seq1 = pF1KB5977.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KB5977/gi568815593f_122675104.tfa (gi568815593f:122675104_122929645), 254542 bp

>pF1KB5977 1557
>gi568815593f:122675104_122929645 (Chr5)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-226  (120163-120280)   100% ->
227-390  (124589-124752)   100% ->
391-457  (126766-126832)   100% ->
458-501  (126978-127021)   100% ->
502-643  (128369-128510)   100% ->
644-722  (133174-133252)   100% ->
723-798  (140793-140868)   100% ->
799-912  (141812-141925)   100% ->
913-1006  (142177-142270)   100% ->
1007-1212  (143715-143920)   100% ->
1213-1356  (150947-151090)   100% ->
1357-1437  (152276-152356)   100% ->
1438-1509  (152472-152543)   100% ->
1510-1557  (154495-154542)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGAGAGGGAACCTCCTCCGCTGGGGGACGGGAAGCCCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCGAGAGGGAACCTCCTCCGCTGGGGGACGGGAAGCCCACCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGAGGATCTGGAGGACGGAGAGGACCTGTTCACCAGCACTGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGAGGATCTGGAGGACGGAGAGGACCTGTTCACCAGCACTGTCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTAGAG         TCAAGTCCATCATCTCCAGAACCAGCTAGTCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTAGAGGTG...CAGTCAAGTCCATCATCTCCAGAACCAGCTAGTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGCAGAAGATATTAGTGCAAACTCCAATGGCCCAAAACCCACAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120196 CCTGCAGAAGATATTAGTGCAAACTCCAATGGCCCAAAACCCACAGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTATTAGATGATGACAGAGAAGATCTTTTTGCAG         AAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120246 TGTATTAGATGATGACAGAGAAGATCTTTTTGCAGGTA...TAGAAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAAGAAGTTTCTTTGGACAGCCCTGAAAGGGAACCTATCCTATCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124595 CAGAAGAAGTTTCTTTGGACAGCCCTGAAAGGGAACCTATCCTATCCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACCTTCTCCTGCAGTCACACCTGTCACTCCTACTACACTCATTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124645 GAACCTTCTCCTGCAGTCACACCTGTCACTCCTACTACACTCATTGCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGAATTGAATCAAAGAGTATGTCTGCTCCCGTGATCTTTGATAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124695 TAGAATTGAATCAAAGAGTATGTCTGCTCCCGTGATCTTTGATAGATCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGAAGAG         ATTGAAGAAGAAGCAAATGGAGACATTTTTGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124745 GGGAAGAGGTA...TAGATTGAAGAAGAAGCAAATGGAGACATTTTTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATAGAAATTGGTGTATCAGATCCAGAAAAAGTTG         GTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126799 ATAGAAATTGGTGTATCAGATCCAGAAAAAGTTGGTG...CAGGTGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGAATGCCTATATGGCATATAGAGTAACAACAAAG         ACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126985 CATGAATGCCTATATGGCATATAGAGTAACAACAAAGGTG...TAGACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCTTTCCATGTTCAGTAAGAGTGAATTTTCAGTGAAAAGAAGATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128373 CTCTTTCCATGTTCAGTAAGAGTGAATTTTCAGTGAAAAGAAGATTCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACTTTCTTGGTTTGCACAGCAAATTAGCAAGCAAATATTTACATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128423 GACTTTCTTGGTTTGCACAGCAAATTAGCAAGCAAATATTTACATGTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTATATTGTGCCACCAGCTCCAGAAAAGAGTATAGTAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 128473 TTATATTGTGCCACCAGCTCCAGAAAAGAGTATAGTAGGTA...AAGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGACCAAGGTCAAAGTGGGTAAAGAAGACTCATCATCCACTGAGTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133177 TGACCAAGGTCAAAGTGGGTAAAGAAGACTCATCATCCACTGAGTTTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAAAACGGAGAGCAGCTCTTGAAAG         GTATCTTCAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133227 GAAAAACGGAGAGCAGCTCTTGAAAGGTA...TAGGTATCTTCAAAGAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGTAAAACATCCAACTTTACTACAGGATCCTGATTTAAGGCAGTTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140808 AGTAAAACATCCAACTTTACTACAGGATCCTGATTTAAGGCAGTTCTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAAGTTCAGAG         CTGCCTAGAGCAGTTAATACACAGGCTCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140858 AAAGTTCAGAGGTA...CAGCTGCCTAGAGCAGTTAATACACAGGCTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGTGGAGCAGGAATATTGAGGATGGTGAACAAGGCTGCCGACGCTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141842 AGTGGAGCAGGAATATTGAGGATGGTGAACAAGGCTGCCGACGCTGTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAAATGACAATCAAGATGAATGAATCGGATGCA         TGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 141892 CAAAATGACAATCAAGATGAATGAATCGGATGCAGTA...TAGTGGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAGAAAAGCAGCAGCAATTTGAGAATCTGGATCAGCAACTTAGGAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142184 AAGAAAAGCAGCAGCAATTTGAGAATCTGGATCAGCAACTTAGGAAACTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CATGTCAGTGTTGAAGCCTTGGTCTGTCATAGAAAAG         AACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 142234 CATGTCAGTGTTGAAGCCTTGGTCTGTCATAGAAAAGGTT...CAGAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TTCAGCCAACACAGCTGCCTTTGCTAAAAGTGCTGCCATGTTAGGTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143719 TTCAGCCAACACAGCTGCCTTTGCTAAAAGTGCTGCCATGTTAGGTAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTGAGGATCATACTGCTTTATCTAGAGCTTTGTCTCAGCTTGCAGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143769 CTGAGGATCATACTGCTTTATCTAGAGCTTTGTCTCAGCTTGCAGAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGGAGAAGATAGACCAGTTACATCAAGAACAAGCTTTTGCTGACTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143819 GAGGAGAAGATAGACCAGTTACATCAAGAACAAGCTTTTGCTGACTTTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TATGTTTTCAGAACTACTTAGTGACTACATTCGTCTTATTGCTGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143869 TATGTTTTCAGAACTACTTAGTGACTACATTCGTCTTATTGCTGCAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AA         GGTGTGTTTGACCATCGAATGAAGTGCTGGCAGAAATGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143919 AAGTA...TAGGGTGTGTTTGACCATCGAATGAAGTGCTGGCAGAAATGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAAGATGCTCAAATTACTTTGCTCAAAAAACGTGAAGCTGAAGCAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150986 GAAGATGCTCAAATTACTTTGCTCAAAAAACGTGAAGCTGAAGCAAAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GATGGTTGCTAACAAACCAGATAAAATACAGCAAGCTAAAAATGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151036 GATGGTTGCTAACAAACCAGATAAAATACAGCAAGCTAAAAATGAAATAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GAGAG         TGGGAGGCGAAAGTGCAACAAGGGGAAAGAGATTTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151086 GAGAGGTG...TAGTGGGAGGCGAAAGTGCAACAAGGGGAAAGAGATTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAACAGATATCTAAAACGATTCGAAAAGAAGTGGGAAGATTTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 152312 GAACAGATATCTAAAACGATTCGAAAAGAAGTGGGAAGATTTGAGGCA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438     AAAGAACGAGTGAAGGATTTTAAAACCGTTATCATCAAGTACTTAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152362 .CAGAAAGAACGAGTGAAGGATTTTAAAACCGTTATCATCAAGTACTTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AATCACTAGTTCAAACACAACAACAG         CTGATAAAATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 152518 AATCACTAGTTCAAACACAACAACAGGTA...CAGCTGATAAAATACTGG

   1650     .    :    .    :    .    :
   1525 GAAGCATTCCTACCTGAAGCCAAAGCCATTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 154510 GAAGCATTCCTACCTGAAGCCAAAGCCATTGCC