seq1 = pF1KB6168.tfa, 1809 bp
seq2 = pF1KB6168/gi568815582f_23578933.tfa (gi568815582f:23578933_23790060), 211128 bp

>pF1KB6168 1809
>gi568815582f:23578933_23790060 (Chr16)

1-408  (100001-100408)   100% ->
409-577  (101152-101320)   100% ->
578-722  (101982-102126)   100% ->
723-816  (103132-103225)   100% ->
817-1036  (104938-105157)   100% ->
1037-1192  (108537-108692)   100% ->
1193-1270  (109736-109813)   100% ->
1271-1425  (110306-110460)   100% ->
1426-1608  (110562-110744)   100% ->
1609-1809  (110928-111128)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGCTGCAGTGACTGCAGGGAAGCTGGCACGGGCACCGGCCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGCTGCAGTGACTGCAGGGAAGCTGGCACGGGCACCGGCCGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGAAAGCCGGGGTCCCCGGAGTTGCAGCTCCCGGAGCTCCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGAAAGCCGGGGTCCCCGGAGTTGCAGCTCCCGGAGCTCCGGCGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCACCGGCGAAAGAGATCCCGGAGGTCCTAGTGGACCCACGCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCACCGGCGAAAGAGATCCCGGAGGTCCTAGTGGACCCACGCAGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGCGCTATGTGCGGGGCCGCTTTTTGGGCAAGGGCGGCTTTGCCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGCGCTATGTGCGGGGCCGCTTTTTGGGCAAGGGCGGCTTTGCCAAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCGAGATCTCGGACGCGGACACCAAGGAGGTGTTCGCGGGCAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCGAGATCTCGGACGCGGACACCAAGGAGGTGTTCGCGGGCAAGATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCTAAGTCTCTGCTGCTCAAGCCGCACCAGAGGGAGAAGATGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCTAAGTCTCTGCTGCTCAAGCCGCACCAGAGGGAGAAGATGTCCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAATATCCATTCACCGCAGCCTCGCCCACCAGCACGTCGTAGGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAATATCCATTCACCGCAGCCTCGCCCACCAGCACGTCGTAGGATTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCTTTTTCGAGGACAACGACTTCGTGTTCGTGGTGTTGGAGCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCTTTTTCGAGGACAACGACTTCGTGTTCGTGGTGTTGGAGCTCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCGGAGG         TCTCTCCTGGAGCTGCACAAGAGGAGGAAAGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCGGAGGGTG...CAGTCTCTCCTGGAGCTGCACAAGAGGAGGAAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGACTGAGCCTGAGGCCCGATACTACCTACGGCAAATTGTGCTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101185 CTGACTGAGCCTGAGGCCCGATACTACCTACGGCAAATTGTGCTTGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAGTACCTGCACCGAAACCGAGTTATTCATCGAGACCTCAAGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101235 CCAGTACCTGCACCGAAACCGAGTTATTCATCGAGACCTCAAGCTGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCTTTTCCTGAATGAAGATCTGGAGGTGAAAATAG         GGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101285 ACCTTTTCCTGAATGAAGATCTGGAGGTGAAAATAGGTG...CAGGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTGGACTGGCAACCAAAGTCGAATATGACGGGGAGAGGAAGAAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 TTTGGACTGGCAACCAAAGTCGAATATGACGGGGAGAGGAAGAAGACCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTGTGGGACTCCTAATTACATAGCTCCCGAGGTGCTGAGCAAGAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 GTGTGGGACTCCTAATTACATAGCTCCCGAGGTGCTGAGCAAGAAAGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACAGTTTCGAGGTGGATGTGTGGTCCATTGGGTGTATCAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102087 ACAGTTTCGAGGTGGATGTGTGGTCCATTGGGTGTATCATGTA...CAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATACCTTGTTAGTGGGCAAACCACCTTTTGAGACTTCTTGCCTAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 TATACCTTGTTAGTGGGCAAACCACCTTTTGAGACTTCTTGCCTAAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GACCTACCTCCGGATCAAGAAGAATGAATACAGTATTCCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103183 GACCTACCTCCGGATCAAGAAGAATGAATACAGTATTCCCAAGGTG...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817   CACATCAACCCCGTGGCCGCCTCCCTCATCCAGAAGATGCTTCAGACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104936 AGCACATCAACCCCGTGGCCGCCTCCCTCATCCAGAAGATGCTTCAGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GATCCCACTGCCCGCCCAACCATTAACGAGCTGCTTAATGACGAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104986 GATCCCACTGCCCGCCCAACCATTAACGAGCTGCTTAATGACGAGTTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TACTTCTGGCTATATCCCTGCCCGTCTCCCCATCACCTGCCTGACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105036 TACTTCTGGCTATATCCCTGCCCGTCTCCCCATCACCTGCCTGACCATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CACCAAGGTTTTCGATTGCTCCCAGCAGCCTGGACCCCAGCAACCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105086 CACCAAGGTTTTCGATTGCTCCCAGCAGCCTGGACCCCAGCAACCGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCCCTCACAGTCCTCAATAAAG         GCTTGGAGAACCCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105136 CCCCTCACAGTCCTCAATAAAGGTA...TAGGCTTGGAGAACCCCCTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGAGCGTCCCCGGGAAAAAGAAGAACCAGTGGTTCGAGAGACAGGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108556 TGAGCGTCCCCGGGAAAAAGAAGAACCAGTGGTTCGAGAGACAGGTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGTCGACTGCCACCTCAGTGACATGCTGCAGCAGCTGCACAGTGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108606 TGGTCGACTGCCACCTCAGTGACATGCTGCAGCAGCTGCACAGTGTCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCCTCCAAGCCCTCGGAGCGTGGGCTGGTCAGGCAAG         AGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108656 GCCTCCAAGCCCTCGGAGCGTGGGCTGGTCAGGCAAGGTG...CAGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGCTGAGGATCCTGCCTGCATCCCCATCTTCTGGGTCAGCAAGTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109740 GGCTGAGGATCCTGCCTGCATCCCCATCTTCTGGGTCAGCAAGTGGGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACTATTCGGACAAGTACGGCCTTG         GGTATCAGCTCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109790 ACTATTCGGACAAGTACGGCCTTGGTA...TAGGGTATCAGCTCTGTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AACAGCGTGGGGGTGCTCTTCAATGACTCAACACGCCTCATCCTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110323 AACAGCGTGGGGGTGCTCTTCAATGACTCAACACGCCTCATCCTCTACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGATGGTGACAGCCTGCAGTACATAGAGCGTGACGGCACTGAGTCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110373 TGATGGTGACAGCCTGCAGTACATAGAGCGTGACGGCACTGAGTCCTACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCACCGTGAGTTCCCATCCCAACTCCTTGATGAAGAAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110423 TCACCGTGAGTTCCCATCCCAACTCCTTGATGAAGAAGGTG...CAGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACCCTCCTTAAATATTTCCGCAATTACATGAGCGAGCACTTGCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110565 ACCCTCCTTAAATATTTCCGCAATTACATGAGCGAGCACTTGCTGAAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AGGTGCCAACATCACGCCGCGCGAAGGTGATGAGCTCGCCCGGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110615 AGGTGCCAACATCACGCCGCGCGAAGGTGATGAGCTCGCCCGGCTGCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACCTACGGACCTGGTTCCGCACCCGCAGCGCCATCATCCTGCACCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110665 ACCTACGGACCTGGTTCCGCACCCGCAGCGCCATCATCCTGCACCTCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AACGGCAGCGTGCAGATCAACTTCTTCCAG         GATCACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110715 AACGGCAGCGTGCAGATCAACTTCTTCCAGGTG...CAGGATCACACCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GCTCATCTTGTGCCCACTGATGGCAGCCGTGACCTACATCGACGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 GCTCATCTTGTGCCCACTGATGGCAGCCGTGACCTACATCGACGAGAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GGGACTTCCGCACATACCGCCTGAGTCTCCTGGAGGAGTACGGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110989 GGGACTTCCGCACATACCGCCTGAGTCTCCTGGAGGAGTACGGCTGCTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AAGGAGCTGGCCAGCCGGCTCCGCTACGCCCGCACTATGGTGGACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111039 AAGGAGCTGGCCAGCCGGCTCCGCTACGCCCGCACTATGGTGGACAAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GCTGAGCTCACGCTCGGCCAGCAACCGTCTCAAGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111089 GCTGAGCTCACGCTCGGCCAGCAACCGTCTCAAGGCCTCC