seq1 = pF1KB5996.tfa, 1839 bp
seq2 = pF1KB5996/gi568815576f_21533182.tfa (gi568815576f:21533182_21737000), 203819 bp

>pF1KB5996 1839
>gi568815576f:21533182_21737000 (Chr22)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-621  (100841-101389)   100% ->
622-1203  (101504-102085)   99% ->
1204-1839  (103251-103886)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGGTGCCGCCACCACTCGGGTTACCTGGCCGATGACGAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGGTGCCGCCACCACTCGGGTTACCTGGCCGATGACGAGGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACTCCATGTGCAGTGCACGG         GTGCAGCTGCCCAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CCACTCCATGTGCAGTGCACGGGTA...CAGGTGCAGCTGCCCAAGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACTGGTCCCAGAAATGCGGCCAGCCTGCAAGCCGGGCCGTGTGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100860 CACTGGTCCCAGAAATGCGGCCAGCCTGCAAGCCGGGCCGTGTGCCACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCACCATCCACATGTGGCAGCTCAGCACTCCAGGGCCAACGCCGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100910 CCACCATCCACATGTGGCAGCTCAGCACTCCAGGGCCAACGCCGAAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGCACCCTCAGCCCTTTGGCCACTTTCTGGATTTCCTAACTGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100960 GAGGCACCCTCAGCCCTTTGGCCACTTTCTGGATTTCCTAACTGAGAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTCCTGGACAGCCTGGAGACAGTGGTGGAGAAGGCGACTGAGCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101010 AGGTCCTGGACAGCCTGGAGACAGTGGTGGAGAAGGCGACTGAGCGCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGCCATGAAGACGGAGGCTGGGGTGCCGCTTGTGGAGGTGCAGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101060 GCTGCCATGAAGACGGAGGCTGGGGTGCCGCTTGTGGAGGTGCAGGACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTGGAGGTGCCAAGTGGTGGACGGCGGGCACATGCCCGGCCCAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101110 AGTGGAGGTGCCAAGTGGTGGACGGCGGGCACATGCCCGGCCCAGCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCACCGTACACCGGCACCGTGTACGGCCGACCCTCTGCACTGGACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101160 GCACCGTACACCGGCACCGTGTACGGCCGACCCTCTGCACTGGACACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACAACTACCCATCCAGCTCCAGCTCCATGTCCAACTGCCATAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101210 AACAACTACCCATCCAGCTCCAGCTCCATGTCCAACTGCCATAGCAGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATGGCCGGCTGTCTGGGCTCCCACAGCCGGGACAGTGACCTAGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101260 CATGGCCGGCTGTCTGGGCTCCCACAGCCGGGACAGTGACCTAGGTGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGGCTCATTGCCACCTGTGAGGGACAAACTCCTGCTGGAGAAGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101310 AAGGCTCATTGCCACCTGTGAGGGACAAACTCCTGCTGGAGAAGAACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGCGGCTGCTACAGCTGGAGAGGGAAGGG         AAAGGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101360 AAGCGGCTGCTACAGCTGGAGAGGGAAGGGGTG...CAGAAAGGCCTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCAGTCCTGCTCCCAGAGGGACTCCCTGCTGTGGGATTCGCTGGGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 TCAGTCCTGCTCCCAGAGGGACTCCCTGCTGTGGGATTCGCTGGGTAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGACCAGCTTTCAGTGGACACAGGAGCAGCCCTTGTCCTGGTTCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101565 AGACCAGCTTTCAGTGGACACAGGAGCAGCCCTTGTCCTGGTTCTCAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGCTGGGCTCAAGCTCTGGCGTGCCTGAAGCATCAGAGCCGAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101615 CTGCTGGGCTCAAGCTCTGGCGTGCCTGAAGCATCAGAGCCGAGGCCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGAACAGGAGCCAATCTTCCGCAAGCGAGAGTTCAATAAGGAGATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 AGAACAGGAGCCAATCTTCCGCAAGCGAGAGTTCAATAAGGAGATCAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CATTACTGAGCCAGCTGGAGTCCCTCGACCTGCCTGGCTACTGTCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101715 CATTACTGAGCCAGCTGGAGTCCCTCGACCTGCCTGGCTACTGTCCGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGTGAGCCCCATCGCACGCTGAACTTCCTGGCTGACCACCGCCTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 CGTGAGCCCCATCGCACGCTGAACTTCCTGGCTGACCACCGCCTCTTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGCTCTGCAAAGCGTGGTCAGCCAGGCTGTGGATAAGCTCCGTGGCGCCC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101815 TGCCCTGCAAAGCGTGGTCAGCCAGGCTGTGGATAAGCTCCGTGGCGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACTGCCGCGACGGCCGTCCTCTGTTCCCCACCAGCTTGGAGCCCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101865 ACTGCCGCGACGGCCGTCCTCTGTTCCCCACCAGCTTGGAGCCCACCTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GATCTGCCGCCTCTGGGCTCTGAGCCAGCTAAACCCACCAATGGCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101915 GATCTGCCGCCTCTGGGCTCTGAGCCAGCTAAACCCACCAATGGCGGGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCCCTATGCTTCCCCCCGCCCCACAGTCTCCAGCCCCAAGATGCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101965 GCCCTATGCTTCCCCCCGCCCCACAGTCTCCAGCCCCAAGATGCTTCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GAAAACGCAAGGACAGAGGAGGCTCCCCCTCCATGTCTAGTGCCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102015 GAAAACGCAAGGACAGAGGAGGCTCCCCCTCCATGTCTAGTGCCCAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GCCACCAGATTCAAACTCAAG         AGCCCCTGCAGCAGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102065 GCCACCAGATTCAAACTCAAGGTG...CAGAGCCCCTGCAGCAGCAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GTTCACGAAGAAGAAGCCGCTGCCCTCCATCTCGTCGAAGTCCAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103271 GTTCACGAAGAAGAAGCCGCTGCCCTCCATCTCGTCGAAGTCCAGCATGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTCACTTCTCCAACCGCCTTTATGAGGAGCTCGCCGACTTCCTGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103321 CTCACTTCTCCAACCGCCTTTATGAGGAGCTCGCCGACTTCCTGACCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CAGGCAGCCTCCTTGGTCATCCGCAAGTACGAGTTCGAAAAGGACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103371 CAGGCAGCCTCCTTGGTCATCCGCAAGTACGAGTTCGAAAAGGACCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TAAGCAGCTGGGCTTCTTCTCCTTCCCCATCACCCACGTGCTCAGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103421 TAAGCAGCTGGGCTTCTTCTCCTTCCCCATCACCCACGTGCTCAGGGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TTTCCCTGGGCTTAAAGAAGGTAAAAGGCTCCCGCATCCACCTGTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103471 TTTCCCTGGGCTTAAAGAAGGTAAAAGGCTCCCGCATCCACCTGTCCTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGACCCACCGGAGCTGCCTGCTGCGTAAACTGGAGGAGTCCAAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103521 GAGACCCACCGGAGCTGCCTGCTGCGTAAACTGGAGGAGTCCAAAAGGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CCGGCAGGCCTCCCGGCTCAGCACCTCCCACTGCAGCACAGAGACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103571 CCGGCAGGCCTCCCGGCTCAGCACCTCCCACTGCAGCACAGAGACACCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CTGTGCAGCAGGAACCAGCCACCCACACTGCCCAGGACCAGGCCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103621 CTGTGCAGCAGGAACCAGCCACCCACACTGCCCAGGACCAGGCCACAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CCCTGCCGCTCCCTCTACACCAACTTGCCAGCCAGCCGGCAGCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103671 CCCTGCCGCTCCCTCTACACCAACTTGCCAGCCAGCCGGCAGCTCAGCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 TTTGGAGCCCAAGCTCTACATGTCTGCCTGCACCGGCATGGGTTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103721 TTTGGAGCCCAAGCTCTACATGTCTGCCTGCACCGGCATGGGTTCCAGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 CCCCCAAGTCCAAGGACATGGACAATGAGGGCCGTGATAAAGCCGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103771 CCCCCAAGTCCAAGGACATGGACAATGAGGGCCGTGATAAAGCCGAGATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GAAGATGAAGATGAGGATGAGTTCAAGGATGAAGACCAGGATGAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103821 GAAGATGAAGATGAGGATGAGTTCAAGGATGAAGACCAGGATGAGGACAA

   1850     .    :    .
   1824 GGATGAGGATGGAGTC
        ||||||||||||||||
 103871 GGATGAGGATGGAGTC