seq1 = pF1KB6116.tfa, 1746 bp
seq2 = pF1KB6116/gi568815581f_41713056.tfa (gi568815581f:41713056_41922405), 209350 bp

>pF1KB6116 1746
>gi568815581f:41713056_41922405 (Chr17)

1-245  (99980-100224)   100% ->
246-391  (104003-104148)   100% ->
392-581  (105034-105223)   100% ->
582-727  (105327-105472)   100% ->
728-917  (106155-106344)   100% ->
918-1063  (106475-106620)   100% ->
1064-1256  (107214-107406)   100% ->
1257-1399  (107892-108034)   100% ->
1400-1563  (108599-108762)   100% ->
1564-1746  (109168-109350)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCCCGCGGGCCCCCCCAGCCACAGCCTCCTCCGGCTCCCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99980 ATGTTCCCCGCGGGCCCCCCCAGCCACAGCCTCCTCCGGCTCCCCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGTTGCTGCTACTGGTGGTGCAGGCCGTGGGGAGGGGGCTGGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100030 GCAGTTGCTGCTACTGGTGGTGCAGGCCGTGGGGAGGGGGCTGGGCCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCCCGGCCGGGGGCCCCCTGGAAGATGTGGTCATCGAGAGGTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100080 CCAGCCCGGCCGGGGGCCCCCTGGAAGATGTGGTCATCGAGAGGTACCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCCCAGGGCCTGTCCCCGGGAAGTGCAGATGGGGGATTTTGTGCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100130 ATCCCCAGGGCCTGTCCCCGGGAAGTGCAGATGGGGGATTTTGTGCGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACTACAACGGCACTTTTGAAGATGGCAAGAAGTTTGATTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100180 CCACTACAACGGCACTTTTGAAGATGGCAAGAAGTTTGATTCAAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246     CTATGATCGCAACACCTTGGTGGCCATCGTGGTGGGTGTGGGGCGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100230 .CAGCTATGATCGCAACACCTTGGTGGCCATCGTGGTGGGTGTGGGGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCATCACTGGCATGGACCGAGGCCTCATGGGCATGTGTGTCAACGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104049 CTCATCACTGGCATGGACCGAGGCCTCATGGGCATGTGTGTCAACGAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGACGCCTCATTGTGCCTCCCCACCTGGGCTATGGGAGCATCGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104099 GCGACGCCTCATTGTGCCTCCCCACCTGGGCTATGGGAGCATCGGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392          CGGGGCTCATTCCACCGGATGCCACCCTCTACTTCGATGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104149 GTG...CAGCGGGGCTCATTCCACCGGATGCCACCCTCTACTTCGATGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTCTGCTGGATGTGTGGAACAAGGAAGACACCGTGCAGGTGAGCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105075 GTTCTGCTGGATGTGTGGAACAAGGAAGACACCGTGCAGGTGAGCACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGCGCCCGCCCCACTGCCCCCGCATGGTCCAGGACGGCGACTTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105125 GCTGCGCCCGCCCCACTGCCCCCGCATGGTCCAGGACGGCGACTTTGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCTACCACTACAATGGCACCCTGCTGGACGGCACCTCCTTCGACACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105175 GCTACCACTACAATGGCACCCTGCTGGACGGCACCTCCTTCGACACCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582         CTACAGTAAGGGCGGCACTTATGACACCTACGTCGGCTCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105225 TG...CAGCTACAGTAAGGGCGGCACTTATGACACCTACGTCGGCTCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTGGCTGATCAAGGGCATGGACCAGGGGCTGCTGGGCATGTGTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105369 TTGGCTGATCAAGGGCATGGACCAGGGGCTGCTGGGCATGTGTCCTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGAGAAGGAAGATTATCATCCCTCCATTCCTGGCCTATGGCGAGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105419 AGAGAAGGAAGATTATCATCCCTCCATTCCTGGCCTATGGCGAGAAAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATG         GGACAGTGATCCCCCCACAGGCCTCGCTGGTCTTTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105469 TATGGTG...CAGGGACAGTGATCCCCCCACAGGCCTCGCTGGTCTTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGTCCTCCTGATTGACGTGCACAACCCGAAGGACGCTGTCCAGCTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106192 CGTCCTCCTGATTGACGTGCACAACCCGAAGGACGCTGTCCAGCTAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGCTGGAGCTCCCCCCCGGCTGTGTCCGCAGAGCCGGGGCCGGGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106242 CGCTGGAGCTCCCCCCCGGCTGTGTCCGCAGAGCCGGGGCCGGGGACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGCGCTACCACTACAATGGCTCCTTGATGGACGGCACCCTCTTCGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106292 ATGCGCTACCACTACAATGGCTCCTTGATGGACGGCACCCTCTTCGATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAG         CTACTCCCGCAACCACACCTACAATACCTATATCGGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106342 CAGGTC...CAGCTACTCCCGCAACCACACCTACAATACCTATATCGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGGTTACATCATCCCCGGGATGGACCAGGGGCTGCAGGGTGCCTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106513 AGGGTTACATCATCCCCGGGATGGACCAGGGGCTGCAGGGTGCCTGCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGGGAACGCCGGAGAATTACCATCCCCCCGCACCTCGCCTATGGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106563 GGGGAACGCCGGAGAATTACCATCCCCCCGCACCTCGCCTATGGGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGGAACTG         GAGACAAGATCCCTGGCTCTGCCGTGCTAATCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106613 TGGAACTGGTA...CAGGAGACAAGATCCCTGGCTCTGCCGTGCTAATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCAACGTCCATGTCATTGACTTCCACAACCCTGCGGATGTGGTGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107247 TCAACGTCCATGTCATTGACTTCCACAACCCTGCGGATGTGGTGGAAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGGACACTGTCCCGGCCATCTGAGACCTGCAATGAGACCACCAAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107297 AGGACACTGTCCCGGCCATCTGAGACCTGCAATGAGACCACCAAGCTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGACTTTGTTCGATACCATTACAACTGTTCTTTGCTGGACGGCACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107347 GGACTTTGTTCGATACCATTACAACTGTTCTTTGCTGGACGGCACCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGTTCACCTC         GCATGACTACGGGGCCCCCCAGGAGGCGACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107397 TGTTCACCTCGTG...CAGGCATGACTACGGGGCCCCCCAGGAGGCGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTCGGGGCCAACAAGGTGATCGAAGGCCTGGACACGGGCCTGCAGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107923 CTCGGGGCCAACAAGGTGATCGAAGGCCTGGACACGGGCCTGCAGGGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GTGTGTGGGAGAGAGGCGGCAGCTCATCGTGCCCCCGCACCTGGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107973 GTGTGTGGGAGAGAGGCGGCAGCTCATCGTGCCCCCGCACCTGGCCCACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGGAGAGTGGAG         CCCGGGGAGTCCCAGGCAGTGCTGTGCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108023 GGGAGAGTGGAGGTG...CAGCCCGGGGAGTCCCAGGCAGTGCTGTGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTGTTTGAGGTGGAGCTGGTGTCCCGGGAGGATGGGCTGCCCACAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108628 CTGTTTGAGGTGGAGCTGGTGTCCCGGGAGGATGGGCTGCCCACAGGCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCTGTTTGTGTGGCACAAGGACCCTCCTGCCAACCTGTTTGAAGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108678 CCTGTTTGTGTGGCACAAGGACCCTCCTGCCAACCTGTTTGAAGACATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACCTCAACAAGGATGGCGAGGTCCCTCCGGAGGAG         TTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108728 ACCTCAACAAGGATGGCGAGGTCCCTCCGGAGGAGGTG...CAGTTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACCTTCATCAAGGCTCAAGTGAGTGAGGGCAAAGGACGCCTCATGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109174 ACCTTCATCAAGGCTCAAGTGAGTGAGGGCAAAGGACGCCTCATGCCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GCAGGACCCTGAGAAAACCATAGGAGACATGTTCCAGAACCAGGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109224 GCAGGACCCTGAGAAAACCATAGGAGACATGTTCCAGAACCAGGACCGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACCAGGACGGCAAGATCACAGTCGACGAGCTCAAGCTGAAGTCAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109274 ACCAGGACGGCAAGATCACAGTCGACGAGCTCAAGCTGAAGTCAGATGAG

   1800     .    :    .    :    .
   1720 GACGAGGAGCGGGTCCACGAGGAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 109324 GACGAGGAGCGGGTCCACGAGGAGCTC