seq1 = pF1KB6179.tfa, 1821 bp
seq2 = pF1KB6179/gi568815595r_128520414.tfa (gi568815595r:128520414_128750800), 230387 bp

>pF1KB6179 1821
>gi568815595r:128520414_128750800 (Chr3)

(complement)

1-261  (100001-100261)   100% ->
262-326  (105818-105882)   100% ->
327-633  (112696-113002)   100% ->
634-843  (118644-118853)   100% ->
844-1036  (120658-120850)   100% ->
1037-1136  (123969-124068)   100% ->
1137-1275  (124789-124927)   100% ->
1276-1395  (125148-125267)   100% ->
1396-1641  (128392-128637)   100% ->
1642-1821  (130208-130387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCCAGCCGCCGGCTTGTTTCTGCTCCTGTTGCTTGGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGCCAGCCGCCGGCTTGTTTCTGCTCCTGTTGCTTGGGACTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCCGGCGCCGGGCAGCGCCTCCTCCGAGGCACCGCCGCTGATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCCGGCGCCGGGCAGCGCCTCCTCCGAGGCACCGCCGCTGATCAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACGTGAAGCGCACAGTGGACCTAAGCAGCCACCTGGCTAAGGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGACGTGAAGCGCACAGTGGACCTAAGCAGCCACCTGGCTAAGGTGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGAGGTGGTCCTGGCGCACCTGGGCGGCGGCTCCACGTCCCGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGAGGTGGTCCTGGCGCACCTGGGCGGCGGCTCCACGTCCCGAGCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCTTTCCTGCTGGCTTTGGAGCCTGAGCTCGAGGCCCGGCTGGCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCTTTCCTGCTGGCTTTGGAGCCTGAGCTCGAGGCCCGGCTGGCGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGCGTGCAG         GTAAAGGGAGAAGATGAGGAAGAGAACAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGCGTGCAGGTG...TAGGTAAAGGGAGAAGATGAGGAAGAGAACAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGGAAGTACGTGAAACCAAAATTAAGGGTAAAAG         TGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105848 TTGGAAGTACGTGAAACCAAAATTAAGGGTAAAAGGTA...TAGTGGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTCTTCACAGTCAAGCTCCCAGTTGCTCTTGATCCTGGGGCCAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112702 ATTCTTCACAGTCAAGCTCCCAGTTGCTCTTGATCCTGGGGCCAAGATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGTCATTGTGGAAACAGTCTACACCCATGTGCTTCATCCGTATCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112752 CAGTCATTGTGGAAACAGTCTACACCCATGTGCTTCATCCGTATCCAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGATCACCCAGTCAGAGAAACAGTTTGTGGTGTTTGAGGGGAACCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112802 CAGATCACCCAGTCAGAGAAACAGTTTGTGGTGTTTGAGGGGAACCATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTCTACTCTCCCTATCCAACGAAGACACAAACCATGCGTGTGAAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112852 TTTCTACTCTCCCTATCCAACGAAGACACAAACCATGCGTGTGAAGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTCTCGAAATGTGGAGAGCTACACCAAGCTGGGGAACCCCACGCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112902 CCTCTCGAAATGTGGAGAGCTACACCAAGCTGGGGAACCCCACGCGCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGGACCTACTGGATTATGGGCCTTTCAGAGATGTGCCTGCCTATAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112952 GAGGACCTACTGGATTATGGGCCTTTCAGAGATGTGCCTGCCTATAGTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 G         GATACTTTTAAAGTACATTATGAGAACAACAGCCCTTTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113002 GGTA...CAGGATACTTTTAAAGTACATTATGAGAACAACAGCCCTTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGACCATCACCAGCATGACCCGAGTCATTGAAGTCTCTCACTGGGGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118684 TGACCATCACCAGCATGACCCGAGTCATTGAAGTCTCTCACTGGGGTAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATTGCTGTGGAAGAAAATGTGGACTTAAAGCACACAGGAGCTGTGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118734 ATTGCTGTGGAAGAAAATGTGGACTTAAAGCACACAGGAGCTGTGCTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGGGCCTTTCTCACGCTATGATTACCAGAGACAGCCAGATAGTGGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118784 GGGGCCTTTCTCACGCTATGATTACCAGAGACAGCCAGATAGTGGAATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCTCCATCCGTTCTTTTAAG         ACCATCCTTCCTGCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118834 CCTCCATCCGTTCTTTTAAGGTA...CAGACCATCCTTCCTGCTGCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGGATGTTTATTACCGGGATGAGATTGGCAATGTTTCTACCAGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120679 CAGGATGTTTATTACCGGGATGAGATTGGCAATGTTTCTACCAGCCACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCTTATTTTGGATGACTCTGTAGAGATGGAAATCCGGCCTCGCTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120729 CCTTATTTTGGATGACTCTGTAGAGATGGAAATCCGGCCTCGCTTCCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCTTTGGCGGGTGGAAGACCCATTACATCGTTGGCTACAACCTCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120779 TCTTTGGCGGGTGGAAGACCCATTACATCGTTGGCTACAACCTCCCAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TATGAGTACCTCTATAATTTGG         GTGACCAGTATGCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120829 TATGAGTACCTCTATAATTTGGGTC...CAGGTGACCAGTATGCACTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GATGAGGTTTGTGGACCATGTGTTTGATGAACAAGTGATAGATTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123988 GATGAGGTTTGTGGACCATGTGTTTGATGAACAAGTGATAGATTCTCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTGTGAAGATCATCCTGCCTGAAGGAGCCAA         GAACATTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124038 CTGTGAAGATCATCCTGCCTGAAGGAGCCAAGTG...CAGGAACATTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATTGATAGTCCCTATGAAATCAGCCGTGCCCCAGATGAGCTGCACTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124799 ATTGATAGTCCCTATGAAATCAGCCGTGCCCCAGATGAGCTGCACTACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTATCTGGACACATTTGGCCGCCCTGTGATTGTTGCCTACAAGAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124849 CTATCTGGACACATTTGGCCGCCCTGTGATTGTTGCCTACAAGAAAAATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGTAGAACAGCACATTCAGGACATTGTG         GTCCACTACACG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 124899 TGGTAGAACAGCACATTCAGGACATTGTGGTG...CAGGTCCACTACACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTCAACAAGGTGCTCATGCTGCAGGAGCCCCTGCTGGTGGTGGCGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125160 TTCAACAAGGTGCTCATGCTGCAGGAGCCCCTGCTGGTGGTGGCGGCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTACATCCTGTTCTTCACCGTTATCATCTATGTTCGGCTGGACTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125210 CTACATCCTGTTCTTCACCGTTATCATCTATGTTCGGCTGGACTTCTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCACCAAG         GATCCAGCCGCAGAAGCCAGGATGAAGGTAGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125260 TCACCAAGGTA...CAGGATCCAGCCGCAGAAGCCAGGATGAAGGTAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGCATCACAGAGCAGGTCTTGACCCTGGTCAACAAGAGAATAGGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128425 TGCATCACAGAGCAGGTCTTGACCCTGGTCAACAAGAGAATAGGCCTTTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCGTCACTTTGACGAGACCGTCAATAGGTACAAGCAATCCCGGGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128475 CCGTCACTTTGACGAGACCGTCAATAGGTACAAGCAATCCCGGGACATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CCACCCTCAACAGTGGCAAGAAGAGCCTGGAGACTGAACACAAGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128525 CCACCCTCAACAGTGGCAAGAAGAGCCTGGAGACTGAACACAAGGCCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ACCAGTGAGATTGCACTGCTGCAGTCCAGGCTGAAGACAGAGGGCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128575 ACCAGTGAGATTGCACTGCTGCAGTCCAGGCTGAAGACAGAGGGCTCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TCTGTGCGACAGA         GTGAGCGAAATGCAGAAGCTGGATGCAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128625 TCTGTGCGACAGAGTA...CAGGTGAGCGAAATGCAGAAGCTGGATGCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGGTCAAGGAGCTGGTGCTGAAGTCGGCGGTGGAGGCTGAGCGCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130236 AGGTCAAGGAGCTGGTGCTGAAGTCGGCGGTGGAGGCTGAGCGCCTGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GCTGGCAAGCTCAAGAAAGACACGTACATTGAGAATGAGAAGCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130286 GCTGGCAAGCTCAAGAAAGACACGTACATTGAGAATGAGAAGCTCATCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AGGAAAGCGCCAGGAGCTGGTCACCAAGATCGACCACATCCTGGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130336 AGGAAAGCGCCAGGAGCTGGTCACCAAGATCGACCACATCCTGGATGCCC

   1900 
   1820 TG
        ||
 130386 TG