seq1 = pF1KB6143.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KB6143/gi568815592f_157767545.tfa (gi568815592f:157767545_158042835), 275291 bp

>pF1KB6143 1785
>gi568815592f:157767545_158042835 (Chr6)

11-99  (100001-100089)   100% ->
100-174  (105558-105632)   100% ->
175-300  (107507-107632)   100% ->
301-472  (129283-129454)   100% ->
473-620  (134354-134501)   100% ->
621-705  (138584-138668)   100% ->
706-831  (142121-142246)   99% ->
832-949  (142364-142481)   100% ->
950-1080  (153987-154117)   100% ->
1081-1184  (159567-159670)   100% ->
1185-1288  (161055-161158)   100% ->
1289-1366  (164651-164728)   100% ->
1367-1443  (168420-168496)   100% ->
1444-1533  (169890-169979)   100% ->
1534-1648  (171089-171203)   100% ->
1649-1740  (173339-173430)   100% ->
1741-1785  (175247-175291)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGGCTCGGGTTATGTATGATTTTGCTGCTGAACCTGGAAATAATGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGCTCGGGTTATGTATGATTTTGCTGCTGAACCTGGAAATAATGAACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 ACGGTTAATGAAGGAGAAATCATCACAATCACAAATCCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 ACGGTTAATGAAGGAGAAATCATCACAATCACAAATCCGGTA...TAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    102 TGTAGGTGGAGGATGGCTGGAAGGAAGAAACATCAAAGGAGAACGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105560 TGTAGGTGGAGGATGGCTGGAAGGAAGAAACATCAAAGGAGAACGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 TGGTTCCCACAGACTACGTTGAA         ATTTTACCCAGTGATGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105610 TGGTTCCCACAGACTACGTTGAAGTA...CAGATTTTACCCAGTGATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193 AAAGATCAATTTTCTTGTGGAAATTCAGTGGCTGACCAAGCCTTCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107525 AAAGATCAATTTTCTTGTGGAAATTCAGTGGCTGACCAAGCCTTCCTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243 TTCTCTCTCAGCCAGCACAGCTCAGGCCAGTTCGTCGGCTGCCAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107575 TTCTCTCTCAGCCAGCACAGCTCAGGCCAGTTCGTCGGCTGCCAGCAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 ATCACCAG         GTTGGCAGTGGCAATGACCCCTGGTCAGCCTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107625 ATCACCAGGTA...TAGGTTGGCAGTGGCAATGACCCCTGGTCAGCCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334 AGTGCCTCCAAATCTGGGAACTGGGAAAGCTCAGAAGGCTGGGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129316 AGTGCCTCCAAATCTGGGAACTGGGAAAGCTCAGAAGGCTGGGGGGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 GCCAGAGGGGGCTGGAGCCCAAAGAAACACAAACACTCCCAACAACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129366 GCCAGAGGGGGCTGGAGCCCAAAGAAACACAAACACTCCCAACAACTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 ACACTGCCTTCGGCCACCCCCAGGCCTACCAAGGACCAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 129416 ACACTGCCTTCGGCCACCCCCAGGCCTACCAAGGACCAGGTG...TAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 ACTGGTGATGATGATGACTGGGATGAAGACTGGGATGGGCCCAAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134356 ACTGGTGATGATGATGACTGGGATGAAGACTGGGATGGGCCCAAATCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 TTCCTACTTTAAGGATTCAGAGTCAGCTGATGCAGGCGGCGCTCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134406 TTCCTACTTTAAGGATTCAGAGTCAGCTGATGCAGGCGGCGCTCAGCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575 GAAACAGTCGTGCTAGTTCCTCATCCATGAAAATTCCCCTTAACAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 134456 GAAACAGTCGTGCTAGTTCCTCATCCATGAAAATTCCCCTTAACAAGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    621      ATTTCCTGGATTTGCGAAACCTGGCACGGAACAGTATTTGTTGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134506 ..TAGATTTCCTGGATTTGCGAAACCTGGCACGGAACAGTATTTGTTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666 CAAACAACTAGCAAAACCCAAAGAGAAAATTCCCATCATT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 138629 CAAACAACTAGCAAAACCCAAAGAGAAAATTCCCATCATTGTA...TAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707 TTGGAGATTATGGCCCAATGTGGGTTTATCCTACCTCTACTTTTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142122 TTGGAGATTATGGCCCAATGTGGGTTTATCCTACCTCTACTTTTGACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757 GTGGTAGCAGATCCCAGAAAAGGCTCCAAAATGTATGGTCTAAAGAGCTA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 142172 GTGGTAGCAGATCCCAGGAAAGGCTCCAAAATGTATGGTCTAAAGAGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 CATCGAATATCAGCTAACACCTACT         AACACTAATCGATCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 142222 CATCGAATATCAGCTAACACCTACTGTA...TAGAACACTAATCGATCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848 TAAACCACAGGTATAAGCACTTTGACTGGTTATATGAGCGTCTCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142380 TAAACCACAGGTATAAGCACTTTGACTGGTTATATGAGCGTCTCCTGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898 AAGTTTGGGTCAGCCATTCCAATCCCTTCTCTTCCAGACAAACAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142430 AAGTTTGGGTCAGCCATTCCAATCCCTTCTCTTCCAGACAAACAAGTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    948 AG         GCCGCTTTGAAGAGGAATTTATCAAAATGCGCATGGAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142480 AGGTG...CAGGCCGCTTTGAAGAGGAATTTATCAAAATGCGCATGGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989 GACTTCAGGCCTGGATGACCAGGATGTGTCGCCATCCAGTAATCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154026 GACTTCAGGCCTGGATGACCAGGATGTGTCGCCATCCAGTAATCTCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039 AGTGAAGTTTTCCAGCAGTTCCTAAATTTCCGAGATGAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 154076 AGTGAAGTTTTCCAGCAGTTCCTAAATTTCCGAGATGAGAAGGTA...CA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081  GAATGGAAAACTGGAAAGAGGAAGGCCGAGAGAGATGAGCTGGCGGGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159566 GGAATGGAAAACTGGAAAGAGGAAGGCCGAGAGAGATGAGCTGGCGGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130 TCATGATATTTTCCACCATGGAACCAGAGGCACCTGACTTGGACTTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159616 TCATGATATTTTCCACCATGGAACCAGAGGCACCTGACTTGGACTTAGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1180 GAAAT         AGAGCAGAAGTGCGAGGCTGTGGGGAAGTTCACCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159666 GAAATGTG...CAGAGAGCAGAAGTGCGAGGCTGTGGGGAAGTTCACCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1221 GGCCATGGATGACGGCGTGAAGGAGCTGCTGACGGTGGGGCAGGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161091 GGCCATGGATGACGGCGTGAAGGAGCTGCTGACGGTGGGGCAGGAGCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271 GGAAGCGCTGCACGGGCC         CATTACCCAAGGAATATCAGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 161141 GGAAGCGCTGCACGGGCCGTA...CAGCATTACCCAAGGAATATCAGAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312 ATAGGAAAGGCCTTGCAGAGTTTGGCCACAGTGTTCAGTTCCAGTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164674 ATAGGAAAGGCCTTGCAGAGTTTGGCCACAGTGTTCAGTTCCAGTGGCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1362 TCAAG         GTGAAACAGATCTCAATGATGCAATAACAGAAGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164724 TCAAGGTG...CAGGTGAAACAGATCTCAATGATGCAATAACAGAAGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1403 GAAAGACTTATGAAGAAATTGCCAGTCTCGTGGCAGAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 168456 GAAAGACTTATGAAGAAATTGCCAGTCTCGTGGCAGAACAGGTA...TAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1444 CCAAAGAAAGATCTCCATTTCCTGATGGAATGTAATCACGAGTATAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169890 CCAAAGAAAGATCTCCATTTCCTGATGGAATGTAATCACGAGTATAAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1494 TTTTCTTGGCTGCTTCCCTGACATCATTGGCACTCACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 169940 TTTTCTTGGCTGCTTCCCTGACATCATTGGCACTCACAAGGTA...CAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1535 GAGCAATAGAAAAAGTGAAAGAAAGTGACAAACTAGTTGCAACAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171090 GAGCAATAGAAAAAGTGAAAGAAAGTGACAAACTAGTTGCAACAAGTAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1585 ATCACCCTACAAGACAAACAGAACATGGTGAAGAGAGTCAGCATCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171140 ATCACCCTACAAGACAAACAGAACATGGTGAAGAGAGTCAGCATCATGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1635 TTACGCGTTGCAAG         CTGAGATGAATCACTTTCACAGTAACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 171190 TTACGCGTTGCAAGGTA...TAGCTGAGATGAATCACTTTCACAGTAACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1676 GGATCTATGATTACAACAGTGTCATCCGCCTGTACCTGGAGCAGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173366 GGATCTATGATTACAACAGTGTCATCCGCCTGTACCTGGAGCAGCAAGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1726 CAATTTTACGAAACG         ATTGCAGAAAAGCTGAGGCAGGCCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 173416 CAATTTTACGAAACGGTG...CAGATTGCAGAAAAGCTGAGGCAGGCCCT

   1900     .    :    .
   1767 CAGCCGCTTTCCAGTGATG
        |||||||||||||||||||
 175273 CAGCCGCTTTCCAGTGATG