seq1 = pF1KB6149.tfa, 1788 bp
seq2 = pF1KB6149/gi568815586f_66089300.tfa (gi568815586f:66089300_66348168), 258869 bp

>pF1KB6149 1788
>gi568815586f:66089300_66348168 (Chr12)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-316  (114412-114594)   100% ->
317-381  (120157-120221)   100% ->
382-436  (120848-120902)   100% ->
437-588  (122147-122298)   99% ->
589-653  (127872-127936)   100% ->
654-768  (137424-137538)   100% ->
769-887  (138953-139071)   100% ->
888-1086  (155187-155385)   100% ->
1087-1149  (155649-155711)   100% ->
1150-1314  (155799-155963)   99% ->
1315-1788  (158396-158869)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGAACTGTGGGGCCCGCGGCGCGCTGTCGGCGCACACGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGAACTGTGGGGCCCGCGGCGCGCTGTCGGCGCACACGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCGACCTGCCGCCCGCGCTGCTCGGAGAGCTCTGCGCTGTTCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCGACCTGCCGCCCGCGCTGCTCGGAGAGCTCTGCGCTGTTCTGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGCGACGGCGCGCTGGGCTGGCGCGGCCTGG         CAGAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 GCTGCGACGGCGCGCTGGGCTGGCGCGGCCTGGGTG...CAGCAGAGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTTCAAGCAGCTGGCTGGATGTTCGTCATATTGAAAAGTATGTAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114420 CTTTCAAGCAGCTGGCTGGATGTTCGTCATATTGAAAAGTATGTAGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGTAAAAGTGGAACAAGAGAATTACTTTGGTCCTGGGCACAGAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114470 AGGTAAAAGTGGAACAAGAGAATTACTTTGGTCCTGGGCACAGAAAAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACCATCGGTGACCTTTTACAGGTCCTCCAGGAGATGGGACATCGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114520 AGACCATCGGTGACCTTTTACAGGTCCTCCAGGAGATGGGACATCGTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTATTCATTTAATTACAAACTATG         GAGCAGTGTTGAGTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114570 GCTATTCATTTAATTACAAACTATGGTA...CAGGAGCAGTGTTGAGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCAGAGAAGAGTTATCAGGAAGGTGGATTTCCAAATATATTATTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120173 TTCAGAGAAGAGTTATCAGGAAGGTGGATTTCCAAATATATTATTCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         GAAACAGCCAATGTCACCGTGGATAATGTTCTTATTCCTGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120223 TA...TAGGAAACAGCCAATGTCACCGTGGATAATGTTCTTATTCCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATAATGAAAAAG         GAGTACTGCTTAAATCTTCCATCAGCTT
        |||||||||||||>>>...>>>|| |||||||||||||||||||||||||
 120890 CATAATGAAAAAGGTA...AAGGAATACTGCTTAAATCTTCCATCAGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAAAATATCATAGAAGGAACTAGAAATTTCCACAAAGACTTCCTAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122175 TCAAAATATCATAGAAGGAACTAGAAATTTCCACAAAGACTTCCTAATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGAAGGAGAGATTTTTGAGGTATACAGAGTGGAGATTCAAAACCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122225 GAGAAGGAGAGATTTTTGAGGTATACAGAGTGGAGATTCAAAACCTAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATGCTGTCAAATTATTTAAACAG         GAGAAAAAAATGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122275 TATGCTGTCAAATTATTTAAACAGGTA...TAGGAGAAAAAAATGCAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAGAAGCATTGGAAGAGGTTTTTATCTGAGCTTGAAGTTTTACTACT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 127889 TAAGAAGCATTGGAAGAGGTTTTTATCTGAGCTTGAAGTTTTACTACTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    654        GTTTCATCACCCAAACATACTAGAGTTGGCTGCATATTTTACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127939 G...AAGGTTTCATCACCCAAACATACTAGAGTTGGCTGCATATTTTACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGACTGAGAAGTTCTGTCTGATTTATCCATACATGAGAAATGGAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137467 GAGACTGAGAAGTTCTGTCTGATTTATCCATACATGAGAAATGGAACACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTTGACAGATTGCAGTGTGTA         GGTGACACGGCCCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137517 TTTTGACAGATTGCAGTGTGTAGTA...TAGGGTGACACGGCCCCACTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTTGGCACATTCGAATCGGTATATTAATAGGAATATCCAAAGCCATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138972 CTTGGCACATTCGAATCGGTATATTAATAGGAATATCCAAAGCCATTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TACCTGCACAACGTTCAACCATGCTCGGTCATCTGTGGCAGTATATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139022 TACCTGCACAACGTTCAACCATGCTCGGTCATCTGTGGCAGTATATCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888          TGCAAACATCCTTTTGGATGATCAGTTTCAACCCAAACTAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139072 GTA...TAGTGCAAACATCCTTTTGGATGATCAGTTTCAACCCAAACTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGATTTTGCCATGGCACACTTCCGGTCCCACCTAGAACATCAGAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155228 CTGATTTTGCCATGGCACACTTCCGGTCCCACCTAGAACATCAGAGTTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCATAAATATGACCAGCAGCAGCAGTAAACATCTGTGGTACATGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155278 ACCATAAATATGACCAGCAGCAGCAGTAAACATCTGTGGTACATGCCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGAGTACATCAGACAGGGGAAACTTTCCATTAAAACAGATGTCTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155328 AGAGTACATCAGACAGGGGAAACTTTCCATTAAAACAGATGTCTACAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGGAATT         GTAATAATGGAAGTTCTAACAGGATGTAGAGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 155378 TTGGAATTGTG...TAGGTAATAATGGAAGTTCTAACAGGATGTAGAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGTTAGATGATCCAAAACATATCCAGCTG         CGGGATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 155682 GTGTTAGATGATCCAAAACATATCCAGCTGGTA...AAGCGGGATCTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAGAGAATTGATGGAGAAGAGAGGCCTGGATTCATGTCTCTCATTTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155810 TAGAGAATTGATGGAGAAGAGAGGCCTGGATTCATGTCTCTCATTTCTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATAAGAAAGTGCCTCCCTGCCCTCGGAATTTCTCTGCCAAGCTCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155860 ATAAGAAAGTGCCTCCCTGCCCTCGGAATTTCTCTGCCAAGCTCTTCTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTGGCGGGCCGGTGTGCTGCAACGCGGGCAAAGTTAAGACCATCAATGGA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155910 TTGGCAGGCCGGTGTGCTGCAACGCGGGCAAAGTTAAGACCATCAATGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGAA         GTTTTAAATACTCTTGAAAGTACTCAAGCCAGCTTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155960 TGAAGTG...TAGGTTTTAAATACTCTTGAAAGTACTCAAGCCAGCTTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATTTTGCTGAAGATCCTCCCACATCACTAAAGTCCTTCAGGTGTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158433 ATTTTGCTGAAGATCCTCCCACATCACTAAAGTCCTTCAGGTGTCCTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCTCTATTCCTGGAGAATGTACCAAGTATTCCAGTGGAAGATGATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158483 CCTCTATTCCTGGAGAATGTACCAAGTATTCCAGTGGAAGATGATGAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCAGAATAACAATTTACTACCTTCTGATGAAGGCCTGAGGATAGACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158533 CCAGAATAACAATTTACTACCTTCTGATGAAGGCCTGAGGATAGACAGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGACTCAGAAAACTCCTTTTGAATGCAGCCAGTCTGAGGTTATGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158583 TGACTCAGAAAACTCCTTTTGAATGCAGCCAGTCTGAGGTTATGTTTCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGCTTGGACAAAAAGCCAGAGAGCAAGAGAAATGAGGAAGCTTGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158633 AGCTTGGACAAAAAGCCAGAGAGCAAGAGAAATGAGGAAGCTTGCAACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCCCAGTTCTTCTTGTGAAGAAAGTTGGTTCCCAAAGTATATAGTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158683 GCCCAGTTCTTCTTGTGAAGAAAGTTGGTTCCCAAAGTATATAGTTCCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCCAGGACTTAAGGCCCTATAAGGTAAATATAGATCCTTCTTCAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158733 CCCAGGACTTAAGGCCCTATAAGGTAAATATAGATCCTTCTTCAGAAGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CCAGGGCATTCTTGCAGGAGCAGGCCAGTGGAGAGCAGCTGTTCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158783 CCAGGGCATTCTTGCAGGAGCAGGCCAGTGGAGAGCAGCTGTTCCTCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1752 ATTTTCCTGGGATGAATATGAACAGTACAAAAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158833 ATTTTCCTGGGATGAATATGAACAGTACAAAAAAGAA