seq1 = pF1KB6164.tfa, 1806 bp
seq2 = pF1KB6164/gi568815592f_42889609.tfa (gi568815592f:42889609_43111283), 221675 bp

>pF1KB6164 1806
>gi568815592f:42889609_43111283 (Chr6)

1-27  (95070-95096)   100% ->
28-105  (100003-100080)   100% ->
106-322  (116855-117071)   100% ->
323-522  (117303-117502)   100% ->
523-633  (117588-117698)   100% ->
634-726  (117806-117898)   100% ->
727-857  (118327-118457)   100% ->
858-917  (118593-118652)   100% ->
918-1026  (118759-118867)   100% ->
1027-1080  (119085-119138)   100% ->
1081-1251  (119449-119619)   100% ->
1252-1379  (119714-119841)   100% ->
1380-1481  (120860-120961)   100% ->
1482-1554  (121056-121128)   100% ->
1555-1671  (121273-121389)   100% ->
1672-1806  (121541-121675)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTATAAACTGAAAAAGGAGAAG         GAGCCCCCCAAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  95070 ATGCCCTATAAACTGAAAAAGGAGAAGGTG...CAGGAGCCCCCCAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCCAAATGCACAGCCAAGCCTAGCAGCTCGGGCAAGGATGGTGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 TGCCAAATGCACAGCCAAGCCTAGCAGCTCGGGCAAGGATGGTGGAGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAACACTGAGGAG         GCCCAGCCGCAGCCCCAGCCCCAGCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100067 AGAACACTGAGGAGGTA...CAGGCCCAGCCGCAGCCCCAGCCCCAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGCCCCAAGCCCAGTCTCAGCCACCGTCATCCAACAAGCGTCCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116882 CAGCCCCAAGCCCAGTCTCAGCCACCGTCATCCAACAAGCGTCCCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAGCACGCCGCCCCCCACGCAGCTCAGCAAAATCAAGTACTCAGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116932 TAGCACGCCGCCCCCCACGCAGCTCAGCAAAATCAAGTACTCAGGGGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCAGATTGTCAAGAAGGAGCGACGGCAAAGCTCCTCCCGCTTCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116982 CCCAGATTGTCAAGAAGGAGCGACGGCAAAGCTCCTCCCGCTTCAACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCAAGAATCGGGAGCTGCAGAAGCTTCCTGCCCTGAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117032 AGCAAGAATCGGGAGCTGCAGAAGCTTCCTGCCCTGAAAGGTA...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCGCCAACCCAGGAGCGGGAGGAGCTGTTTATCCAGAAGCTACGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117304 TTCGCCAACCCAGGAGCGGGAGGAGCTGTTTATCCAGAAGCTACGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTGTGTCCTCTTTGACTTCGTGTCAGACCCACTCAGTGACCTCAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117354 GCTGTGTCCTCTTTGACTTCGTGTCAGACCCACTCAGTGACCTCAAATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGAGGTGAAGCGGGCAGGACTCAACGAGATGGTGGAGTACATCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117404 AAGGAGGTGAAGCGGGCAGGACTCAACGAGATGGTGGAGTACATCACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGCCGTGATGTTGTCACTGAGGCCATTTACCCTGAGGCTGTCACCATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117454 TAGCCGTGATGTTGTCACTGAGGCCATTTACCCTGAGGCTGTCACCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         TTTTCAGTGAACCTCTTCCGGACGCTGCCACCTTCATCGAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117504 TG...CAGTTTTCAGTGAACCTCTTCCGGACGCTGCCACCTTCATCGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCACAGGGGCTGAGTTTGACCCAGAGGAAGATGAGCCCACCCTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117630 CCCACAGGGGCTGAGTTTGACCCAGAGGAAGATGAGCCCACCCTGGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCTTGGCCACATCTCCAG         CTCGTGTATGAGTTCTTCTTAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 117680 TGCTTGGCCACATCTCCAGGTA...TAGCTCGTGTATGAGTTCTTCTTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTTCCTTGAGTCTCCTGATTTCCAGCCAAACATAGCCAAGAAGTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117828 GTTTCCTTGAGTCTCCTGATTTCCAGCCAAACATAGCCAAGAAGTACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACCAGAAGTTTGTACTTGCT         CTCCTAGACCTATTTGACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 117878 GACCAGAAGTTTGTACTTGCTGTG...CAGCTCCTAGACCTATTTGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAGGATCCTCGAGAGCGGGACTTCCTCAAGACCATTTTGCATCGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118347 TGAGGATCCTCGAGAGCGGGACTTCCTCAAGACCATTTTGCATCGCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGGCAAGTTTTTGGGGCTCCGGGCTTATATCCGTAGGCAGATCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118397 ATGGCAAGTTTTTGGGGCTCCGGGCTTATATCCGTAGGCAGATCAACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCTTCTACAG         GTTCATCTACGAGACGGAGCATCACAACGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118447 ATCTTCTACAGGTG...CAGGTTCATCTACGAGACGGAGCATCACAACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATTGCTGAGCTCCTGGAGATCCTGGGCAG         CATCATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118623 GATTGCTGAGCTCCTGGAGATCCTGGGCAGGTG...TAGCATCATCAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCTTTGCCCTGCCCCTTAAAGAAGAGCACAAGATGTTCCTCATCCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118770 GCTTTGCCCTGCCCCTTAAAGAAGAGCACAAGATGTTCCTCATCCGTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTACTTCCCCTTCACAAGGTCAAGTCCCTGAGTGTCTACCACCCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118820 CTACTTCCCCTTCACAAGGTCAAGTCCCTGAGTGTCTACCACCCTCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027        CTGGCATACTGTGTGGTACAATTCCTGGAGAAGGAGAGCAGTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118870 G...CAGCTGGCATACTGTGTGGTACAATTCCTGGAGAAGGAGAGCAGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGACTGAGCCG         GTAATTGTGGGACTTCTCAAGTTTTGGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119128 TGACTGAGCCGGTA...CAGGTAATTGTGGGACTTCTCAAGTTTTGGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGACCCACAGCCCCAAGGAGGTGATGTTCTTGAATGAGCTGGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119479 AAGACCCACAGCCCCAAGGAGGTGATGTTCTTGAATGAGCTGGAGGAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCTGGACGTCATTGAACCTTCTGAGTTCAGCAAAGTGATGGAACCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119529 TCTGGACGTCATTGAACCTTCTGAGTTCAGCAAAGTGATGGAACCCCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCGCCAGCTGGCCAAGTGTGTCTCTAGCCCCCATTTCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119579 TCCGCCAGCTGGCCAAGTGTGTCTCTAGCCCCCATTTCCAGGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTGGCAGAGCGTGCTCTCTATTACTGGAACAATGAGTACATCATGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119714 GTGGCAGAGCGTGCTCTCTATTACTGGAACAATGAGTACATCATGAGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GATAAGTGACAATGCTGCCCGAGTCCTCCCCATCATGTTCCCTGCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119764 GATAAGTGACAATGCTGCCCGAGTCCTCCCCATCATGTTCCCTGCACTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACAGGAACTCCAAGAGCCACTGGAACAA         GACAATCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119814 ACAGGAACTCCAAGAGCCACTGGAACAAGTA...CAGGACAATCCATGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTGATCTATAATGCCCTGAAGTTGTTTATGGAAATGAATCAGAAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120873 CTGATCTATAATGCCCTGAAGTTGTTTATGGAAATGAATCAGAAGCTGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGATGACTGCACACAACAATACAAGGCAGAGAAGCAGAA         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120923 TGATGACTGCACACAACAATACAAGGCAGAGAAGCAGAAGTG...CAGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCCGGTTCCGAATGAAGGAAAGGGAAGAGATGTGGCAAAAAATCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121058 GCCGGTTCCGAATGAAGGAAAGGGAAGAGATGTGGCAAAAAATCGAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CTGGCCCGGCTTAATCCCCAG         TATCCCATGTTCCGAGCCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 121108 CTGGCCCGGCTTAATCCCCAGGTG...CAGTATCCCATGTTCCGAGCCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TCCACCACTGCCCCCTGTGTACTCGATGGAGACAGAGACCCCCACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121293 TCCACCACTGCCCCCTGTGTACTCGATGGAGACAGAGACCCCCACAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AGGACATCCAGCTTCTGAAGAGGACTGTGGAGACTGAGGCTGTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121343 AGGACATCCAGCTTCTGAAGAGGACTGTGGAGACTGAGGCTGTTCAGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1672       ATGCTAAAAGACATCAAGAAGGAGAAAGTGCTGCTGCGGAGGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121393 ...CAGATGCTAAAAGACATCAAGAAGGAGAAAGTGCTGCTGCGGAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GTCGGAGCTGCCCCAGGACGTGTACACCATCAAGGCACTGGAGGCGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121585 GTCGGAGCTGCCCCAGGACGTGTACACCATCAAGGCACTGGAGGCGCACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AGCGGGCGGAAGAGTTCCTAACTGCCAGCCAGGAGGCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121635 AGCGGGCGGAAGAGTTCCTAACTGCCAGCCAGGAGGCTCTC