seq1 = pF1KB6124.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KB6124/gi568815587f_13254309.tfa (gi568815587f:13254309_13486753), 232445 bp

>pF1KB6124 1878
>gi568815587f:13254309_13486753 (Chr11)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-179  (102431-102469)   100% ->
180-221  (102747-102788)   100% ->
222-379  (104126-104283)   100% ->
380-459  (106037-106116)   100% ->
460-552  (111192-111284)   100% ->
553-670  (112357-112474)   100% ->
671-820  (115310-115459)   100% ->
821-1067  (117855-118101)   100% ->
1068-1174  (119787-119893)   100% ->
1175-1325  (121304-121454)   100% ->
1326-1414  (122332-122420)   100% ->
1415-1529  (124029-124141)   97% ->
1530-1617  (126859-126946)   100% ->
1618-1720  (131381-131483)   100% ->
1721-1878  (132288-132445)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGGCCCCACCGACCTGCTTTCCAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGGGCCCCACCGACCTGCTTTCCAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTACCA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 ATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTACCAGTA...CAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAGCATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102432 GAAAGCATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTA...CAGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102750 AGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAGGTA...CAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104128 AAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATAGATGAATTGGCTTCTTTGGTACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104178 ATAGATGAATTGGCTTCTTTGGTACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104228 ATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAAACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAGAG         GTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104278 TAAGAGGTG...AAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAAACACCTCATTCTCAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106072 CCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAAACACCTCATTCTCAGGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     GCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106122 .TAGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TACTCTTTGTCTCAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111238 TACTCTTTGTCTCAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       AATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCATCCTAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111288 ...CAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCATCCTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112401 AGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGAGCGGCTCATAGATGCAAAAA         CTGGACTTCCAGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112451 GGGAGCGGCTCATAGATGCAAAAAGTG...CAGCTGGACTTCCAGTTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115327 ACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTTCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115377 TTTCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAGAAAAAAG         CAGATCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115427 AGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAGAAAAAAGGTA...TAGCAGATCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117863 AAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACAAAGATGGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117913 CACAAAGATGGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTGGACGACTGCATTCTCATGTAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117963 ACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTGGACGACTGCATTCTCATGTAGTTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118013 CAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCACGCGATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118063 GCACGCGATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGTA...TAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGAACTTCTAGGCACATCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119789 CAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGAACTTCTAGGCACATCGTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119839 TATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCAAG         TTTTACAGACGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119889 GCAAGGTA...CAGTTTTACAGACGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121340 ATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGATGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121390 TTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TAACACTGTTGTTTT         AGCCAACGTCCTGGAAGGCGGGGACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121440 TAACACTGTTGTTTTGTA...CAGAGCCAACGTCCTGGAAGGCGGGGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122358 CAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCCTCTGGAGAAG         GTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122408 CCCTCTGGAGAAGGTA...TAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCCAGGGATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124057 TCCAGGGATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGATAAG         AGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| -||->>>...>>>||||
 124107 TGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGC AA GTA...AAGAGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126863 TCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCAAGAAG         ATTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126913 TCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCAAGAAGGTA...TAGATTTTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131388 ATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131438 CAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTGGTA.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1721      GTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGACCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131488 ..CAGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGACCAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132333 GATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTCTTGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132383 CTCTTGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTT

   2000     .    :
   1866 GCCATGGCCGCTG
        |||||||||||||
 132433 GCCATGGCCGCTG