seq1 = pF1KB6201.tfa, 1989 bp
seq2 = pF1KB6201/gi568815578r_57398553.tfa (gi568815578r:57398553_57624205), 225653 bp

>pF1KB6201 1989
>gi568815578r:57398553_57624205 (Chr20)

(complement)

1-543  (100001-100543)   99% ->
544-754  (100928-101138)   100% ->
755-925  (104829-104999)   100% ->
926-1059  (105315-105448)   100% ->
1060-1180  (108372-108492)   99% ->
1181-1330  (109465-109614)   100% ->
1331-1491  (111454-111614)   100% ->
1492-1674  (115418-115600)   100% ->
1675-1840  (120605-120770)   100% ->
1841-1989  (125505-125653)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCACTGAGATCTCTGTCCTTTCTGAGCAATTCACCAAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCACTGAGATCTCTGTCCTTTCTGAGCAATTCACCAAGATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAACTCGAGTTGATGCCGGAAAAAGGCCTGAAGGAGGAGGAAAAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAACTCGAGTTGATGCCGGAAAAAGGCCTGAAGGAGGAGGAAAAAGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGTGTGCAGAGAGAAAGACCATCGGAGCCCTAGTGAGTTGGAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGTGTGCAGAGAGAAAGACCATCGGAGCCCTAGTGAGTTGGAGGCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTACCTCTGGGGCCTTCCAGGACAGCGTCCTGGAGGAAGAAGTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGTACCTCTGGGGCCTTCCAGGACAGCGTCCTGGAGGAAGAAGTGGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGCTGGCCCCCTCGGAGGAGAGCGAGAAGTACATCCTGACCCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGCTGGCCCCCTCGGAGGAGAGCGAGAAGTACATCCTGACCCTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGTGCACTTCACTTCTGAAGCTGTGGAGTTGCAGGATATGAGCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGTGCACTTCACTTCTGAAGCTGTGGAGTTGCAGGATATGAGCTTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCATACAGCAGCAAGAAGGGGTGCAGGTGGTGGTGCAACAGCCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCATACAGCAGCAAGAAGGGGTGCAGGTGGTGGTGCAACAGCCTGGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGTTGCTGTGGCTTGAGGAAGGGCCCCGGCAGAGCCTGCAGCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGTTGCTGTGGCTTGAGGAAGGGCCCCGGCAGAGCCTGCAGCAGTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCATTAGTATCCAGCAAGAGCTGTACTCCCCGCAAGAGATGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCATTAGTATCCAGCAAGAGCTGTACTCCCCGCAAGAGATGGAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGCAGTTCCACGCTCTAGAGGAGAATGTGATGGTGGCCAGTGAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGCAGTTCCACGCTCTAGAGGAGAATGTGATGGTGGCCAGTGAAGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAAGTTAGCGGTGAGCCTGGCTGAAACTGCTGGACTGATCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||>>>...>
 100501 TAAGTTAGCGGTGAGCCTGGCTGAAACTACTGGACTGATCAAGGTA...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544   CTCGAGGAAGAGCAGGAGAAGAACCAGTTATTGGCTGAAAGAACAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100926 AGCTCGAGGAAGAGCAGGAGAAGAACCAGTTATTGGCTGAAAGAACAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGCAGCTCTTTTTTGTGGAAACAATGTCAGGAGATGAAAGAAGTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100976 GAGCAGCTCTTTTTTGTGGAAACAATGTCAGGAGATGAAAGAAGTGACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AATTGTTCTCACAGTTTCAAATTCAAATGTGGAAGAACAAGAGGATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101026 AATTGTTCTCACAGTTTCAAATTCAAATGTGGAAGAACAAGAGGATCAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTACAGCTGGTCAAGCAGATGCTGAAAAGGCCAAATCTACAAAAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 CTACAGCTGGTCAAGCAGATGCTGAAAAGGCCAAATCTACAAAAAATCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGAAAGACAAAGG         GAGCAAAAGGAACCTTCCACTGTGATGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101126 AGAAAGACAAAGGGTA...TAGGAGCAAAAGGAACCTTCCACTGTGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTGCATGTTCACCTCTTCTAGAATGTCAAGTTTTAATCGTCATATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104857 CTGCATGTTCACCTCTTCTAGAATGTCAAGTTTTAATCGTCATATGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTCACACCAGTGAGAAGCCTCACCTGTGTCACCTCTGCCTGAAAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104907 CTCACACCAGTGAGAAGCCTCACCTGTGTCACCTCTGCCTGAAAACCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGTACGGTCACTCTGCTGCGGAACCATGTTAACACCCACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104957 CGTACGGTCACTCTGCTGCGGAACCATGTTAACACCCACACAGGTA...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926   GAACCAGGCCCTACAAGTGTAACGACTGCAACATGGCATTTGTCACCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105313 AGGAACCAGGCCCTACAAGTGTAACGACTGCAACATGGCATTTGTCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTGGAGAACTCGTCCGACACAGGCGCTATAAACATACTCATGAGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105363 GTGGAGAACTCGTCCGACACAGGCGCTATAAACATACTCATGAGAAACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTTAAATGTTCCATGTGCAAGTATGCCAGTGTGGAG         GCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105413 TTTAAATGTTCCATGTGCAAGTATGCCAGTGTGGAGGTA...TAGGCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TAAATTGAAGCGCCATGTCCGATCCCACACTGGGGAGCGCCCCTTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108377 TAAATTGAAGCGCCATGTCCGATCCCACACTGGGGAGCGCCCCTTTCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTTGCCAGTGCAGCTATGCCAGCAGAGACACCTACAAGCTGAAACGCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 108427 GTTGCCAGTGCAGCTATGCCAGCAGAGATACCTACAAGCTGAAACGCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ATGAGAACGCACTCAG         GTGAGAAGCCTTACGAATGCCACAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108477 ATGAGAACGCACTCAGGTA...CAGGTGAGAAGCCTTACGAATGCCACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTGCCACACCCGCTTCACCCAGAGCGGGACCATGAAAATACATATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109490 CTGCCACACCCGCTTCACCCAGAGCGGGACCATGAAAATACATATTCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AGAAACACGGCGAAAATGTCCCCAAATACCAGTGTCCCCATTGTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109540 AGAAACACGGCGAAAATGTCCCCAAATACCAGTGTCCCCATTGTGCCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ATCATTGCACGGAAAAGCGACCTAC         GTGTGCATATGCGCAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109590 ATCATTGCACGGAAAAGCGACCTACGTG...TAGGTGTGCATATGCGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTTGCATGCTTACAGCGCTGCAGAGCTGAAATGCCGCTACTGTTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111470 CTTGCATGCTTACAGCGCTGCAGAGCTGAAATGCCGCTACTGTTCTGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TCTTCCATGAACGCTATGCCCTCATTCAGCACCAGAAAACTCATAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111520 TCTTCCATGAACGCTATGCCCTCATTCAGCACCAGAAAACTCATAAGAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GAGAAGAGGTTCAAGTGCAAACACTGCAGTTATGCCTGCAAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111570 GAGAAGAGGTTCAAGTGCAAACACTGCAGTTATGCCTGCAAGCAGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492     GAACGTCATATGACCGCTCACATTCGTACCCACACTGGAGAGAAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111620 .TAGGAACGTCATATGACCGCTCACATTCGTACCCACACTGGAGAGAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CATTCACCTGCCTTTCTTGCAATAAATGTTTCCGACAGAAGCAACTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115464 CATTCACCTGCCTTTCTTGCAATAAATGTTTCCGACAGAAGCAACTTCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AACGCTCACTTCAGGAAATACCACGATGCAAATTTCATCCCGACTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115514 AACGCTCACTTCAGGAAATACCACGATGCAAATTTCATCCCGACTGTTTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CAAATGCTCCAAGTGTGGCAAAGGCTTTTCCCGCTGG         ATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115564 CAAATGCTCCAAGTGTGGCAAAGGCTTTTCCCGCTGGGTA...CAGATTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 ACCTGCACAGACATTCGGAGAAGTGTGGATCAGGGGAAGCAAAGTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120609 ACCTGCACAGACATTCGGAGAAGTGTGGATCAGGGGAAGCAAAGTCGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GCTTCAGGAAAGGGAAGAAGAACAAGAAAGAGGAAGCAGACCATCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120659 GCTTCAGGAAAGGGAAGAAGAACAAGAAAGAGGAAGCAGACCATCCTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GGAAGCCACAAAGGGTCAGAAGGAAGCTGCGAAGGGATGGAAGGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120709 GGAAGCCACAAAGGGTCAGAAGGAAGCTGCGAAGGGATGGAAGGAAGCCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CGAACGGAGACG         AAGCTGCTGCTGAGGAGGCTTCCACCACG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120759 CGAACGGAGACGGTA...AAGAAGCTGCTGCTGAGGAGGCTTCCACCACG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAGGGAGAACAGTTCCCAGGAGAGATGTTTCCTGTCGCCTGCAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125534 AAGGGAGAACAGTTCCCAGGAGAGATGTTTCCTGTCGCCTGCAGAGAAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CACAGCCAGAGTCAAAGAGGAAGTGGATGAAGGCGTGACCTGTGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125584 CACAGCCAGAGTCAAAGAGGAAGTGGATGAAGGCGTGACCTGTGAAATGC

   2050     .    :    .    :
   1970 TCCTCAACACGATGGATAAG
        ||||||||||||||||||||
 125634 TCCTCAACACGATGGATAAG