seq1 = pF1KB6172.tfa, 1812 bp
seq2 = pF1KB6172/gi568815587f_102224510.tfa (gi568815587f:102224510_102437099), 212590 bp

>pF1KB6172 1812
>gi568815587f:102224510_102437099 (Chr11)

1-853  (100001-100853)   100% ->
854-953  (100957-101056)   100% ->
954-1032  (103543-103621)   100% ->
1033-1081  (104388-104436)   100% ->
1082-1324  (106490-106732)   100% ->
1325-1579  (111457-111711)   100% ->
1580-1621  (112251-112292)   100% ->
1622-1812  (112400-112590)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACATAGTAGAAAACAGCATATTCTTATCAAATTTGATGAAAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACATAGTAGAAAACAGCATATTCTTATCAAATTTGATGAAAAGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACACGTTTGAACTGAAATACGACTTGTCATGTGAACTGTACCGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACACGTTTGAACTGAAATACGACTTGTCATGTGAACTGTACCGAATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTACGTATTCCACTTTTCCTGCTGGGGTTCCTGTCTCAGAAAGGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTACGTATTCCACTTTTCCTGCTGGGGTTCCTGTCTCAGAAAGGAGTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCGTGCTGGTTTCTATTACACTGGTGTGAATGACAAGGTCAAATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCGTGCTGGTTTCTATTACACTGGTGTGAATGACAAGGTCAAATGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGTTGTGGCCTGATGCTGGATAACTGGAAAAGAGGAGACAGTCCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGTTGTGGCCTGATGCTGGATAACTGGAAAAGAGGAGACAGTCCTACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAAAGCATAAAAAGTTGTATCCTAGCTGCAGATTCGTTCAGAGTCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAAAGCATAAAAAGTTGTATCCTAGCTGCAGATTCGTTCAGAGTCTAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCGTTAACAACTTGGAAGCTACCTCTCAGCCTACTTTTCCTTCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCGTTAACAACTTGGAAGCTACCTCTCAGCCTACTTTTCCTTCTTCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AACAAATTCCACACACTCATTACTTCCGGGTACAGAAAACAGTGGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AACAAATTCCACACACTCATTACTTCCGGGTACAGAAAACAGTGGATATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCGTGGCTCTTATTCAAACTCTCCATCAAATCCTGTAAACTCCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCGTGGCTCTTATTCAAACTCTCCATCAAATCCTGTAAACTCCAGAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATCAAGATTTTTCTGCCTTGATGAGAAGTTCCTACCACTGTGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATCAAGATTTTTCTGCCTTGATGAGAAGTTCCTACCACTGTGCAATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAACGAAAATGCCAGATTACTTACTTTTCAGACATGGCCATTGACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAACGAAAATGCCAGATTACTTACTTTTCAGACATGGCCATTGACTTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCGCCAACAGATCTGGCAAAAGCAGGCTTTTACTACATAGGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTCGCCAACAGATCTGGCAAAAGCAGGCTTTTACTACATAGGACCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACAGAGTGGCTTGCTTTGCCTGTGGTGGAAAATTGAGCAATTGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACAGAGTGGCTTGCTTTGCCTGTGGTGGAAAATTGAGCAATTGGGAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAGGATAATGCTATGTCAGAACACCTGAGACATTTTCCCAAATGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAGGATAATGCTATGTCAGAACACCTGAGACATTTTCCCAAATGCCCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTATAGAAAATCAGCTTCAAGACACTTCAAGATACACAGTTTCTAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTATAGAAAATCAGCTTCAAGACACTTCAAGATACACAGTTTCTAATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCATGCAGACACATGCAGCCCGCTTTAAAACATTCTTTAACTGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCATGCAGACACATGCAGCCCGCTTTAAAACATTCTTTAACTGGCCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAGTGTTCTAGTTAATCCTGAGCAGCTTGCAAGTGCGGGTTTTTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TAGTGTTCTAGTTAATCCTGAGCAGCTTGCAAGTGCGGGTTTTTATTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGG         GTAACAGTGATGATGTCAAATGCTTTTGCTGTGATGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGGTA...TAGGTAACAGTGATGATGTCAAATGCTTTTGCTGTGATGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGACTCAGGTGTTGGGAATCTGGAGATGATCCATGGGTTCAACATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100995 GGACTCAGGTGTTGGGAATCTGGAGATGATCCATGGGTTCAACATGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTGGTTTCCAAG         GTGTGAGTACTTGATAAGAATTAAAGGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101045 GTGGTTTCCAAGGTA...TAGGTGTGAGTACTTGATAAGAATTAAAGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGGAGTTCATCCGTCAAGTTCAAGCCAGTTACCCTCATCTACTTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103572 AGGAGTTCATCCGTCAAGTTCAAGCCAGTTACCCTCATCTACTTGAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033          CTGCTATCCACATCAGACAGCCCAGGAGATGAAAATGCAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103622 GTA...CAGCTGCTATCCACATCAGACAGCCCAGGAGATGAAAATGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GTCATCAA         TTATCCATTTTGAACCTGGAGAAGACCATTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104429 GTCATCAAGTA...TAGTTATCCATTTTGAACCTGGAGAAGACCATTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAGATGCAATCATGATGAATACTCCTGTGATTAATGCTGCCGTGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106523 AAGATGCAATCATGATGAATACTCCTGTGATTAATGCTGCCGTGGAAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GGCTTTAGTAGAAGCCTGGTAAAACAGACAGTTCAGAGAAAAATCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106573 GGCTTTAGTAGAAGCCTGGTAAAACAGACAGTTCAGAGAAAAATCCTAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AACTGGAGAGAATTATAGACTAGTCAATGATCTTGTGTTAGACTTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106623 AACTGGAGAGAATTATAGACTAGTCAATGATCTTGTGTTAGACTTACTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATGCAGAAGATGAAATAAGGGAAGAGGAGAGAGAAAGAGCAACTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106673 ATGCAGAAGATGAAATAAGGGAAGAGGAGAGAGAAAGAGCAACTGAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AAAGAATCAA         ATGATTTATTATTAATCCGGAAGAATAGAAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106723 AAAGAATCAAGTA...AAGATGATTTATTATTAATCCGGAAGAATAGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GGCACTTTTTCAACATTTGACTTGTGTAATTCCAATCCTGGATAGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111488 GGCACTTTTTCAACATTTGACTTGTGTAATTCCAATCCTGGATAGTCTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TAACTGCCGGAATTATTAATGAACAAGAACATGATGTTATTAAACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111538 TAACTGCCGGAATTATTAATGAACAAGAACATGATGTTATTAAACAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 ACACAGACGTCTTTACAAGCAAGAGAACTGATTGATACGATTTTAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111588 ACACAGACGTCTTTACAAGCAAGAGAACTGATTGATACGATTTTAGTAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGGAAATATTGCAGCCACTGTATTCAGAAACTCTCTGCAAGAAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111638 AGGAAATATTGCAGCCACTGTATTCAGAAACTCTCTGCAAGAAGCTGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CTGTGTTATATGAGCATTTATTTG         TGCAACAGGACATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111688 CTGTGTTATATGAGCATTTATTTGGTG...TAGTGCAACAGGACATAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TATATTCCCACAGAAGATGTTTCAG         ATCTACCAGTGGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112268 TATATTCCCACAGAAGATGTTTCAGGTA...TAGATCTACCAGTGGAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 ACAATTGCGGAGACTACAAGAAGAAAGAACATGTAAAGTGTGTATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112416 ACAATTGCGGAGACTACAAGAAGAAAGAACATGTAAAGTGTGTATGGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 AAGAAGTGTCCATAGTGTTTATTCCTTGTGGTCATCTAGTAGTATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112466 AAGAAGTGTCCATAGTGTTTATTCCTTGTGGTCATCTAGTAGTATGCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GATTGTGCTCCTTCTTTAAGAAAGTGTCCTATTTGTAGGAGTACAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112516 GATTGTGCTCCTTCTTTAAGAAAGTGTCCTATTTGTAGGAGTACAATCAA

   1850     .    :    .    :    .
   1788 GGGTACAGTTCGTACATTTCTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||
 112566 GGGTACAGTTCGTACATTTCTTTCA