seq1 = pF1KB6017.tfa, 2481 bp
seq2 = pF1KB6017/gi568815577f_44205328.tfa (gi568815577f:44205328_44426859), 221532 bp

>pF1KB6017 2481
>gi568815577f:44205328_44426859 (Chr21)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-226  (100473-100608)   100% ->
227-300  (101354-101427)   100% ->
301-378  (105679-105756)   100% ->
379-568  (106778-106967)   99% ->
569-734  (107651-107816)   100% ->
735-779  (108311-108355)   100% ->
780-888  (108586-108694)   100% ->
889-984  (110917-111012)   100% ->
985-1077  (111105-111197)   100% ->
1078-1203  (113143-113268)   100% ->
1204-1268  (114024-114088)   100% ->
1269-1332  (114757-114820)   100% ->
1333-1479  (116402-116548)   100% ->
1480-1550  (116806-116876)   100% ->
1551-1638  (117635-117722)   100% ->
1639-1791  (118439-118591)   100% ->
1792-1956  (119164-119328)   100% ->
1957-2018  (119529-119590)   100% ->
2019-2130  (119826-119937)   100% ->
2131-2230  (120634-120733)   100% ->
2231-2336  (120832-120937)   100% ->
2337-2481  (121388-121532)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTAACCAGGGTAGAGGTCGAGAGTCCTCTCGTGGGGGTCTCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTAACCAGGGTAGAGGTCGAGAGTCCTCTCGTGGGGGTCTCCATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAGGGAGCTGCCGAGGCTTGAGCAGGAGCCCCCAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 TCAAGGGAGCTGCCGAGGCTTGAGCAGGAGCCCCCAGCAGGTC...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACTGGCTTTGCCAAGGCCCCCGCTGGGACAGACTGTTTCTTTCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100474 AAACTGGCTTTGCCAAGGCCCCCGCTGGGACAGACTGTTTCTTTCACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCCTGGGAGCCGAGGGCAAGGGGACAGGAAAGAGGAAGTGACCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100524 AGTCCTGGGAGCCGAGGGCAAGGGGACAGGAAAGAGGAAGTGACCTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTGGTGGCACCAGCATCATGTCCAGGCTGGGGG         GCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100574 GCCTGGTGGCACCAGCATCATGTCCAGGCTGGGGGGTG...CAGGCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGCTGCTGTCCGGGCTGTGACGCGCATGGGCATTTATGTGGGTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101360 ACGCTGCTGTCCGGGCTGTGACGCGCATGGGCATTTATGTGGGTGCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCTTCCTCATCTACGAG         GGCTATGAGGGCCTCGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101410 GTCTTCCTCATCTACGAGGTA...CAGGGCTATGAGGGCCTCGTGGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGTGAGAACATCAAGCAGGCCAACTGGCTGAGCGTCTCCAACATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105702 AGGTGAGAACATCAAGCAGGCCAACTGGCTGAGCGTCTCCAACATCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTG         GGCGGCACTATCATTGGCAGCGCTCGCTGCAAGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105752 AGCTGGTG...CAGGGCGGCACTATCATTGGCAGCGCTCGCTGCAAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTACCACCAGGGAGGGGCGCCGGGCAGCGGCCTACAACCTGGTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106814 TTTACCACCAGGGAGGGGCGCCGGGCAGCGGCCTACAACCTGGTCCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGGCATCACCAACCTGTGCGTCATCGGCGGGGATGGCAGCCTTACAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 106864 CGGCATCACCAACCTGTGCGTCATCGGCGGGGATGGCAGCCTCACAGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAACATCTTCCGCAGCGAGTGGGGCAGCCTGCTGGAGGAGCTGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106914 CCAACATCTTCCGCAGCGAGTGGGGCAGCCTGCTGGAGGAGCTGGTGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAG         GTAAGATCTCAGAGACTACAGCCCGGACCTACTCGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106964 GAAGGTG...CAGGTAAGATCTCAGAGACTACAGCCCGGACCTACTCGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGAACATCGCGGGCCTAGTGGGCTCCATCGATAACGACTTCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107688 CCTGAACATCGCGGGCCTAGTGGGCTCCATCGATAACGACTTCTGCGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCGACATGACCATCGGCACGGACTCGGCCCTCCACCGCATCATGGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107738 CCGACATGACCATCGGCACGGACTCGGCCCTCCACCGCATCATGGAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCGATGCCATCACCACCACTGCCCAGAG         CCACCAGAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107788 ATCGATGCCATCACCACCACTGCCCAGAGGTG...CAGCCACCAGAGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCGTGCTGGAAGTGATGGGCCGGCACTGCGG         GTACCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108323 CTTCGTGCTGGAAGTGATGGGCCGGCACTGCGGGTG...CAGGTACCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CGCTGGTATCTGCACTGGCCTCAGGGGCCGACTGGCTGTTCATCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108594 CGCTGGTATCTGCACTGGCCTCAGGGGCCGACTGGCTGTTCATCCCCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTCCACCCGAGGACGGCTGGGAGAACTTCATGTGTGAGAGGCTGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108644 GCTCCACCCGAGGACGGCTGGGAGAACTTCATGTGTGAGAGGCTGGGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 G         ACTCGGAGCCGTGGGTCCCGACTGAACATCATCATCATCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108694 GGTG...CAGACTCGGAGCCGTGGGTCCCGACTGAACATCATCATCATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGAGGGTGCCATTGACCGCAACGGGAAGCCCATCTCGTCCAGCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110957 CTGAGGGTGCCATTGACCGCAACGGGAAGCCCATCTCGTCCAGCTACGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGAC         CTGGTGGTTCAGAGGCTGGGCTTCGACACCCGTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111007 AAGGACGTG...CAGCTGGTGGTTCAGAGGCTGGGCTTCGACACCCGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AACTGTGCTGGGCCACGTGCAGCGGGGAGGGACGCCCTCTGCCTTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111140 AACTGTGCTGGGCCACGTGCAGCGGGGAGGGACGCCCTCTGCCTTCGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGATCCTG         AGCAGCAAGATGGGCATGGAGGCGGTGATGGCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111190 GGATCCTGGTA...CAGAGCAGCAAGATGGGCATGGAGGCGGTGATGGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGCTGGAAGCCACGCCTGACACGCCGGCCTGCGTGGTCACCCTCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113176 CTGCTGGAAGCCACGCCTGACACGCCGGCCTGCGTGGTCACCCTCTCGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAACCAGTCAGTGCGGCTGCCCCTCATGGAGTGCGTGCAGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113226 GAACCAGTCAGTGCGGCTGCCCCTCATGGAGTGCGTGCAGATGGTA...A

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1204   ACCAAGGAAGTGCAGAAAGCCATGGATGACAAGAGGTTTGACGAGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114022 AGACCAAGGAAGTGCAGAAAGCCATGGATGACAAGAGGTTTGACGAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACCCAGCTCCGTGGTGG         GAGCTTCGAGAACAACTGGAACAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114072 ACCCAGCTCCGTGGTGGGTA...CAGGAGCTTCGAGAACAACTGGAACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TTACAAGCTCCTCGCCCACCAGAAGCCCCCCAAGGAGAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114781 TTACAAGCTCCTCGCCCACCAGAAGCCCCCCAAGGAGAAGGTG...AAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CTAACTTCTCCCTGGCCATCCTGAATGTGGGGGCCCCGGCGGCTGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116403 CTAACTTCTCCCTGGCCATCCTGAATGTGGGGGCCCCGGCGGCTGGCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AATGCGGCCGTGCGCTCGGCGGTGCGGACCGGCATCTCCCATGGACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116453 AATGCGGCCGTGCGCTCGGCGGTGCGGACCGGCATCTCCCATGGACACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGTATACGTGGTGCACGATGGCTTCGAAGGCCTAGCCAAGGGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116503 AGTATACGTGGTGCACGATGGCTTCGAAGGCCTAGCCAAGGGTCAGGTG.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480      GTGCAAGAAGTAGGCTGGCACGACGTGGCCGGCTGGTTGGGGCGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116553 ..CAGGTGCAAGAAGTAGGCTGGCACGACGTGGCCGGCTGGTTGGGGCGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GGTGGCTCCATGCTGGGGACCAAGAG         GACCCTGCCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116851 GGTGGCTCCATGCTGGGGACCAAGAGGTG...CAGGACCCTGCCCAAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CCAGCTGGAGTCCATTGTGGAGAACATCCGCATCTATGGTATTCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117650 CCAGCTGGAGTCCATTGTGGAGAACATCCGCATCTATGGTATTCACGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TGCTGGTGGTCGGTGGGTTTGAG         GCCTATGAAGGGGTGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117700 TGCTGGTGGTCGGTGGGTTTGAGGTG...CAGGCCTATGAAGGGGTGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CAGCTGGTGGAGGCTCGCGGGCGCTACGAGGAGCTCTGCATCGTCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118457 CAGCTGGTGGAGGCTCGCGGGCGCTACGAGGAGCTCTGCATCGTCATGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 TGTCATCCCAGCCACCATCAGCAACAACGTCCCTGGCACCGACTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118507 TGTCATCCCAGCCACCATCAGCAACAACGTCCCTGGCACCGACTTCAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGGGCTCCGACACTGCTGTAAATGCCGCCATGGAG         AGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 118557 TGGGCTCCGACACTGCTGTAAATGCCGCCATGGAGGTA...CAGAGCTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GACCGCATCAAACAGTCTGCCTCGGGGACCAAGCGCCGTGTGTTCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119170 GACCGCATCAAACAGTCTGCCTCGGGGACCAAGCGCCGTGTGTTCATCGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 GGAGACCATGGGGGGTTACTGTGGCTACCTGGCCACCGTGACTGGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119220 GGAGACCATGGGGGGTTACTGTGGCTACCTGGCCACCGTGACTGGCATTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTGTGGGGGCCGACGCCGCCTACGTCTTCGAGGACCCTTTCAACATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119270 CTGTGGGGGCCGACGCCGCCTACGTCTTCGAGGACCCTTTCAACATCCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GACTTAAAG         GTCAACGTGGAGCACATGACGGAGAAGATGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119320 GACTTAAAGGTG...CAGGTCAACGTGGAGCACATGACGGAGAAGATGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GACAGACATTCAGAGGGGCCTGGTGCTGCG         GAACGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119561 GACAGACATTCAGAGGGGCCTGGTGCTGCGGTG...CAGGAACGAGAAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 GCCATGACTACTACACCACGGAGTTCCTGTACAACCTGTACTCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119837 GCCATGACTACTACACCACGGAGTTCCTGTACAACCTGTACTCATCAGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 GGCAAGGGCGTCTTCGACTGCAGGACCAATGTCCTGGGCCACCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119887 GGCAAGGGCGTCTTCGACTGCAGGACCAATGTCCTGGGCCACCTGCAGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 G         GGTGGCGCTCCAACCCCCTTTGACCGGAACTATGGGACCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119937 GGTG...CAGGGTGGCGCTCCAACCCCCTTTGACCGGAACTATGGGACCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 AGCTGGGGGTGAAGGCCATGCTGTGGTTGTCGGAGAAGCTGCGCGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120674 AGCTGGGGGTGAAGGCCATGCTGTGGTTGTCGGAGAAGCTGCGCGAGGTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 TACCGCAAGG         GACGGGTGTTCGCCAATGCCCCAGACTCGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120724 TACCGCAAGGGTA...CAGGACGGGTGTTCGCCAATGCCCCAGACTCGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 CTGCGTGATCGGCCTGAAGAAGAAGGCGGTGGCCTTCAGCCCCGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120863 CTGCGTGATCGGCCTGAAGAAGAAGGCGGTGGCCTTCAGCCCCGTCACTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 AGCTCAAGAAAGACACTGATTTCGA         GCACCGCATGCCACGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 120913 AGCTCAAGAAAGACACTGATTTCGAGTG...CAGGCACCGCATGCCACGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 GAGCAGTGGTGGCTGAGCCTGCGGCTCATGCTGAAGATGCTGGCACAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121404 GAGCAGTGGTGGCTGAGCCTGCGGCTCATGCTGAAGATGCTGGCACAATA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 CCGCATCAGTATGGCCGCCTACGTGTCAGGGGAGCTGGAGCACGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121454 CCGCATCAGTATGGCCGCCTACGTGTCAGGGGAGCTGGAGCACGTGACCC

   2650     .    :    .    :    .
   2453 GCCGCACCCTGAGCATGGACAAGGGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 121504 GCCGCACCCTGAGCATGGACAAGGGCTTC