGACCATTAGGAATGGCAGCCTGCCTTTATCCATGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124239 TGTGGGAAGAGAGACCATTAGGAATGGCAGCCTGCCTTTATCCATGTCTC

   2050     .    :    .    :    .
   1970 ATCCATACTGTGGGCCCCTTGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 124289 ATCCATACTGTGGGCCCCTTGCTAAT