seq1 = pF1KB5983.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KB5983/gi568815575f_11658264.tfa (gi568815575f:11658264_11875076), 216813 bp

>pF1KB5983 1563
>gi568815575f:11658264_11875076 (ChrX)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-185  (101530-101612)   100% ->
186-281  (102140-102235)   100% ->
282-382  (102574-102674)   100% ->
383-465  (103237-103319)   100% ->
466-588  (103867-103989)   100% ->
589-749  (104574-104734)   100% ->
750-908  (105517-105675)   100% ->
909-1171  (107204-107466)   100% ->
1172-1281  (110310-110419)   100% ->
1282-1381  (113893-113992)   100% ->
1382-1466  (114358-114442)   100% ->
1467-1563  (116717-116813)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGCGAGCGAGGGCATGAAATTTAAATTCCACTCAGGGGAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGCGAGCGAGGGCATGAAATTTAAATTCCACTCAGGGGAGAAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTGCTTCGAGCCTGACCCCACCAAGGCGCGAGTGCTGTACGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTGCTTCGAGCCTGACCCCACCAAGGCGCGAGTGCTGTACGATGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         ATTGTTGATGTTATTGTTGGGAAAGACGAAAAAGGCAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...CAGATTGTTGATGTTATTGTTGGGAAAGACGAAAAAGGCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATCCCAGAATATCTGATCCATTTTAATGGTTGGAACAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101569 AAGATCCCAGAATATCTGATCCATTTTAATGGTTGGAACAGAAGGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    CTGGGATAGATGGGCAGCAGAAGATCATGTGCTTCGTGATACCGATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102137 TAGCTGGGATAGATGGGCAGCAGAAGATCATGTGCTTCGTGATACCGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAATCGTAGATTACAGCGTAAATTGGCAAGAAAAGCTGTAGCTCGCCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102187 AAAATCGTAGATTACAGCGTAAATTGGCAAGAAAAGCTGTAGCTCGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282         GAGGAGCACAGGAAGAAAGAAGAAGCGCTGCAGGTTGCCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102237 TA...CAGGAGGAGCACAGGAAGAAAGAAGAAGCGCTGCAGGTTGCCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTGGACTCTGTCTTAAAAGGCCTCCCCACTGAAGAAAAAGATGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102616 TGTGGACTCTGTCTTAAAAGGCCTCCCCACTGAAGAAAAAGATGAAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAAAACT         CATTAAGCAGTTCCTCTGACTGTAGTGAAAAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102666 ATGAAAACTGTG...TAGCATTAAGCAGTTCCTCTGACTGTAGTGAAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGGATGAAGAAATAAGTGAAGAAAGTGATATTGAAGAAAAGACTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103269 AAGGATGAAGAAATAAGTGAAGAAAGTGATATTGAAGAAAAGACTGAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 G         AAAGAAGAACCAGAGCTTCAAACAAGAAGGGAAATGGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103319 GGTA...CAGAAAGAAGAACCAGAGCTTCAAACAAGAAGGGAAATGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAAGAACAATAACTATAGAAATCCCTGAAGTTCTGAAGAAGCAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103907 AAAGAACAATAACTATAGAAATCCCTGAAGTTCTGAAGAAGCAGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGATTGTTACTACATTAACAGGAGGAAACGG         TTAGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103957 GATGATTGTTACTACATTAACAGGAGGAAACGGGTA...CAGTTAGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACTTCCATGCCAGACCAACATCATAACGATTTTGGAATCCTATGTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104582 ACTTCCATGCCAGACCAACATCATAACGATTTTGGAATCCTATGTGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTTTGCTATCAATGCAGCCTTTTCAGCCAATGAGAGGCCTCGTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104632 ATTTTGCTATCAATGCAGCCTTTTCAGCCAATGAGAGGCCTCGTCACCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CACGTTATGCCACATGCCAACATGAACGTGCATTATATCCCAGCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104682 CACGTTATGCCACATGCCAACATGAACGTGCATTATATCCCAGCAGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAA         TGTTGACCTTTGTAAGGAGATGGTGGATGGATTAAGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104732 GAAGTG...CAGTGTTGACCTTTGTAAGGAGATGGTGGATGGATTAAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAACCTTTGATTACACTCTCCCGTTGGTTTTACTCTATCCATATGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105555 TAACCTTTGATTACACTCTCCCGTTGGTTTTACTCTATCCATATGAACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTCAGTATAAAAAGGTGACTTCGTCTAAATTTTTTCTTCCAATTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105605 GCTCAGTATAAAAAGGTGACTTCGTCTAAATTTTTTCTTCCAATTAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAGTGCCACAAGCACTAACAG         GAGCCAGGAGGAACTCTCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105655 AAGTGCCACAAGCACTAACAGGTA...TAGGAGCCAGGAGGAACTCTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAGTCCGCCTTTGTTGAATCCATCCACGCCACAGTCCACAGAGAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107224 CCAGTCCGCCTTTGTTGAATCCATCCACGCCACAGTCCACAGAGAGTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCGACCACCGGTGAACCAGCCACCCCCAAAAGGCGCAAAGCTGAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107274 CCGACCACCGGTGAACCAGCCACCCCCAAAAGGCGCAAAGCTGAGCCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCATTGCAGTCTCTGAGGCGGTCCACGCGCCACAGTGCCAACTGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107324 AGCATTGCAGTCTCTGAGGCGGTCCACGCGCCACAGTGCCAACTGTGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGCTTTCTGAGAGCAGCGCTTCACCTCAGCCCAAGCGCCGGCAGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107374 GGCTTTCTGAGAGCAGCGCTTCACCTCAGCCCAAGCGCCGGCAGCAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACATCCGCCAGCATGCCCAAGCTCTTCCTGCACCTGGAAAAGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107424 ACATCCGCCAGCATGCCCAAGCTCTTCCTGCACCTGGAAAAGAGTA...A

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172   AGACACCTGTGCATAGCAGATCATCTTCACCTATTCCTCTGACTCCTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110308 AGAGACACCTGTGCATAGCAGATCATCTTCACCTATTCCTCTGACTCCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCAAGGAAGGGAGTGCTGTGTTTGCTGGCTTTGAAGGGAGAAGAACTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110358 GCAAGGAAGGGAGTGCTGTGTTTGCTGGCTTTGAAGGGAGAAGAACTAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAAATAAACGAG         GTCCTCTCCTGGAAGCTTGTGCCTGACAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110408 GAAATAAACGAGGTA...CAGGTCCTCTCCTGGAAGCTTGTGCCTGACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTACCCCCCAGGTGACCAGCCGCCTCCACCCTCTTACATTTATGGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113922 TTACCCCCCAGGTGACCAGCCGCCTCCACCCTCTTACATTTATGGGGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AACATTTGCTGCGATTGTTTG         TGAAACTTCCAGAAATCCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113972 AACATTTGCTGCGATTGTTTGGTA...CAGTGAAACTTCCAGAAATCCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGAAAGATGTCCTTTTCTGAGAAGAATCTGAAGGCTTTATTGAAGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114378 GGAAAGATGTCCTTTTCTGAGAAGAATCTGAAGGCTTTATTGAAGCACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGATCTCTTTTTGAG         GTTTTTAGCAGAATACCACGATGACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114428 TGATCTCTTTTTGAGGTA...CAGGTTTTTAGCAGAATACCACGATGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCTTCCCAGAGTCGGCTTATGTCGCTGCCTGTGAGGCACATTACAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116743 TCTTCCCAGAGTCGGCTTATGTCGCTGCCTGTGAGGCACATTACAGCACC

   1650     .    :    .    :
   1543 AAGAACCCCCGGGCAATTTAT
        |||||||||||||||||||||
 116793 AAGAACCCCCGGGCAATTTAT