seq1 = pF1KB6013.tfa, 1728 bp
seq2 = pF1KB6013/gi568815581f_50735938.tfa (gi568815581f:50735938_50941016), 205079 bp

>pF1KB6013 1728
>gi568815581f:50735938_50941016 (Chr17)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-1728  (103562-105079)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGCCCCAAGGTGTCGCCGGTTCTGGTCTCGCTGGGAGCAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGCCCCAAGGTGTCGCCGGTTCTGGTCTCGCTGGGAGCAGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTCGGGGTGCCCCCGCGAAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTCGGGGTGCCCCCGCGAAGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGCCGCCCATCCGCTATTCCCACGCCGGCATCTGCCCCAACGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGCCGCCCATCCGCTATTCCCACGCCGGCATCTGCCCCAACGACATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATCCCAACCTCTGGGTGGACGCACAGAGCACCTGCAGGCGGGAGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATCCCAACCTCTGGGTGGACGCACAGAGCACCTGCAGGCGGGAGTGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACGGACCAG         GAGTGTGAGACCTATGAGAAGTGCTGCCCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACGGACCAGGTG...CAGGAGTGTGAGACCTATGAGAAGTGCTGCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGTATGTGGGACCAAGAGCTGCGTGGCGGCCCGCTACATGGACGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103593 ACGTATGTGGGACCAAGAGCTGCGTGGCGGCCCGCTACATGGACGTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGAAGAAGGGCCCAGTGGGCATGCCCAAGGAGGCCACATGTGACCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103643 GGGAAGAAGGGCCCAGTGGGCATGCCCAAGGAGGCCACATGTGACCACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGTGTCTGCAGCAGGGCTCTGAGTGTGACATCTGGGATGGCCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103693 CATGTGTCTGCAGCAGGGCTCTGAGTGTGACATCTGGGATGGCCAGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTGTAAGTGCAAAGACCGCTGTGAGAAGGAGCCCAGCTTTACCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103743 TGTGTAAGTGCAAAGACCGCTGTGAGAAGGAGCCCAGCTTTACCTGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCGGACGGCCTCACCTACTATAACCGCTGCTACATGGATGCCGAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103793 TCGGACGGCCTCACCTACTATAACCGCTGCTACATGGATGCCGAGGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCCAAAGGCATCACACTGGCCGTTGTAACCTGCCGCTATCACTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103843 CTCCAAAGGCATCACACTGGCCGTTGTAACCTGCCGCTATCACTTCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGCCCAACACCAGCCCCCCACCACCTGAGACCACCATGCACCCCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103893 GGCCCAACACCAGCCCCCCACCACCTGAGACCACCATGCACCCCACCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCTCCCCAGAGACCCCTGAGCTGGACATGGCGGCCCCTGCGCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103943 GCCTCCCCAGAGACCCCTGAGCTGGACATGGCGGCCCCTGCGCTGCTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAACCCTGTGCACCAGTCGGTCACCATGGGTGAGACAGTGAGTTTCCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 103993 CAACCCTGTGCACCAGTCGGTCACCATGGGTGAGACAGTGAGCTTCCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGATGTGGTGGGCCGGCCCCGGCCTGAGATCACCTGGGAGAAGCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104043 GTGATGTGGTGGGCCGGCCCCGGCCTGAGATCACCTGGGAGAAGCAGTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGGATCGGGAGAATGTGGTCATGCGGCCCAACCATGTGCGTGGCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104093 GAGGATCGGGAGAATGTGGTCATGCGGCCCAACCATGTGCGTGGCAACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGTGGTCACCAACATTGCCCAGCTGGTCATCTATAACGCCCAGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104143 GGTGGTCACCAACATTGCCCAGCTGGTCATCTATAACGCCCAGCTGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATGCTGGGATCTACACCTGCACGGCCCGGAACGTGGCTGGGGTCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104193 ATGCTGGGATCTACACCTGCACGGCCCGGAACGTGGCTGGGGTCCTGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTGATTTCCCGCTGTCGGTGGTCAGGGGTCATCAGGCTGCAGCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104243 GCTGATTTCCCGCTGTCGGTGGTCAGGGGTCATCAGGCTGCAGCCACCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGAGAGCAGCCCCAATGGCACGGCTTTCCCGGCGGCCGAGTGCCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104293 AGAGAGCAGCCCCAATGGCACGGCTTTCCCGGCGGCCGAGTGCCTGAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCCCAGACAGTGAGGACTGTGGCGAAGAGCAGACCCGCTGGCACTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104343 CCCCAGACAGTGAGGACTGTGGCGAAGAGCAGACCCGCTGGCACTTCGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCCCAGGCCAACAACTGCCTGACCTTCACCTTCGGCCACTGCCACCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104393 GCCCAGGCCAACAACTGCCTGACCTTCACCTTCGGCCACTGCCACCGTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCTCAACCACTTTGAGACCTATGAGGCCTGCATGCTGGCCTGCATGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104443 CCTCAACCACTTTGAGACCTATGAGGCCTGCATGCTGGCCTGCATGAGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GGCCGCTGGCCGCGTGCAGCCTGCCCGCCCTGCAGGGGCCCTGCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104493 GGCCGCTGGCCGCGTGCAGCCTGCCCGCCCTGCAGGGGCCCTGCAAAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TACGCGCCTCGCTGGGCTTACAACAGCCAGACGGGCCAGTGCCAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104543 TACGCGCCTCGCTGGGCTTACAACAGCCAGACGGGCCAGTGCCAGTCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGTCTATGGTGGCTGCGAGGGCAATGGCAACAACTTTGAGAGCCGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104593 TGTCTATGGTGGCTGCGAGGGCAATGGCAACAACTTTGAGAGCCGTGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCTGTGAGGAGTCGTGCCCCTTCCCCAGGGGGAACCAGCGCTGTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104643 CCTGTGAGGAGTCGTGCCCCTTCCCCAGGGGGAACCAGCGCTGTCGGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TGCAAGCCTCGGCAGAAGCTCGTTACCAGCTTCTGTCGCAGCGACTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104693 TGCAAGCCTCGGCAGAAGCTCGTTACCAGCTTCTGTCGCAGCGACTTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CATCCTGGGCCGAGTCTCTGAGCTGACCGAGGAGCCTGACTCGGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104743 CATCCTGGGCCGAGTCTCTGAGCTGACCGAGGAGCCTGACTCGGGCCGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CCCTGGTGACTGTGGATGAGGTCCTAAAGGATGAGAAAATGGGCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104793 CCCTGGTGACTGTGGATGAGGTCCTAAAGGATGAGAAAATGGGCCTCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TTCCTGGGCCAGGAGCCATTGGAGGTCACTCTGCTTCACGTGGACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104843 TTCCTGGGCCAGGAGCCATTGGAGGTCACTCTGCTTCACGTGGACTGGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 ATGCCCCTGCCCCAACGTGACCGTGAGCGAGATGCCGCTCATCATCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104893 ATGCCCCTGCCCCAACGTGACCGTGAGCGAGATGCCGCTCATCATCATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GGGAGGTGGACGGCGGCATGGCCATGCTGCGCCCCGATAGCTTTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104943 GGGAGGTGGACGGCGGCATGGCCATGCTGCGCCCCGATAGCTTTGTGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GCATCGAGTGCCCGCCGGGTCAGGAAGCTTCGTGAGGTCATGCACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104993 GCATCGAGTGCCCGCCGGGTCAGGAAGCTTCGTGAGGTCATGCACAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1692 GACCTGTGACGTCCTCAAGGAGTTTCTTGGCTTGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105043 GACCTGTGACGTCCTCAAGGAGTTTCTTGGCTTGCAC