seq1 = pF1KB6123.tfa, 1758 bp
seq2 = pF1KB6123/gi568815586r_106892790.tfa (gi568815586r:106892790_107192961), 300172 bp

>pF1KB6123 1758
>gi568815586r:106892790_107192961 (Chr12)

(complement)

1-158  (100001-100158)   100% ->
159-267  (170770-170878)   100% ->
268-410  (187714-187856)   100% ->
411-595  (191014-191198)   100% ->
596-684  (191594-191682)   98% ->
685-825  (192880-193020)   100% ->
826-1137  (193100-193411)   100% ->
1138-1289  (194896-195047)   100% ->
1290-1492  (195272-195474)   100% ->
1493-1585  (195576-195668)   100% ->
1586-1657  (199926-199997)   100% ->
1658-1758  (200072-200172)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGTGAACGCCGTGCACTGGTTCCGAAAGGGGCTCCGGCTCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGTGAACGCCGTGCACTGGTTCCGAAAGGGGCTCCGGCTCCACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCCCGCCCTGAAGGAGTGCATTCAGGGCGCCGACACCATCCGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCCCGCCCTGAAGGAGTGCATTCAGGGCGCCGACACCATCCGCTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACATCCTGGACCCCTGGTTCGCCGGCTCCTCCAATGTGGGCATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACATCCTGGACCCCTGGTTCGCCGGCTCCTCCAATGTGGGCATCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGTGGCG         ATTTTTGCTTCAGTGTCTTGAGGATCTTGATGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTGGCGGTG...TAGATTTTTGCTTCAGTGTCTTGAGGATCTTGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATCTACGAAAATTAAACTCCCGTCTGTTTGTGATTCGTGGACAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170803 CAATCTACGAAAATTAAACTCCCGTCTGTTTGTGATTCGTGGACAACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGATGTGTTTCCCAGGCTTTTCAAG         GAATGGAACATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 170853 CAGATGTGTTTCCCAGGCTTTTCAAGGTA...TAGGAATGGAACATTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACTTTCAATTGAGTATGATTCTGAGCCCTTTGGAAAGGAACGAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187729 AAACTTTCAATTGAGTATGATTCTGAGCCCTTTGGAAAGGAACGAGACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTATTAAGAAACTGGCAACTGAAGCTGGAGTAGAAGTCATTGTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187779 AGCTATTAAGAAACTGGCAACTGAAGCTGGAGTAGAAGTCATTGTAAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTCACATACATTATATGACCTAGACAA         GATCATAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 187829 TTTCACATACATTATATGACCTAGACAAGTG...TAGGATCATAGAACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGGTGGACAACCGCCTCTAACTTATAAAAGATTCCAGACTCTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191027 AATGGTGGACAACCGCCTCTAACTTATAAAAGATTCCAGACTCTCATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAATGGAACCACTAGAGATACCAGTAGAGACAATTACTTCAGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191077 CAAAATGGAACCACTAGAGATACCAGTAGAGACAATTACTTCAGAAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGAAAAGTGCACAACTCCTCTGTCTGATGACCATGATGAGAAATATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191127 TAGAAAAGTGCACAACTCCTCTGTCTGATGACCATGATGAGAAATATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCCCTTCACTGGAAGAGCTAG         GTTTTGATACAGATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 191177 GTCCCTTCACTGGAAGAGCTAGGTG...TAGGTTTTGATACAGATGGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCCTCTGCAGTGTGGCCAGGCGGAGAAACTGAAGCACTTACTCGTTTGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 191613 ATCCTCTGCAGTGTGGCCAGGTGGAGAAACTGAAGCACTTACTCGTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAGGCATTTGGAAAGAAAA         GCTTGGGTGGCAAATTTTGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 191663 AAAGGCATTTGGAAAGAAAAGTA...CAGGCTTGGGTGGCAAATTTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGACCTCGAATGAATGCGAATTCTCTGCTTGCAAGCCCTACTGGACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192901 AGACCTCGAATGAATGCGAATTCTCTGCTTGCAAGCCCTACTGGACTTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCCTTATCTCCGATTTGGTTGTTTGTCATGTCGACTGTTTTACTTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192951 TCCTTATCTCCGATTTGGTTGTTTGTCATGTCGACTGTTTTACTTCAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAACAGATCTCTACAAAAAG         GTAAAGAAGAACAGTTCCCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 193001 TAACAGATCTCTACAAAAAGGTA...TAGGTAAAGAAGAACAGTTCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCCTTTCCCTTTATGGGCAACTGTTATGGCGTGAATTTTTCTATACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193121 CCCCTTTCCCTTTATGGGCAACTGTTATGGCGTGAATTTTTCTATACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCAACAAATAATCCACGCTTTGATAAAATGGAAGGAAACCCTATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193171 AGCAACAAATAATCCACGCTTTGATAAAATGGAAGGAAACCCTATCTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTCAGATTCCTTGGGATAAAAATCCTGAGGCTTTAGCCAAATGGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193221 TTCAGATTCCTTGGGATAAAAATCCTGAGGCTTTAGCCAAATGGGCGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGCCGGACAGGCTTTCCATGGATTGATGCCATCATGACACAGCTTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193271 GGCCGGACAGGCTTTCCATGGATTGATGCCATCATGACACAGCTTCGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGAGGGTTGGATTCATCATCTAGCCAGGCATGCAGTTGCTTGCTTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193321 GGAGGGTTGGATTCATCATCTAGCCAGGCATGCAGTTGCTTGCTTCCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CACGAGGGGACCTGTGGATTAGTTGGGAAGAAGGAATGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 193371 CACGAGGGGACCTGTGGATTAGTTGGGAAGAAGGAATGAAGGTA...AAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTATTTGAAGAATTATTGCTTGATGCAGATTGGAGCATAAATGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194896 GTATTTGAAGAATTATTGCTTGATGCAGATTGGAGCATAAATGCTGGAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTGGATGTGGCTGTCTTGTAGTTCCTTTTTTCAACAGTTTTTTCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194946 TTGGATGTGGCTGTCTTGTAGTTCCTTTTTTCAACAGTTTTTTCACTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATTGCCCTGTTGGTTTTGGTAGGAGAACAGATCCCAATGGAGACTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194996 ATTGCCCTGTTGGTTTTGGTAGGAGAACAGATCCCAATGGAGACTATATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AG         GCGTTATTTGCCTGTCCTAAGAGGCTTCCCTGCAAAATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195046 AGGTA...AAGGCGTTATTTGCCTGTCCTAAGAGGCTTCCCTGCAAAATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TATCTATGATCCCTGGAATGCACCAGAAGGTATCCAAAAGGTAGCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195311 TATCTATGATCCCTGGAATGCACCAGAAGGTATCCAAAAGGTAGCCAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GTTTGATAGGAGTTAATTATCCTAAACCAATGGTGAACCATGCTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195361 GTTTGATAGGAGTTAATTATCCTAAACCAATGGTGAACCATGCTGAGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AGCCGTTTGAATATCGAAAGGATGAAACAGATCTATCAGCAGCTTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195411 AGCCGTTTGAATATCGAAAGGATGAAACAGATCTATCAGCAGCTTTCACG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ATATAGAGGACTAG         GTCTTCTGGCATCAGTACCTTCTAATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 195461 ATATAGAGGACTAGGTA...TAGGTCTTCTGGCATCAGTACCTTCTAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTAATGGGAATGGAGGCTTCATGGGATATTCTGCAGAAAATATCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195603 CTAATGGGAATGGAGGCTTCATGGGATATTCTGCAGAAAATATCCCAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TGTAGCAGCAGTGGAA         GTTGCTCTCAAGGGAGTGGTATTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 195653 TGTAGCAGCAGTGGAAGTA...CAGGTTGCTCTCAAGGGAGTGGTATTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ACACTATGCTCATGGCGACAGTCAGCAAACTCACCTGTTGAAGCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 199951 ACACTATGCTCATGGCGACAGTCAGCAAACTCACCTGTTGAAGCAAGGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1658       GAAGAAGCTCCATGGGCACTGGTCTCAGTGGTGGGAAACGTCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200001 ...CAGGAAGAAGCTCCATGGGCACTGGTCTCAGTGGTGGGAAACGTCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGTCAGGAAGAGGACACACAGAGTATTGGTCCTAAAGTCCAGAGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200116 AGTCAGGAAGAGGACACACAGAGTATTGGTCCTAAAGTCCAGAGACAGAG

   1850     .
   1752 CACTAAT
        |||||||
 200166 CACTAAT