seq1 = pF1KB6187.tfa, 1980 bp
seq2 = pF1KB6187/gi568815597r_40928197.tfa (gi568815597r:40928197_41252674), 324478 bp

>pF1KB6187 1980
>gi568815597r:40928197_41252674 (Chr1)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-147  (100991-101061)   100% ->
148-382  (109563-109797)   100% ->
383-471  (135665-135753)   100% ->
472-715  (139149-139392)   100% ->
716-948  (177224-177456)   100% ->
949-1075  (181954-182080)   100% ->
1076-1276  (203785-203985)   100% ->
1277-1468  (206077-206268)   100% ->
1469-1648  (215134-215313)   100% ->
1649-1714  (218627-218692)   100% ->
1715-1857  (223949-224091)   100% ->
1858-1980  (224356-224478)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGTTTGCTACAGTGTTTTAGCTTGTGAGATTCTCTGGGACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGTTTGCTACAGTGTTTTAGCTTGTGAGATTCTCTGGGACCTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTCCATCATGGGGTCACCTCTAG         GTCATTTTACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CTGCTCCATCATGGGGTCACCTCTAGGTG...CAGGTCATTTTACCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAAATACCTAAAAGAAACATGTTCAGTCCCAGCGCCTGTCCATTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 ACAAATACCTAAAAGAAACATGTTCAGTCCCAGCGCCTGTCCATTGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCAG         TCCTACACACCTCCAAGCAACGAGTTCAAGATCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 AAGCAGGTA...CAGTCCTACACACCTCCAAGCAACGAGTTCAAGATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATGAAATTGGAAGCACAGGACCCCAGGAACACCACATCCACCTGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109598 TATGAAATTGGAAGCACAGGACCCCAGGAACACCACATCCACCTGTATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCACAGTAGTTGGACTGACAGGTGCCCGCCTTCGCCTGCGCCTTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109648 CCACAGTAGTTGGACTGACAGGTGCCCGCCTTCGCCTGCGCCTTGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCGACAACAAAAATGACTTCTGGCGGCTGGTTGACTCAGCTGAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109698 AGCGACAACAAAAATGACTTCTGGCGGCTGGTTGACTCAGCTGAAATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTATTGGGAACTGTGAAAAGAATGGGGGTATGCTACAGCCACCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109748 GCCTATTGGGAACTGTGAAAAGAATGGGGGTATGCTACAGCCACCTCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          GATTTCGGCTGAATGCGTCTTCTTGGCCCATGTTCCTTTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109798 GTG...CAGGATTTCGGCTGAATGCGTCTTCTTGGCCCATGTTCCTTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGACGCTAAATGGAGCAGAGATGGCTCCCATCAGGATTTTCCACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 135706 AAGACGCTAAATGGAGCAGAGATGGCTCCCATCAGGATTTTCCACAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GAGCCACCATCGCCTTCCCACAACTTCTTCAAAATGGGAATGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135756 A...TAGGAGCCACCATCGCCTTCCCACAACTTCTTCAAAATGGGAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTAGAAGCTGTGGACAGGAAGAACCCTCATTTCATTTGCCCAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139192 AGCTAGAAGCTGTGGACAGGAAGAACCCTCATTTCATTTGCCCAGCCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGGGGAGGTTCGGGGCTCAGAGGTGCTTGTCACTTTTGATGGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139242 ATTGGGGAGGTTCGGGGCTCAGAGGTGCTTGTCACTTTTGATGGGTGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGGGCCTTTGACTACTGGTGCCGCTTCGACTCCCGAGACATCTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139292 AGGGGCCTTTGACTACTGGTGCCGCTTCGACTCCCGAGACATCTTCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGGCTGGTGTTCCTTGACTGGAGACAACCTGCAGCCTCCTGGCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139342 TGGGCTGGTGTTCCTTGACTGGAGACAACCTGCAGCCTCCTGGCACCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         TTGTGATTCCAAAGAATCCCTATCCTGCCTCCGATGTGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139392 GGTA...CAGTTGTGATTCCAAAGAATCCCTATCCTGCCTCCGATGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACTGAGAAGCCCAGCATCCACAGCAGCACCAAAACTGTCTTGGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177264 TACTGAGAAGCCCAGCATCCACAGCAGCACCAAAACTGTCTTGGAACATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACCAGGGCAGAGGGGGCGTAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177314 AACCAGGGCAGAGGGGGCGTAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGACCCTAATTTCCCATCCCATCTCTGCCCCATCCAAGACAGCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177364 AAGACCCTAATTTCCCATCCCATCTCTGCCCCATCCAAGACAGCTGAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTTGAAATTCCCAAAGAAGAGAGGTCCCAAACCTGGCAGCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 177414 TTTGAAATTCCCAAAGAAGAGAGGTCCCAAACCTGGCAGCAAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    949   AGGAAACCTCGGACTTTGCTGAACCCACCACCTGCCTCACCAACAACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181952 AGAGGAAACCTCGGACTTTGCTGAACCCACCACCTGCCTCACCAACAACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGCACTCCTGAACCGGATACCAGCACTGTACCCCAGGATGCTGCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182002 AGCACTCCTGAACCGGATACCAGCACTGTACCCCAGGATGCTGCCACCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCCAGCTCAGCCATGCAGGCCCCAACAG         TTTGTATCTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 182052 CCCCAGCTCAGCCATGCAGGCCCCAACAGGTA...TAGTTTGTATCTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGAACAAGAATGGCAGCACAGGCCCCCACTTAGATAAGAAGAAGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203797 TGAACAAGAATGGCAGCACAGGCCCCCACTTAGATAAGAAGAAGGTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAACTCCCTGACCATTTTGGACCAGCCCGTGCCTCTGTGGTGTTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203847 CAACTCCCTGACCATTTTGGACCAGCCCGTGCCTCTGTGGTGTTGCAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGCTGTCCAGGCCTGTATCGACTGTGCTTATCACCAGAAAACCGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203897 GGCTGTCCAGGCCTGTATCGACTGTGCTTATCACCAGAAAACCGTCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GCTTCCTCAAGCAAGGCCATGGTGGTGAGGTTATCTCAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 203947 GCTTCCTCAAGCAAGGCCATGGTGGTGAGGTTATCTCAGGTA...CAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTGTTTGACCGGGAACAGCATACCCTCAACCTCCCAGCAGTCAACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206079 GTGTTTGACCGGGAACAGCATACCCTCAACCTCCCAGCAGTCAACAGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CACCTACGTCCTCCGCTTCCTGGAGAAACTCTGCCACAACCTTCGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206129 CACCTACGTCCTCCGCTTCCTGGAGAAACTCTGCCACAACCTTCGTAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACAATCTGTTTGGCAACCAGCCCTTTACACAGACTCACTTGTCACTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206179 ACAATCTGTTTGGCAACCAGCCCTTTACACAGACTCACTTGTCACTCACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCCATAGAGTACAGCCACAGCCACGACAGGTACCTACCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 206229 GCCATAGAGTACAGCCACAGCCACGACAGGTACCTACCAGGTA...CAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGAAACCTTTGTCCTGGGGAATAGTCTGGCCCGCTCCTTGGAACCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215135 TGAAACCTTTGTCCTGGGGAATAGTCTGGCCCGCTCCTTGGAACCACACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CAGACTCAATGGACTCTGCCTCAAATCCCACCAACCTTGTCAGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215185 CAGACTCAATGGACTCTGCCTCAAATCCCACCAACCTTGTCAGCACCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CAAAGGCACCGGCCCTTGCTTTCATCCTGTGGCCTCCCACCAAGCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215235 CAAAGGCACCGGCCCTTGCTTTCATCCTGTGGCCTCCCACCAAGCACTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CTCAGCTGTGCGCAGGCTATGCTCCAGGG         GAGTGTTAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 215285 CTCAGCTGTGCGCAGGCTATGCTCCAGGGGTA...CAGGAGTGTTAAAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GATCAAATGAAAGAAGGGATATGGAATCATTTTGGAAACTAAATCGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218639 GATCAAATGAAAGAAGGGATATGGAATCATTTTGGAAACTAAATCGTTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CCAG         GGTCGGACCGATACCTGGAGAGCCGCGATGCCTCTCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218689 CCAGGTA...CAGGGTCGGACCGATACCTGGAGAGCCGCGATGCCTCTCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 ACTGAGTGGCCGGGACCCCTCCTCATGGACAGTCGAGGATGTGATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223986 ACTGAGTGGCCGGGACCCCTCCTCATGGACAGTCGAGGATGTGATGCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TTGTCCGGGAAGCTGATCCTCAGCTTGGACCCCACGCTGACCTGTTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224036 TTGTCCGGGAAGCTGATCCTCAGCTTGGACCCCACGCTGACCTGTTTCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 AAACAC         GAGATCGATGGCAAGGCCCTGCTGCTGCTGCGCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224086 AAACACGTA...CAGGAGATCGATGGCAAGGCCCTGCTGCTGCTGCGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TGACATGATGATGAAGTACATGGGCCTGAAGCTGGGGCCTGCACTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224391 TGACATGATGATGAAGTACATGGGCCTGAAGCTGGGGCCTGCACTCAAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .
   1943 TCTCCTACCACATTGACCGGCTGAAGCAGGGCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224441 TCTCCTACCACATTGACCGGCTGAAGCAGGGCAAGTTC