seq1 = pF1KB5979.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB5979/gi568815575f_79922270.tfa (gi568815575f:79922270_80131108), 208839 bp

>pF1KB5979 1560
>gi568815575f:79922270_80131108 (ChrX)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-356  (100791-100971)   100% ->
357-458  (101794-101895)   100% ->
459-633  (103334-103508)   100% ->
634-798  (104435-104599)   100% ->
799-863  (104987-105051)   100% ->
864-949  (105722-105807)   100% ->
950-1560  (108229-108839)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGAGCTCTCGGGCGCGTGCCTTCTCCGTGGAAGCCTTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGAGCTCTCGGGCGCGTGCCTTCTCCGTGGAAGCCTTGGTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGACCCAGCAAAAGAAAACTCCAAGACCCAATACAGGCGGAGCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGACCCAGCAAAAGAAAACTCCAAGACCCAATACAGGCGGAGCAGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGCGGGAGAAAAAGGGCGGAGAGGAAGAGGAGGAGAGAAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGCGGGAGAAAAAGGGCGGAGAGGAAGAGGAGGAGAGAAGGAGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGCAGGGAAGAGCGAGCCGCTTG         AAAAACAACCTAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 GCTGCAGGGAAGAGCGAGCCGCTTGGTA...CAGAAAAACAACCTAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGCCCTCAACATCTGCTTCCTCTGGCTGCGGCAGCGACAGCGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100807 AGAGCCCTCAACATCTGCTTCCTCTGGCTGCGGCAGCGACAGCGGCTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAACAGCTCTGAAAGTCTGGAAGAGAAAGATATTCAAATGGAGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100857 GCAACAGCTCTGAAAGTCTGGAAGAGAAAGATATTCAAATGGAGCTTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGATCTGAACTGTGGAAAAGATTCCATGACATCGGGACTGAGATGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100907 GGATCTGAACTGTGGAAAAGATTCCATGACATCGGGACTGAGATGATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TACTAAAGCGGGCAG         GCGGATGTTCCCCTCTGTTCGGGTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100957 TACTAAAGCGGGCAGGTT...CAGGCGGATGTTCCCCTCTGTTCGGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGTGAAAGGGTTGGATCCAGGGAAGCAGTACCATGTGGCCATCGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 AGGTGAAAGGGTTGGATCCAGGGAAGCAGTACCATGTGGCCATCGATGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGCCGGTGGATTCCAAACGCTATAG         GTACGTCTATCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101870 GTGCCGGTGGATTCCAAACGCTATAGGTA...CAGGTACGTCTATCACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCACAGTGGATGGTAGCTGGGAATACAGACCATTTGTGCATCATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103349 CTCACAGTGGATGGTAGCTGGGAATACAGACCATTTGTGCATCATTCCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GATTCTATGTTCACCCGGACTCACCCTGCTCGGGAGAGACCTGGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103399 GATTCTATGTTCACCCGGACTCACCCTGCTCGGGAGAGACCTGGATGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGATCATCAGCTTTGATCGCATGAAACTCACCAACAATGAGATGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103449 CAGATCATCAGCTTTGATCGCATGAAACTCACCAACAATGAGATGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAAGGCCAC         ATCATTCTGCAATCCATGCATAAGTACAAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103499 CAAAGGCCACGTA...CAGATCATTCTGCAATCCATGCATAAGTACAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCGAGTGCACGTGATAGAGCAAGGCAGCAGTGTTGACCTGTCCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 CCCGAGTGCACGTGATAGAGCAAGGCAGCAGTGTTGACCTGTCCCAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGTCCTTGCCCACTGAAGGTGTTAAAACATTCTCCTTTAAAGAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 CAGTCCTTGCCCACTGAAGGTGTTAAAACATTCTCCTTTAAAGAAACTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTCACCACAGTAACGGCTTACCAAAACCAACAG         ATTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104566 GTTCACCACAGTAACGGCTTACCAAAACCAACAGGTA...TAGATTACGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACTAAAAATAGAAAGAAATCCTTTTGCTAAAGGATTTAGAGATACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104994 AACTAAAAATAGAAAGAAATCCTTTTGCTAAAGGATTTAGAGATACTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGAAACAG         GGGTGTATTGGATGGGCTTTTAGAGACCTACCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105044 AGAAACAGGTA...TAGGGGTGTATTGGATGGGCTTTTAGAGACCTACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATGGAGGCCTTCTTTCACTCTCGATTTTAAAACCTTTGGCGCAGACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105755 ATGGAGGCCTTCTTTCACTCTCGATTTTAAAACCTTTGGCGCAGACACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAA         GTGGAAGCAGTGGCTCATCTCCAGTGACCTCTAGTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105805 AAAGTA...CAGGTGGAAGCAGTGGCTCATCTCCAGTGACCTCTAGTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGGCCCCCTCTCCTTTGAACTCCTTACTTTCTCCACTTTGCTTTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108267 GGGGCCCCCTCTCCTTTGAACTCCTTACTTTCTCCACTTTGCTTTTCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TATGTTTCATTTACCTACAAGCTCCCTTGGAATGCCCTGTCCAGAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108317 TATGTTTCATTTACCTACAAGCTCCCTTGGAATGCCCTGTCCAGAGGCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCTGCCCAATGTCAACCTGCCTCTATGCTACAAGATTTGTCCAACTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108367 ACCTGCCCAATGTCAACCTGCCTCTATGCTACAAGATTTGTCCAACTAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTTTGGCAACAGCAACCTCTTGTTTTACCGGCTCCTGAAAGACTAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108417 TTTTGGCAACAGCAACCTCTTGTTTTACCGGCTCCTGAAAGACTAGCAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAGCAACAGTTCTCAGTCTTTAGCCCCACTCATGATGGAAGTGCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108467 CAGCAACAGTTCTCAGTCTTTAGCCCCACTCATGATGGAAGTGCCTATGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TATCTTCCCTGGGGGTCACCAATTCAAAAAGCGGTTCATCTGAAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108517 TATCTTCCCTGGGGGTCACCAATTCAAAAAGCGGTTCATCTGAAGACTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGTGATCAGTATCTACAAGCACCTAATTCTACCAATCAAATGTTATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108567 AGTGATCAGTATCTACAAGCACCTAATTCTACCAATCAAATGTTATATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATTACAGTCACCTGGAAATATTTTTCTGCCAAACTCCATCACCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108617 ATTACAGTCACCTGGAAATATTTTTCTGCCAAACTCCATCACCCCAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CACTTAGTTGCTCCTTTCATCCTTCCTATGACTTTTATAGATACAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108667 CACTTAGTTGCTCCTTTCATCCTTCCTATGACTTTTATAGATACAATTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCTATGCCATCTAGACTGATAAGTGGTTCCAACCATCTTAAAGTGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108717 TCTATGCCATCTAGACTGATAAGTGGTTCCAACCATCTTAAAGTGAATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CGACAGTCAAGTTTCTTTTGGAGAAGGCAAATGTAATCATGTTCATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108767 CGACAGTCAAGTTTCTTTTGGAGAAGGCAAATGTAATCATGTTCATTGGT

   1600     .    :    .    :
   1538 ATCCAGCAATTAACCATTACCTT
        |||||||||||||||||||||||
 108817 ATCCAGCAATTAACCATTACCTT