seq1 = pF1KB5992.tfa, 1827 bp
seq2 = pF1KB5992/gi568815594f_73336263.tfa (gi568815594f:73336263_73555277), 219015 bp

>pF1KB5992 1827
>gi568815594f:73336263_73555277 (Chr4)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-137  (100898-100949)   100% ->
138-270  (101912-102044)   100% ->
271-482  (104340-104551)   100% ->
483-615  (106034-106166)   100% ->
616-713  (107085-107182)   100% ->
714-843  (108731-108860)   100% ->
844-1058  (111200-111414)   100% ->
1059-1191  (113073-113205)   100% ->
1192-1289  (113774-113871)   100% ->
1290-1428  (114353-114491)   100% ->
1429-1652  (116139-116362)   99% ->
1653-1785  (117503-117635)   100% ->
1786-1827  (118974-119015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTGGGTGGAATCAATTTTTTTAATTTTCCTACTAAATTTTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTGGGTGGAATCAATTTTTTTAATTTTCCTACTAAATTTTACTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCAGAACACTGCATAGAAATGAATATGGAATAG         CTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 ATCCAGAACACTGCATAGAAATGAATATGGAATAGGTG...CAGCTTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATTGGATTCTTACCAATGTACTGCAGAGATAAGTTTAGCTGACCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100904 TATTGGATTCTTACCAATGTACTGCAGAGATAAGTTTAGCTGACCTGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      GGCTACCATATTTTTTGCCCAGTTTGTTCAAGAAGCCACTTACAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100954 ..CAGGGCTACCATATTTTTTGCCCAGTTTGTTCAAGAAGCCACTTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGTAAGCAAAATGGTGAAAGATGCATTGACTGCAATTGAGAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101957 GGAAGTAAGCAAAATGGTGAAAGATGCATTGACTGCAATTGAGAAACCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGAGATGAACAGTCTTCAGGGTGTTTAGAAAACCAG         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102007 CTGGAGATGAACAGTCTTCAGGGTGTTTAGAAAACCAGGTG...TAGCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTGCCTTTCTGGAAGAACTTTGCCATGAGAAAGAAATTTTGGAGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104343 CCTGCCTTTCTGGAAGAACTTTGCCATGAGAAAGAAATTTTGGAGAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGACATTCAGACTGCTGCAGCCAAAGTGAAGAGGGAAGACATAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104393 CGGACATTCAGACTGCTGCAGCCAAAGTGAAGAGGGAAGACATAACTGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCTTGCACACAAAAAGCCCACTCCAGCATCGATCCCACTTTTCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104443 TTCTTGCACACAAAAAGCCCACTCCAGCATCGATCCCACTTTTCCAAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGAACCTGTCACAAGCTGTGAAGCATATGAAGAAGACAGGGAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104493 CCAGAACCTGTCACAAGCTGTGAAGCATATGAAGAAGACAGGGAGACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGAACAA         ATTCATTTATGAGATAGCAAGAAGGCATCCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104543 CATGAACAAGTA...CAGATTCATTTATGAGATAGCAAGAAGGCATCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTGTATGCACCTACAATTCTTCTTTGGGCTGCTCGCTATGACAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106066 TCCTGTATGCACCTACAATTCTTCTTTGGGCTGCTCGCTATGACAAAATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTCCATCTTGCTGCAAAGCTGAAAATGCAGTTGAATGCTTCCAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106116 ATTCCATCTTGCTGCAAAGCTGAAAATGCAGTTGAATGCTTCCAAACAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         GCAGCAACAGTTACAAAAGAATTAAGAGAAAGCAGCTTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106166 GGTA...TAGGCAGCAACAGTTACAAAAGAATTAAGAGAAAGCAGCTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAAATCAACATGCATGTGCAGTAATGAAAAATTTTGGGACCCGAACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107125 TAAATCAACATGCATGTGCAGTAATGAAAAATTTTGGGACCCGAACTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAGCCAT         AACTGTTACTAAACTGAGTCAGAAGTTTACCAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107175 CAAGCCATGTA...TAGAACTGTTACTAAACTGAGTCAGAAGTTTACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTTAATTTTACTGAAATCCAGAAACTAGTCCTGGATGTGGCCCATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108764 AGTTAATTTTACTGAAATCCAGAAACTAGTCCTGGATGTGGCCCATGTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGAGCACTGTTGCAGAGGAGATGTGCTGGATTGTCTGCAGGATGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108814 ATGAGCACTGTTGCAGAGGAGATGTGCTGGATTGTCTGCAGGATGGGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       GAAAAAATCATGTCCTACATATGTTCTCAACAAGACACTCTGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108864 ...CAGGAAAAAATCATGTCCTACATATGTTCTCAACAAGACACTCTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAACAAAATAACAGAATGCTGCAAACTGACCACGCTGGAACGTGGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111244 AAACAAAATAACAGAATGCTGCAAACTGACCACGCTGGAACGTGGTCAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTATAATTCATGCAGAAAATGATGAAAAACCTGAAGGTCTATCTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111294 GTATAATTCATGCAGAAAATGATGAAAAACCTGAAGGTCTATCTCCAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTAAACAGGTTTTTAGGAGATAGAGATTTTAACCAATTTTCTTCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111344 CTAAACAGGTTTTTAGGAGATAGAGATTTTAACCAATTTTCTTCAGGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAAAAATATCTTCTTGGCAAG         TTTTGTTCATGAATATTCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111394 AAAAAATATCTTCTTGGCAAGGTA...CAGTTTTGTTCATGAATATTCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAAGACATCCTCAGCTTGCTGTCTCAGTAATTCTAAGAGTTGCTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113093 GAAGACATCCTCAGCTTGCTGTCTCAGTAATTCTAAGAGTTGCTAAAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TACCAGGAGTTATTGGAGAAGTGTTTCCAGACTGAAAACCCTCTTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113143 TACCAGGAGTTATTGGAGAAGTGTTTCCAGACTGAAAACCCTCTTGAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCAAGATAAAGGA         GAAGAAGAATTACAGAAATACATCCAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113193 CCAAGATAAAGGAGTA...CAGGAAGAAGAATTACAGAAATACATCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAGCCAAGCATTGGCAAAGCGAAGCTGCGGCCTCTTCCAGAAACTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113802 AGAGCCAAGCATTGGCAAAGCGAAGCTGCGGCCTCTTCCAGAAACTAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAATATTACTTACAAAATGC         GTTTCTCGTTGCTTACACAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113852 GAATATTACTTACAAAATGCGTA...CAGGTTTCTCGTTGCTTACACAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAAGCCCCCCAGCTGACCTCGTCGGAGCTGATGGCCATCACCAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114374 GAAAGCCCCCCAGCTGACCTCGTCGGAGCTGATGGCCATCACCAGAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGCAGCCACAGCAGCCACTTGTTGCCAACTCAGTGAGGACAAACTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114424 TGGCAGCCACAGCAGCCACTTGTTGCCAACTCAGTGAGGACAAACTATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCCTGTGGCGAGGGAGCG         GCTGACATTATTATCGGACACTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114474 GCCTGTGGCGAGGGAGCGGTG...CAGGCTGACATTATTATCGGACACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATGTATCAGACATGAAATGACTCCAGTAAACCCTGGTGTTGGCCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116162 ATGTATCAGACATGAAATGACTCCAGTAAACCCTGGTGTTGGCCAGTGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCACTTCTTCATATGCCAACAGGAGGCCATGCTTCAGCAGCTTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116212 GCACTTCTTCATATGCCAACAGGAGGCCATGCTTCAGCAGCTTGGTGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GATGAAACATATGTCCCTCCTGCATTCTCTGATGACAAGTTCATTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116262 GATGAAACATATGTCCCTCCTGCATTCTCTGATGACAAGTTCATTTTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TAAGGATCTGTGCCAAGCTCAGGGTGTAGCGCTGCAAACGATGAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 116312 TAAGGATCTGTGCCAAGCTCAGGGTGTAGCGCTGCAAACAATGAAGCAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 A         GTTTCTCATTAACCTTGTGAAGCAAAAGCCACAAATAACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116362 AGTA...CAGGTTTCTCATTAACCTTGTGAAGCAAAAGCCACAAATAACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGGAACAACTTGAGGCTGTCATTGCAGATTTCTCAGGCCTGTTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117543 GAGGAACAACTTGAGGCTGTCATTGCAGATTTCTCAGGCCTGTTGGAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ATGCTGCCAAGGCCAGGAACAGGAAGTCTGCTTTGCTGAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117593 ATGCTGCCAAGGCCAGGAACAGGAAGTCTGCTTTGCTGAAGAGGTA...C

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1786   GGACAAAAACTGATTTCAAAAACTCGTGCTGCTTTGGGAGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118972 AGGGACAAAAACTGATTTCAAAAACTCGTGCTGCTTTGGGAGTT