seq1 = pF1KB6176.tfa, 1818 bp
seq2 = pF1KB6176/gi568815575f_47462968.tfa (gi568815575f:47462968_47671454), 208487 bp

>pF1KB6176 1818
>gi568815575f:47462968_47671454 (ChrX)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-200  (100259-100362)   100% ->
201-303  (101830-101932)   100% ->
304-458  (102018-102172)   100% ->
459-557  (102285-102383)   100% ->
558-699  (103672-103813)   100% ->
700-727  (103917-103944)   100% ->
728-873  (104019-104164)   100% ->
874-1076  (104263-104465)   100% ->
1077-1253  (105751-105927)   100% ->
1254-1300  (106020-106066)   100% ->
1301-1419  (106572-106690)   100% ->
1420-1551  (106926-107057)   100% ->
1552-1686  (107911-108045)   100% ->
1687-1818  (108356-108487)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCACCACGGGGCCCCCCTGCCAATGGGGCCGAGCCATCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCACCACGGGGCCCCCCTGCCAATGGGGCCGAGCCATCCCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGGGCACCGTCAAAGTATACCTGCCCAACAAGCAACGCACGGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 AGTGGGCACCGTCAAAGTATACCTGCCCAACAAGCAACGCACGGTGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTGACTGTCCGGGATGGCATGAGTGTCTACGACTCTCTAGACAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGTGACTGTCCGGGATGGCATGAGTGTCTACGACTCTCTAGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCTGAAGGTGCGGGGTCTAAATCAGGACTGCTGTGTGGTCTACCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100304 GCCCTGAAGGTGCGGGGTCTAAATCAGGACTGCTGTGTGGTCTACCGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCAAGGG         ACGAAAGACGGTCACTGCCTGGGACACAGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100354 CATCAAGGGGTG...CAGACGAAAGACGGTCACTGCCTGGGACACAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCTCCCCTGGATGGCGAGGAGCTCATTGTCGAGGTCCTTGAAGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101862 TTGCTCCCCTGGATGGCGAGGAGCTCATTGTCGAGGTCCTTGAAGATGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGCTGACCATGCACAATTTT         GTACGGAAGACCTTCTTCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101912 CCGCTGACCATGCACAATTTTGTG...CAGGTACGGAAGACCTTCTTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGCGTTCTGTGACTTCTGCCTTAAGTTTCTGTTCCATGGCTTCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102038 CCTGGCGTTCTGTGACTTCTGCCTTAAGTTTCTGTTCCATGGCTTCCGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCAAACCTGTGGCTACAAGTTCCACCAGCATTGTTCCTCCAAGGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102088 GCCAAACCTGTGGCTACAAGTTCCACCAGCATTGTTCCTCCAAGGTCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAGTCTGTGTTGACATGAGTACCAACCGCCAACA         GTTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102138 ACAGTCTGTGTTGACATGAGTACCAACCGCCAACAGTG...AAGGTTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCACAGTGTCCAGGATTTGTCCGGAGGCTCCAGACAGCATGAGGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102291 CCACAGTGTCCAGGATTTGTCCGGAGGCTCCAGACAGCATGAGGCTCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGAACCGCCCCCTGAATGAGTTGCTAACCCCCCAGGGTCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102341 CGAACCGCCCCCTGAATGAGTTGCTAACCCCCCAGGGTCCCAGGTA...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    558   CCCCCGCACCCAGCACTGTGACCCGGAGCACTTCCCCTTCCCTGCCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103670 AGCCCCCGCACCCAGCACTGTGACCCGGAGCACTTCCCCTTCCCTGCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCAATGCCCCCCTACAGCGCATCCGCTCCACGTCCACTCCCAACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103720 AGCCAATGCCCCCCTACAGCGCATCCGCTCCACGTCCACTCCCAACGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATATGGTCAGCACCACGGCCCCCATGGACTCCAACCTCATCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103770 ATATGGTCAGCACCACGGCCCCCATGGACTCCAACCTCATCCAGGTT...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    CTCACTGGCCAGAGTTTCAGCACTGATG         CTGCCGGTAG
        >>>||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103914 TAGCTCACTGGCCAGAGTTTCAGCACTGATGGTG...CAGCTGCCGGTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAGAGGAGGTAGTGATGGAACCCCCCGGGGGAGCCCCAGCCCAGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104029 TAGAGGAGGTAGTGATGGAACCCCCCGGGGGAGCCCCAGCCCAGCCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTCCTCGGGGAGGAAGTCCCCACATTCCAAGTCACCAGCAGAGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104079 TGTCCTCGGGGAGGAAGTCCCCACATTCCAAGTCACCAGCAGAGCAGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGCGGAAGTCCTTGGCCGATGACAAGAAGAAAGTG         AAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104129 GAGCGGAAGTCCTTGGCCGATGACAAGAAGAAAGTGGTA...CAGAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGGGGTACCGGGACTCAGGCTATTACTGGGAGGTACCACCCAGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104268 CCTGGGGTACCGGGACTCAGGCTATTACTGGGAGGTACCACCCAGTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCAGCTGCTGAAGAGGATCGGGACGGGCTCGTTTGGCACCGTGTTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104318 TGCAGCTGCTGAAGAGGATCGGGACGGGCTCGTTTGGCACCGTGTTTCGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGCGGTGGCATGGCGATGTGGCCGTGAAGGTGCTCAAGGTGTCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104368 GGGCGGTGGCATGGCGATGTGGCCGTGAAGGTGCTCAAGGTGTCCCAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CACAGCTGAGCAGGCCCAGGCTTTCAAGAATGAGATGCAGGTGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104418 CACAGCTGAGCAGGCCCAGGCTTTCAAGAATGAGATGCAGGTGCTCAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077        GAAGACGCGACATGTCAACATCTTGCTGTTTATGGGCTTCATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104468 G...CAGGAAGACGCGACATGTCAACATCTTGCTGTTTATGGGCTTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACCCGGCCGGGATTTGCCATCATCACACAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105794 ACCCGGCCGGGATTTGCCATCATCACACAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTACCATCACCTGCATGTGGCCGACACACGCTTCGACATGGTCCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105844 CTACCATCACCTGCATGTGGCCGACACACGCTTCGACATGGTCCAGCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCGACGTGGCCCGGCAGACTGCCCAGGGCATGGA         CTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105894 TCGACGTGGCCCGGCAGACTGCCCAGGGCATGGAGTG...CAGCTACCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CATGCCAAGAACATCATCCACCGAGATCTCAAGTCTAACA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106027 CATGCCAAGAACATCATCCACCGAGATCTCAAGTCTAACAGTA...CGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATCTTCCTACATGAGGGGCTCACGGTGAAGATCGGTGACTTTGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106573 CATCTTCCTACATGAGGGGCTCACGGTGAAGATCGGTGACTTTGGCTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCACAGTGAAGACTCGATGGAGCGGGGCCCAGCCCTTGGAGCAGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106623 CCACAGTGAAGACTCGATGGAGCGGGGCCCAGCCCTTGGAGCAGCCCTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGATCTGTGCTGTGGATG         GCAGCTGAGGTGATCCGTATGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106673 GGATCTGTGCTGTGGATGGTG...TAGGCAGCTGAGGTGATCCGTATGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGACCCGAACCCCTACAGCTTCCAGTCAGACGTCTATGCCTACGGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106949 GGACCCGAACCCCTACAGCTTCCAGTCAGACGTCTATGCCTACGGGGTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGCTCTACGAGCTTATGACTGGCTCACTGCCTTACAGCCACATTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106999 TGCTCTACGAGCTTATGACTGGCTCACTGCCTTACAGCCACATTGGCTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CGTGACCAG         ATTATCTTTATGGTGGGCCGTGGCTATCTGTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107049 CGTGACCAGGTG...CAGATTATCTTTATGGTGGGCCGTGGCTATCTGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCCGGACCTCAGCAAAATCTCCAGCAACTGCCCCAAGGCCATGCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107943 CCCGGACCTCAGCAAAATCTCCAGCAACTGCCCCAAGGCCATGCGGCGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGCTGTCTGACTGCCTCAAGTTCCAGCGGGAGGAGCGGCCCCTCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107993 TGCTGTCTGACTGCCTCAAGTTCCAGCGGGAGGAGCGGCCCCTCTTCCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CAG         ATCCTGGCCACAATTGAGCTGCTGCAACGGTCACTCCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108043 CAGGTG...CAGATCCTGGCCACAATTGAGCTGCTGCAACGGTCACTCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CAAGATTGAGCGGAGTGCCTCGGAACCCTCCTTGCACCGCACCCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108394 CAAGATTGAGCGGAGTGCCTCGGAACCCTCCTTGCACCGCACCCAGGCCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATGAGTTGCCTGCCTGCCTACTCAGCGCAGCCCGCCTTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108444 ATGAGTTGCCTGCCTGCCTACTCAGCGCAGCCCGCCTTGTGCCT