seq1 = pF1KB6134.tfa, 1893 bp
seq2 = pF1KB6134/gi568815592f_35197857.tfa (gi568815592f:35197857_35421407), 223551 bp

>pF1KB6134 1893
>gi568815592f:35197857_35421407 (Chr6)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-237  (111814-111954)   100% ->
238-423  (112603-112788)   100% ->
424-660  (114446-114682)   100% ->
661-807  (114770-114916)   100% ->
808-916  (120035-120143)   99% ->
917-1215  (120317-120615)   100% ->
1216-1382  (121668-121834)   100% ->
1383-1581  (121963-122161)   100% ->
1582-1672  (123028-123118)   100% ->
1673-1893  (123331-123551)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGCGCAAGGAACTGCTCAAGTCCATCTGGTACGCCTTTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGCGCAAGGAACTGCTCAAGTCCATCTGGTACGCCTTTACCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGACGTGGAGAAGAGTGGCAAAGTCTCCAAGTCCCAGCTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GCTGGACGTGGAGAAGAGTGGCAAAGTCTCCAAGTCCCAGCTCAAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTGCTGTCCCACAACCTGTACACGGTCCTGCACATCCCCCATGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGTGCTGTCCCACAACCTGTACACGGTCCTGCACATCCCCCATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCGTGGCCCTGGAGGAACACTTCCGAGATGATGATGACGGCCCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111859 CCCGTGGCCCTGGAGGAACACTTCCGAGATGATGATGACGGCCCTGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCAGGGATACATGCCCTACCTCAACAAGTACATCCTGGACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111909 CAGCCAGGGATACATGCCCTACCTCAACAAGTACATCCTGGACAAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      GTGGAGGAGGGGGCTTTTGTTAAAGAGCACTTTGATGAGCTGTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111959 ..CAGGTGGAGGAGGGGGCTTTTGTTAAAGAGCACTTTGATGAGCTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGACGCTGACGGCCAAGAAGAACTATCGGGCAGATAGCAACGGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112648 TGGACGCTGACGGCCAAGAAGAACTATCGGGCAGATAGCAACGGGAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATGCTCTCCAATCAGGATGCCTTCCGCCTCTGGTGCCTCTTCAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112698 TATGCTCTCCAATCAGGATGCCTTCCGCCTCTGGTGCCTCTTCAACTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTCTGAGGACAAGTACCCTCTGATCATGGTTCCTGATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112748 TGTCTGAGGACAAGTACCCTCTGATCATGGTTCCTGATGAGGTG...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGAATACCTGCTGAAAAAGGTACTCAGCAGCATGAGCTTGGAGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114446 GTGGAATACCTGCTGAAAAAGGTACTCAGCAGCATGAGCTTGGAGGTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTGGGTGAGCTGGAGGAGCTTCTGGCCCAGGAGGCCCAGGTGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114496 CTTGGGTGAGCTGGAGGAGCTTCTGGCCCAGGAGGCCCAGGTGGCCCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACCGGGGGGCTCAGCGTCTGGCAGTTCCTGGAGCTCTTCAATTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114546 CCACCGGGGGGCTCAGCGTCTGGCAGTTCCTGGAGCTCTTCAATTCGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGCTGCCTGCGGGGCGTGGGCCGGGACACCCTCAGCATGGCCATCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114596 CGCTGCCTGCGGGGCGTGGGCCGGGACACCCTCAGCATGGCCATCCACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGTCTACCAGGAGCTCATCCAAGATGTCCTGAAGCAG         GGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114646 GGTCTACCAGGAGCTCATCCAAGATGTCCTGAAGCAGGTC...CAGGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCTGTGGAAGCGAGGGCACCTGAGAAGGAACTGGGCCGAACGCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114774 ACCTGTGGAAGCGAGGGCACCTGAGAAGGAACTGGGCCGAACGCTGGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGCTGCAGCCCAGCTGCCTCTGCTACTTTGGGAGTGAAGAGTGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114824 CAGCTGCAGCCCAGCTGCCTCTGCTACTTTGGGAGTGAAGAGTGCAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAAAGGGGCATTATCCCGCTGGATGCACACTGCTGCGTGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114874 GAAAAGGGGCATTATCCCGCTGGATGCACACTGCTGCGTGGAGGTG...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    808   GTGCTGCCAGACCGCGACGGAAAGCGCTGCATGTTCTGTGTGAAGACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120033 AGGTGCTGCCAGACCGCGACGGAAAGCGCTGCATGTTCTGTGTGAAGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCACCCGCACGTATGAGATGAGCGCCTCAGACACGCGCCAGCGCCAGGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120083 GCCAACCGCACGTATGAGATGAGCGCCTCAGACACGCGCCAGCGCCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTGGACAGCTG         CCATCCAGATGGCGATCCGGCTGCAGGCCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120133 GTGGACAGCTGGTG...CAGCCATCCAGATGGCGATCCGGCTGCAGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGGGAAGACGTCCCTACACAAGGACCTGAAGCAGAAACGGCGCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120347 AGGGGAAGACGTCCCTACACAAGGACCTGAAGCAGAAACGGCGCGAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGGGAGCAGCGGGAGCGGCGCCGGGCGGCCAAGGAAGAGGAGCTGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120397 CGGGAGCAGCGGGAGCGGCGCCGGGCGGCCAAGGAAGAGGAGCTGCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTGCAGCAGCTGCAGGAGGAGAAGGAGCGGAAGCTGCAGGAGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120447 GCTGCAGCAGCTGCAGGAGGAGAAGGAGCGGAAGCTGCAGGAGCTGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCTGCAGGAGGCGCAGCGGCAGGCCGAGCGGCTGCTGCAGGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120497 TGCTGCAGGAGGCGCAGCGGCAGGCCGAGCGGCTGCTGCAGGAGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAACGGCGCCGCAGCCAGCACCGCGAGCTGCAGCAGGCGCTCGAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120547 GAACGGCGCCGCAGCCAGCACCGCGAGCTGCAGCAGGCGCTCGAGGGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACTGCGCGAGGCGGAGCAG         GCCCGGGCCTCCATGCAGGCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 120597 ACTGCGCGAGGCGGAGCAGGTG...CAGGCCCGGGCCTCCATGCAGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGATGGAGCTGAAGGAGGAGGAGGCTGCCCGGCAGCGGCAGCGCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121690 AGATGGAGCTGAAGGAGGAGGAGGCTGCCCGGCAGCGGCAGCGCATCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGCTGGAGGAGATGCAGCAGCGGTTGCAGGAGGCCCTGCAACTAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121740 GAGCTGGAGGAGATGCAGCAGCGGTTGCAGGAGGCCCTGCAACTAGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAAAGCTCGGCGAGATGAAGAATCTGTGCGAATCGCTCAGACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121790 GAAAGCTCGGCGAGATGAAGAATCTGTGCGAATCGCTCAGACCAGGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383     ACTGCTGGAAGAGGAGGAAGAGAAGCTGAAGCAGTTGATGCAGCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121840 .CAGACTGCTGGAAGAGGAGGAAGAGAAGCTGAAGCAGTTGATGCAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGGAGGAGCAGGAGCGCTACATCGAACGGGCGCAGCAGGAGAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122009 AAGGAGGAGCAGGAGCGCTACATCGAACGGGCGCAGCAGGAGAAGGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCTGCAGCAGGAGATGGCACAGCAGAGCCGCTCCCTGCAGCAGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122059 GCTGCAGCAGGAGATGGCACAGCAGAGCCGCTCCCTGCAGCAGGCCCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGCAGCTGGAGGAGGTGCGGCAGAACCGGCAGAGGGCTGACGAGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122109 AGCAGCTGGAGGAGGTGCGGCAGAACCGGCAGAGGGCTGACGAGGATGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAG         GCTGCCCAGAGAAAACTGCGCCAGGCCAGCACCAACGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122159 GAGGTG...CAGGCTGCCCAGAGAAAACTGCGCCAGGCCAGCACCAACGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GAAACACTGGAATGTCCAGATGAACCGGCTGATGCATCCAATTGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123066 GAAACACTGGAATGTCCAGATGAACCGGCTGATGCATCCAATTGAGCCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GAG         ATAAGCGTCCGGTCACCAGCAGCTCCTTCTCAGGCTTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123116 GAGGTG...CAGATAAGCGTCCGGTCACCAGCAGCTCCTTCTCAGGCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CAGCCCCCTCTGCTTGCCCACCGTGACTCCTCCCTAAAGCGCCTGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123369 CAGCCCCCTCTGCTTGCCCACCGTGACTCCTCCCTAAAGCGCCTGACCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CTGGGGATCCCAGGGCAACAGGACCCCCTCGCCCAACAGCAATGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123419 CTGGGGATCCCAGGGCAACAGGACCCCCTCGCCCAACAGCAATGAGCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGAAGTCCCTCAATGGTGGGGATGAGGCTCCTGCCCCGGCTTCCACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123469 AGAAGTCCCTCAATGGTGGGGATGAGGCTCCTGCCCCGGCTTCCACCCCT

   1950     .    :    .    :    .    :
   1861 CAGGAAGATAAACTGGATCCAGCACCAGAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 123519 CAGGAAGATAAACTGGATCCAGCACCAGAAAAT