seq1 = pF1KB6161.tfa, 1797 bp
seq2 = pF1KB6161/gi568815594f_145004413.tfa (gi568815594f:145004413_145227570), 223158 bp

>pF1KB6161 1797
>gi568815594f:145004413_145227570 (Chr4)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-189  (101193-101278)   100% ->
190-287  (103603-103700)   100% ->
288-405  (104720-104837)   100% ->
406-543  (105691-105828)   100% ->
544-613  (105963-106032)   100% ->
614-710  (106556-106652)   100% ->
711-800  (107827-107916)   100% ->
801-922  (112881-113002)   100% ->
923-1144  (115520-115741)   100% ->
1145-1204  (116762-116821)   100% ->
1205-1263  (116921-116979)   100% ->
1264-1374  (118609-118719)   100% ->
1375-1517  (118803-118945)   100% ->
1518-1640  (119066-119188)   100% ->
1641-1752  (120578-120689)   100% ->
1753-1797  (123114-123158)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGACAAGTTAACGAGAATTGCTATTGTCAACCATGACAAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGACAAGTTAACGAGAATTGCTATTGTCAACCATGACAAATGTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCTAAGAAATGTCGACAGGAATGCAAAAAGAGTTGTCCTGTAGTTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCTAAGAAATGTCGACAGGAATGCAAAAAGAGTTGTCCTGTAGTTCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGG         GAAAATTATGCATAGAGGTTACACCCCAGAGCAAAATA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGTA...CAGGAAAATTATGCATAGAGGTTACACCCCAGAGCAAAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATGGATTTCCGAAACTCTTTGTATTGGTTGTGGTATCTGTATTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101231 GCATGGATTTCCGAAACTCTTTGTATTGGTTGTGGTATCTGTATTAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        AAATGCCCCTTTGGCGCCTTATCAATTGTCAATCTACCAAGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101281 A...CAGAAATGCCCCTTTGGCGCCTTATCAATTGTCAATCTACCAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTGGAAAAAGAAACCACACATCGATATTGTGCCAATGCCTTCAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103646 ACTTGGAAAAAGAAACCACACATCGATATTGTGCCAATGCCTTCAAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACAG         GTTGCCTATCCCTCGTCCAGGTGAAGTTTTGGGATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103696 CACAGGTA...CAGGTTGCCTATCCCTCGTCCAGGTGAAGTTTTGGGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTTGGAACTAATGGTATTGGAAAGTCAACTGCTTTAAAAATTTTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104756 AGTTGGAACTAATGGTATTGGAAAGTCAACTGCTTTAAAAATTTTAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAAACAAAAGCCAAACCTTGGAAAGTACGAT         GATCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104806 GAAAACAAAAGCCAAACCTTGGAAAGTACGATGTA...TAGGATCCTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTGGCAGGAGATTTTGACTTATTTCCGTGGATCTGAATTACAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105700 GACTGGCAGGAGATTTTGACTTATTTCCGTGGATCTGAATTACAAAATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTTACAAAGATTCTAGAAGATGACCTAAAAGCCATCATCAAACCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105750 CTTTACAAAGATTCTAGAAGATGACCTAAAAGCCATCATCAAACCTCAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTAGACCAGATTCCTAAGGCTGCAAAG         GGGACAGTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105800 ATGTAGACCAGATTCCTAAGGCTGCAAAGGTC...CAGGGGACAGTGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTATTTTGGACCGAAAAGATGAAACAAAGACACAGGCAATTGTATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105975 TCTATTTTGGACCGAAAAGATGAAACAAAGACACAGGCAATTGTATGTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGCTTG         ATTTAACCCACCTAAAAGAACGAAATGTTGAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106025 GCAGCTTGGTA...TAGATTTAACCCACCTAAAAGAACGAAATGTTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATCTTTCAGGAGGAGAGTTGCAGAGATTTGCTTGTGCTGTCGTTTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106589 ATCTTTCAGGAGGAGAGTTGCAGAGATTTGCTTGTGCTGTCGTTTGCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGAAAGCTGATAT         TTTCATGTTTGATGAGCCTTCTAGTTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106639 CAGAAAGCTGATATGTA...TAGTTTCATGTTTGATGAGCCTTCTAGTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTAGATGTCAAGCAGCGTTTAAAGGCTGCTATTACTATACGATCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 CCTAGATGTCAAGCAGCGTTTAAAGGCTGCTATTACTATACGATCTCTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAAATCCAGATAG         ATATATCATTGTGGTGGAACATGATCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107904 TAAATCCAGATAGGTA...CAGATATATCATTGTGGTGGAACATGATCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGTGTATTAGACTATCTCTCCGACTTCATCTGCTGTTTATATGGTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112909 AGTGTATTAGACTATCTCTCCGACTTCATCTGCTGTTTATATGGTGTACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAGCGCCTATGGAGTTGTCACTATGCCTTTTAGTGTAAGAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112959 AAGCGCCTATGGAGTTGTCACTATGCCTTTTAGTGTAAGAGAAGGTA...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923    GCATAAACATTTTTTTGGATGGCTATGTTCCAACAGAAAACTTGAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115517 CAGGCATAAACATTTTTTTGGATGGCTATGTTCCAACAGAAAACTTGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCAGAGATGCATCACTTGTTTTTAAAGTGGCTGAGACAGCAAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115567 TTCAGAGATGCATCACTTGTTTTTAAAGTGGCTGAGACAGCAAATGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAAGTTAAAAAGATGTGTATGTATAAATATCCAGGAATGAAGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115617 AGAAGTTAAAAAGATGTGTATGTATAAATATCCAGGAATGAAGAAAAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGGAGAATTTGAGCTAGCAATTGTAGCTGGAGAGTTTACAGATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115667 TGGGAGAATTTGAGCTAGCAATTGTAGCTGGAGAGTTTACAGATTCTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATTATGGTGATGCTGGGGGAAAATG         GAACGGGTAAAACGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115717 ATTATGGTGATGCTGGGGGAAAATGGTA...CAGGAACGGGTAAAACGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ATTTATCAGAATGCTTGCTGGAAGACTTAAACCTGATGAAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116778 ATTTATCAGAATGCTTGCTGGAAGACTTAAACCTGATGAAGGAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1205    GAGAAGTACCAGTTCTAAATGTCAGTTATAAGCCACAGAAAATTAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116918 CAGGAGAAGTACCAGTTCTAAATGTCAGTTATAAGCCACAGAAAATTAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCCAAATCAACT         GGAAGTGTTCGCCAGTTACTACATGAAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116968 CCCAAATCAACTGTG...CAGGGAAGTGTTCGCCAGTTACTACATGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GATAAGAGATGCTTATACTCACCCACAATTTGTGACCGATGTAATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118638 GATAAGAGATGCTTATACTCACCCACAATTTGTGACCGATGTAATGAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTCTGCAAATTGAAAACATCATTGATCAAGAG         GTGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118688 CTCTGCAAATTGAAAACATCATTGATCAAGAGGTA...TAGGTGCAGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TTATCTGGTGGTGAACTACAGCGAGTAGCTTTAGCCCTTTGCTTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118812 TTATCTGGTGGTGAACTACAGCGAGTAGCTTTAGCCCTTTGCTTGGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ACCTGCTGATGTCTATTTAATTGATGAACCATCTGCATATTTGGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118862 ACCTGCTGATGTCTATTTAATTGATGAACCATCTGCATATTTGGATTCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGCAAAGACTGATGGCAGCTCGAGTTGTCAAACG         TTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118912 AGCAAAGACTGATGGCAGCTCGAGTTGTCAAACGGTA...TAGTTTCATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTCCATGCAAAAAAGACAGCCTTTGTTGTGGAACATGACTTCATCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119073 CTCCATGCAAAAAAGACAGCCTTTGTTGTGGAACATGACTTCATCATGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CACCTATCTAGCGGATCGCGTCATCGTTTTTGATGGTGTTCCATCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119123 CACCTATCTAGCGGATCGCGTCATCGTTTTTGATGGTGTTCCATCTAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ACACAGTTGCAAACAG         TCCTCAAACCCTTTTGGCTGGCATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119173 ACACAGTTGCAAACAGGTA...TAGTCCTCAAACCCTTTTGGCTGGCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AATAAATTTTTGTCTCAGCTTGAAATTACATTCAGAAGAGATCCAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120603 AATAAATTTTTGTCTCAGCTTGAAATTACATTCAGAAGAGATCCAAACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CTATAGGCCACGAATAAACAAACTTAATTCAATTAAG         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120653 CTATAGGCCACGAATAAACAAACTTAATTCAATTAAGGTA...TAGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TAGAACAAAAGAAGAGTGGAAACTACTTTTTCTTGGATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123118 TAGAACAAAAGAAGAGTGGAAACTACTTTTTCTTGGATGAT