seq1 = pF1KB6171.tfa, 1947 bp
seq2 = pF1KB6171/gi568815582f_23086272.tfa (gi568815582f:23086272_23315466), 229195 bp

>pF1KB6171 1947
>gi568815582f:23086272_23315466 (Chr16)

1-317  (100001-100317)   100% ->
318-618  (103100-103400)   100% ->
619-809  (106081-106271)   100% ->
810-913  (107900-108003)   100% ->
914-1077  (110993-111156)   100% ->
1078-1176  (123479-123577)   100% ->
1177-1294  (125763-125880)   100% ->
1295-1373  (126407-126485)   100% ->
1374-1431  (126566-126623)   100% ->
1432-1493  (126831-126892)   100% ->
1494-1569  (128441-128516)   100% ->
1570-1947  (128818-129195)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACCCGGAGAGAAGATCAAAGCCAAAATCAAGAAGAATCTGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACCCGGAGAGAAGATCAAAGCCAAAATCAAGAAGAATCTGCCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGGGCCCTCAGGCGCCGACCATTAAAGAGCTGATGCGGTGGTACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACGGGCCCTCAGGCGCCGACCATTAAAGAGCTGATGCGGTGGTACTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAACACCAACACCCATGGCTGTCGCCGCATCGTGGTGTCCCGCGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAACACCAACACCCATGGCTGTCGCCGCATCGTGGTGTCCCGCGGCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGCCGCCTCCTCTGGATCGGGTTCACACTGACTGCCGTGGCCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCGCCGCCTCCTCTGGATCGGGTTCACACTGACTGCCGTGGCCCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTGGCAGTGCGCCCTCCTCGTCTTCTCCTTCTATACTGTCTCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTGGCAGTGCGCCCTCCTCGTCTTCTCCTTCTATACTGTCTCAGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCAAAGTCCACTTCCGGAAGCTGGATTTTCCTGCAGTCACCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATCAAAGTCCACTTCCGGAAGCTGGATTTTCCTGCAGTCACCATCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACATCAACCCCTACAA         GTACAGCACCGTTCGCCACCTTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100301 AACATCAACCCCTACAAGTA...CAGGTACAGCACCGTTCGCCACCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCTGACTTGGAACAGGAGACCAGAGAGGCCCTGAAGTCCCTGTATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103124 AGCTGACTTGGAACAGGAGACCAGAGAGGCCCTGAAGTCCCTGTATGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTCCAGAGTCCCGGAAGCGCCGAGAGGCGGAGTCCTGGAACTCCGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 TTCCAGAGTCCCGGAAGCGCCGAGAGGCGGAGTCCTGGAACTCCGTCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGGAAAGCAGCCTAGATTCTCCCACCGGATTCCGCTGCTGATCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103224 GAGGGAAAGCAGCCTAGATTCTCCCACCGGATTCCGCTGCTGATCTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCAGGATGAGAAGGGCAAGGCCAGGGACTTCTTCACAGGGAGGAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103274 TCAGGATGAGAAGGGCAAGGCCAGGGACTTCTTCACAGGGAGGAAGCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGTCGGCGGTAGCATCATTCACAAGGCTTCAAATGTCATGCACATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103324 AAGTCGGCGGTAGCATCATTCACAAGGCTTCAAATGTCATGCACATCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCCAAGCAAGTGGTGGGATTCCAACTG         TGCTCAAATGACAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103374 TCCAAGCAAGTGGTGGGATTCCAACTGGTA...CAGTGCTCAAATGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCCGACTGTGCCACCTACACCTTCAGCTCGGGAATCAATGCCATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106095 CTCCGACTGTGCCACCTACACCTTCAGCTCGGGAATCAATGCCATTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGTGGTATAAGCTACACTACATGAACATCATGGCACAGGTGCCTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106145 AGTGGTATAAGCTACACTACATGAACATCATGGCACAGGTGCCTCTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGAAAATCAACATGAGCTATTCTGCTGAGGAGCTGCTGGTGACCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106195 AAGAAAATCAACATGAGCTATTCTGCTGAGGAGCTGCTGGTGACCTGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTTTGATGGAGTGTCCTGTGATGCCAG         GAATTTCACGCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106245 CTTTGATGGAGTGTCCTGTGATGCCAGGTC...TAGGAATTTCACGCTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCACCACCCGATGCATGGGAATTGCTATACTTTCAACAACAGAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107914 TCCACCACCCGATGCATGGGAATTGCTATACTTTCAACAACAGAGAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGACCATTCTCAGCACCTCCATGGGGGGCAGCGAATATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107964 GAGACCATTCTCAGCACCTCCATGGGGGGCAGCGAATATGGTA...CAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTGCAAGTCATTTTGTACATAAACGAAGAGGAATACAACCCATTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110994 GCTGCAAGTCATTTTGTACATAAACGAAGAGGAATACAACCCATTCCTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGTCCTCCACTGGAGCTAAGGTGATCATCCATCGGCAGGATGAGTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111044 TGTCCTCCACTGGAGCTAAGGTGATCATCCATCGGCAGGATGAGTATCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTCGTCGAAGATGTGGGAACAGAGATTGAGACAGCAATGGTCACCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111094 TTCGTCGAAGATGTGGGAACAGAGATTGAGACAGCAATGGTCACCTCTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGGAATGCACCTG         ACAGAGTCCTTCAAGCTGAGTGAGCCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111144 AGGAATGCACCTGGTA...CAGACAGAGTCCTTCAAGCTGAGTGAGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACAGTCAGTGCACGGAGGACGGGAGTGACGTGCCAATCAGGAACATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123507 ACAGTCAGTGCACGGAGGACGGGAGTGACGTGCCAATCAGGAACATCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AACGCTGCCTACTCGCTCCAG         ATCTGCCTTCATTCATGCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123557 AACGCTGCCTACTCGCTCCAGGTA...CAGATCTGCCTTCATTCATGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCAGACAAAGATGGTGGAGAAATGTGGGTGTGCCCAGTACAGCCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125783 CCAGACAAAGATGGTGGAGAAATGTGGGTGTGCCCAGTACAGCCAGCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TACCTCCTGCAGCCAACTACTGCAACTACCAGCAGCACCCCAACTGGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 125833 TACCTCCTGCAGCCAACTACTGCAACTACCAGCAGCACCCCAACTGGAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1295        TGTATTGTTACTACCAACTGCATCGAGCCTTTGTCCAGGAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125883 G...CAGTGTATTGTTACTACCAACTGCATCGAGCCTTTGTCCAGGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCTGGGCTGCCAGTCTGTGTGCAAGGAAGCCTGCAG         CTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126450 GCTGGGCTGCCAGTCTGTGTGCAAGGAAGCCTGCAGGTA...TAGCTTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAGAGTGGACACTAACCACAAGCCTGGCACAATGGCCATCTGTGGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126571 AAGAGTGGACACTAACCACAAGCCTGGCACAATGGCCATCTGTGGTTTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAG         AAGTGGTTGCTGCCTGTTCTCACTTGGGACCAAGGCCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126621 GAGGTA...TAGAAGTGGTTGCTGCCTGTTCTCACTTGGGACCAAGGCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCAAGTAAACAAAAAGCTCAACAA         GACAGACTTGGCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126869 GCAAGTAAACAAAAAGCTCAACAAGTA...CAGGACAGACTTGGCCAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TCTTGATATTCTACAAAGACCTGAACCAGAGATCCATCATGGAGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128458 TCTTGATATTCTACAAAGACCTGAACCAGAGATCCATCATGGAGAGCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GCCAACAGT         ATTGAGATGCTTCTGTCCAACTTCGGTGGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 128508 GCCAACAGTGTG...CAGATTGAGATGCTTCTGTCCAACTTCGGTGGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCTGGGCCTGTGGATGAGCTGCTCTGTTGTCTGCGTCATCGAGATCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128850 GCTGGGCCTGTGGATGAGCTGCTCTGTTGTCTGCGTCATCGAGATCATCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGGTCTTCTTCATTGACTTCTTCTCTATCATTGCCCGCCGCCAGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128900 AGGTCTTCTTCATTGACTTCTTCTCTATCATTGCCCGCCGCCAGTGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AAAGCCAAGGAGTGGTGGGCCTGGAAACAGGCTCCCCCATGTCCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128950 AAAGCCAAGGAGTGGTGGGCCTGGAAACAGGCTCCCCCATGTCCAGAAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TCCCCGTAGCCCACAGGGCCAGGACAATCCAGCCCTGGATATAGACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129000 TCCCCGTAGCCCACAGGGCCAGGACAATCCAGCCCTGGATATAGACGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ACCTACCCACTTTCAACTCTGCTTTGCACCTGCCTCCAGCCCTAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129050 ACCTACCCACTTTCAACTCTGCTTTGCACCTGCCTCCAGCCCTAGGAACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CAAGTGCCCGGCACACCGCCCCCCAAATACAATACCTTGCGCTTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129100 CAAGTGCCCGGCACACCGCCCCCCAAATACAATACCTTGCGCTTGGAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1902 GGCCTTTTCCAACCAGCTCACAGATACCCAGATGCTGGATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129150 GGCCTTTTCCAACCAGCTCACAGATACCCAGATGCTGGATGAGCTC