seq1 = pF1KB6139.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KB6139/gi568815579f_7538726.tfa (gi568815579f:7538726_7747807), 209082 bp

>pF1KB6139 1779
>gi568815579f:7538726_7747807 (Chr19)

1-37  (98425-98461)   100% ->
38-87  (100001-100050)   100% ->
88-169  (100294-100375)   100% ->
170-246  (101006-101082)   100% ->
247-325  (102006-102084)   100% ->
326-429  (102175-102278)   100% ->
430-578  (102980-103128)   100% ->
579-663  (103309-103393)   100% ->
664-794  (103478-103608)   100% ->
795-902  (103704-103811)   100% ->
903-960  (104041-104098)   100% ->
961-1026  (104258-104323)   100% ->
1027-1107  (104440-104520)   100% ->
1108-1246  (105889-106027)   100% ->
1247-1356  (106472-106581)   100% ->
1357-1452  (107524-107619)   100% ->
1453-1538  (108437-108522)   100% ->
1539-1696  (108629-108786)   99% ->
1697-1779  (109000-109082)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCCTCGGGGCTGAAGGCGGTGGTGGGGGAAA         AAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  98425 ATGGCGCCCTCGGGGCTGAAGGCGGTGGTGGGGGAAAGTG...CAGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGAGCGGAGTTATTCGGAGTGTCAAGAAGGATGGGGAGTGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100005 TCTGAGCGGAGTTATTCGGAGTGTCAAGAAGGATGGGGAGTGGAAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      GTGCTTATCATGGATCACCCAAGCATGCGCATCTTGTCTTCCTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100055 ..CAGGTGCTTATCATGGATCACCCAAGCATGCGCATCTTGTCTTCCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGCAAAATGTCAGATATCCTGGCTGAGGGCATCACCA         TTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100339 TGCAAAATGTCAGATATCCTGGCTGAGGGCATCACCAGTG...TAGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TGAAGACATCAACAAACGGCGGGAACCCATTCCCAGTCTGGAGGCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101010 TGAAGACATCAACAAACGGCGGGAACCCATTCCCAGTCTGGAGGCCATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATTTGCTGAGCCCCACGGAGAAG         TCGGTTCAGGCCCTGATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101060 ATTTGCTGAGCCCCACGGAGAAGGTG...CAGTCGGTTCAGGCCCTGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AAAGACTTCCAGGGGACCCCGACTTTCACCTACAAAGCGGCCCATATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102024 AAAGACTTCCAGGGGACCCCGACTTTCACCTACAAAGCGGCCCATATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTTCACCGACA         CCTGCCCCGAGCCCCTGTTCAGTGAGCTAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102074 CTTCACCGACAGTG...CAGCCTGCCCCGAGCCCCTGTTCAGTGAGCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GCCGCTCTCGTCTGGCAAAGGTGGTGAAGACGTTGAAGGAGATTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102205 GCCGCTCTCGTCTGGCAAAGGTGGTGAAGACGTTGAAGGAGATTCACCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCCTTCCTCCCCTACGAGGCCCAG         GTGTTCTCCCTCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102255 GCCTTCCTCCCCTACGAGGCCCAGGTA...CAGGTGTTCTCCCTCGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TCCCCACAGCACCTACAACCTCTACTGCCCCTTCCGGGCAGAGGAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102997 TCCCCACAGCACCTACAACCTCTACTGCCCCTTCCGGGCAGAGGAGCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CGCGGCAGCTCGAGGTGCTGGCCCAGCAGATTGCCACGCTGTGCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103047 CGCGGCAGCTCGAGGTGCTGGCCCAGCAGATTGCCACGCTGTGCGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTGCAGGAGTACCCGGCCATCCGCTACCGCAA         GGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103097 CTGCAGGAGTACCCGGCCATCCGCTACCGCAAGTG...CAGGGGCCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGACACAGCCCAGTTGGCCCACGCCGTCCTGGCCAAGCTGAACGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103318 GGACACAGCCCAGTTGGCCCACGCCGTCCTGGCCAAGCTGAACGCCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGGCAGACACTCCCAGTCTGGGCGAG         GGCCCAGAGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103368 AGGCAGACACTCCCAGTCTGGGCGAGGTG...CAGGGCCCAGAGAAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CGCTCCCAGCTGCTGATAATGGACCGGGCAGCTGACCCCGTGTCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103493 CGCTCCCAGCTGCTGATAATGGACCGGGCAGCTGACCCCGTGTCCCCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ACTGCATGAGCTCACGTTCCAGGCCATGGCGTATGATCTGCTGGACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103543 ACTGCATGAGCTCACGTTCCAGGCCATGGCGTATGATCTGCTGGACATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCAGGACACATACAG         GTATGAGACCACCGGGCTGAGCGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103593 AGCAGGACACATACAGGTC...CAGGTATGAGACCACCGGGCTGAGCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCGCGGGAGAAGGCCGTCTTGCTGGACGAGGACGATGACTTGTGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103729 GCGCGGGAGAAGGCCGTCTTGCTGGACGAGGACGATGACTTGTGGGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCTTCGCCACATGCATATCGCAGATGTGTCCAA         GAAGGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103779 GCTTCGCCACATGCATATCGCAGATGTGTCCAAGTG...CAGGAAGGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CGGAGCTCCTGAGGACCTTCTGTGAGAGCAAGAGGCTGACCACGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104049 CGGAGCTCCTGAGGACCTTCTGTGAGAGCAAGAGGCTGACCACGGACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961          GCGAACATCAAAGACCTATCCCAGATCCTGAAAAAGATGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104099 GTA...CAGGCGAACATCAAAGACCTATCCCAGATCCTGAAAAAGATGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCAGTACCAGAAGGAGCTGAATAAG         TATTCTACGCACCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104299 GCAGTACCAGAAGGAGCTGAATAAGGTG...CAGTATTCTACGCACCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ATCTAGCAGATGATTGTATGAAGCACTTCAAGGGCTCGGTGGAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104456 ATCTAGCAGATGATTGTATGAAGCACTTCAAGGGCTCGGTGGAGAAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TGTAGTGTGGAGCAG         GACCTGGCCATGGGCTCCGACGCAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104506 TGTAGTGTGGAGCAGGTG...CAGGACCTGGCCATGGGCTCCGACGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GGGGGAGAAGATCAAGGACTCCATGAAGCTGATCGTTCCGGTGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105915 GGGGGAGAAGATCAAGGACTCCATGAAGCTGATCGTTCCGGTGCTGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 ACGCGGCGGTGCCCGCCTACGACAAGATCCGGGTCCTGCTGCTCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105965 ACGCGGCGGTGCCCGCCTACGACAAGATCCGGGTCCTGCTGCTCTACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTCCTTCGGAATG         GTGTGAGTGAGGAGAACCTGGCCAAGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106015 CTCCTTCGGAATGGTG...CAGGTGTGAGTGAGGAGAACCTGGCCAAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GATCCAGCATGCCAATGTACAGGCGCACAGCAGCCTCATCCGTAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106500 GATCCAGCATGCCAATGTACAGGCGCACAGCAGCCTCATCCGTAACCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 AGCAGCTGGGAGGCACTGTCACCAACCCCGGG         GGCTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106550 AGCAGCTGGGAGGCACTGTCACCAACCCCGGGGTA...TAGGGCTCGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 ACCTCCAGCCGGCTGGAGCCGAGAGAACGCATGGAGCCCACCTATCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107533 ACCTCCAGCCGGCTGGAGCCGAGAGAACGCATGGAGCCCACCTATCAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GTCCCGCTGGACCCCGGTCATCAAGGATGTAATGGAG         GACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107583 GTCCCGCTGGACCCCGGTCATCAAGGATGTAATGGAGGTA...CAGGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 CCGTGGAGGACCGGCTGGACAGGAACCTGTGGCCCTTCGTATCCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108441 CCGTGGAGGACCGGCTGGACAGGAACCTGTGGCCCTTCGTATCCGACCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GCCCCCACGGCCAGCTCCCAGGCCGCTGTCAG         TGCCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108491 GCCCCCACGGCCAGCTCCCAGGCCGCTGTCAGGTG...CAGTGCCCGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CGGTCACTGGCACAAGAACAAGGCTGGCGTAGAAGCCCGGGCGGGCCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 108638 CGGTCACTGGCACAAGAACAAGGCTGGCATAGAAGCCCGGGCGGGCCCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 GGCTCATCGTGTATGTCATGGGCGGTGTGGCCATGTCAGAGATGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108688 GGCTCATCGTGTATGTCATGGGCGGTGTGGCCATGTCAGAGATGAGGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GCCTACGAGGTGACCAGGGCCACCGAGGGCAAGTGGGAGGTGCTCATTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108738 GCCTACGAGGTGACCAGGGCCACCGAGGGCAAGTGGGAGGTGCTCATTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697         GCTCCTCACACATCCTCACCCCGACCCGCTTCCTGGATGACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108788 TA...CAGGCTCCTCACACATCCTCACCCCGACCCGCTTCCTGGATGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TGAAGGCACTGGACAAGAAGCTGGAGGACATTGCCCTGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109042 TGAAGGCACTGGACAAGAAGCTGGAGGACATTGCCCTGCCC