seq1 = pF1KB6193.tfa, 1986 bp
seq2 = pF1KB6193/gi568815577f_41332071.tfa (gi568815577f:41332071_41558755), 226685 bp

>pF1KB6193 1986
>gi568815577f:41332071_41558755 (Chr21)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-298  (103767-103959)   100% ->
299-436  (104945-105082)   100% ->
437-591  (107624-107778)   100% ->
592-730  (108817-108955)   99% ->
731-929  (109646-109844)   100% ->
930-1008  (111718-111796)   100% ->
1009-1131  (113378-113500)   100% ->
1132-1273  (113930-114071)   99% ->
1274-1432  (117067-117225)   100% ->
1433-1509  (119097-119173)   100% ->
1510-1758  (120551-120799)   100% ->
1759-1986  (126458-126685)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGTTTCCGAAGTGGACATCGCAAAAGCTGATCCAGCTGCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGTTTCCGAAGTGGACATCGCAAAAGCTGATCCAGCTGCTGCATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCCTCTATTACTGAATGGAGATGCTACTGTGGCCCAGAAAAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACCCTCTATTACTGAATGGAGATGCTACTGTGGCCCAGAAAAATCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCG         GTGGCTGAGAACAACCTGTGCAGCCAGTATGAGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCGGTA...CAGGTGGCTGAGAACAACCTGTGCAGCCAGTATGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGTGCGCCCCTGCATCGACCTCATTGACTCCCTGCGGGCTCTAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103803 AAGGTGCGCCCCTGCATCGACCTCATTGACTCCCTGCGGGCTCTAGGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCAGGACCTGGCCCTGCCAGCCATCGCCGTCATCGGGGACCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103853 GGAGCAGGACCTGGCCCTGCCAGCCATCGCCGTCATCGGGGACCAGAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGGCAAGAGCTCCGTGTTGGAGGCACTGTCAGGAGTTGCCCTTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103903 CGGGCAAGAGCTCCGTGTTGGAGGCACTGTCAGGAGTTGCCCTTCCCAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCAGCG         GGATCGTGACCAGATGCCCGCTGGTGCTGAAACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 GGCAGCGGTA...TAGGGATCGTGACCAGATGCCCGCTGGTGCTGAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAAACTTGTGAACGAAGATAAGTGGAGAGGCAAGGTCAGTTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104979 GAAGAAACTTGTGAACGAAGATAAGTGGAGAGGCAAGGTCAGTTACCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTACGAGATTGAGATTTCGGATGCTTCAGAGGTAGAAAAGGAAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105029 ACTACGAGATTGAGATTTCGGATGCTTCAGAGGTAGAAAAGGAAATTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAG         CCCAGAATGCCATCGCCGGGGAAGGAATGGGAATCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105079 AAAGGTG...TAGCCCAGAATGCCATCGCCGGGGAAGGAATGGGAATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCATGAGCTAATCACCCTGGAGATCAGCTCCCGAGATGTCCCGGATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107661 TCATGAGCTAATCACCCTGGAGATCAGCTCCCGAGATGTCCCGGATCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCTAATAGACCTTCCTGGCATAACCAGAGTGGCTGTGGGCAATCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107711 CTCTAATAGACCTTCCTGGCATAACCAGAGTGGCTGTGGGCAATCAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGACATTGGGTATAAG         ATCAAGACACTCATCAAGAAGTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107761 GCTGACATTGGGTATAAGGTC...CAGATCAAGACACTCATCAAGAAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCCAGAGGCAGGAGACAATCAGCCTGGTGGTGGTCCCCAGTAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108840 CATCCAGAGGCAGGAGACAATCAGCCTGGTGGTGGTCCCCAGTAATGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACATTGCCACCACAGAGGCTCTCAGCATGGCCCAGGAGGTGGACCCCGAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108890 ACATCGCCACCACAGAGGCTCTCAGCATGGCCCAGGAGGTGGACCCCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAGACAGGACCATCG         GAATCTTGACGAAGCCTGATCTGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108940 GGAGACAGGACCATCGGTG...CAGGAATCTTGACGAAGCCTGATCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGACAAAGGAACTGAAGACAAGGTTGTGGACGTGGTGCGGAACCTCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109671 GGACAAAGGAACTGAAGACAAGGTTGTGGACGTGGTGCGGAACCTCGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCACCTGAAGAAGGGTTACATGATTGTCAAGTGCCGGGGCCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109721 TCCACCTGAAGAAGGGTTACATGATTGTCAAGTGCCGGGGCCAGCAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCCAGGACCAGCTGAGCCTGTCCGAAGCCCTGCAGAGAGAGAAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109771 ATCCAGGACCAGCTGAGCCTGTCCGAAGCCCTGCAGAGAGAGAAGATCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTTGAGAACCACCCATATTTCAG         GGATCTGCTGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109821 CTTTGAGAACCACCCATATTTCAGGTG...TAGGGATCTGCTGGAGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAAAGGCCACGGTTCCCTGCCTGGCAGAAAAACTTACCAGCGAGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111735 GAAAGGCCACGGTTCCCTGCCTGGCAGAAAAACTTACCAGCGAGCTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACACATATCTGT         AAATCTCTGCCCCTGTTAGAAAATCAAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111785 ACACATATCTGTGTA...CAGAAATCTCTGCCCCTGTTAGAAAATCAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAGGAGACTCACCAGAGAATAACAGAGGAGCTACAAAAGTATGGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113407 CAAGGAGACTCACCAGAGAATAACAGAGGAGCTACAAAAGTATGGTGTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACATACCGGAAGACGAAAATGAAAAAATGTTCTTCCTGATAGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113457 ACATACCGGAAGACGAAAATGAAAAAATGTTCTTCCTGATAGATGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132    AAAATTAATGCCTTTAATCAGGACATCACTGCTCTCATGCAAGGAGA
        >>>||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113927 CAGAAAGTTAATGCCTTTAATCAGGACATCACTGCTCTCATGCAAGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAAACTGTAGGGGAGGAAGACATTCGGCTGTTTACCAGACTCCGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113977 GGAAACTGTAGGGGAGGAAGACATTCGGCTGTTTACCAGACTCCGACACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGTTCCACAAATGGAGTACAATAATTGAAAACAATTTTCAAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114027 AGTTCCACAAATGGAGTACAATAATTGAAAACAATTTTCAAGAAGGTG..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274     GCCATAAAATTTTGAGTAGAAAAATCCAGAAATTTGAAAATCAGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114077 .TAGGCCATAAAATTTTGAGTAGAAAAATCCAGAAATTTGAAAATCAGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCGTGGTAGAGAGCTGCCAGGCTTTGTGAATTACAGGACATTTGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117113 TCGTGGTAGAGAGCTGCCAGGCTTTGTGAATTACAGGACATTTGAGACAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCGTGAAACAGCAAATCAAGGCACTGGAAGAGCCGGCTGTGGATATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117163 TCGTGAAACAGCAAATCAAGGCACTGGAAGAGCCGGCTGTGGATATGCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CACACCGTGACGG         ATATGGTCCGGCTTGCTTTCACAGATGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117213 CACACCGTGACGGGTG...TAGATATGGTCCGGCTTGCTTTCACAGATGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTCGATAAAAAATTTTGAAGAGTTTTTTAACCTCCACAGAACCGCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119125 TTCGATAAAAAATTTTGAAGAGTTTTTTAACCTCCACAGAACCGCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1510         TCCAAAATTGAAGACATTAGAGCAGAACAAGAGAGAGAAGGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119175 TA...TAGTCCAAAATTGAAGACATTAGAGCAGAACAAGAGAGAGAAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAGAAGCTGATCCGCCTCCACTTCCAGATGGAACAGATTGTCTACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120593 GAGAAGCTGATCCGCCTCCACTTCCAGATGGAACAGATTGTCTACTGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGACCAGGTATACAGGGGTGCATTGCAGAAGGTCAGAGAGAAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120643 GGACCAGGTATACAGGGGTGCATTGCAGAAGGTCAGAGAGAAGGAGCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAGAAGAAAAGAAGAAGAAATCCTGGGATTTTGGGGCTTTCCAGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120693 AAGAAGAAAAGAAGAAGAAATCCTGGGATTTTGGGGCTTTCCAGTCCAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TCGGCAACAGACTCTTCCATGGAGGAGATCTTTCAGCACCTGATGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120743 TCGGCAACAGACTCTTCCATGGAGGAGATCTTTCAGCACCTGATGGCCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TCACCAG         GAGGCCAGCAAGCGCATCTCCAGCCACATCCCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120793 TCACCAGGTA...CAGGAGGCCAGCAAGCGCATCTCCAGCCACATCCCTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGATCATCCAGTTCTTCATGCTCCAGACGTACGGCCAGCAGCTTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126492 TGATCATCCAGTTCTTCATGCTCCAGACGTACGGCCAGCAGCTTCAGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GCCATGCTGCAGCTCCTGCAGGACAAGGACACCTACAGCTGGCTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126542 GCCATGCTGCAGCTCCTGCAGGACAAGGACACCTACAGCTGGCTCCTGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGAGCGGAGCGACACCAGCGACAAGCGGAAGTTCCTGAAGGAGCGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126592 GGAGCGGAGCGACACCAGCGACAAGCGGAAGTTCCTGAAGGAGCGGCTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CACGGCTGACGCAGGCTCGGCGCCGGCTTGCCCAGTTCCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126642 CACGGCTGACGCAGGCTCGGCGCCGGCTTGCCCAGTTCCCCGGT