seq1 = pF1KB6102.tfa, 1842 bp
seq2 = pF1KB6102/gi568815578f_33506956.tfa (gi568815578f:33506956_33744643), 237688 bp

>pF1KB6102 1842
>gi568815578f:33506956_33744643 (Chr20)

1-91  (93420-93510)   100% ->
92-235  (100001-100144)   100% ->
236-477  (104139-104380)   100% ->
478-567  (112562-112651)   100% ->
568-749  (116160-116341)   100% ->
750-1003  (117809-118062)   100% ->
1004-1089  (121395-121480)   100% ->
1090-1285  (122764-122959)   100% ->
1286-1354  (129685-129753)   100% ->
1355-1545  (133386-133576)   100% ->
1546-1842  (137392-137688)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTCGTCTTGAACTCCTGACCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  93420 ATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTCGTCTTGAACTCCTGACCTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATCTGCCTGCATTGGCCTCCCAACGTGCTGGGATTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
  93470 TGATCTGCCTGCATTGGCCTCCCAACGTGCTGGGATTACAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGGTCCTGAGAAAAGGGTGCCAGCGATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 TTGGTCCTGAGAAAAGGGTGCCAGCGATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATACAGTCCAGATCCTCACCTCCCACCATGCCACCCCTCCCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGATACAGTCCAGATCCTCACCTCCCACCATGCCACCCCTCCCACCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTCACTCCTACTGCAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 AAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTCACTCCTACTGCATGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    TAAGCAATGGCATCAACCATTCTCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104136 TAGTAAGCAATGGCATCAACCATTCTCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCACCGCCACAGAGATTCAGCAATGGTCCTGCCTCCTCCACATCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104186 TCACCGCCACAGAGATTCAGCAATGGTCCTGCCTCCTCCACATCATCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTCACAAATCAGCAATTGCCAGCCACTTGTGGTGCTCGACAACTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104236 ACTCACAAATCAGCAATTGCCAGCCACTTGTGGTGCTCGACAACTCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTTGAAACGCTTTCTTACCACTCTGCAACAGTTTGGCAATGACATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104286 AGTTGAAACGCTTTCTTACCACTCTGCAACAGTTTGGCAATGACATCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTGAGATTGGGGAGAAGGTGCGGACTCTTGTTCTTGCACTGGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104336 CCTGAGATTGGGGAGAAGGTGCGGACTCTTGTTCTTGCACTGGTGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     AACTCAACAGTGACAATTGAGGAATTCCACTGTAAGCTCCAAGAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104386 .CAGAACTCAACAGTGACAATTGAGGAATTCCACTGTAAGCTCCAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACAAACTTTCCCCTTCGTCCTTTTGTGATTCCATTTCTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112608 CCACAAACTTTCCCCTTCGTCCTTTTGTGATTCCATTTCTCAAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568    GCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGGGAACTGCTGCACTGCGCTCGGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116157 AAGGCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGGGAACTGCTGCACTGCGCTCGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCAAGCAGACCCCATCCCAGTACCTGGCTCAGCACGAACACCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116207 GGCCAAGCAGACCCCATCCCAGTACCTGGCTCAGCACGAACACCTTCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAACACAAGCATTGCATCGCCTGCTGACTCGTCAGAGTTGCTCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116257 TCAACACAAGCATTGCATCGCCTGCTGACTCGTCAGAGTTGCTCATGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGCACGGAAATGGGAAGAGGCCCAGTCCAGAGAG         GAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116307 GTGCACGGAAATGGGAAGAGGCCCAGTCCAGAGAGGTG...CAGGAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGAATAGTTTTGATAGAGACACAATTGCTCCTGAGCCTCCTGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117815 AGAGAATAGTTTTGATAGAGACACAATTGCTCCTGAGCCTCCTGCCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAGTATGTACCATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCTGCTCTCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117865 GAGTATGTACCATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCTGCTCTCACTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCCCTCATGAATCCCGGGGGCCAATTCCATCCTACCCCTCCACCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117915 CCCCTCATGAATCCCGGGGGCCAATTCCATCCTACCCCTCCACCTCTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCATTACACCTTAGAGGATATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117965 GCATTACACCTTAGAGGATATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACAAGATGCTAGAGCATCGAGAAGTTCGTGATAGACACCACAGTCTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118015 ACAAGATGCTAGAGCATCGAGAAGTTCGTGATAGACACCACAGTCTTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004        GTCTAAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAGATCATCGTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118065 A...TAGGTCTAAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAGATCATCGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GACAGAAAGGGAATGGGCTGATGAATGGAAACATCTTGACCAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121438 GACAGAAAGGGAATGGGCTGATGAATGGAAACATCTTGACCATGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090   GCGCTGAATTGCATTATGGAAATGGTAGAGAAAACAAGGCGCTCTATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122762 AGGCGCTGAATTGCATTATGGAAATGGTAGAGAAAACAAGGCGCTCTATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCAGTTCTGCGGCGCTGTCAGGAATCAGATCGTGAAGAACTCAACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122812 GCAGTTCTGCGGCGCTGTCAGGAATCAGATCGTGAAGAACTCAACTACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAAAGACGGTACAATGAAAACACAGAGCTGAGGAAAACGGGGACCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122862 GAAAAGACGGTACAATGAAAACACAGAGCTGAGGAAAACGGGGACCGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGTCTCCAGGCAGCACAGCCCTGGGAGTGCAGATTCTCTCAGCAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 122912 TGGTCTCCAGGCAGCACAGCCCTGGGAGTGCAGATTCTCTCAGCAATGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286        ATTCTCAGAGAGAGTTCAACAGCAGGCCAGGTACAGGATACGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122962 A...CAGATTCTCAGAGAGAGTTCAACAGCAGGCCAGGTACAGGATACGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACCTGTGGAGTTTTGGAAAAAAACAG         AAGAAGCTGTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 129728 ACCTGTGGAGTTTTGGAAAAAAACAGGTA...TAGAAGAAGCTGTGAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGTGAAAATTCAGGCCATGTCAGAAGTACAGAAGGCCGTCGCTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133401 AGGTGAAAATTCAGGCCATGTCAGAAGTACAGAAGGCCGTCGCTGAGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGCAGAAAGCCTTTGAAGTGATTGCAACAGAGAGAGCACGAATGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133451 GAGCAGAAAGCCTTTGAAGTGATTGCAACAGAGAGAGCACGAATGGAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AACCATAGCGGATGTCAAGCGGCAGGCCGCAGAGGATGCTTTCCTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133501 AACCATAGCGGATGTCAAGCGGCAGGCCGCAGAGGATGCTTTCCTCGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCAATGAGCAAGAGGAGTCCACGGAG         AACTGCTGGAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133551 TCAATGAGCAAGAGGAGTCCACGGAGGTC...CAGAACTGCTGGAACTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGCCGCAAAGCCAGCGAGACATGCAGTGGCTGCAATATCGCGCGATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137407 GGCCGCAAAGCCAGCGAGACATGCAGTGGCTGCAATATCGCGCGATACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGGCTCTTTCTGCCAGCACAAGGACTGGGAGCGGCACCACCGCCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137457 TGGCTCTTTCTGCCAGCACAAGGACTGGGAGCGGCACCACCGCCTCTGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTCAGAACCTGCATGGCCAGAGCCCCCACGGCCAGGGCCGGCCGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137507 GTCAGAACCTGCATGGCCAGAGCCCCCACGGCCAGGGCCGGCCGCTGCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CCTGTAGGCAGGGGCTCCTCTGCCAGGTCCGCCGACTGCAGCGTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137557 CCTGTAGGCAGGGGCTCCTCTGCCAGGTCCGCCGACTGCAGCGTGCCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CCCAGCCCTCGACAAGACCTCGGCAACCACATCGCGTTCCTCAACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137607 CCCAGCCCTCGACAAGACCTCGGCAACCACATCGCGTTCCTCAACACCTG

   1900     .    :    .    :    .    :
   1811 CTTCTGTGACAGCTATCGACACCAACGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 137657 CTTCTGTGACAGCTATCGACACCAACGGACTC