seq1 = pF1KB6125.tfa, 1758 bp
seq2 = pF1KB6125/gi568815593f_126677509.tfa (gi568815593f:126677509_126936261), 258753 bp

>pF1KB6125 1758
>gi568815593f:126677509_126936261 (Chr5)

1-359  (100001-100359)   100% ->
360-516  (127268-127424)   100% ->
517-642  (128063-128188)   100% ->
643-813  (132672-132842)   100% ->
814-939  (134265-134390)   100% ->
940-1160  (141414-141634)   100% ->
1161-1386  (143402-143627)   100% ->
1387-1491  (145273-145377)   100% ->
1492-1611  (148480-148599)   100% ->
1612-1719  (155186-155293)   100% ->
1720-1758  (158715-158753)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACTGCGACCCCCGTGCCGCCGCGGATGGGCAGCCGCGCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACTGCGACCCCCGTGCCGCCGCGGATGGGCAGCCGCGCTGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACCACGCCGCTGAGCCCCACGCGCCTGTCGCGGCTCCAGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCACCACGCCGCTGAGCCCCACGCGCCTGTCGCGGCTCCAGGAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCTGCGCGAGCTCAATGACCGGCTGGCGGTGTACATCGACAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCTGCGCGAGCTCAATGACCGGCTGGCGGTGTACATCGACAAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCAGCCTGGAGACGGAGAACAGCGCGCTGCAGCTGCAGGTGACGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCAGCCTGGAGACGGAGAACAGCGCGCTGCAGCTGCAGGTGACGGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGGAGGTGCGCGGCCGTGAGCTCACCGGCCTCAAGGCGCTCTACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGGAGGTGCGCGGCCGTGAGCTCACCGGCCTCAAGGCGCTCTACGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGAGCTGGCCGACGCGCGACGCGCGCTCGACGACACGGCCCGCGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGAGCTGGCCGACGCGCGACGCGCGCTCGACGACACGGCCCGCGAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAAGCTGCAGATCGAGCTGGGCAAGTGCAAGGCGGAACACGACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCAAGCTGCAGATCGAGCTGGGCAAGTGCAAGGCGGAACACGACCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTCCTCAA         CTATGCTAAGAAGGAATCTGATCTTAATGGCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTCCTCAAGTG...CAGCTATGCTAAGAAGGAATCTGATCTTAATGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCAGATCAAGCTTCGAGAATATGAAGCAGCACTGAATTCGAAAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127300 CCCAGATCAAGCTTCGAGAATATGAAGCAGCACTGAATTCGAAAGATGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTCTTGCTACTGCACTTGGTGACAAAAAAAGTTTAGAGGGAGATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127350 GCTCTTGCTACTGCACTTGGTGACAAAAAAAGTTTAGAGGGAGATTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGATCTGAAGGATCAGATTGCCCAG         TTGGAAGCCTCCTTAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127400 GGATCTGAAGGATCAGATTGCCCAGGTA...TAGTTGGAAGCCTCCTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGCAGCCAAAAAACAGTTAGCAGATGAAACTTTACTTAAAGTAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128079 CTGCAGCCAAAAAACAGTTAGCAGATGAAACTTTACTTAAAGTAGATTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGAATCGTTGTCAGAGCCTTACTGAGGACTTGGAGTTTCGCAAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128129 GAGAATCGTTGTCAGAGCCTTACTGAGGACTTGGAGTTTCGCAAAAGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTATGAAGAG         GAGATTAACGAGACCAGAAGGAAGCATGAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128179 GTATGAAGAGGTA...CAGGAGATTAACGAGACCAGAAGGAAGCATGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGCGCTTGGTAGAGGTGGATTCTGGGCGTCAAATTGAGTATGAGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132703 CGCGCTTGGTAGAGGTGGATTCTGGGCGTCAAATTGAGTATGAGTACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGGCGCAAGCCCTTCATGAGATGAGAGAGCAACATGATGCCCAAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132753 CTGGCGCAAGCCCTTCATGAGATGAGAGAGCAACATGATGCCCAAGTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTGTATAAGGAGGAGCTGGAGCAGACTTACCATGCCAAA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 132803 GCTGTATAAGGAGGAGCTGGAGCAGACTTACCATGCCAAAGTG...TAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGAGAATGCCAGACTGTCATCAGAGATGAATACTTCTACTGTCAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134266 TTGAGAATGCCAGACTGTCATCAGAGATGAATACTTCTACTGTCAACAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCCAGGGAAGAACTGATGGAAAGCCGCATGAGAATTGAGAGCCTTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134316 GCCAGGGAAGAACTGATGGAAAGCCGCATGAGAATTGAGAGCCTTTCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCAGCTTTCTAATCTACAGAAAGAG         TCTAGAGCATGTTTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 134366 CCAGCTTTCTAATCTACAGAAAGAGGTA...AAGTCTAGAGCATGTTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAAGGATTCAAGAATTAGAGGACTTGCTTGCTAAAGAAAAAGACAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141430 AAAGGATTCAAGAATTAGAGGACTTGCTTGCTAAAGAAAAAGACAACTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGTCGCATGCTGACAGACAAAGAGAGAGAGATGGCGGAAATAAGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141480 CGTCGCATGCTGACAGACAAAGAGAGAGAGATGGCGGAAATAAGGGATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AATGCAGCAACAGCTGAATGACTATGAACAGCTTCTTGATGTAAAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141530 AATGCAGCAACAGCTGAATGACTATGAACAGCTTCTTGATGTAAAGTTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCCTGGACATGGAAATCAGTGCTTACAGGAAACTCTTAGAAGGCGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141580 CCCTGGACATGGAAATCAGTGCTTACAGGAAACTCTTAGAAGGCGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAGAG         GTTGAAGCTGTCTCCAAGCCCTTCTTCCCGTGTGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141630 GAGAGGTA...TAGGTTGAAGCTGTCTCCAAGCCCTTCTTCCCGTGTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGTATCCCGAGCATCCTCAAGTCGTAGTGTACGTACAACTAGAGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143438 AGTATCCCGAGCATCCTCAAGTCGTAGTGTACGTACAACTAGAGGAAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGAAGAGGGTTGATGTGGAAGAATCAGAGGCGAGTAGTAGTGTTAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143488 GGAAGAGGGTTGATGTGGAAGAATCAGAGGCGAGTAGTAGTGTTAGCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TCTCATTCCGCCTCAGCCACTGGAAATGTTTGCATCGAAGAAATTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143538 TCTCATTCCGCCTCAGCCACTGGAAATGTTTGCATCGAAGAAATTGATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGATGGGAAATTTATCCGCTTGAAGAACACTTCTGAACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 143588 TGATGGGAAATTTATCCGCTTGAAGAACACTTCTGAACAGGTA...TAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATCAACCAATGGGAGGCTGGGAGATGATCAGAAAAATTGGAGACACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145274 ATCAACCAATGGGAGGCTGGGAGATGATCAGAAAAATTGGAGACACATCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GTCAGTTATAAATATACCTCAAGATATGTGCTGAAGGCAGGCCAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145324 GTCAGTTATAAATATACCTCAAGATATGTGCTGAAGGCAGGCCAGACTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TACA         ATTTGGGCTGCAAACGCTGGTGTCACAGCCAGCCCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145374 TACAGTA...CAGATTTGGGCTGCAAACGCTGGTGTCACAGCCAGCCCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CAACTGACCTCATCTGGAAGAACCAGAACTCGTGGGGCACTGGCGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148517 CAACTGACCTCATCTGGAAGAACCAGAACTCGTGGGGCACTGGCGAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GTGAAGGTTATATTGAAAAATTCTCAGGGAGAG         GAGGTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 148567 GTGAAGGTTATATTGAAAAATTCTCAGGGAGAGGTA...TAGGAGGTTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TCAAAGAAGTACAGTCTTTAAAACAACCATACCTGAAGAAGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155194 TCAAAGAAGTACAGTCTTTAAAACAACCATACCTGAAGAAGAGGAGGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGGAAGAAGCAGCTGGAGTGGTTGTTGAGGAAGAACTTTTCCACCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155244 AGGAAGAAGCAGCTGGAGTGGTTGTTGAGGAAGAACTTTTCCACCAGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1720          GGAACCCCAAGAGCATCCAATAGAAGCTGTGCAATTATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155294 GTA...CAGGGAACCCCAAGAGCATCCAATAGAAGCTGTGCAATTATG