seq1 = pF1KB6142.tfa, 1914 bp
seq2 = pF1KB6142/gi568815578f_17127306.tfa (gi568815578f:17127306_17582067), 454762 bp

>pF1KB6142 1914
>gi568815578f:17127306_17582067 (Chr20)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-282  (132935-133039)   100% ->
283-396  (231022-231135)   100% ->
397-505  (233227-233335)   100% ->
506-543  (241935-241972)   100% ->
544-620  (281958-282034)   100% ->
621-709  (302130-302218)   100% ->
710-885  (309403-309578)   100% ->
886-1101  (326437-326652)   100% ->
1102-1202  (329043-329143)   100% ->
1203-1430  (338021-338248)   100% ->
1431-1914  (354279-354762)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGGTGGTTGTGTCTCCCAGTGGAAGGCGGCCGCCGGGTTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGGTGGTTGTGTCTCCCAGTGGAAGGCGGCCGCCGGGTTCCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTGTCATGGTTTTTGCATCTGCTGAGCGACCGGTCTTCACGAATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTGTCATGGTTTTTGCATCTGCTGAGCGACCGGTCTTCACGAATCATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTTGTGGAGTTGCATAAAGGGGGAGAGGACAAAGCTCGCCAAGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTTGTGGAGTTGCATAAAGGGGGAGAGGACAAAGCTCGCCAAGTTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGAACACGGCTTTGGAGTCCGAAAG         CTTCCCTTTGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 GCAGAACACGGCTTTGGAGTCCGAAAGGTA...CAGCTTCCCTTTGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGTCTGTACCACTTTTATCACAATGGCCTTGCAAAGGCCAAGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132949 AGGTCTGTACCACTTTTATCACAATGGCCTTGCAAAGGCCAAGAGAAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGCCTACACCACAAGCAGCAGCTGGAGAGAGACCCCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132999 GCAGCCTACACCACAAGCAGCAGCTGGAGAGAGACCCCAGGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAAAGATGGCTTTGCAGCAGGAAGGATTTGACCGAAAAAAGCGAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231022 GTAAAGATGGCTTTGCAGCAGGAAGGATTTGACCGAAAAAAGCGAGGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGAGACATCAATGAGATCGACATCAACATGAACGATCCTCTTTTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231072 CAGAGACATCAATGAGATCGACATCAACATGAACGATCCTCTTTTTACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCAGTGGTATCTG         ATCAATACTGGGCAAGCTGATGGCACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 231122 AGCAGTGGTATCTGGTG...CAGATCAATACTGGGCAAGCTGATGGCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGGCCTTGATTTGAATGTGGCTGAAGCCTGGGAGCTGGGATACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233254 CCTGGCCTTGATTTGAATGTGGCTGAAGCCTGGGAGCTGGGATACACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAGGTGTTACCATTGGAATTATGGATGATG         GGATTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 233304 GAAAGGTGTTACCATTGGAATTATGGATGATGGTG...CAGGGATTGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCTCCACCCGGACCTGGCCTCCAACTAT         AATGCCGAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 241944 ATCTCCACCCGGACCTGGCCTCCAACTATGTA...CAGAATGCCGAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGTTACGACTTCAGCAGCAACGACCCCTATCCTTACCCTCGGTACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281970 AGTTACGACTTCAGCAGCAACGACCCCTATCCTTACCCTCGGTACACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACTGGTTTAACAG         CCACGGGACCCGATGTGCAGGAGAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 282020 TGACTGGTTTAACAGGTA...AAGCCACGGGACCCGATGTGCAGGAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTTCTGCTGCCGCCAACAACAATATCTGTGGAGTTGGAGTAGCATACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302156 TTTCTGCTGCCGCCAACAACAATATCTGTGGAGTTGGAGTAGCATACAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCAAGGTTGCAG         GCATCCGGATGCTGGACCAGCCATTCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 302206 TCCAAGGTTGCAGGTA...CAGGCATCCGGATGCTGGACCAGCCATTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GACAGACATCATCGAGGCCTCCTCCATCAGTCATATGCCACAGCTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309431 GACAGACATCATCGAGGCCTCCTCCATCAGTCATATGCCACAGCTGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATCTACAGCGCCAGCTGGGGCCCCACAGACAACGGCAAGACAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309481 ACATCTACAGCGCCAGCTGGGGCCCCACAGACAACGGCAAGACAGTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGCCCCGGGAGCTCACGCTGCAGGCCATGGCCGATGGCGTGAACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 309531 GGGCCCCGGGAGCTCACGCTGCAGGCCATGGCCGATGGCGTGAACAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886        GGCCGCGGCGGCAAAGGCAGCATCTACGTGTGGGCCTCCGGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309581 A...CAGGGCCGCGGCGGCAAAGGCAGCATCTACGTGTGGGCCTCCGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACGGCGGCAGCTATGACGACTGCAACTGCGACGGCTACGCCTCCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326480 ACGGCGGCAGCTATGACGACTGCAACTGCGACGGCTACGCCTCCAGCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGGACCATCTCCATCAACTCAGCCATCAACGACGGCAGGACTGCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326530 TGGACCATCTCCATCAACTCAGCCATCAACGACGGCAGGACTGCCCTGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGACGAGAGCTGCTCTTCCACCTTGGCTTCCACCTTCAGCAACGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326580 CGACGAGAGCTGCTCTTCCACCTTGGCTTCCACCTTCAGCAACGGGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAAGGAACCCCGAGGCCGGTGTG         GCAACCACAGATTTGTAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 326630 AAAGGAACCCCGAGGCCGGTGTGGTG...CAGGCAACCACAGATTTGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGCAACTGCACTCTGAGGCATTCTGGGACATCTGCAGCTGCCCCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329061 GGCAACTGCACTCTGAGGCATTCTGGGACATCTGCAGCTGCCCCCGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGCTGGTGTGTTTGCACTGGCTCTGGAGGCTAA         CCTGGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 329111 AGCTGGTGTGTTTGCACTGGCTCTGGAGGCTAAGTA...CAGCCTGGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGACCTGGCGGGACATGCAGCATCTGACTGTGCTCACCTCCAAACGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338029 TGACCTGGCGGGACATGCAGCATCTGACTGTGCTCACCTCCAAACGGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGCTTCACGACGAGGTCCATCAGTGGCGGCGCAATGGGGTCGGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338079 CAGCTTCACGACGAGGTCCATCAGTGGCGGCGCAATGGGGTCGGCCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATTTAATCACCTCTTTGGCTACGGGGTCCTTGATGCAGGTGCCATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338129 ATTTAATCACCTCTTTGGCTACGGGGTCCTTGATGCAGGTGCCATGGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAATGGCTAAAGACTGGAAAACCGTGCCTGAGAGATTCCACTGTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338179 AAATGGCTAAAGACTGGAAAACCGTGCCTGAGAGATTCCACTGTGTGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGCTCCGTGCAGGACCCTGA         GAAAATACCATCCACTGGCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 338229 GGCTCCGTGCAGGACCCTGAGTA...CAGGAAAATACCATCCACTGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GTTGGTGCTGACACTCACAACCGACGCCTGTGAGGGGAAGGAAAATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354300 GTTGGTGCTGACACTCACAACCGACGCCTGTGAGGGGAAGGAAAATTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCGCTACCTGGAGCATGTCCAGGCTGTCATCACGGTCAACGCAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354350 TCCGCTACCTGGAGCATGTCCAGGCTGTCATCACGGTCAACGCAACCAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGAGGAGACCTGAACATCAACATGACTTCCCCTATGGGCACCAAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354400 AGAGGAGACCTGAACATCAACATGACTTCCCCTATGGGCACCAAGTCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TTTGCTGAGCCGGCGTCCAAGGGATGACGACTCCAAGGTGGGCTTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354450 TTTGCTGAGCCGGCGTCCAAGGGATGACGACTCCAAGGTGGGCTTTGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGTGGCCTTTCATGACCACTCACACGTGGGGGGAAGACGCCCGAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354500 AGTGGCCTTTCATGACCACTCACACGTGGGGGGAAGACGCCCGAGGCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TGGACCCTGGAGCTGGGATTTGTCGGCAGCGCCCCGCAGAAGGGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354550 TGGACCCTGGAGCTGGGATTTGTCGGCAGCGCCCCGCAGAAGGGGGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GAAGGAGTGGACCCTGATGCTGCATGGCACTCAGAGTGCCCCGTACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354600 GAAGGAGTGGACCCTGATGCTGCATGGCACTCAGAGTGCCCCGTACATCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ACCAGGTGGTGCGGGATTACCAGTCCAAGTTGGCCATGTCCAAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354650 ACCAGGTGGTGCGGGATTACCAGTCCAAGTTGGCCATGTCCAAGAAAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GAGCTGGAGGAAGAGCTGGACGAAGCCGTGGAGAGAAGCCTGAAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354700 GAGCTGGAGGAAGAGCTGGACGAAGCCGTGGAGAGAAGCCTGAAAAGCAT

   2000     .    :
   1902 CCTTAACAAGAAC
        |||||||||||||
 354750 CCTTAACAAGAAC