seq1 = pF1KB5975.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KB5975/gi568815583f_72595176.tfa (gi568815583f:72595176_72837584), 242409 bp

>pF1KB5975 1557
>gi568815583f:72595176_72837584 (Chr15)

24-76  (100001-100053)   100% ->
77-156  (114525-114604)   100% ->
157-220  (117069-117132)   100% ->
221-332  (120116-120227)   100% ->
333-405  (121603-121675)   100% ->
406-459  (127619-127672)   100% ->
460-587  (129353-129480)   100% ->
588-642  (132765-132819)   100% ->
643-711  (134441-134509)   100% ->
712-864  (136130-136282)   100% ->
865-1036  (136380-136551)   99% ->
1037-1106  (139938-140007)   98% ->
1107-1248  (140650-140791)   100% ->
1249-1450  (141587-141788)   100% ->
1451-1557  (142303-142409)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     24 GAGAACTCAATTTCCTGTATCTACTGAGTCTCAAAAACCCCGGCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GAGAACTCAATTTCCTGTATCTACTGAGTCTCAAAAACCCCGGCAGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     74 AAG         CTCCAGAGTTTCCTATTTTGGAGAAGCAGAACTGGTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGGTC...TAGCTCCAGAGTTTCCTATTTTGGAGAAGCAGAACTGGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    115 ATTCATCTTCATTATATCCGGAAAGATTATGAAGCCTGCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114563 ATTCATCTTCATTATATCCGGAAAGATTATGAAGCCTGCAAGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    157  GCTGTTATCAAAGAACAGCTTCAAGAGACTCAGGGATTGTGTGAATATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117068 GGCTGTTATCAAAGAACAGCTTCAAGAGACTCAGGGATTGTGTGAATATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206 CTATCTATGTCCAAG         CATTGATATTTCGCCTAGAAGGAAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117118 CTATCTATGTCCAAGGTA...CAGCATTGATATTTCGCCTAGAAGGAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 ATCCAAGAATCCCTAGAACTCTTCCAGACATGTGCAGTTCTTAGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120142 ATCCAAGAATCCCTAGAACTCTTCCAGACATGTGCAGTTCTTAGTCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    297 GAGTGCTGATAACCTCAAGCAGGTGGCCAGATCTTT         ATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120192 GAGTGCTGATAACCTCAAGCAGGTGGCCAGATCTTTGTG...CAGATTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 TTTTGGGAAAACATAAAGCTGCCATTGAAGTATATAATGAAGCAGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121608 TTTTGGGAAAACATAAAGCTGCCATTGAAGTATATAATGAAGCAGCTAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 CTCAACCAGAAAGATTGG         GAGATCAGCCATAACCTAGGAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 121658 CTCAACCAGAAAGATTGGGTA...TAGGAGATCAGCCATAACCTAGGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429 TTGCTACATATACCTGAAGCAGTTCAACAAG         GCACAAGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 127642 TTGCTACATATACCTGAAGCAGTTCAACAAGGTA...CAGGCACAAGACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470 AGTTGCACAATGCCCTGAATCTTAATAGGCACGATCTGACTTATATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129363 AGTTGCACAATGCCCTGAATCTTAATAGGCACGATCTGACTTATATAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 CTGGGGAAGATCCACTTGCTGGAGGGAGACTTGGACAAGGCCATTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129413 CTGGGGAAGATCCACTTGCTGGAGGGAGACTTGGACAAGGCCATTGAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 CTACAAGAAAGCAGTGGA         GTTCTCACCAGAAAATACAGAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129463 CTACAAGAAAGCAGTGGAGTA...CAGGTTCTCACCAGAAAATACAGAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611 TTCTTACAACTTTAGGATTACTCTACTTACAG         CTCGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132788 TTCTTACAACTTTAGGATTACTCTACTTACAGGTA...AAGCTCGGCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652 TACCAGAAGGCATTTGAACATCTTGGCAATGCACTGACTTATGACCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134450 TACCAGAAGGCATTTGAACATCTTGGCAATGCACTGACTTATGACCCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702 CAACTACAAG         GCCATCTTGGCAGCAGGCAGCATGATGCAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 134500 CAACTACAAGGTA...CAGGCCATCTTGGCAGCAGGCAGCATGATGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    743 CCCACGGGGACTTTGATGTTGCCCTCACCAAATACAGAGTTGTGGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136161 CCCACGGGGACTTTGATGTTGCCCTCACCAAATACAGAGTTGTGGCTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793 GCTGTTCCAGAAAGTCCTCCACTCTGGAATAACATTGGAATGTGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136211 GCTGTTCCAGAAAGTCCTCCACTCTGGAATAACATTGGAATGTGTTTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 TGGCAAGAAGAAATATGTGGCG         GCCATCAGCTGCCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136261 TGGCAAGAAGAAATATGTGGCGGTG...TAGGCCATCAGCTGCCTGAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884 GAGCCAACTACTTGGCACCCTTCGATTGGAAGATTCTGTATAATTTGGGC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 136399 GAGCCAACTACTTGGCACCCTTTGATTGGAAGATTCTGTATAATTTGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 CTTGTCCATTTGACCATGCAGCAGTATGCATCAGCTTTTCATTTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136449 CTTGTCCATTTGACCATGCAGCAGTATGCATCAGCTTTTCATTTTCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 TGCGGCCATCAACTTCCAGCCAAAGATGGGGGAGCTCTACATGCTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136499 TGCGGCCATCAACTTCCAGCCAAAGATGGGGGAGCTCTACATGCTCTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 CAG         TGGCTCTGACCAATCTGGAAGATACAGAAAATGCCAAG
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 136549 CAGGTA...CAGTGGCTCTGACCAATCTGGAAGATATAGAAAATGCCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 AGAGCCTACGCAGAAGCAGTCCACCTGGATAA         GTGTAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 139976 AGAGCCTACGCAGAAGCAGTCCACCTGGATAAGTA...CAGGTGTAACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1116 TTTAGTAAACCTGAACTATGCTGTGCTGCTGTACAACCAGGGCGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140659 TTTAGTAAACCTGAACTATGCTGTGCTGCTGTACAACCAGGGCGAGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 AGAACGCCCTGGCCCAATATCAGGAGATGGAGAAGAAAGTCAGCCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140709 AGAACGCCCTGGCCCAATATCAGGAGATGGAGAAGAAAGTCAGCCTACTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 AAGGACAATAGCTCTCTGGAATTTGACTCTGAG         ATGGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 140759 AAGGACAATAGCTCTCTGGAATTTGACTCTGAGGTA...AAGATGGTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 GATGGCTCAGAAGTTGGGAGCTGCTCTCCAGGTTGGGGAGGCACTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141595 GATGGCTCAGAAGTTGGGAGCTGCTCTCCAGGTTGGGGAGGCACTGGTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 GGACCAAACCAGTTAAAGATCCCAAATCAAAGCACCAGACCACTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141645 GGACCAAACCAGTTAAAGATCCCAAATCAAAGCACCAGACCACTTCAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 AGCAAACCTGCCAGTTTCCAGCAGCCTCTGGGCTCTAATCAAGCTCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141695 AGCAAACCTGCCAGTTTCCAGCAGCCTCTGGGCTCTAATCAAGCTCTAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 ACAGGCAATGTCTTCAGCAGCTGCATACAGGACGCTCCCCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 141745 ACAGGCAATGTCTTCAGCAGCTGCATACAGGACGCTCCCCTCAGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451    GTGCTGGAGGAACATCCCAGTTCACAAAGCCCCCATCTCTTCCTCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142300 TAGGTGCTGGAGGAACATCCCAGTTCACAAAGCCCCCATCTCTTCCTCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 GAGCCAGAGCCTGCGGTGGAATCAAGTCCAACTGAAACATCAGAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142350 GAGCCAGAGCCTGCGGTGGAATCAAGTCCAACTGAAACATCAGAACAAAT

   1650     .    :
   1548 AAGAGAGAAA
        ||||||||||
 142400 AAGAGAGAAA