seq1 = pF1KB5981.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB5981/gi568815579f_11514526.tfa (gi568815579f:11514526_11717886), 203361 bp

>pF1KB5981 1383
>gi568815579f:11514526_11717886 (Chr19)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-191  (100302-100362)   100% ->
192-1383  (102170-103361)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCTGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGATTCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCTGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGGCTTTGCTGGATCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGGGATGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGGCTTTGCTGGATCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGGGATGTGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAAACCTTCAGGAACCTGGCTTCTGTAG         GAAAACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 GGGAAACCTTCAGGAACCTGGCTTCTGTAGGTA...TAGGAAAACAATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGACCAGAACATTGAAGACCCATTCAAAATTCCCAGGAGAAATATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100313 GAAGACCAGAACATTGAAGACCCATTCAAAATTCCCAGGAGAAATATAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          TCATATTCCAGAGAGACTCTGTGAAAGTAAAGAAGGTGGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100363 GTA...AAGTCATATTCCAGAGAGACTCTGTGAAAGTAAAGAAGGTGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGGTGAAGAAACCTTCAGCCAGATTCCAGATGGTATTCTGAACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102211 AAGGTGAAGAAACCTTCAGCCAGATTCCAGATGGTATTCTGAACAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTCCTGGAGTAAAACCGTGTGAAAGCAGTGTGTGTGGAGAAGTTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102261 ACTCCTGGAGTAAAACCGTGTGAAAGCAGTGTGTGTGGAGAAGTTGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGTCCTTCATCACTTAATAGGCACATCAGAGATCACACTGGACGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102311 GGGTCCTTCATCACTTAATAGGCACATCAGAGATCACACTGGACGTGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAATGAATATCAGGAATATGGAAAGAAGTCATATACACGTAACCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102361 CAAATGAATATCAGGAATATGGAAAGAAGTCATATACACGTAACCAGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGACGAGCCTTGAGTTATCATCGCTCTTTTCCAGTACGTGAAAGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102411 GGACGAGCCTTGAGTTATCATCGCTCTTTTCCAGTACGTGAAAGGACTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCTGGAGGAAAGCCCTATGATTGTAAGGAATGTGGAGAAACCTTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102461 TCCTGGAGGAAAGCCCTATGATTGTAAGGAATGTGGAGAAACCTTTATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCTTGTAAGCATTCGAAGACACATGTTAACGCATAGGGGAGGTGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 CTCTTGTAAGCATTCGAAGACACATGTTAACGCATAGGGGAGGTGTACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACAAATGTAAGGTGTGTGGGAAAGCCTTTGATTATCCCAGTTTATTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102561 TACAAATGTAAGGTGTGTGGGAAAGCCTTTGATTATCCCAGTTTATTTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TATACATGAAAGAAGTCACACTGGAGAGAAACCTTATGAATGCAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102611 TATACATGAAAGAAGTCACACTGGAGAGAAACCTTATGAATGCAAGCAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTGGGAAAGCCTTCAGTTGTTCCAGTTACATTAGAATACATGAAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102661 GTGGGAAAGCCTTCAGTTGTTCCAGTTACATTAGAATACATGAAAGGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CACACTGGAGATAAACCCTATGAATGCAAGCAGTGTGGGAAAGCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102711 CACACTGGAGATAAACCCTATGAATGCAAGCAGTGTGGGAAAGCTTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTGTTCCAAGTACATTCGAATCCATGAACGAACTCACACAGGAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102761 TTGTTCCAAGTACATTCGAATCCATGAACGAACTCACACAGGAGAGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCTACGAATGTAAACAGTGCGGTAAAGCCTTTAGGTGCGCCAGTTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102811 CCTACGAATGTAAACAGTGCGGTAAAGCCTTTAGGTGCGCCAGTTCTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGAAGTCACGAGAGGACTCACACCGGAGAGAAACTTTTTGAATGTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102861 CGAAGTCACGAGAGGACTCACACCGGAGAGAAACTTTTTGAATGTAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATGCGGGAAGGCTTTGACTTGTCTTGCAAGTGTTAGAAGACACATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102911 ATGCGGGAAGGCTTTGACTTGTCTTGCAAGTGTTAGAAGACACATGATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGCACACTGGCAATGGACCTTATAAATGTAAGGTGTGTGGGAAAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102961 AGCACACTGGCAATGGACCTTATAAATGTAAGGTGTGTGGGAAAGCCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GATTTCCCCAGTTCATTTCGAATCCATGAAAGGACCCACACTGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103011 GATTTCCCCAGTTCATTTCGAATCCATGAAAGGACCCACACTGGAGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ACCCTATGATTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTGTTCCAGTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103061 ACCCTATGATTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTGTTCCAGTTCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTCGAAAACATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103111 TTCGAAAACATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAATGTGGGAAAGCCTTCAGTCGTTCCAGTTACTTCCGAATCCATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103161 AAATGTGGGAAAGCCTTCAGTCGTTCCAGTTACTTCCGAATCCATGAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGCAATGTGGGAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103211 AACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGCAATGTGGGAAAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TCAGTCGATCCACTTACTTTCGAGTACATGAAAAAATTCATACTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103261 TCAGTCGATCCACTTACTTTCGAGTACATGAAAAAATTCATACTGGAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAACCCTATGAGAACCCTAACCCTAACGCTTCAGTTGTCCCAGTTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103311 AAACCCTATGAGAACCCTAACCCTAACGCTTCAGTTGTCCCAGTTCTTTC

   1400 
   1383 A
        |
 103361 A