seq1 = pF1KB6184.tfa, 2100 bp
seq2 = pF1KB6184/gi568815578f_43573805.tfa (gi568815578f:43573805_43816084), 242280 bp

>pF1KB6184 2100
>gi568815578f:43573805_43816084 (Chr20)

1-20  (93480-93499)   100% ->
21-114  (100002-100095)   100% ->
115-186  (107980-108051)   100% ->
187-279  (108990-109082)   100% ->
280-500  (113048-113268)   100% ->
501-663  (118353-118515)   100% ->
664-951  (125953-126240)   99% ->
952-1365  (128686-129099)   100% ->
1366-1505  (131415-131554)   100% ->
1506-1605  (136159-136258)   100% ->
1606-1719  (137684-137797)   100% ->
1720-1824  (139198-139302)   100% ->
1825-1974  (141330-141479)   100% ->
1975-2100  (142155-142280)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCGGCGGACGCGCTG         CGAGGATCTGGATGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  93480 ATGTCTCGGCGGACGCGCTGGTG...TAGCGAGGATCTGGATGAGCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTACCAGGACACAGATTCAGATGTGCCGGAGCAGAGGGATAGCAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 CTACCAGGACACAGATTCAGATGTGCCGGAGCAGAGGGATAGCAAGTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTCAAATGGACCCATGAGGAG         GACGAGCAGCTGAGGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100073 AGGTCAAATGGACCCATGAGGAGGTG...CAGGACGAGCAGCTGAGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGGTGAGGCAGTTTGGACAGCAGGACTGGAAGTTCCTGGCCAGCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107998 CTGGTGAGGCAGTTTGGACAGCAGGACTGGAAGTTCCTGGCCAGCCACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCT         AACCGCACTGACCAGCAATGCCAGTACAGGTGGCTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108048 CCCTGTG...CAGAACCGCACTGACCAGCAATGCCAGTACAGGTGGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAGTTTTGAATCCAGACCTTGTCAAGGGGCCATGGACCAAAGAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109027 GAGTTTTGAATCCAGACCTTGTCAAGGGGCCATGGACCAAAGAGGAAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAAAAA         GTCATCGAGCTGGTTAAGAAGTATGGCACAAAGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109077 CAAAAAGTA...AAGGTCATCGAGCTGGTTAAGAAGTATGGCACAAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTGGACACTGATTGCCAAGCACCTGAAGGGCCGGCTGGGGAAGCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113083 GTGGACACTGATTGCCAAGCACCTGAAGGGCCGGCTGGGGAAGCAGTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGAACGCTGGCACAACCACCTCAACCCTGAGGTGAAGAAGTCTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113133 GTGAACGCTGGCACAACCACCTCAACCCTGAGGTGAAGAAGTCTTGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCGAGGAGGAGGACCGCATCATCTGCGAGGCCCACAAGGTGCTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113183 ACCGAGGAGGAGGACCGCATCATCTGCGAGGCCCACAAGGTGCTGGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGCTGGGCCGAGATCGCCAAGATGTTGCCAGGGAG         GACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113233 CCGCTGGGCCGAGATCGCCAAGATGTTGCCAGGGAGGTA...CAGGACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAATGCTGTGAAGAATCACTGGAACTCTACCATCAAAAGGAAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118358 ACAATGCTGTGAAGAATCACTGGAACTCTACCATCAAAAGGAAGGTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGGAGGCTTCTTGAGCGAGTCCAAAGACTGCAAGCCCCCAGTGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118408 ACAGGAGGCTTCTTGAGCGAGTCCAAAGACTGCAAGCCCCCAGTGTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGCTGGAGCTCGAGGACAAGGACGGCCTCCAGAGTGCCCAGCCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118458 GCTGCTGGAGCTCGAGGACAAGGACGGCCTCCAGAGTGCCCAGCCCACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGGCCAG         GGAAGTCTTCTGACCAACTGGCCCTCCGTCCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118508 AAGGCCAGGTG...CAGGGAAGTCTTCTGACCAACTGGCCCTCCGTCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTACCATAAAGGAGGAGGAAAACAGTGAGGAGGAACTTGCAGCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125986 CCTACCATAAAGGAGGAGGAAAACAGTGAGGAGGAACTTGCAGCAGCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACATCGAAGGAACAGGAGCCCATCGGTACAGATCTGGACGCAGTGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126036 CACATCGAAGGAACAGGAGCCCATCGGTACAGATCTGGACGCAGTGCGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCAGAGCCCTTGGAGGAATTCCCGAAGCGTGAGGACCAGGAAGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126086 CACCAGAGCCCTTGGAGGAATTCCCGAAGCGTGAGGACCAGGAAGGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCACCAGAAACGAGCCTGCCTTACAAGTGGGTGGTGGAGGCAGCTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126136 CCACCAGAAACGAGCCTGCCTTACAAGTGGGTGGTGGAGGCAGCTAACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTCATCCCCGCTGTGGGTTCTAGCCTCTCTGAAGCCCTGGACTTGATCG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126186 CCTCATCCCTGCTGTGGGTTCTAGCCTCTCTGAAGCCCTGGACTTGATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTCG         GACCCTGATGCTTGGTGTGACCTGAGTAAATTTGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126236 AGTCGGTA...CAGGACCCTGATGCTTGGTGTGACCTGAGTAAATTTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCCCTGAGGAACCATCTGCAGAGGACAGTATCAACAACAGCCTAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128722 CTCCCTGAGGAACCATCTGCAGAGGACAGTATCAACAACAGCCTAGTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGCAAGCGTCACATCAGCAGCAAGTCCTGCCACCCCGCCAGCCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128772 GCTGCAAGCGTCACATCAGCAGCAAGTCCTGCCACCCCGCCAGCCTTCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCTGGTGCCCAGTGTGACCGAGTACCGCCTGGATGGCCACACCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128822 CCCTGGTGCCCAGTGTGACCGAGTACCGCCTGGATGGCCACACCATCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACCTGAGCCGGAGCAGCCGGGGCGAGCTGATCCCCATCTCCCCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128872 GACCTGAGCCGGAGCAGCCGGGGCGAGCTGATCCCCATCTCCCCCAGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGAAGTCGGGGGCTCTGGCATTGGCACACCGCCCTCTGTGCTCAAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128922 TGAAGTCGGGGGCTCTGGCATTGGCACACCGCCCTCTGTGCTCAAGCGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGAGGAAGAGGCGTGTGGCTCTGTCCCCTGTCACTGAGAATAGCACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128972 AGAGGAAGAGGCGTGTGGCTCTGTCCCCTGTCACTGAGAATAGCACCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTGTCCTTCCTGGATTCCTGTAACAGCCTCACGCCCAAGAGCACACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129022 CTGTCCTTCCTGGATTCCTGTAACAGCCTCACGCCCAAGAGCACACCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TAAGACCCTGCCCTTCTCGCCCTCCCAG         TTTCTGAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129072 TAAGACCCTGCCCTTCTCGCCCTCCCAGGTG...CAGTTTCTGAACTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGAACAAACAGGACACATTGGAGCTGGAGAGCCCCTCGCTGACATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131428 GGAACAAACAGGACACATTGGAGCTGGAGAGCCCCTCGCTGACATCCACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCAGTGTGCAGCCAGAAGGTGGTGGTCACCACACCACTGCACCGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131478 CCAGTGTGCAGCCAGAAGGTGGTGGTCACCACACCACTGCACCGGGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GACACCCCTGCACCAGAAACATGCTGC         GTTTGTAACCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131528 GACACCCCTGCACCAGAAACATGCTGCGTG...CAGGTTTGTAACCCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATCAGAAGTACTCCATGGACAACACTCCCCACACGCCAACCCCGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136173 ATCAGAAGTACTCCATGGACAACACTCCCCACACGCCAACCCCGTTCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AACGCCCTGGAGAAGTACGGACCCCTGAAGCCCCTG         CCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136223 AACGCCCTGGAGAAGTACGGACCCCTGAAGCCCCTGGTA...CAGCCACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GACCCCGCACCTGGAGGAGGACTTGAAGGAGGTGCTGCGTTCTGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137689 GACCCCGCACCTGGAGGAGGACTTGAAGGAGGTGCTGCGTTCTGAGGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCATCGAACTCATCATCGAGGACGACATCAGGCCCGAGAAGCAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137739 GCATCGAACTCATCATCGAGGACGACATCAGGCCCGAGAAGCAGAAGAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AAGCCTGGG         CTGCGGCGGAGCCCCATCAAGAAAGTCCGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 137789 AAGCCTGGGGTG...TAGCTGCGGCGGAGCCCCATCAAGAAAGTCCGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GTCTCTGGCTCTTGACATTGTGGATGAGGATGTGAAGCTGATGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139230 GTCTCTGGCTCTTGACATTGTGGATGAGGATGTGAAGCTGATGATGTCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CACTGCCCAAGTCTCTATCCTTG         CCGACAACTGCCCCTTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 139280 CACTGCCCAAGTCTCTATCCTTGGTA...CAGCCGACAACTGCCCCTTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AACTCTTCCAGCCTCACCCTGTCAGGTATCAAAGAAGACAACAGCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141348 AACTCTTCCAGCCTCACCCTGTCAGGTATCAAAGAAGACAACAGCTTGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CAACCAGGGCTTCTTGCAGGCCAAGCCCGAGAAGGCAGCAGTGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141398 CAACCAGGGCTTCTTGCAGGCCAAGCCCGAGAAGGCAGCAGTGGCCCAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AGCCCCGAAGCCACTTCACGACACCTGCCCCT         ATGTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 141448 AGCCCCGAAGCCACTTCACGACACCTGCCCCTGTG...CAGATGTCCAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GCCTGGAAGACGGTGGCCTGCGGGGGGACCAGGGACCAGCTTTTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142164 GCCTGGAAGACGGTGGCCTGCGGGGGGACCAGGGACCAGCTTTTCATGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GGAGAAAGCCCGGCAGCTCCTGGGCCGCCTGAAGCCCAGCCACACATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142214 GGAGAAAGCCCGGCAGCTCCTGGGCCGCCTGAAGCCCAGCCACACATCTC

   2200     .    :    .
   2084 GGACCCTCATCTTGTCC
        |||||||||||||||||
 142264 GGACCCTCATCTTGTCC