seq1 = pF1KB6203.tfa, 1989 bp
seq2 = pF1KB6203/gi568815597f_17208223.tfa (gi568815597f:17208223_17463752), 255530 bp

>pF1KB6203 1989
>gi568815597f:17208223_17463752 (Chr1)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-273  (122747-122927)   98% ->
274-340  (125721-125787)   98% ->
341-408  (127937-128004)   98% ->
409-526  (129816-129933)   100% ->
527-652  (131466-131591)   100% ->
653-831  (133721-133899)   99% ->
832-935  (134077-134180)   100% ->
936-1047  (137806-137917)   100% ->
1048-1155  (139719-139826)   100% ->
1156-1310  (146311-146465)   100% ->
1311-1455  (147761-147905)   100% ->
1456-1558  (148135-148237)   100% ->
1559-1629  (150616-150686)   100% ->
1630-1758  (151058-151186)   100% ->
1759-1989  (155300-155530)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGGGGACATTGATCCGTGTGACCCCAGAGCAGCCCACCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGGGGACATTGATCCGTGTGACCCCAGAGCAGCCCACCCATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGTGTGTGCTGGGCACCTTGACTCAGCTTGACATCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CGTGTGTGTGCTGGGCACCTTGACTCAGCTTGACATCTGCAGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  CTCTGCCCCTGAGGACTGCACGTCCTTCAGCATCAACGCCTCCCCAGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122746 GCTCTGCCCCTGAGGACTGCACGTCCTTCAGCATCAACGCCTCCCCAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGTCGTGGATATTGCCCACAGCCCTCCAGCCAAGAAGAAATCCACAGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 122796 GTGGTCGTGGATATTGCCCACGGCCCTCCAGCCAAGAAGAAATCCACAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCCTCCACATGGCCCCTGGACCCTGGGGTAGAGGTGACCCTGACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122846 TTCCTCCACATGGCCCCTGGACCCTGGGGTAGAGGTGACCCTGACGATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCGGCCAGTGGTAGCACAGGCGACCAGAAG         GTTCAGATT
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122896 AAGTGGCCAGTGGTAGCACAGGCGACCAGAAGGTG...TAGGTTCAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCATACTACGGACCCAAGACTCCACCAGTCAAAGCTCTACTCTACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125730 TCATACTACGGACCCAAGACTCCACCAGTCAAAGCTCTACTCTACCTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCGGTGG         AAATCTCCCTGTGCGCAGACATCACCCGCACCG
        || |||||>>>...>>>|||||||| ||||||||||||||||||||||||
 125780 CGGGGTGGGTA...CAGAAATCTCCTTGTGCGCAGACATCACCCGCACCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAAGTGAAGCCAACCAGAGCTGTGAAAGATCAG         AGGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127970 GCAAAGTGAAGCCAACCAGAGCTGTGAAAGATCAGGTA...CAGAGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGACCTGGGGCCCTTGTGGACAGGGTGCCATCCTGCTGGTGAACTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129822 TGGACCTGGGGCCCTTGTGGACAGGGTGCCATCCTGCTGGTGAACTGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGAGACAATCTCGAATCTTCTGCCATGGACTGCGAGGATGATGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129872 CAGAGACAATCTCGAATCTTCTGCCATGGACTGCGAGGATGATGAAGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGACAGCGAAG         ACCTGCAGGACATGTCGCTGATGACCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 129922 TTGACAGCGAAGGTA...CAGACCTGCAGGACATGTCGCTGATGACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCACGAAGACCCCCAAGGACTTCTTCACAAACCATACACTGGTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131495 AGCACGAAGACCCCCAAGGACTTCTTCACAAACCATACACTGGTGCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTGGCCAGGTCTGAGATGGACAAAGTGAGGGTGTTTCAGGCCACAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 131545 CGTGGCCAGGTCTGAGATGGACAAAGTGAGGGTGTTTCAGGCCACACGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653       GGGGCAAACTGTCCTCCAAGTGCAGCGTAGTCTTGGGTCCCAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131595 ...TAGGGGGCAAACTGTCCTCCAAGTGCAGCGTAGTCTTGGGTCCCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGCCCTCTCACTACCTGATGGTCCCCGGTGGAAAGCACAACATGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133765 TGGCCCTCTCACTACCTGATGGTCCCCGGTGGAAAGCACAACATGGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTACGTGGAGGCCCTCGCTTTCCCGGACACCAACTTCCCGGGGCTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 133815 CTACGTGGAGGCCCTCGCTTTCCCGGACACCGACTTCCCGGGGCTCATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCTCACCATCTCCCTGCTGGACACGTCCAACCTG         GAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 133865 CCCTCACCATCTCCCTGCTGGACACGTCCAACCTGGTA...CAGGAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCCGAGGCTGTGGTGTTCCAAGACAGCGTGGTCTTCCGCGTGGCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134083 CCCGAGGCTGTGGTGTTCCAAGACAGCGTGGTCTTCCGCGTGGCGCCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATCATGACCCCCAACACCCAGCCCCCGCAGGAGGTGTACGCGTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 134133 GATCATGACCCCCAACACCCAGCCCCCGCAGGAGGTGTACGCGTGCAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936        TATTTTTGAAAATGAGGACTTCCTGAAGTCAGTGACTACTCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134183 G...TAGTATTTTTGAAAATGAGGACTTCCTGAAGTCAGTGACTACTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCATGAAAGCCAAGTGCAAGCTGACCATCTGCCCTGAGGAGGAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137849 GCCATGAAAGCCAAGTGCAAGCTGACCATCTGCCCTGAGGAGGAGAACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGATGACCAGTGGATGCAG         GATGAAATGGAGATCGGCTACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 137899 GGATGACCAGTGGATGCAGGTA...CAGGATGAAATGGAGATCGGCTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCAAGCCCCACACAAAACGCTGCCCGTGGTCTTCGACTCTCCAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139741 TCCAAGCCCCACACAAAACGCTGCCCGTGGTCTTCGACTCTCCAAGGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGAGGCCTGAAGGAGTTTCCCATCAAACGCGTGATG         GGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 139791 AGAGGCCTGAAGGAGTTTCCCATCAAACGCGTGATGGTA...CAGGGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGATTTTGGCTATGTAACTCGAGGGCCCCAAACAGGGGGTATCAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146316 AGATTTTGGCTATGTAACTCGAGGGCCCCAAACAGGGGGTATCAGTGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGACTCCTTTGGGAACCTGGAAGTGAGCCCCCCAGTCACAGTCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146366 TGGACTCCTTTGGGAACCTGGAAGTGAGCCCCCCAGTCACAGTCAGGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGGAATACCCGCTGGGCAGGATTCTCTTCGGGGACAGCTGTTATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146416 AAGGAATACCCGCTGGGCAGGATTCTCTTCGGGGACAGCTGTTATCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311          CAATGACAGCCGGCAGATGCACCAGGCCCTGCAGGACTTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146466 GTA...CAGCAATGACAGCCGGCAGATGCACCAGGCCCTGCAGGACTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCAGTGCCCAGCAGGTGCAGGCCCCTGTGAAGCTCTATTCTGACTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147802 TCAGTGCCCAGCAGGTGCAGGCCCCTGTGAAGCTCTATTCTGACTGGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TCCGTGGGCCACGTGGACGAGTTCCTGAGCTTTGTGCCAGCACCCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147852 TCCGTGGGCCACGTGGACGAGTTCCTGAGCTTTGTGCCAGCACCCGACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GAAG         GGCTTCCGGCTGCTCCTGGCCAGCCCCAGGTCCTGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147902 GAAGGTA...CAGGGCTTCCGGCTGCTCCTGGCCAGCCCCAGGTCCTGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACAAACTGTTCCAGGAGCAGCAGAATGAGGGCCACGGGGAGGCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148172 ACAAACTGTTCCAGGAGCAGCAGAATGAGGGCCACGGGGAGGCCCTGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCGAAGGGATCAAGA         AAAAAAAACAGCAGAAAATAAAGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 148222 TTCGAAGGGATCAAGAGTA...CAGAAAAAAAACAGCAGAAAATAAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CATTCTGTCAAACAAGACATTGAGAGAACATAATTCATTTGTGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 150641 CATTCTGTCAAACAAGACATTGAGAGAACATAATTCATTTGTGGAGGTA.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630      AGATGCATCGACTGGAACCGCGAGCTGCTGAAGCGGGAGCTGGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150691 ..AAGAGATGCATCGACTGGAACCGCGAGCTGCTGAAGCGGGAGCTGGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTGGCCGAGAGTGACATCATTGACATCCCGCAGCTCTTCAAGCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151103 CTGGCCGAGAGTGACATCATTGACATCCCGCAGCTCTTCAAGCTCAAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GTTCTCTAAGGCGGAAGCTTTTTTCCCCAACATG         GTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 151153 GTTCTCTAAGGCGGAAGCTTTTTTCCCCAACATGGTG...CAGGTGAACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGCTGGTGCTAGGGAAGCACCTGGGCATCCCCAAGCCCTTCGGGCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155307 TGCTGGTGCTAGGGAAGCACCTGGGCATCCCCAAGCCCTTCGGGCCCGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATCAACGGCCGCTGCTGCCTGGAGGAGAAGGTGTGTTCCCTGCTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155357 ATCAACGGCCGCTGCTGCCTGGAGGAGAAGGTGTGTTCCCTGCTGGAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 ACTGGGCCTCCAGTGCACCTTCATCAACGACTTCTTCACCTACCACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155407 ACTGGGCCTCCAGTGCACCTTCATCAACGACTTCTTCACCTACCACATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GGCATGGGGAGGTGCACTGCGGCACCAACGTGCGCAGAAAGCCCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155457 GGCATGGGGAGGTGCACTGCGGCACCAACGTGCGCAGAAAGCCCTTCTCC

   2100     .    :    .    :
   1966 TTCAAGTGGTGGAACATGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||
 155507 TTCAAGTGGTGGAACATGGTGCCC