seq1 = pF1KB5989.tfa, 1719 bp
seq2 = pF1KB5989/gi568815586f_53323935.tfa (gi568815586f:53323935_53531470), 207536 bp

>pF1KB5989 1719
>gi568815586f:53323935_53531470 (Chr12)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-232  (100354-100536)   100% ->
233-424  (100775-100966)   100% ->
425-502  (101231-101308)   100% ->
503-621  (101521-101639)   100% ->
622-852  (101755-101985)   100% ->
853-967  (104962-105076)   100% ->
968-1140  (105519-105691)   100% ->
1141-1288  (105897-106044)   100% ->
1289-1425  (106212-106348)   100% ->
1426-1719  (107243-107536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAGGGTCTTTGGGGCTTTGGGCATTACTTCCCACAGCTGTGGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGCTAGGGTCTTTGGGGCTTTGGGCATTACTTCCCACAGCTGTGGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         CACCCCCAAACAGGCGAACCTGTGTGTTCTTTGAGGCCCCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGCACCCCCAAACAGGCGAACCTGTGTGTTCTTTGAGGCCCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGTGCGGGGAAGCACAAAGACACTGGGAGAGCTGCTAGATACAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100396 GAGTGCGGGGAAGCACAAAGACACTGGGAGAGCTGCTAGATACAGGCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTCCCCAGAGCTATCCGCTGCCTCTACAGCCGCTGCTGCTTTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100446 GAGCTCCCCAGAGCTATCCGCTGCCTCTACAGCCGCTGCTGCTTTGGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGAACCTGACCCAAGACCGGGCACAGGTGGAAATGCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100496 CTGGAACCTGACCCAAGACCGGGCACAGGTGGAAATGCAAGGTG...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GATGCCGAGACAGTGATGAGCCAGGCTGTGAGTCCCTCCACTGTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 GATGCCGAGACAGTGATGAGCCAGGCTGTGAGTCCCTCCACTGTGACCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTCCCCGAGCCCACCCCAGCCCTGGCTCCACTCTCTTCACCTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100825 AGTCCCCGAGCCCACCCCAGCCCTGGCTCCACTCTCTTCACCTGCTCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGCACTGACTTCTGCAATGCCAATTACAGCCATCTGCCTCCTCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 TGGCACTGACTTCTGCAATGCCAATTACAGCCATCTGCCTCCTCCAGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCCTGGGACTCCTGGCTCCCAGGGTCCCCAGGCTGCCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100925 GCCCTGGGACTCCTGGCTCCCAGGGTCCCCAGGCTGCCCCAGGTA...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  GTGAGTCCATCTGGATGGCACTGGTGCTGCTGGGGCTGTTCCTCCTCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101230 GGTGAGTCCATCTGGATGGCACTGGTGCTGCTGGGGCTGTTCCTCCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGCTGCTGCTGGGCAGCATCATCTTGG         CCCTGCTACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101280 CCTGCTGCTGCTGGGCAGCATCATCTTGGGTA...CAGCCCTGCTACAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAAAGAACTACAGAGTGCGAGGTGAGCCAGTGCCAGAGCCAAGGCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101533 GAAAGAACTACAGAGTGCGAGGTGAGCCAGTGCCAGAGCCAAGGCCAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAGGCAGGGACTGGAGTGTGGAGCTGCAGGAGCTGCCTGAGCTGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101583 TCAGGCAGGGACTGGAGTGTGGAGCTGCAGGAGCTGCCTGAGCTGTGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCCCAG         GTAATCCGGGAAGGAGGTCATGCAGTGGTTTGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101633 CTCCCAGGTG...CAGGTAATCCGGGAAGGAGGTCATGCAGTGGTTTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCGGGCAGCTGCAAGGAAAACTGGTTGCCATCAAGGCCTTCCCACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101789 CCGGGCAGCTGCAAGGAAAACTGGTTGCCATCAAGGCCTTCCCACCGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTGTGGCTCAGTTCCAAGCTGAGAGAGCATTGTACGAACTTCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101839 TCTGTGGCTCAGTTCCAAGCTGAGAGAGCATTGTACGAACTTCCAGGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAGCACGACCACATTGTCCGATTTATCACTGCCAGCCGGGGGGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101889 ACAGCACGACCACATTGTCCGATTTATCACTGCCAGCCGGGGGGGTCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCGCCTGCTCTCTGGGCCCCTGCTGGTACTGGAACTGCATCCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101939 GCCGCCTGCTCTCTGGGCCCCTGCTGGTACTGGAACTGCATCCCAAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853       GGCTCCCTGTGCCACTACTTGACCCAGTACACCAGTGACTGGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101989 ...CAGGGCTCCCTGTGCCACTACTTGACCCAGTACACCAGTGACTGGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAGTTCCCTGCGGATGGCACTGTCCCTGGCCCAGGGCCTGGCATTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105006 AAGTTCCCTGCGGATGGCACTGTCCCTGGCCCAGGGCCTGGCATTTCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGAGGAGCGCTGGCAGAATG         GCCAATATAAACCAGGTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105056 ATGAGGAGCGCTGGCAGAATGGTG...CAGGCCAATATAAACCAGGTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCCACCGAGATCTGAGCAGCCAGAATGTGCTCATTCGGGAAGATGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105539 GCCCACCGAGATCTGAGCAGCCAGAATGTGCTCATTCGGGAAGATGGATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTGTGCCATTGGAGACCTGGGCCTTGCCTTGGTGCTCCCTGGCCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105589 GTGTGCCATTGGAGACCTGGGCCTTGCCTTGGTGCTCCCTGGCCTCACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGCCCCCTGCCTGGACCCCTACTCAACCACAAGGCCCAGCTGCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105639 AGCCCCCTGCCTGGACCCCTACTCAACCACAAGGCCCAGCTGCCATCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAA         GCTGGCACCCAGAGGTACATGGCACCAGAGCTCTTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105689 GAAGTG...CAGGCTGGCACCCAGAGGTACATGGCACCAGAGCTCTTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAAGACTCTGGACCTACAGGATTGGGGCATGGCCCTCCGACGAGCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105935 CAAGACTCTGGACCTACAGGATTGGGGCATGGCCCTCCGACGAGCTGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTTACTCTTTGGCTCTGCTCCTGTGGGAGATACTGAGCCGCTGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105985 TTTACTCTTTGGCTCTGCTCCTGTGGGAGATACTGAGCCGCTGCCCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTGAGGCCTG         ACAGCAGTCCACCACCCTTCCAACTGGCCTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106035 TTGAGGCCTGGTA...CAGACAGCAGTCCACCACCCTTCCAACTGGCCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAGGCAGAACTGGGCAATACCCCTACCTCTGATGAGCTATGGGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106243 TGAGGCAGAACTGGGCAATACCCCTACCTCTGATGAGCTATGGGCCTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGTGCAGGAGAGGAGGCGTCCCTACATCCCATCCACCTGGCGCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106293 CAGTGCAGGAGAGGAGGCGTCCCTACATCCCATCCACCTGGCGCTGCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCCACA         GACCCTGATGGGCTGAGGGAGCTCCTAGAAGACTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106343 GCCACAGTA...CAGGACCCTGATGGGCTGAGGGAGCTCCTAGAAGACTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTGGGATGCAGACCCAGAAGCACGGCTGACAGCTGAGTGTGTACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107278 TTGGGATGCAGACCCAGAAGCACGGCTGACAGCTGAGTGTGTACAGCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCCTGGCTGCCTTGGCCCATCCTCAAGAGAGCCACCCCTTTCCAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107328 GCCTGGCTGCCTTGGCCCATCCTCAAGAGAGCCACCCCTTTCCAGAGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGTCCACGTGGCTGCCCACCTCTCTGCCCAGAAGACTGTACTTCAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107378 TGTCCACGTGGCTGCCCACCTCTCTGCCCAGAAGACTGTACTTCAATTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGCCCCTACCATCCTCCCCTGTAGGCCTCAGCGGAGTGCCTGCCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107428 TGCCCCTACCATCCTCCCCTGTAGGCCTCAGCGGAGTGCCTGCCACTTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCGTTCAGCAAGGCCCTTGTTCCAGGAATCCTCAGCCTGCCTGTACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107478 GCGTTCAGCAAGGCCCTTGTTCCAGGAATCCTCAGCCTGCCTGTACCCTT

   1800     .
   1711 TCTCCTGTG
        |||||||||
 107528 TCTCCTGTG