seq1 = pF1KB6189.tfa, 1980 bp
seq2 = pF1KB6189/gi568815593f_168386499.tfa (gi568815593f:168386499_168619187), 232689 bp

>pF1KB6189 1980
>gi568815593f:168386499_168619187 (Chr5)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-180  (102104-102238)   100% ->
181-369  (106161-106349)   100% ->
370-478  (107396-107504)   100% ->
479-579  (108052-108152)   100% ->
580-701  (108817-108938)   100% ->
702-822  (110730-110850)   100% ->
823-952  (114093-114222)   100% ->
953-1057  (115503-115607)   100% ->
1058-1236  (119523-119701)   100% ->
1237-1346  (120224-120333)   100% ->
1347-1452  (124083-124188)   100% ->
1453-1625  (130280-130452)   99% ->
1626-1873  (131317-131564)   100% ->
1874-1980  (132583-132689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTACTGGTGTCTGAGTGCTCCGCGCGGCTGCTGCAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGACGTACTGGTGTCTGAGTGCTCCGCGCGGCTGCTGCAGCAGGTT..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GAAGAAGAGATTAAATCTCTGACTGCTGAAATTGACCGGTTGAAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGAAGAAGAGATTAAATCTCTGACTGCTGAAATTGACCGGTTGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGTGGCTGTTTAGGAGCTTCTCCAAATTTGGAGCAGTTACAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102150 ACTGTGGCTGTTTAGGAGCTTCTCCAAATTTGGAGCAGTTACAAGAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTTAAAATTAAAGTATCGACTGAATATTCTTCGAAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102200 AATTTAAAATTAAAGTATCGACTGAATATTCTTCGAAAGGTG...CAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTCAGGCAGAAAGGAACAAACCAACTAAAAATATGATTAACATTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106163 TCTTCAGGCAGAAAGGAACAAACCAACTAAAAATATGATTAACATTATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCGCCTACAAGAGGTCTTTGGTCATGCAATTAAGGCTGCATATCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106213 GCCGCCTACAAGAGGTCTTTGGTCATGCAATTAAGGCTGCATATCCAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGAAAATCCTCCTCTGCTAGTGACACCAAGTCAGCAGGCCAAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106263 TTGGAAAATCCTCCTCTGCTAGTGACACCAAGTCAGCAGGCCAAGTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACTATCAGTGTAATAGTGCTATGGGTATTTCTCAG         ATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106313 GGACTATCAGTGTAATAGTGCTATGGGTATTTCTCAGGTG...TAGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAAAACCAAGGAACAGAAAGTTAATCCAAGAGAAATTGCTGAAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107400 TCAAAACCAAGGAACAGAAAGTTAATCCAAGAGAAATTGCTGAAAACATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCAAACACCTCCCAGACAATGAATGTATTGAAAAAGTTGAAATTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107450 ACCAAACACCTCCCAGACAATGAATGTATTGAAAAAGTTGAAATTGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCTG         GTTTTATTAATGTCCACTTAAGAAAGGATTTTGTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107500 TCCTGGTA...TAGGTTTTATTAATGTCCACTTAAGAAAGGATTTTGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGAACAATTGACCAGTCTTCTAGTGAATGGAGTTCAACTACCTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108088 CAGAACAATTGACCAGTCTTCTAGTGAATGGAGTTCAACTACCTGCTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAGAGAATAAAAAG         GTTATAGTTGACTTTTCCTCCCCTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108138 GGAGAGAATAAAAAGGTA...CAGGTTATAGTTGACTTTTCCTCCCCTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATAGCTAAAGAGATGCATGTAGGCCACCTGAGGTCAACTATCATAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108843 TATAGCTAAAGAGATGCATGTAGGCCACCTGAGGTCAACTATCATAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAGTATAAGCCGCCTCTTTGAATTTGCAGGGTATGACGTGCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108893 AGAGTATAAGCCGCCTCTTTGAATTTGCAGGGTATGACGTGCTCAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702      GTTAAATCATGTAGGAGACTGGGGGACCCAGTTTGGCATGCTCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108943 ..TAGGTTAAATCATGTAGGAGACTGGGGGACCCAGTTTGGCATGCTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGCTCACCTGCAAGACAAATTTCCAGATTATCTAACAGTTTCACCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110775 CGCTCACCTGCAAGACAAATTTCCAGATTATCTAACAGTTTCACCTCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGGGGATCTTCAGGTCTTTTATAAG         GAATCTAAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110825 TTGGGGATCTTCAGGTCTTTTATAAGGTT...CAGGAATCTAAGAAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTGATACTGAGGAGGAATTTAAGAAGCGAGCATATCAGTGTGTAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114108 TTTGATACTGAGGAGGAATTTAAGAAGCGAGCATATCAGTGTGTAGTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCTCCAGGGTAAAAACCCAGATATTACAAAAGCTTGGAAGCTTATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114158 GCTCCAGGGTAAAAACCCAGATATTACAAAAGCTTGGAAGCTTATCTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGTCTCCCGCCAAG         AGTTAAATAAAATCTATGATGCATTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114208 ATGTCTCCCGCCAAGGTG...TAGAGTTAAATAAAATCTATGATGCATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GACGTCTCTTTAATAGAGAGAGGGGAATCCTTCTATCAAGATAGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115529 GACGTCTCTTTAATAGAGAGAGGGGAATCCTTCTATCAAGATAGGATGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGATATTGTAAAGGAATTTGAAGATAGAG         GATTTGTGCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115579 TGATATTGTAAAGGAATTTGAAGATAGAGGTA...TAGGATTTGTGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGATGATGGCAGAAAGATTGTATTTGTCCCAGGGTGTTCCATACCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119535 TGGATGATGGCAGAAAGATTGTATTTGTCCCAGGGTGTTCCATACCATTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACCATAGTAAAATCAGATGGAGGTTATACCTATGATACATCTGACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119585 ACCATAGTAAAATCAGATGGAGGTTATACCTATGATACATCTGACCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCTATTAAACAAAGACTATTTGAGGAAAAAGCAGATATGATTATCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119635 TGCTATTAAACAAAGACTATTTGAGGAAAAAGCAGATATGATTATCTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTGTGGACAATGGACAA         TCTGTGCACTTCCAGACAATATTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119685 TTGTGGACAATGGACAAGTG...TAGTCTGTGCACTTCCAGACAATATTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCTGCTGCTCAAATGATTGGTTGGTATGACCCTAAAGTAACTCGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120248 GCTGCTGCTCAAATGATTGGTTGGTATGACCCTAAAGTAACTCGAGTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCATGCTGGATTTGGTGTGGTGCTAGGGGAAGACAA         GAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120298 CCATGCTGGATTTGGTGTGGTGCTAGGGGAAGACAAGTA...TAGGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGTTTAAAACACGTTCGGGTGAAACAGTGCGCCTCATGGATCTTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124088 AGTTTAAAACACGTTCGGGTGAAACAGTGCGCCTCATGGATCTTCTGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAAGGACTAAAACGATCCATGGACAAGTTGAAGGAAAAAGAAAGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124138 GAAGGACTAAAACGATCCATGGACAAGTTGAAGGAAAAAGAAAGAGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 G         GTCTTAACTGCAGAGGAATTGAATGCTGCTCAGACATCCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124188 GGTA...AAGGTCTTAACTGCAGAGGAATTGAATGCTGCTCAGACATCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTGCGTATGGCTACATCAAATATGCTGACCTTTCCCATAACCGGTTGAAT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130320 TTGCGTATGGCTGCATCAAATATGCTGACCTTTCCCATAACCGGTTGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GACTACATCTTCTCCTTTGACAAAATGCTAGATGACAGAGGAAATACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130370 GACTACATCTTCTCCTTTGACAAAATGCTAGATGACAGAGGAAATACAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGCTTACTTGTTGTATGCCTTCACTAGAATCAG         GTCTATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 130420 TGCTTACTTGTTGTATGCCTTCACTAGAATCAGGTA...AAGGTCTATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CACGTCTGGCCAATATTGATGAAGAAATGCTCCAAAAAGCTGCTCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131325 CACGTCTGGCCAATATTGATGAAGAAATGCTCCAAAAAGCTGCTCGAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ACCAAGATTCTTTTGGATCATGAGAAGGAATGGAAACTAGGCCGGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131375 ACCAAGATTCTTTTGGATCATGAGAAGGAATGGAAACTAGGCCGGTGCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TTTACGGTTCCCTGAGATTCTGCAAAAGATTTTAGATGACTTATTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131425 TTTACGGTTCCCTGAGATTCTGCAAAAGATTTTAGATGACTTATTTCTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACACTCTCTGTGATTATATATATGAGCTGGCAACTGCTTTCACAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131475 ACACTCTCTGTGATTATATATATGAGCTGGCAACTGCTTTCACAGAGTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TATGATAGCTGCTACTGTGTGGAGAAAGATAGACAGACTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 131525 TATGATAGCTGCTACTGTGTGGAGAAAGATAGACAGACTGGTG...CAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AAAAATATTGAAGGTGAACATGTGGCGTATGCTGCTATGTGAAGCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132584 AAAAATATTGAAGGTGAACATGTGGCGTATGCTGCTATGTGAAGCAGTAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CTGCTGTCATGGCCAAGGGGTTTGATATCCTGGGAATAAAACCTGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132634 CTGCTGTCATGGCCAAGGGGTTTGATATCCTGGGAATAAAACCTGTCCAA

   2100     .
   1975 AGGATG
        ||||||
 132684 AGGATG